MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 plasmid pRSPA03

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009431	GCAACG	2	12	600	611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146280243
2	NC_009431	CACCGT	3	18	1396	1413	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280243
3	NC_009431	CGAAGG	2	12	4803	4814	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	146280244
4	NC_009431	CCAGGA	2	12	5187	5198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_009431	GCGGTC	2	12	5709	5720	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280245
6	NC_009431	GGCGAG	2	12	6923	6934	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280245
7	NC_009431	CTTGAT	2	12	6935	6946	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	146280245
8	NC_009431	GCCCGC	2	12	8295	8306	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280246
9	NC_009431	CGCAGG	2	12	9839	9850	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280248
10	NC_009431	GCCGAG	2	12	12363	12374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280250
11	NC_009431	TGCCGA	2	12	12763	12774	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280250
12	NC_009431	ATCTCG	2	12	12784	12795	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280250
13	NC_009431	GCTGGC	2	12	13253	13264	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280250
14	NC_009431	CGGGCG	2	12	15607	15618	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280254
15	NC_009431	GCTCTG	2	12	16208	16219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146280254
16	NC_009431	CCTGCC	2	12	16410	16421	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_009431	GAAGCC	2	12	17015	17026	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146280255
18	NC_009431	GCCGAG	2	12	20839	20850	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280260
19	NC_009431	CTGGGC	2	12	21894	21905	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280261
20	NC_009431	GGCTGG	2	12	21952	21963	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280261
21	NC_009431	GGCGCT	2	12	22800	22811	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280262
22	NC_009431	GATCGA	2	12	23174	23185	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280262
23	NC_009431	CAGCGC	2	12	23589	23600	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280263
24	NC_009431	CGCAGG	2	12	25267	25278	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280264
25	NC_009431	TCCAGC	2	12	26461	26472	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280265
26	NC_009431	GCCCCG	2	12	27189	27200	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280266
27	NC_009431	ACGGCC	2	12	29435	29446	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280268
28	NC_009431	CCCGGC	2	12	29653	29664	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280268
29	NC_009431	GGTGCG	2	12	30811	30822	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280269
30	NC_009431	GACGGC	2	12	31912	31923	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280269
31	NC_009431	CGGGCG	2	12	33285	33296	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280270
32	NC_009431	GGCCTC	2	12	36216	36227	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280273
33	NC_009431	GACCCG	2	12	37275	37286	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280274
34	NC_009431	CCTCGA	2	12	38308	38319	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280275
35	NC_009431	TCGACC	2	12	39594	39605	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280275
36	NC_009431	GCATCG	2	12	39849	39860	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280275
37	NC_009431	GGCAGG	2	12	41497	41508	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280276
38	NC_009431	CGCCTC	2	12	41535	41546	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	146280276
39	NC_009431	GGGGCG	2	12	42068	42079	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	146280276
40	NC_009431	GGCCGG	2	12	42084	42095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280276
41	NC_009431	CCCGCA	2	12	42134	42145	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146280276
42	NC_009431	AGCCGC	2	12	42328	42339	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280276
43	NC_009431	CACCTC	2	12	45512	45523	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	146280278
44	NC_009431	GGCCTC	2	12	45617	45628	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280278
45	NC_009431	GCCGAC	2	12	49390	49401	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280281
46	NC_009431	CTCGTT	2	12	51272	51283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	146280282
47	NC_009431	CATCGG	2	12	51637	51648	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280283
48	NC_009431	GGTTTC	2	12	52662	52673	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	146280285
49	NC_009431	CTCGTT	2	12	54672	54683	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	146280288
50	NC_009431	CATCGG	2	12	55037	55048	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280289
51	NC_009431	CTCGTT	2	12	57996	58007	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009431	CATCGG	2	12	58361	58372	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280294
53	NC_009431	GCGGTG	2	12	60785	60796	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280297
54	NC_009431	GGGGCT	2	12	63906	63917	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280301
55	NC_009431	GGCCGC	2	12	66090	66101	0 %	0 %	50 %	50 %	146280303
56	NC_009431	CACCGC	2	12	66537	66548	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146280304
57	NC_009431	AGGCCG	2	12	69914	69925	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280307
58	NC_009431	GCTACG	2	12	70385	70396	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280307
59	NC_009431	GGCGCT	2	12	73522	73533	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280311
60	NC_009431	TGCGCC	2	12	73647	73658	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280311
61	NC_009431	AATGGC	2	12	74297	74308	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280312
62	NC_009431	GCAGCC	2	12	78122	78133	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280315
63	NC_009431	CAGCTC	2	12	81389	81400	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_009431	CAGGGG	2	12	81570	81581	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009431	CGCCAG	2	12	83251	83262	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280319
66	NC_009431	TCGGCC	2	12	83297	83308	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280319
67	NC_009431	GTCACC	2	12	83318	83329	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280319
68	NC_009431	GATCGA	2	12	85380	85391	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280322
69	NC_009431	CGAGCG	2	12	85422	85433	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280322
70	NC_009431	GGCGAG	2	12	85830	85841	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280323
71	NC_009431	GCCCTG	2	12	89511	89522	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280327
72	NC_009431	GAAGGC	2	12	90823	90834	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	146280328
73	NC_009431	AGCGCC	2	12	91917	91928	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280329
74	NC_009431	CCGCGC	2	12	93120	93131	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280330
75	NC_009431	CATCGG	2	12	94298	94309	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280331
76	NC_009431	GCCCAG	2	12	95843	95854	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_009431	TCAGCA	2	12	96136	96147	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146280332
78	NC_009431	CTCTAT	2	12	98150	98161	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	146280334
79	NC_009431	TGACGC	2	12	98825	98836	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280335
80	NC_009431	CGGACC	2	12	100456	100467	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280336
81	NC_009431	TCGTCA	2	12	101686	101697	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280336
82	NC_009431	TCCCCG	2	12	104504	104515	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_009431	GATCCA	2	12	104673	104684	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146280339
84	NC_009431	ACCCTC	2	12	104989	105000	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	146280339
85	NC_009431	GCGCGA	2	12	105195	105206	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009431	AGAACG	2	12	106372	106383	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	146280341
87	NC_009431	GTCGAG	2	12	106479	106490	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280341
88	NC_009431	ACGAGA	2	12	107462	107473	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	146280342
89	NC_009431	ACGCCG	2	12	108696	108707	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280344
90	NC_009431	GGCGCG	2	12	109594	109605	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280346
91	NC_009431	GCTGCG	2	12	110080	110091	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280346
92	NC_009431	GGTGGG	2	12	110170	110181	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	146280346
93	NC_009431	GACCTC	2	12	110978	110989	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280346
94	NC_009431	CCGCGC	2	12	113668	113679	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280347
95	NC_009431	GCGAGG	3	18	114402	114419	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280348
96	NC_009431	GGCCGG	2	12	115734	115745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280348
97	NC_009431	AGGCGC	2	12	116590	116601	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280349
98	NC_009431	TGGCGG	2	12	118513	118524	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280349
99	NC_009431	CTGCGC	2	12	119384	119395	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280350
100	NC_009431	GCCGAG	2	12	119471	119482	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280350
101	NC_009431	GGCCGA	2	12	119632	119643	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280350
102	NC_009431	CGGCGC	2	12	119667	119678	0 %	0 %	50 %	50 %	146280350
103	NC_009431	GGCCGA	2	12	121599	121610	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280351

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.