MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 plasmid pNL1

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009426	AGTGA	2	10	97	106	40 %	20 %	40 %	0 %	146275444
2	NC_009426	CGGCG	2	10	1144	1153	0 %	0 %	60 %	40 %	146275445
3	NC_009426	CCGCG	2	10	3166	3175	0 %	0 %	40 %	60 %	146275447
4	NC_009426	TTTGG	2	10	7188	7197	0 %	60 %	40 %	0 %	146275450
5	NC_009426	TCGCC	2	10	7218	7227	0 %	20 %	20 %	60 %	146275450
6	NC_009426	ATGCC	2	10	8471	8480	20 %	20 %	20 %	40 %	146275451
7	NC_009426	CTGGG	2	10	8575	8584	0 %	20 %	60 %	20 %	146275451
8	NC_009426	TTCGG	2	10	10722	10731	0 %	40 %	40 %	20 %	146275453
9	NC_009426	CTTGC	2	10	11900	11909	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_009426	GGCAC	2	10	14649	14658	20 %	0 %	40 %	40 %	146275455
11	NC_009426	TCGCC	2	10	15918	15927	0 %	20 %	20 %	60 %	146275456
12	NC_009426	CCGGT	2	10	19236	19245	0 %	20 %	40 %	40 %	146275459
13	NC_009426	CGACC	2	10	19846	19855	20 %	0 %	20 %	60 %	146275461
14	NC_009426	CAGCG	2	10	20047	20056	20 %	0 %	40 %	40 %	146275461
15	NC_009426	GCATC	2	10	20166	20175	20 %	20 %	20 %	40 %	146275461
16	NC_009426	GATCA	2	10	20438	20447	40 %	20 %	20 %	20 %	146275462
17	NC_009426	GCCGC	2	10	21827	21836	0 %	0 %	40 %	60 %	146275463
18	NC_009426	CGACG	2	10	21922	21931	20 %	0 %	40 %	40 %	146275463
19	NC_009426	CGCGG	2	10	22424	22433	0 %	0 %	60 %	40 %	146275464
20	NC_009426	GCCGC	2	10	23148	23157	0 %	0 %	40 %	60 %	146275464
21	NC_009426	TCGCT	2	10	24788	24797	0 %	40 %	20 %	40 %	146275466
22	NC_009426	CGGGC	2	10	26398	26407	0 %	0 %	60 %	40 %	146275468
23	NC_009426	CCAGC	2	10	27243	27252	20 %	0 %	20 %	60 %	146275469
24	NC_009426	GAATG	2	10	31006	31015	40 %	20 %	40 %	0 %	146275473
25	NC_009426	CTGGT	2	10	31449	31458	0 %	40 %	40 %	20 %	146275474
26	NC_009426	GGCCG	2	10	32874	32883	0 %	0 %	60 %	40 %	146275475
27	NC_009426	GCGCC	2	10	34166	34175	0 %	0 %	40 %	60 %	146275477
28	NC_009426	TGCGG	2	10	39581	39590	0 %	20 %	60 %	20 %	146275481
29	NC_009426	CAAGA	2	10	39941	39950	60 %	0 %	20 %	20 %	146275481
30	NC_009426	AGGCG	2	10	40666	40675	20 %	0 %	60 %	20 %	146275481
31	NC_009426	ATCGG	2	10	41906	41915	20 %	20 %	40 %	20 %	146275482
32	NC_009426	GCTGC	2	10	42999	43008	0 %	20 %	40 %	40 %	146275483
33	NC_009426	GCGCA	2	10	43680	43689	20 %	0 %	40 %	40 %	146275484
34	NC_009426	CGTTC	2	10	46991	47000	0 %	40 %	20 %	40 %	146275486
35	NC_009426	CGATC	2	10	48045	48054	20 %	20 %	20 %	40 %	146275487
36	NC_009426	GCGCC	2	10	49629	49638	0 %	0 %	40 %	60 %	146275489
37	NC_009426	CCCGG	2	10	50438	50447	0 %	0 %	40 %	60 %	146275490
38	NC_009426	CCGCA	2	10	52466	52475	20 %	0 %	20 %	60 %	146275491
39	NC_009426	GCAAG	2	10	52621	52630	40 %	0 %	40 %	20 %	146275491
40	NC_009426	CTGAA	2	10	52706	52715	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009426	ATCGA	2	10	53069	53078	40 %	20 %	20 %	20 %	146275492
42	NC_009426	GGTCC	2	10	54692	54701	0 %	20 %	40 %	40 %	146275494
43	NC_009426	AGGCC	2	10	55731	55740	20 %	0 %	40 %	40 %	146275495
44	NC_009426	AGGAA	2	10	58977	58986	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009426	GCAAG	2	10	59900	59909	40 %	0 %	40 %	20 %	146275498
46	NC_009426	CCTGC	2	10	62177	62186	0 %	20 %	20 %	60 %	146275500
47	NC_009426	TGCCC	2	10	63194	63203	0 %	20 %	20 %	60 %	146275503
48	NC_009426	GCTGA	2	10	65315	65324	20 %	20 %	40 %	20 %	146275505
49	NC_009426	CGGCT	2	10	70568	70577	0 %	20 %	40 %	40 %	146275509
50	NC_009426	CATCG	2	10	71936	71945	20 %	20 %	20 %	40 %	146275509
51	NC_009426	GCAAG	2	10	73961	73970	40 %	0 %	40 %	20 %	146275511
52	NC_009426	CGGCG	2	10	76513	76522	0 %	0 %	60 %	40 %	146275513
53	NC_009426	CGTTG	2	10	76546	76555	0 %	40 %	40 %	20 %	146275513
54	NC_009426	CGCAA	2	10	77132	77141	40 %	0 %	20 %	40 %	146275513
55	NC_009426	CCGAT	2	10	77432	77441	20 %	20 %	20 %	40 %	146275514
56	NC_009426	TCCGT	2	10	77610	77619	0 %	40 %	20 %	40 %	146275515
57	NC_009426	ATCGC	2	10	77643	77652	20 %	20 %	20 %	40 %	146275515
58	NC_009426	GACGC	2	10	80481	80490	20 %	0 %	40 %	40 %	146275520
59	NC_009426	CCCTC	2	10	82043	82052	0 %	20 %	0 %	80 %	146275523
60	NC_009426	TCCCC	2	10	82289	82298	0 %	20 %	0 %	80 %	146275523
61	NC_009426	CCCTC	2	10	83472	83481	0 %	20 %	0 %	80 %	146275525
62	NC_009426	CCCTG	2	10	84615	84624	0 %	20 %	20 %	60 %	146275526
63	NC_009426	TGGCT	2	10	85346	85355	0 %	40 %	40 %	20 %	146275526
64	NC_009426	GGGGA	2	10	87709	87718	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009426	GAGGG	2	10	88581	88590	20 %	0 %	80 %	0 %	146275528
66	NC_009426	CGGCA	2	10	89282	89291	20 %	0 %	40 %	40 %	146275529
67	NC_009426	TGCGG	2	10	89469	89478	0 %	20 %	60 %	20 %	146275529
68	NC_009426	CGCTG	2	10	89580	89589	0 %	20 %	40 %	40 %	146275529
69	NC_009426	TGCGG	2	10	90543	90552	0 %	20 %	60 %	20 %	146275529
70	NC_009426	CGCAC	2	10	91586	91595	20 %	0 %	20 %	60 %	146275529
71	NC_009426	GCATC	2	10	93571	93580	20 %	20 %	20 %	40 %	146275530
72	NC_009426	GCCTT	2	10	94379	94388	0 %	40 %	20 %	40 %	146275531
73	NC_009426	TCGCC	2	10	95190	95199	0 %	20 %	20 %	60 %	146275532
74	NC_009426	GAGGG	2	10	95443	95452	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009426	TCTCG	2	10	97873	97882	0 %	40 %	20 %	40 %	146275534
76	NC_009426	CCGGA	2	10	98103	98112	20 %	0 %	40 %	40 %	146275534
77	NC_009426	GGTCG	2	10	100384	100393	0 %	20 %	60 %	20 %	146275535
78	NC_009426	AGGTC	2	10	100528	100537	20 %	20 %	40 %	20 %	146275535
79	NC_009426	GTTCG	2	10	102211	102220	0 %	40 %	40 %	20 %	146275535
80	NC_009426	CCTAC	2	10	102260	102269	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_009426	GCCAC	2	10	102501	102510	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_009426	GCGCG	2	10	105556	105565	0 %	0 %	60 %	40 %	146275537
83	NC_009426	GCATC	2	10	107178	107187	20 %	20 %	20 %	40 %	146275538
84	NC_009426	AGGGG	2	10	109431	109440	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009426	CCGGC	2	10	109969	109978	0 %	0 %	40 %	60 %	146275541
86	NC_009426	CGGTC	2	10	110285	110294	0 %	20 %	40 %	40 %	146275542
87	NC_009426	GATGG	2	10	113222	113231	20 %	20 %	60 %	0 %	146275545
88	NC_009426	GGATG	2	10	114629	114638	20 %	20 %	60 %	0 %	146275549
89	NC_009426	ATCAA	2	10	115016	115025	60 %	20 %	0 %	20 %	146275550
90	NC_009426	GTTTG	2	10	118857	118866	0 %	60 %	40 %	0 %	146275552
91	NC_009426	TCCTC	2	10	121217	121226	0 %	40 %	0 %	60 %	146275553
92	NC_009426	CGGCC	2	10	121498	121507	0 %	0 %	40 %	60 %	146275554
93	NC_009426	GCCTA	2	10	121813	121822	20 %	20 %	20 %	40 %	146275554
94	NC_009426	GCTCG	2	10	126364	126373	0 %	20 %	40 %	40 %	146275557
95	NC_009426	GCGCC	2	10	126949	126958	0 %	0 %	40 %	60 %	146275558
96	NC_009426	GAGGG	2	10	128003	128012	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009426	GAGGG	2	10	128835	128844	20 %	0 %	80 %	0 %	146275562
98	NC_009426	GCTTC	2	10	128882	128891	0 %	40 %	20 %	40 %	146275563
99	NC_009426	GTGCT	2	10	129252	129261	0 %	40 %	40 %	20 %	146275563
100	NC_009426	TCCGC	2	10	130522	130531	0 %	20 %	20 %	60 %	146275565
101	NC_009426	TCCGC	2	10	133813	133822	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_009426	GCGCC	2	10	137817	137826	0 %	0 %	40 %	60 %	146275576
103	NC_009426	ATCGC	2	10	138038	138047	20 %	20 %	20 %	40 %	146275576
104	NC_009426	CCTTG	2	10	140558	140567	0 %	40 %	20 %	40 %	146275579
105	NC_009426	CGATG	2	10	140690	140699	20 %	20 %	40 %	20 %	146275579
106	NC_009426	CGAAA	2	10	143554	143563	60 %	0 %	20 %	20 %	146275582
107	NC_009426	CGCGA	2	10	144993	145002	20 %	0 %	40 %	40 %	146275584
108	NC_009426	CAGCG	2	10	145540	145549	20 %	0 %	40 %	40 %	146275584
109	NC_009426	TTCCT	2	10	146711	146720	0 %	60 %	0 %	40 %	146275587
110	NC_009426	CCCTG	2	10	146799	146808	0 %	20 %	20 %	60 %	146275587
111	NC_009426	AACCT	2	10	147761	147770	40 %	20 %	0 %	40 %	146275589
112	NC_009426	GCGCG	2	10	147967	147976	0 %	0 %	60 %	40 %	146275589
113	NC_009426	GCGCG	2	10	149719	149728	0 %	0 %	60 %	40 %	146275589
114	NC_009426	ACACA	2	10	155953	155962	60 %	0 %	0 %	40 %	146275594
115	NC_009426	TCGGC	2	10	156530	156539	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_009426	CGGCA	2	10	158537	158546	20 %	0 %	40 %	40 %	146275598
117	NC_009426	GACCT	2	10	158573	158582	20 %	20 %	20 %	40 %	146275598
118	NC_009426	CTCGT	2	10	160892	160901	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_009426	AGCGC	2	10	163047	163056	20 %	0 %	40 %	40 %	146275601
120	NC_009426	GGCCG	2	10	163630	163639	0 %	0 %	60 %	40 %	146275601
121	NC_009426	GCGCG	2	10	164420	164429	0 %	0 %	60 %	40 %	146275601
122	NC_009426	GCTCG	2	10	165003	165012	0 %	20 %	40 %	40 %	146275602
123	NC_009426	GCGGT	2	10	165215	165224	0 %	20 %	60 %	20 %	146275602
124	NC_009426	GCGGT	2	10	167386	167395	0 %	20 %	60 %	20 %	146275604
125	NC_009426	GGCGC	2	10	167768	167777	0 %	0 %	60 %	40 %	146275604
126	NC_009426	CGGCG	2	10	169649	169658	0 %	0 %	60 %	40 %	146275607
127	NC_009426	CATCG	2	10	170029	170038	20 %	20 %	20 %	40 %	146275608
128	NC_009426	GCCGC	2	10	171284	171293	0 %	0 %	40 %	60 %	146275610
129	NC_009426	AGCGC	2	10	171913	171922	20 %	0 %	40 %	40 %	146275611
130	NC_009426	CATCG	2	10	172714	172723	20 %	20 %	20 %	40 %	146275612
131	NC_009426	GATCG	2	10	173938	173947	20 %	20 %	40 %	20 %	146275612
132	NC_009426	CTGCC	2	10	174975	174984	0 %	20 %	20 %	60 %	146275613
133	NC_009426	GCGCC	2	10	177102	177111	0 %	0 %	40 %	60 %	146275615
134	NC_009426	CCCTT	2	10	180102	180111	0 %	40 %	0 %	60 %	146275619
135	NC_009426	CGATG	2	10	180528	180537	20 %	20 %	40 %	20 %	146275620
136	NC_009426	TCAGC	2	10	181629	181638	20 %	20 %	20 %	40 %	146275621
137	NC_009426	AGCGA	2	10	182394	182403	40 %	0 %	40 %	20 %	146275622
138	NC_009426	TGGAT	2	10	182896	182905	20 %	40 %	40 %	0 %	146275623
139	NC_009426	CGGCC	2	10	183744	183753	0 %	0 %	40 %	60 %	146275624
140	NC_009426	CCGAC	2	10	184341	184350	20 %	0 %	20 %	60 %	146275625

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.