MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Pestoides F plasmid MT

Total Repeats: 51

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009378	CAGGAG	2	12	408	419	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	145597193
2	NC_009378	ATAGTG	2	12	3002	3013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145597196
3	NC_009378	GCTGAA	2	12	5261	5272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	145597196
4	NC_009378	GTGCCA	2	12	5756	5767	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	145597196
5	NC_009378	CGAGTT	2	12	11312	11323	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	145597199
6	NC_009378	AGTGAT	2	12	19589	19600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145597206
7	NC_009378	GTTACG	2	12	22695	22706	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	145597212
8	NC_009378	AACGGT	2	12	24271	24282	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	145597214
9	NC_009378	GGCTGC	2	12	27083	27094	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	145597216
10	NC_009378	GACGCC	2	12	29514	29525	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	145597219
11	NC_009378	GGTGGC	2	12	33531	33542	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	145597224
12	NC_009378	ACGCAG	2	12	40252	40263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145597233
13	NC_009378	CGCGCC	2	12	46129	46140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145597237
14	NC_009378	TGTGGT	2	12	48102	48113	0 %	50 %	50 %	0 %	145597238
15	NC_009378	TGGATA	2	12	52198	52209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145597241
16	NC_009378	AGGGTT	2	12	55121	55132	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	145597246
17	NC_009378	GCCAGT	2	12	57753	57764	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	145597248
18	NC_009378	TCAGCA	2	12	58047	58058	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	145597249
19	NC_009378	TGCTTG	2	12	58519	58530	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	145597250
20	NC_009378	TCGCCA	2	12	58585	58596	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	145597250
21	NC_009378	CGCCAG	2	12	62063	62074	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	145597254
22	NC_009378	ACACGC	2	12	62923	62934	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	145597255
23	NC_009378	CGCCAG	2	12	66463	66474	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	145597256
24	NC_009378	CGTCCA	2	12	67005	67016	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	145597256
25	NC_009378	TACGGT	2	12	72457	72468	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	145597318
26	NC_009378	TAATTG	2	12	72801	72812	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	145597318
27	NC_009378	AATTCA	2	12	73673	73684	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	145597261
28	NC_009378	TTCTTT	2	12	76104	76115	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	145597262
29	NC_009378	CCTGCC	2	12	87995	88006	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	145597270
30	NC_009378	GCGCTG	2	12	92188	92199	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	145597275
31	NC_009378	TTGCGC	2	12	92460	92471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145597275
32	NC_009378	CCTTCA	2	12	96313	96324	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	145597279
33	NC_009378	TCCATC	2	12	96516	96527	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	145597279
34	NC_009378	CCAGCG	2	12	105906	105917	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	145597288
35	NC_009378	TGAGAC	2	12	106831	106842	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	145597289
36	NC_009378	TGTCGG	2	12	107355	107366	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	145597289
37	NC_009378	CAGCCT	2	12	108877	108888	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	145597289
38	NC_009378	CGGGGG	2	12	109453	109464	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	145597289
39	NC_009378	AGGCGC	2	12	109845	109856	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	145597289
40	NC_009378	GACGGC	2	12	110632	110643	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	145597289
41	NC_009378	GGCGCT	2	12	111800	111811	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	145597290
42	NC_009378	TGATGC	2	12	111910	111921	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	145597290
43	NC_009378	ACGCTG	2	12	112260	112271	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	145597291
44	NC_009378	CGCGCT	2	12	112574	112585	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	145597291
45	NC_009378	AACCCG	2	12	114899	114910	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	145597294
46	NC_009378	CATGTT	2	12	121162	121173	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	145597298
47	NC_009378	CGCTTT	2	12	124551	124562	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	145597302
48	NC_009378	ACCCCT	2	12	126886	126897	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	145597304
49	NC_009378	GTTATT	2	12	129114	129125	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	145597306
50	NC_009378	CCAGGA	2	12	133612	133623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145597311
51	NC_009378	TCGGCT	2	12	135454	135465	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145597313

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.