MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Yersinia pestis Pestoides F chromosome

Total Repeats: 199

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009381	ATTGTT	2	12	6300	6311	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009381	TTTTGA	2	12	7394	7405	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009381	TAAGTG	2	12	12440	12451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009381	TTTTGA	2	12	55387	55398	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009381	AACACC	6	36	111501	111536	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_009381	CCTCAG	2	12	115458	115469	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_009381	GTTGAT	2	12	194191	194202	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009381	TGTCAG	2	12	197189	197200	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009381	TTTGTC	2	12	205758	205769	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009381	TTTGAT	2	12	211311	211322	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009381	ATCAAA	2	12	256551	256562	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_009381	CGAATT	2	12	365630	365641	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_009381	CCTTGG	2	12	395905	395916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009381	ACCTAT	2	12	397709	397720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009381	TTATGT	2	12	429500	429511	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009381	TTTTAT	2	12	468614	468625	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009381	ATTTGT	2	12	470653	470664	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009381	TTAATT	2	12	472692	472703	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009381	GGCTGC	2	12	486699	486710	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009381	GTGGCT	2	12	486752	486763	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_009381	AGTATA	2	12	522481	522492	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009381	ATTTTT	2	12	539167	539178	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009381	TTATTT	2	12	545252	545263	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009381	TAGAGG	2	12	554073	554084	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009381	CTGCAA	2	12	573297	573308	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_009381	TTTTGA	2	12	576870	576881	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009381	TTATCA	2	12	589961	589972	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_009381	ATAATT	2	12	596766	596777	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009381	TGAATA	2	12	599777	599788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009381	TTATGT	2	12	600453	600464	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009381	ATTTTT	2	12	616686	616697	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009381	ATTTTT	2	12	618714	618725	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009381	TAATTA	2	12	635415	635426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009381	TATTTT	2	12	635582	635593	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009381	TCTACC	2	12	692324	692335	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_009381	GGGATA	2	12	713609	713620	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009381	AATAAA	2	12	726412	726423	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009381	CTGGGT	2	12	770448	770459	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_009381	CTTCCT	2	12	772287	772298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_009381	AAGGAA	2	12	782730	782741	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009381	ATTCAT	2	12	784430	784441	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009381	ACGGAA	2	12	807207	807218	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_009381	ATCATT	2	12	808111	808122	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_009381	CAAATT	2	12	808285	808296	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009381	ATTACT	2	12	819376	819387	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009381	ATTGAT	2	12	894532	894543	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009381	CTTTGG	2	12	894586	894597	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009381	AGTGGG	2	12	967402	967413	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009381	ATCGAT	2	12	967429	967440	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_009381	CTGCAT	2	12	981397	981408	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009381	AATAAG	2	12	1036776	1036787	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009381	TTACCT	2	12	1045848	1045859	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009381	GATGCT	2	12	1070119	1070130	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_009381	TCTCCC	2	12	1094338	1094349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_009381	TCTCCC	2	12	1095834	1095845	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_009381	ATTTTC	2	12	1102955	1102966	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009381	AGACAA	2	12	1174439	1174450	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009381	AATAAA	2	12	1179902	1179913	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009381	GTATTT	2	12	1191489	1191500	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009381	TTTGAA	2	12	1197776	1197787	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009381	ATTTAA	2	12	1228955	1228966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009381	TTGGGT	2	12	1267317	1267328	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009381	TACACC	8	48	1287544	1287591	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_009381	CATTAT	2	12	1299647	1299658	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009381	GATGTT	5	30	1307091	1307120	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009381	ATTAAC	2	12	1332897	1332908	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_009381	CTAACA	2	12	1341884	1341895	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_009381	ATTTTT	2	12	1364538	1364549	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009381	CGATGG	2	12	1407179	1407190	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009381	TTATTG	2	12	1410447	1410458	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009381	AAAAAT	2	12	1420674	1420685	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009381	CACAAA	2	12	1426994	1427005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009381	TATCCC	2	12	1457336	1457347	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_009381	AATAAA	2	12	1502976	1502987	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009381	CAATAA	2	12	1546268	1546279	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009381	CAACGC	2	12	1596131	1596142	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_009381	AAAATT	2	12	1600719	1600730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009381	ATCACC	2	12	1600955	1600966	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_009381	CATTTG	2	12	1613029	1613040	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009381	GTTATG	2	12	1639149	1639160	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009381	TCTTTG	2	12	1690634	1690645	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009381	ATTGTG	2	12	1710423	1710434	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009381	ATTTTT	2	12	1710586	1710597	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009381	CCCTTT	2	12	1739293	1739304	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_009381	CCTTAT	2	12	1773938	1773949	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009381	CCACAG	2	12	1774779	1774790	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_009381	GAAAGT	2	12	1805065	1805076	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009381	TTAAAA	2	12	1805744	1805755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009381	ATTTAC	2	12	1848511	1848522	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_009381	ATTCAT	2	12	1871392	1871403	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009381	CCTCGT	2	12	1892087	1892098	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009381	AGGCCA	2	12	1913110	1913121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_009381	CTTTTT	2	12	1953829	1953840	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009381	TTCGAT	2	12	1961664	1961675	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009381	TGAATA	2	12	1991998	1992009	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009381	AATGTT	2	12	2007483	2007494	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009381	GACGCT	2	12	2011197	2011208	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_009381	TGATCA	2	12	2054417	2054428	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009381	TAATGC	2	12	2063497	2063508	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009381	GGATGA	11	66	2123660	2123725	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009381	ATAAAT	2	12	2124075	2124086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009381	CGGTGA	2	12	2165705	2165716	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_009381	ACTATC	2	12	2177051	2177062	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009381	AACAGA	2	12	2244398	2244409	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009381	AGAAAA	2	12	2247524	2247535	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009381	ATAACG	2	12	2271527	2271538	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009381	CCCCCA	2	12	2297044	2297055	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
108	NC_009381	CTTTTT	2	12	2297491	2297502	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009381	AAGAAA	2	12	2337044	2337055	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009381	TCCTTT	2	12	2384619	2384630	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_009381	AAGAGA	2	12	2397596	2397607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009381	ATGCGT	2	12	2419957	2419968	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_009381	CTCAAC	2	12	2427196	2427207	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_009381	ATAAAA	2	12	2501262	2501273	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009381	ATTTCT	2	12	2501836	2501847	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_009381	TTACAT	2	12	2551740	2551751	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_009381	CCCAGA	2	12	2589825	2589836	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_009381	ACCGCA	2	12	2641580	2641591	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_009381	ATTTTG	2	12	2674988	2674999	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009381	TAAATT	2	12	2688704	2688715	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009381	TAAAAA	2	12	2704271	2704282	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009381	GATCAC	2	12	2704533	2704544	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_009381	ATCTAT	2	12	2712075	2712086	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_009381	AACCAA	2	12	2801690	2801701	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009381	TATTTA	2	12	2846966	2846977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009381	TTAGGC	2	12	2867648	2867659	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_009381	GTTATT	2	12	2887060	2887071	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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129	NC_009381	AGAATC	2	12	2961676	2961687	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_009381	GCAAAT	2	12	2963282	2963293	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_009381	AGCTGT	2	12	2982144	2982155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_009381	TGGCTC	2	12	3000940	3000951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.