MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis Pestoides F plasmid MT

Total Repeats: 63

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009378	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	145597193
2	NC_009378	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	145597194
3	NC_009378	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	145597194
4	NC_009378	CAGAG	2	10	7499	7508	40 %	0 %	40 %	20 %	145597198
5	NC_009378	TTGTC	2	10	7897	7906	0 %	60 %	20 %	20 %	145597198
6	NC_009378	TGCGC	2	10	13799	13808	0 %	20 %	40 %	40 %	145597203
7	NC_009378	GGATG	2	10	18771	18780	20 %	20 %	60 %	0 %	145597205
8	NC_009378	ACCAG	2	10	19128	19137	40 %	0 %	20 %	40 %	145597206
9	NC_009378	TGAAC	2	10	19339	19348	40 %	20 %	20 %	20 %	145597206
10	NC_009378	CGGTA	2	10	21232	21241	20 %	20 %	40 %	20 %	145597210
11	NC_009378	CGACA	2	10	21800	21809	40 %	0 %	20 %	40 %	145597210
12	NC_009378	CGGCA	2	10	23047	23056	20 %	0 %	40 %	40 %	145597212
13	NC_009378	AGTGC	2	10	27519	27528	20 %	20 %	40 %	20 %	145597216
14	NC_009378	CTTCG	2	10	28452	28461	0 %	40 %	20 %	40 %	145597217
15	NC_009378	CGGAA	2	10	29336	29345	40 %	0 %	40 %	20 %	145597219
16	NC_009378	AACGG	2	10	29544	29553	40 %	0 %	40 %	20 %	145597219
17	NC_009378	TGCCC	2	10	34721	34730	0 %	20 %	20 %	60 %	145597227
18	NC_009378	AAATT	2	10	35861	35870	60 %	40 %	0 %	0 %	145597228
19	NC_009378	TCCCC	2	10	37842	37851	0 %	20 %	0 %	80 %	145597230
20	NC_009378	GCTTC	2	10	39948	39957	0 %	40 %	20 %	40 %	145597233
21	NC_009378	GGAAT	2	10	43244	43253	40 %	20 %	40 %	0 %	145597235
22	NC_009378	GACTG	2	10	44473	44482	20 %	20 %	40 %	20 %	145597236
23	NC_009378	CATTG	2	10	45161	45170	20 %	40 %	20 %	20 %	145597314
24	NC_009378	ACGTA	2	10	50963	50972	40 %	20 %	20 %	20 %	145597240
25	NC_009378	ACTTA	2	10	52652	52661	40 %	40 %	0 %	20 %	145597241
26	NC_009378	CAGCG	2	10	55039	55048	20 %	0 %	40 %	40 %	145597245
27	NC_009378	CCATT	2	10	55641	55650	20 %	40 %	0 %	40 %	145597247
28	NC_009378	GCGAT	2	10	61270	61279	20 %	20 %	40 %	20 %	145597253
29	NC_009378	CGCAG	2	10	64361	64370	20 %	0 %	40 %	40 %	145597255
30	NC_009378	GAAGA	2	10	66603	66612	60 %	0 %	40 %	0 %	145597256
31	NC_009378	TGAAC	2	10	67947	67956	40 %	20 %	20 %	20 %	145597257
32	NC_009378	ATCAG	2	10	70553	70562	40 %	20 %	20 %	20 %	145597260
33	NC_009378	AATTG	2	10	74078	74087	40 %	40 %	20 %	0 %	145597261
34	NC_009378	TAAAA	2	10	75155	75164	80 %	20 %	0 %	0 %	145597261
35	NC_009378	CGCTT	2	10	78174	78183	0 %	40 %	20 %	40 %	145597263
36	NC_009378	GGTTT	2	10	79781	79790	0 %	60 %	40 %	0 %	145597265
37	NC_009378	CGAAT	2	10	80096	80105	40 %	20 %	20 %	20 %	145597265
38	NC_009378	TGCTC	2	10	80132	80141	0 %	40 %	20 %	40 %	145597265
39	NC_009378	CGCAG	2	10	80563	80572	20 %	0 %	40 %	40 %	145597266
40	NC_009378	ACAGC	2	10	80680	80689	40 %	0 %	20 %	40 %	145597266
41	NC_009378	GGTGC	2	10	81482	81491	0 %	20 %	60 %	20 %	145597267
42	NC_009378	AGTAA	2	10	84700	84709	60 %	20 %	20 %	0 %	145597269
43	NC_009378	CTGCG	2	10	85002	85011	0 %	20 %	40 %	40 %	145597269
44	NC_009378	ATGCA	2	10	85147	85156	40 %	20 %	20 %	20 %	145597269
45	NC_009378	CTCGC	2	10	91913	91922	0 %	20 %	20 %	60 %	145597275
46	NC_009378	CGGTA	2	10	94891	94900	20 %	20 %	40 %	20 %	145597279
47	NC_009378	CCCCA	2	10	101967	101976	20 %	0 %	0 %	80 %	145597285
48	NC_009378	ATCGG	2	10	106202	106211	20 %	20 %	40 %	20 %	145597289
49	NC_009378	GGGCG	2	10	107503	107512	0 %	0 %	80 %	20 %	145597289
50	NC_009378	AGCGC	2	10	109539	109548	20 %	0 %	40 %	40 %	145597289
51	NC_009378	CGCGC	2	10	110672	110681	0 %	0 %	40 %	60 %	145597289
52	NC_009378	CTGGC	2	10	111861	111870	0 %	20 %	40 %	40 %	145597290
53	NC_009378	GTGAT	2	10	112164	112173	20 %	40 %	40 %	0 %	145597290
54	NC_009378	CCGGG	2	10	112335	112344	0 %	0 %	60 %	40 %	145597291
55	NC_009378	GAGAA	2	10	112926	112935	60 %	0 %	40 %	0 %	145597291
56	NC_009378	CAGCA	2	10	114041	114050	40 %	0 %	20 %	40 %	145597293
57	NC_009378	AACAA	2	10	119475	119484	80 %	0 %	0 %	20 %	145597297
58	NC_009378	AAAGA	2	10	126155	126164	80 %	0 %	20 %	0 %	145597304
59	NC_009378	CGCTT	2	10	128834	128843	0 %	40 %	20 %	40 %	145597306
60	NC_009378	TGATT	2	10	129248	129257	20 %	60 %	20 %	0 %	145597306
61	NC_009378	GGAAT	2	10	131902	131911	40 %	20 %	40 %	0 %	145597309
62	NC_009378	CCTCG	2	10	135338	135347	0 %	20 %	20 %	60 %	145597313
63	NC_009378	ACGGC	2	10	135775	135784	20 %	0 %	40 %	40 %	145597313

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.