MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 chromosome

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009437	CAAAAT	2	12	174	185	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_009437	AAATTA	2	12	190	201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009437	CAAATT	2	12	230	241	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009437	TATAAT	2	12	9238	9249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009437	GAAATA	2	12	22604	22615	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009437	ATATTT	2	12	34069	34080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009437	CACCTC	2	12	36252	36263	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_009437	TAAAAA	2	12	56023	56034	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009437	GCAAAT	2	12	60216	60227	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009437	ATTTTT	2	12	60891	60902	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009437	TAAATT	2	12	100072	100083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009437	ATAAAT	2	12	101311	101322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009437	AAATAT	2	12	110454	110465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009437	TAAAAA	2	12	130105	130116	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009437	AAAGAA	2	12	130118	130129	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009437	GAAAAA	2	12	133441	133452	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009437	GTTTTT	2	12	136010	136021	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009437	ATTTTT	2	12	138257	138268	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009437	CCCAGC	2	12	151767	151778	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_009437	TCAAAA	2	12	157365	157376	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_009437	CAGAAA	2	12	170495	170506	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009437	TGAGGT	2	12	170962	170973	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009437	ATTCTA	2	12	176671	176682	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_009437	TTATAA	2	12	208447	208458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009437	AAGATA	2	12	222702	222713	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009437	TATAAT	2	12	230458	230469	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009437	CCTTTG	2	12	237969	237980	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009437	AAAACC	2	12	239491	239502	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_009437	AATTAC	2	12	313776	313787	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_009437	ATAAAA	2	12	330719	330730	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009437	GGTAGT	2	12	345170	345181	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009437	ATTCTG	2	12	346036	346047	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_009437	CTTTTT	2	12	351786	351797	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009437	GCTGCA	2	12	352896	352907	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009437	AAAGAA	2	12	357339	357350	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009437	CTTATT	2	12	407660	407671	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009437	TTGCAG	2	12	411730	411741	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009437	AATCAA	2	12	424282	424293	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_009437	AACAAA	3	18	428912	428929	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_009437	AAAGAA	4	24	428930	428953	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009437	AAAAGA	3	18	428954	428971	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009437	AAAAAG	3	18	428972	428989	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009437	AAAATA	2	12	430291	430302	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009437	TAAATT	2	12	441765	441776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009437	CAATTT	2	12	446593	446604	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009437	ACAAAA	2	12	486289	486300	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_009437	ATTAAA	2	12	486336	486347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009437	ATGTTT	2	12	498978	498989	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009437	GCTTCA	2	12	520416	520427	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_009437	AGAGAA	2	12	536092	536103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009437	TTGCAC	2	12	541362	541373	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009437	TAAAAA	2	12	563249	563260	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009437	GTTTTT	2	12	563285	563296	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009437	CAAAAA	2	12	564137	564148	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009437	TTATAA	2	12	578335	578346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009437	TAAAAA	2	12	578520	578531	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009437	TTTAAA	2	12	625230	625241	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009437	ATTTTG	2	12	625271	625282	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009437	TGTCAT	2	12	625951	625962	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_009437	CACACG	2	12	639305	639316	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_009437	GAAAAG	2	12	680819	680830	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009437	ACCCTC	2	12	685176	685187	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_009437	ACTTGT	2	12	706942	706953	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_009437	ATATTT	2	12	715783	715794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009437	AAATTT	2	12	717225	717236	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009437	TATAAA	2	12	723393	723404	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009437	TACAAT	2	12	723413	723424	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009437	ACAAGT	2	12	745556	745567	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009437	AAAATT	2	12	775837	775848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009437	AAATAT	2	12	777333	777344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009437	TTTTAA	2	12	799897	799908	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009437	TCATGA	2	12	808254	808265	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_009437	TTACAA	2	12	819341	819352	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_009437	TCAAGG	2	12	840591	840602	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009437	TTTTTA	2	12	872782	872793	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009437	GAAATC	2	12	896094	896105	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009437	TGTATA	2	12	908267	908278	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009437	GTAATT	2	12	926148	926159	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009437	TTTTGG	2	12	943266	943277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009437	ATACAA	2	12	943374	943385	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_009437	AAAATA	2	12	943430	943441	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009437	ATTTCT	2	12	960556	960567	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009437	TTTTAA	2	12	963162	963173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009437	AAAAAT	2	12	1143955	1143966	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009437	TATAAA	2	12	1158231	1158242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009437	ATTTTT	2	12	1169152	1169163	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009437	ATAATT	2	12	1185685	1185696	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009437	TTTTAT	2	12	1202155	1202166	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009437	GTGTTA	2	12	1205601	1205612	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009437	GGGTTA	2	12	1219693	1219704	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009437	TAAAAT	2	12	1224013	1224024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009437	TTAAAG	2	12	1258769	1258780	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009437	TGATAC	2	12	1261570	1261581	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009437	CTTTTT	2	12	1265976	1265987	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009437	GTTGTA	2	12	1275939	1275950	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009437	TTTTAT	2	12	1277075	1277086	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009437	TGAAAA	2	12	1294090	1294101	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009437	CTTTTT	2	12	1355886	1355897	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009437	AAATAA	2	12	1401041	1401052	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009437	CTTGCA	2	12	1440427	1440438	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_009437	CATAAA	2	12	1440459	1440470	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009437	ATTATC	2	12	1440658	1440669	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_009437	AAGAAA	2	12	1469973	1469984	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009437	TAAAAA	2	12	1473495	1473506	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009437	TTTTTG	2	12	1481036	1481047	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009437	ATTGAC	2	12	1511103	1511114	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009437	TATGAA	2	12	1543615	1543626	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009437	CAAGCT	2	12	1566954	1566965	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_009437	TAAAAA	2	12	1574820	1574831	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009437	TAAAAA	2	12	1576142	1576153	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009437	GTTTTT	2	12	1576175	1576186	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009437	GTTTTT	2	12	1576929	1576940	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009437	TAAAAA	2	12	1583854	1583865	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009437	TAAAAA	2	12	1585176	1585187	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009437	GTTTTT	2	12	1586010	1586021	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009437	TCTCCC	2	12	1613497	1613508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_009437	AATGTG	2	12	1615489	1615500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009437	ATTGTT	3	18	1634595	1634612	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009437	AGTAAA	2	12	1634623	1634634	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009437	TAACAG	2	12	1641774	1641785	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_009437	TTATTT	2	12	1656801	1656812	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009437	ATGTAT	2	12	1658295	1658306	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009437	TTAATT	2	12	1676767	1676778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009437	ATTTTT	2	12	1715262	1715273	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009437	TAGAAA	2	12	1737097	1737108	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009437	AGAAGG	2	12	1765113	1765124	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009437	ATTTGG	2	12	1765479	1765490	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009437	AATAGA	2	12	1772846	1772857	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009437	GAGGTG	2	12	1773669	1773680	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.