MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis Pestoides F plasmid CD

Total Repeats: 191

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009377	GCTG	2	8	136	143	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_009377	GGAT	2	8	783	790	25 %	25 %	50 %	0 %	145597104
3	NC_009377	ACTG	2	8	1010	1017	25 %	25 %	25 %	25 %	145597104
4	NC_009377	TTCA	2	8	1303	1310	25 %	50 %	0 %	25 %	145597105
5	NC_009377	CAGA	2	8	1363	1370	50 %	0 %	25 %	25 %	145597105
6	NC_009377	AGTG	2	8	1460	1467	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009377	TGGC	2	8	1496	1503	0 %	25 %	50 %	25 %	145597106
8	NC_009377	TACC	2	8	2132	2139	25 %	25 %	0 %	50 %	145597107
9	NC_009377	GATG	2	8	2309	2316	25 %	25 %	50 %	0 %	145597107
10	NC_009377	TAAA	2	8	2918	2925	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009377	GCCC	2	8	2967	2974	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
12	NC_009377	AGCG	2	8	3628	3635	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_009377	AACA	2	8	4164	4171	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_009377	AGGG	2	8	4212	4219	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009377	GATA	2	8	4720	4727	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009377	GATG	2	8	5842	5849	25 %	25 %	50 %	0 %	145597109
17	NC_009377	ATCG	2	8	6811	6818	25 %	25 %	25 %	25 %	145597109
18	NC_009377	ATAA	2	8	7790	7797	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009377	AAAT	2	8	7817	7824	75 %	25 %	0 %	0 %	145597110
20	NC_009377	GGAT	2	8	7917	7924	25 %	25 %	50 %	0 %	145597110
21	NC_009377	AATA	2	8	7993	8000	75 %	25 %	0 %	0 %	145597110
22	NC_009377	TTCT	2	8	8707	8714	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_009377	TGCC	2	8	8747	8754	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_009377	AAAG	2	8	8892	8899	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009377	TCCC	2	8	9221	9228	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
26	NC_009377	TCTG	2	8	9542	9549	0 %	50 %	25 %	25 %	145597112
27	NC_009377	GACC	2	8	9627	9634	25 %	0 %	25 %	50 %	145597112
28	NC_009377	CGTG	2	8	9761	9768	0 %	25 %	50 %	25 %	145597112
29	NC_009377	TCCG	2	8	9850	9857	0 %	25 %	25 %	50 %	145597112
30	NC_009377	CAGC	2	8	10016	10023	25 %	0 %	25 %	50 %	145597113
31	NC_009377	TTAC	2	8	10994	11001	25 %	50 %	0 %	25 %	145597114
32	NC_009377	ATGA	2	8	11601	11608	50 %	25 %	25 %	0 %	145597114
33	NC_009377	TAAA	2	8	11776	11783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009377	ATAA	2	8	12085	12092	75 %	25 %	0 %	0 %	145597115
35	NC_009377	TCCA	2	8	12289	12296	25 %	25 %	0 %	50 %	145597116
36	NC_009377	TCTG	2	8	12509	12516	0 %	50 %	25 %	25 %	145597117
37	NC_009377	CTGA	2	8	12708	12715	25 %	25 %	25 %	25 %	145597117
38	NC_009377	TGAG	2	8	12959	12966	25 %	25 %	50 %	0 %	145597117
39	NC_009377	CAGC	2	8	13454	13461	25 %	0 %	25 %	50 %	145597118
40	NC_009377	GAAT	2	8	13966	13973	50 %	25 %	25 %	0 %	145597118
41	NC_009377	GCGA	2	8	14021	14028	25 %	0 %	50 %	25 %	145597118
42	NC_009377	CGTT	2	8	14345	14352	0 %	50 %	25 %	25 %	145597119
43	NC_009377	GACA	2	8	15170	15177	50 %	0 %	25 %	25 %	145597121
44	NC_009377	ATCC	2	8	15464	15471	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_009377	TATT	2	8	15482	15489	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009377	TTAT	2	8	16191	16198	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009377	ATTT	2	8	16224	16231	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009377	ACCT	2	8	16461	16468	25 %	25 %	0 %	50 %	145597123
49	NC_009377	CCTG	2	8	16579	16586	0 %	25 %	25 %	50 %	145597123
50	NC_009377	AGCG	2	8	16962	16969	25 %	0 %	50 %	25 %	145597123
51	NC_009377	AGCC	2	8	17168	17175	25 %	0 %	25 %	50 %	145597124
52	NC_009377	AGTG	2	8	17227	17234	25 %	25 %	50 %	0 %	145597124
53	NC_009377	TCAC	2	8	17714	17721	25 %	25 %	0 %	50 %	145597125
54	NC_009377	CTTC	2	8	18255	18262	0 %	50 %	0 %	50 %	145597125
55	NC_009377	CAGC	2	8	18489	18496	25 %	0 %	25 %	50 %	145597126
56	NC_009377	TTTA	2	8	18784	18791	25 %	75 %	0 %	0 %	145597127
57	NC_009377	ATAA	2	8	18801	18808	75 %	25 %	0 %	0 %	145597127
58	NC_009377	ATTT	2	8	19352	19359	25 %	75 %	0 %	0 %	145597128
59	NC_009377	TTTG	2	8	19714	19721	0 %	75 %	25 %	0 %	145597129
60	NC_009377	ATTT	2	8	19808	19815	25 %	75 %	0 %	0 %	145597129
61	NC_009377	TTAG	2	8	19931	19938	25 %	50 %	25 %	0 %	145597130
62	NC_009377	AAAG	2	8	20875	20882	75 %	0 %	25 %	0 %	145597131
63	NC_009377	AGAA	2	8	21153	21160	75 %	0 %	25 %	0 %	145597131
64	NC_009377	ATCA	2	8	21959	21966	50 %	25 %	0 %	25 %	145597132
65	NC_009377	ATCA	2	8	22076	22083	50 %	25 %	0 %	25 %	145597132
66	NC_009377	TCGC	2	8	22500	22507	0 %	25 %	25 %	50 %	145597132
67	NC_009377	GCCA	2	8	22666	22673	25 %	0 %	25 %	50 %	145597132
68	NC_009377	TATT	2	8	23169	23176	25 %	75 %	0 %	0 %	145597133
69	NC_009377	AAAT	2	8	23548	23555	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009377	GACT	2	8	23990	23997	25 %	25 %	25 %	25 %	145597134
71	NC_009377	TCGC	2	8	24076	24083	0 %	25 %	25 %	50 %	145597134
72	NC_009377	GCAA	2	8	24287	24294	50 %	0 %	25 %	25 %	145597134
73	NC_009377	TGCG	2	8	24792	24799	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_009377	AGGT	2	8	25039	25046	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009377	TCCC	2	8	25248	25255	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
76	NC_009377	CTTT	2	8	25431	25438	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_009377	CAAA	2	8	25475	25482	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_009377	GCTT	2	8	26170	26177	0 %	50 %	25 %	25 %	145597135
79	NC_009377	GATT	2	8	26512	26519	25 %	50 %	25 %	0 %	145597135
80	NC_009377	GGGT	2	8	26851	26858	0 %	25 %	75 %	0 %	145597135
81	NC_009377	CAAT	2	8	27417	27424	50 %	25 %	0 %	25 %	145597136
82	NC_009377	GGTT	2	8	27488	27495	0 %	50 %	50 %	0 %	145597136
83	NC_009377	ACTC	2	8	28134	28141	25 %	25 %	0 %	50 %	145597138
84	NC_009377	AGTG	2	8	28740	28747	25 %	25 %	50 %	0 %	145597139
85	NC_009377	ATTT	2	8	28868	28875	25 %	75 %	0 %	0 %	145597139
86	NC_009377	TTCC	2	8	30621	30628	0 %	50 %	0 %	50 %	145597140
87	NC_009377	CTGC	2	8	31245	31252	0 %	25 %	25 %	50 %	145597141
88	NC_009377	AAGC	2	8	31253	31260	50 %	0 %	25 %	25 %	145597141
89	NC_009377	AAGC	2	8	32108	32115	50 %	0 %	25 %	25 %	145597142
90	NC_009377	AAAG	2	8	32206	32213	75 %	0 %	25 %	0 %	145597142
91	NC_009377	CACC	2	8	32348	32355	25 %	0 %	0 %	75 %	145597142
92	NC_009377	GTAA	2	8	32498	32505	50 %	25 %	25 %	0 %	145597142
93	NC_009377	TGAG	2	8	33153	33160	25 %	25 %	50 %	0 %	145597143
94	NC_009377	TACC	2	8	33445	33452	25 %	25 %	0 %	50 %	145597143
95	NC_009377	GTGA	2	8	33656	33663	25 %	25 %	50 %	0 %	145597143
96	NC_009377	CGAT	2	8	33934	33941	25 %	25 %	25 %	25 %	145597144
97	NC_009377	TGAG	2	8	33970	33977	25 %	25 %	50 %	0 %	145597144
98	NC_009377	AAGC	2	8	34496	34503	50 %	0 %	25 %	25 %	145597146
99	NC_009377	AGTC	2	8	34608	34615	25 %	25 %	25 %	25 %	145597146
100	NC_009377	GGTT	2	8	34754	34761	0 %	50 %	50 %	0 %	145597147
101	NC_009377	AAAG	2	8	35577	35584	75 %	0 %	25 %	0 %	145597148
102	NC_009377	TGAT	2	8	36157	36164	25 %	50 %	25 %	0 %	145597148
103	NC_009377	CGTG	2	8	36371	36378	0 %	25 %	50 %	25 %	145597148
104	NC_009377	AATT	2	8	36628	36635	50 %	50 %	0 %	0 %	145597148
105	NC_009377	GCTC	2	8	37462	37469	0 %	25 %	25 %	50 %	145597149
106	NC_009377	TAAA	2	8	37594	37601	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009377	CAAC	2	8	38191	38198	50 %	0 %	0 %	50 %	145597151
108	NC_009377	TTCA	2	8	38840	38847	25 %	50 %	0 %	25 %	145597151
109	NC_009377	TCCT	2	8	38944	38951	0 %	50 %	0 %	50 %	145597152
110	NC_009377	GCCC	2	8	39454	39461	0 %	0 %	25 %	75 %	145597153
111	NC_009377	GCCA	2	8	39557	39564	25 %	0 %	25 %	50 %	145597153
112	NC_009377	GCTT	2	8	39676	39683	0 %	50 %	25 %	25 %	145597153
113	NC_009377	CAAG	2	8	39841	39848	50 %	0 %	25 %	25 %	145597153
114	NC_009377	TGGC	2	8	39880	39887	0 %	25 %	50 %	25 %	145597153
115	NC_009377	AAGC	2	8	40379	40386	50 %	0 %	25 %	25 %	145597153
116	NC_009377	AATA	2	8	40609	40616	75 %	25 %	0 %	0 %	145597154
117	NC_009377	AGAC	2	8	40620	40627	50 %	0 %	25 %	25 %	145597154
118	NC_009377	AGAA	2	8	41367	41374	75 %	0 %	25 %	0 %	145597154
119	NC_009377	TTGA	2	8	41462	41469	25 %	50 %	25 %	0 %	145597154
120	NC_009377	GTTA	2	8	41540	41547	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009377	TGGC	2	8	42667	42674	0 %	25 %	50 %	25 %	145597155
122	NC_009377	AATG	2	8	43634	43641	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009377	TTAT	2	8	44403	44410	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009377	ATAA	2	8	44458	44465	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009377	ATGT	2	8	44513	44520	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009377	TTTG	2	8	44522	44529	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009377	AAAT	2	8	45882	45889	75 %	25 %	0 %	0 %	145597160
128	NC_009377	CATT	2	8	45949	45956	25 %	50 %	0 %	25 %	145597160
129	NC_009377	ATAA	2	8	46730	46737	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009377	TTTA	2	8	46897	46904	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009377	TTTA	2	8	47275	47282	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009377	ATAA	2	8	48020	48027	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009377	CAAA	2	8	48362	48369	75 %	0 %	0 %	25 %	145597163
134	NC_009377	GTTG	2	8	48375	48382	0 %	50 %	50 %	0 %	145597163
135	NC_009377	CGCC	2	8	49038	49045	0 %	0 %	25 %	75 %	145597164
136	NC_009377	ATAA	2	8	49865	49872	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009377	TGTT	2	8	50167	50174	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009377	GTCG	2	8	50856	50863	0 %	25 %	50 %	25 %	145597165
139	NC_009377	GGTG	2	8	50894	50901	0 %	25 %	75 %	0 %	145597165
140	NC_009377	CCGG	2	8	51754	51761	0 %	0 %	50 %	50 %	145597166
141	NC_009377	GCAG	2	8	52181	52188	25 %	0 %	50 %	25 %	145597167
142	NC_009377	GCTG	2	8	52428	52435	0 %	25 %	50 %	25 %	145597168
143	NC_009377	AGGG	2	8	52767	52774	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009377	ACTG	2	8	53458	53465	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_009377	AAAG	2	8	53571	53578	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.