MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 plasmid pRSPA02

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009430	GCGCCC	2	12	2980	2991	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146279977
2	NC_009430	GCCCGC	2	12	4272	4283	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146279979
3	NC_009430	TGCGGC	2	12	4538	4549	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146279979
4	NC_009430	CGGCCA	2	12	6262	6273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146279980
5	NC_009430	GAGGAA	2	12	6353	6364	50 %	0 %	50 %	0 %	146279980
6	NC_009430	CCGCGC	2	12	7131	7142	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146279982
7	NC_009430	CAGCGC	2	12	7403	7414	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146279982
8	NC_009430	ATGGGC	2	12	8962	8973	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146279983
9	NC_009430	AGGTGA	2	12	11140	11151	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	146279986
10	NC_009430	TCCGGC	2	12	13581	13592	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146279990
11	NC_009430	CGGCCA	2	12	15895	15906	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146279992
12	NC_009430	CGATCA	2	12	20575	20586	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146279996
13	NC_009430	TCTCCT	8	48	23442	23489	0 %	50 %	0 %	50 %	146279999
14	NC_009430	TCGAGG	2	12	30085	30096	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280004
15	NC_009430	CCATGC	2	12	31325	31336	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280004
16	NC_009430	GTGATG	2	12	32269	32280	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	146280005
17	NC_009430	CCCTTC	2	12	33282	33293	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146280005
18	NC_009430	GGCTTC	2	12	35525	35536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146280007
19	NC_009430	GGATCG	2	12	35817	35828	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280007
20	NC_009430	CCTTCG	2	12	35925	35936	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	146280007
21	NC_009430	CTCTTC	2	12	36127	36138	0 %	50 %	0 %	50 %	146280007
22	NC_009430	CGGCAG	2	12	42776	42787	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280015
23	NC_009430	GGGCGC	2	12	45745	45756	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280017
24	NC_009430	GGACAT	2	12	46671	46682	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280018
25	NC_009430	TCGACC	2	12	47008	47019	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280018
26	NC_009430	GACCGC	2	12	47925	47936	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280018
27	NC_009430	GGAACT	2	12	48078	48089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280018
28	NC_009430	GCGCCC	2	12	48310	48321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280018
29	NC_009430	TCAACA	2	12	49547	49558	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	146280020
30	NC_009430	AAGATC	2	12	50470	50481	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	146280020
31	NC_009430	CGGCTA	2	12	50672	50683	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280021
32	NC_009430	CTGACG	2	12	50883	50894	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280021
33	NC_009430	GATCCT	2	12	52217	52228	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280022
34	NC_009430	GGCGCG	2	12	52230	52241	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280022
35	NC_009430	TTCCAG	2	12	60216	60227	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280024
36	NC_009430	AGATCC	2	12	60923	60934	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146280024
37	NC_009430	CATCCC	2	12	61225	61236	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	146280025
38	NC_009430	AGACGT	2	12	63583	63594	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280028
39	NC_009430	GGCGCT	2	12	64353	64364	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280030
40	NC_009430	CATGCC	2	12	64703	64714	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280030
41	NC_009430	CGCGGC	2	12	65952	65963	0 %	0 %	50 %	50 %	146280032
42	NC_009430	GGAAAC	2	12	67321	67332	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	146280034
43	NC_009430	CGAGCC	2	12	69069	69080	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280035
44	NC_009430	GCTGCC	2	12	69991	70002	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280035
45	NC_009430	GGCACT	2	12	74112	74123	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280037
46	NC_009430	CCGCAG	2	12	75003	75014	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280039
47	NC_009430	GGGCCA	2	12	75700	75711	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280039
48	NC_009430	GGACGG	2	12	76212	76223	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280039
49	NC_009430	ATGTCG	2	12	76694	76705	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	146280041
50	NC_009430	CGAGCC	2	12	78442	78453	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280041
51	NC_009430	GGCCGA	2	12	79852	79863	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280043
52	NC_009430	CCATGT	2	12	80113	80124	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280043
53	NC_009430	TGCGCC	2	12	80140	80151	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280043
54	NC_009430	CGGCCG	2	12	80660	80671	0 %	0 %	50 %	50 %	146280044
55	NC_009430	GGCCGG	2	12	83080	83091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280047
56	NC_009430	CCTGCC	2	12	84062	84073	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	146280047
57	NC_009430	GCTGGC	2	12	84233	84244	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280047
58	NC_009430	TGGCGC	2	12	84280	84291	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280047
59	NC_009430	GGCGGG	2	12	84431	84442	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	146280047
60	NC_009430	CCGAGC	2	12	85165	85176	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280047
61	NC_009430	CCGCCC	2	12	90847	90858	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	146280051
62	NC_009430	GTGCCG	2	12	91571	91582	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280052
63	NC_009430	TCGCGG	2	12	92711	92722	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280052
64	NC_009430	CGGTGG	2	12	93792	93803	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280052
65	NC_009430	GATCTC	2	12	93947	93958	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280052
66	NC_009430	GGCGCT	2	12	97795	97806	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280054
67	NC_009430	GCTGGG	2	12	100387	100398	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280056
68	NC_009430	GCCAGC	2	12	100437	100448	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280056
69	NC_009430	CAGCCG	2	12	104917	104928	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280060
70	NC_009430	GCCACG	2	12	105161	105172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280060
71	NC_009430	CTCGAT	2	12	105627	105638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280061
72	NC_009430	CGCTGG	2	12	106043	106054	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280061
73	NC_009430	GGCCGC	2	12	106296	106307	0 %	0 %	50 %	50 %	146280062
74	NC_009430	AGCCCC	2	12	106438	106449	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146280062
75	NC_009430	AGGCCG	2	12	107908	107919	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280063
76	NC_009430	CAGAGC	2	12	108995	109006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146280064
77	NC_009430	GTGGAG	2	12	109636	109647	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	146280065
78	NC_009430	CGAGGT	2	12	111131	111142	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280066
79	NC_009430	ATCGAG	2	12	114261	114272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280067
80	NC_009430	GGGGCT	2	12	114797	114808	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280067
81	NC_009430	CCGGCG	2	12	114988	114999	0 %	0 %	50 %	50 %	146280067
82	NC_009430	GCTTCG	2	12	115243	115254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146280067
83	NC_009430	GGTCTC	2	12	116036	116047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146280067
84	NC_009430	CGGCCG	2	12	116476	116487	0 %	0 %	50 %	50 %	146280067
85	NC_009430	CCCATC	2	12	117255	117266	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	146280068
86	NC_009430	GCGGCC	2	12	117431	117442	0 %	0 %	50 %	50 %	146280068
87	NC_009430	GGCGAG	2	12	117548	117559	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280068
88	NC_009430	CGCTGG	2	12	117579	117590	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280068
89	NC_009430	TCGAGA	2	12	117948	117959	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280068
90	NC_009430	CGGTGA	2	12	121401	121412	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280071
91	NC_009430	GGCGAG	2	12	121654	121665	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280071
92	NC_009430	GCCCCC	2	12	122039	122050	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	146280071
93	NC_009430	CCCGGC	2	12	123187	123198	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280072
94	NC_009430	GGCGGT	2	12	124340	124351	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280072
95	NC_009430	GCCCCC	2	12	126362	126373	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	146280074
96	NC_009430	CGAGCG	2	12	126712	126723	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280074
97	NC_009430	TGGCGC	2	12	126995	127006	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280075
98	NC_009430	GCTGGC	2	12	127970	127981	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280076
99	NC_009430	GATCGA	2	12	128660	128671	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280076
100	NC_009430	GATCCT	2	12	128807	128818	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146280076
101	NC_009430	GCCGCG	2	12	129323	129334	0 %	0 %	50 %	50 %	146280077
102	NC_009430	TGGCGG	2	12	129363	129374	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280077
103	NC_009430	TGGCGC	2	12	129858	129869	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280077
104	NC_009430	GGCCGC	2	12	132480	132491	0 %	0 %	50 %	50 %	146280079
105	NC_009430	GCTCGT	2	12	134655	134666	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146280082
106	NC_009430	TTCCTT	2	12	135070	135081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	146280083
107	NC_009430	GGTCTT	2	12	135212	135223	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	146280083
108	NC_009430	CCTTCA	2	12	136288	136299	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	146280084
109	NC_009430	CGCCCT	2	12	136879	136890	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	146280085
110	NC_009430	ATCCGG	2	12	137594	137605	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280086
111	NC_009430	CGCTGG	2	12	138015	138026	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280087
112	NC_009430	CTGGGC	2	12	138253	138264	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280087
113	NC_009430	GAGCTG	2	12	138653	138664	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280087
114	NC_009430	GCGCTC	2	12	139753	139764	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280089
115	NC_009430	TGGCGG	2	12	139811	139822	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280089
116	NC_009430	GCCGTC	2	12	140245	140256	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280089
117	NC_009430	TCACGC	2	12	140378	140389	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280089
118	NC_009430	CTCGGG	2	12	140566	140577	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280090
119	NC_009430	GCCAGC	2	12	140877	140888	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280090
120	NC_009430	GATCTG	2	12	141378	141389	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	146280091
121	NC_009430	GAGGAT	2	12	142181	142192	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	146280092
122	NC_009430	GCTGCC	2	12	145545	145556	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280095
123	NC_009430	GGCGGG	2	12	146468	146479	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	146280095
124	NC_009430	CTGGCG	2	12	146482	146493	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280095
125	NC_009430	CGAGCC	2	12	147657	147668	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280096
126	NC_009430	CGCTGG	2	12	149076	149087	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280097
127	NC_009430	CGACGG	2	12	149539	149550	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280097
128	NC_009430	CAGCGG	2	12	153837	153848	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280101
129	NC_009430	CGAGAT	2	12	153988	153999	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280101
130	NC_009430	CGGGCG	2	12	154805	154816	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280101
131	NC_009430	GACGGG	2	12	155031	155042	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280101
132	NC_009430	ACAGCT	2	12	155880	155891	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146280101
133	NC_009430	CGCCCG	2	12	156626	156637	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146280102
134	NC_009430	CTCGGC	2	12	156959	156970	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280102
135	NC_009430	CCGCGG	2	12	157148	157159	0 %	0 %	50 %	50 %	146280102
136	NC_009430	TCGGCC	2	12	161639	161650	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280108
137	NC_009430	CGCCAG	2	12	165200	165211	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280111
138	NC_009430	TCGGCC	2	12	165246	165257	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280111
139	NC_009430	GTCACC	2	12	165267	165278	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280111
140	NC_009430	GATCGA	2	12	167303	167314	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280113
141	NC_009430	CGAGCG	2	12	167345	167356	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280113
142	NC_009430	GAACGC	2	12	167523	167534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146280113
143	NC_009430	TGGCGC	2	12	168431	168442	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280115
144	NC_009430	CCAGCA	2	12	170594	170605	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	146280117
145	NC_009430	CGGGAC	2	12	174413	174424	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280123
146	NC_009430	GCGGCC	2	12	184112	184123	0 %	0 %	50 %	50 %	146280135
147	NC_009430	GCCTGC	2	12	184245	184256	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280135
148	NC_009430	CACGCC	2	12	184970	184981	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146280137
149	NC_009430	AGGCCG	2	12	185034	185045	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280137
150	NC_009430	GCGGTT	2	12	188107	188118	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	146280140
151	NC_009430	CGGGAG	2	12	195742	195753	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280149
152	NC_009430	TCCTCG	2	12	198531	198542	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	146280152
153	NC_009430	GAAGAG	2	12	199789	199800	50 %	0 %	50 %	0 %	146280155
154	NC_009430	TTCTGC	2	12	202873	202884	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	146280160
155	NC_009430	GCCTCG	2	12	204206	204217	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280161
156	NC_009430	GTCGTT	2	12	210182	210193	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	146280169
157	NC_009430	CGACAG	2	12	211661	211672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146280169
158	NC_009430	CCGCGG	2	12	211843	211854	0 %	0 %	50 %	50 %	146280169
159	NC_009430	CGGTGA	2	12	212241	212252	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280170
160	NC_009430	GCCACG	2	12	212447	212458	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280170
161	NC_009430	TCGAGG	2	12	215904	215915	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280172
162	NC_009430	CGCCTG	2	12	215942	215953	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280172
163	NC_009430	CGATCC	2	12	216986	216997	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280173
164	NC_009430	GACGCT	2	12	217659	217670	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280173
165	NC_009430	GCGCTC	2	12	219830	219841	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280175
166	NC_009430	GGCGCA	2	12	220279	220290	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280175
167	NC_009430	GCGGCC	2	12	223214	223225	0 %	0 %	50 %	50 %	146280177
168	NC_009430	GGTGCT	2	12	223465	223476	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	146280177
169	NC_009430	ATGCGC	2	12	223664	223675	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280177
170	NC_009430	TCGACA	2	12	225840	225851	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146280177
171	NC_009430	CGCCGA	2	12	237860	237871	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280191
172	NC_009430	GGCGAG	2	12	239169	239180	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	146280193
173	NC_009430	CGGCGC	2	12	243826	243837	0 %	0 %	50 %	50 %	146280199
174	NC_009430	CGACCT	2	12	246574	246585	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280202
175	NC_009430	AGCCAC	2	12	248206	248217	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	146280203
176	NC_009430	CGAAGT	2	12	249329	249340	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146280205
177	NC_009430	GCCTGG	2	12	250591	250602	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146280206
178	NC_009430	CGACGT	2	12	252015	252026	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146280207
179	NC_009430	TCGAGG	2	12	253084	253095	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280208
180	NC_009430	CGCTCT	2	12	255759	255770	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	146280212
181	NC_009430	GGTCTG	2	12	256423	256434	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	146280212
182	NC_009430	CATCGC	2	12	260294	260305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280215
183	NC_009430	TCCCGG	2	12	270451	270462	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280226
184	NC_009430	CATCGA	2	12	271755	271766	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146280227
185	NC_009430	CGGGCG	2	12	272789	272800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	146280227
186	NC_009430	TCGACC	2	12	272828	272839	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146280227
187	NC_009430	CGGCCA	2	12	275021	275032	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146280229
188	NC_009430	CCCGCC	2	12	276463	276474	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	146280231
189	NC_009430	TCTCGC	2	12	278490	278501	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	146280233
190	NC_009430	TGCCGC	2	12	286732	286743	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146280240
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192	NC_009430	CAAGCG	2	12	288336	288347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146280241
193	NC_009430	GCTGGA	2	12	288534	288545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146280241
194	NC_009430	GGCTGG	2	12	289031	289042	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146280241
195	NC_009430	GGCCGA	2	12	289122	289133	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280241
196	NC_009430	CGAGGC	2	12	289185	289196	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146280241

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.