MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 plasmid pNL1

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009426	TCCTTG	2	12	2018	2029	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	146275446
2	NC_009426	CATCGG	2	12	4790	4801	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146275449
3	NC_009426	GGCCTG	2	12	5073	5084	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146275449
4	NC_009426	CCCGAC	2	12	5262	5273	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146275449
5	NC_009426	ACCGGA	2	12	9669	9680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146275452
6	NC_009426	ATCGCA	2	12	11628	11639	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146275454
7	NC_009426	TCGAGG	2	12	17138	17149	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146275457
8	NC_009426	CCAGTC	2	12	21233	21244	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146275462
9	NC_009426	CCTCGA	2	12	21561	21572	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146275463
10	NC_009426	ATGTTG	2	12	22010	22021	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	146275463
11	NC_009426	TGCGGA	2	12	25598	25609	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146275467
12	NC_009426	AGCCGA	2	12	26740	26751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	146275468
13	NC_009426	AGGTTG	2	12	28496	28507	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	146275471
14	NC_009426	TCATCG	2	12	28529	28540	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146275471
15	NC_009426	GAACGA	2	12	31622	31633	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	146275474
16	NC_009426	TAGCGG	2	12	31797	31808	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146275474
17	NC_009426	TTTCCG	2	12	32702	32713	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	146275475
18	NC_009426	CCAGCG	2	12	35033	35044	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146275478
19	NC_009426	GGTCGA	2	12	36740	36751	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146275480
20	NC_009426	GGGCGT	2	12	39016	39027	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	146275481
21	NC_009426	ATATCA	2	12	39426	39437	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	146275481
22	NC_009426	TTCGAC	2	12	39791	39802	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	146275481
23	NC_009426	TTCACC	2	12	41945	41956	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	146275482
24	NC_009426	GCCGAT	2	12	46446	46457	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146275486
25	NC_009426	GCTCAA	2	12	49554	49565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146275489
26	NC_009426	AGGCCG	2	12	50141	50152	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146275489
27	NC_009426	GATTAC	2	12	50519	50530	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	146275490
28	NC_009426	GGTCCA	2	12	52330	52341	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146275491
29	NC_009426	AGGTCG	2	12	54147	54158	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146275493
30	NC_009426	CTTCGG	2	12	59534	59545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146275498
31	NC_009426	CCGGTC	2	12	63622	63633	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146275503
32	NC_009426	ATGGAC	2	12	64519	64530	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146275504
33	NC_009426	GCTCCA	2	12	71845	71856	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146275509
34	NC_009426	GGCAAG	2	12	74520	74531	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	146275511
35	NC_009426	AGGTCG	2	12	76758	76769	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146275513
36	NC_009426	CGCCAC	2	12	76943	76954	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146275513
37	NC_009426	CCAGCC	2	12	77516	77527	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146275514
38	NC_009426	CTGGAG	2	12	78754	78765	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	146275516
39	NC_009426	TTGGCC	2	12	82607	82618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146275523
40	NC_009426	CGTGAT	2	12	89220	89231	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	146275529
41	NC_009426	AGGCCG	2	12	91220	91231	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146275529
42	NC_009426	CCAATC	2	12	101449	101460	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	146275535
43	NC_009426	CAACGC	2	12	106708	106719	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	146275538
44	NC_009426	GGAGAG	2	12	108142	108153	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	146275538
45	NC_009426	CCGGCC	2	12	108577	108588	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146275539
46	NC_009426	CGACCC	2	12	113923	113934	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	146275547
47	NC_009426	CCTCAT	2	12	120495	120506	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	146275553
48	NC_009426	GCCATC	2	12	121650	121661	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	146275554
49	NC_009426	CCTTGT	2	12	124061	124072	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	146275555
50	NC_009426	TCACCT	2	12	124175	124186	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	146275555
51	NC_009426	GCATAG	2	12	124297	124308	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	146275555
52	NC_009426	GGCCGA	2	12	127689	127700	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146275560
53	NC_009426	TCGCCG	2	12	127757	127768	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	146275560
54	NC_009426	GATGGT	2	12	127809	127820	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	146275560
55	NC_009426	TGCCGG	2	12	129055	129066	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146275563
56	NC_009426	GCTGAC	2	12	132053	132064	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146275567
57	NC_009426	TCCTCT	2	12	135247	135258	0 %	50 %	0 %	50 %	146275573
58	NC_009426	GAAGAT	2	12	135771	135782	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	146275574
59	NC_009426	CCGCGC	2	12	143180	143191	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	146275582
60	NC_009426	TTCCCC	2	12	143955	143966	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	146275583
61	NC_009426	CACCCC	2	12	145951	145962	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	146275585
62	NC_009426	GACCGG	2	12	148198	148209	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	146275589
63	NC_009426	ACGGCC	2	12	150713	150724	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146275590
64	NC_009426	CTCGAA	2	12	157046	157057	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	146275597
65	NC_009426	CATGGT	2	12	163276	163287	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	146275601
66	NC_009426	ATCGGC	2	12	164551	164562	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146275602
67	NC_009426	CGGTCG	2	12	164821	164832	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146275602
68	NC_009426	CAGCGT	2	12	166137	166148	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146275604
69	NC_009426	CGCCGG	2	12	167826	167837	0 %	0 %	50 %	50 %	146275605
70	NC_009426	TTGCGC	2	12	168574	168585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	146275606
71	NC_009426	AGCGCC	2	12	169531	169542	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146275606
72	NC_009426	AGCGCC	2	12	169734	169745	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146275607
73	NC_009426	GCCCGA	2	12	173131	173142	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146275612
74	NC_009426	ACGGTC	2	12	176095	176106	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	146275614
75	NC_009426	TTGACG	2	12	176846	176857	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	146275615
76	NC_009426	CGACCG	2	12	178244	178255	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146275616
77	NC_009426	TCGCGG	2	12	179319	179330	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	146275617
78	NC_009426	GCGACC	2	12	180063	180074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	146275619
79	NC_009426	TGGGAA	2	12	180280	180291	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	146275620

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.