MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449 plasmid 4

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009349	TGAGC	2	10	2198	2207	20 %	20 %	40 %	20 %	145301213
2	NC_009349	TGTAT	2	10	3555	3564	20 %	60 %	20 %	0 %	145301215
3	NC_009349	TTGGT	2	10	4495	4504	0 %	60 %	40 %	0 %	145301216
4	NC_009349	GGCAG	2	10	5276	5285	20 %	0 %	60 %	20 %	145301216
5	NC_009349	CTCAC	2	10	6543	6552	20 %	20 %	0 %	60 %	145301217
6	NC_009349	CCCCT	2	10	8942	8951	0 %	20 %	0 %	80 %	145301220
7	NC_009349	TCGCC	2	10	9504	9513	0 %	20 %	20 %	60 %	145301221
8	NC_009349	ATGCC	2	10	15380	15389	20 %	20 %	20 %	40 %	145301226
9	NC_009349	TTAAG	2	10	15813	15822	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009349	CGCAG	2	10	19099	19108	20 %	0 %	40 %	40 %	145301231
11	NC_009349	TAATT	2	10	19756	19765	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009349	TTTGA	2	10	20833	20842	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009349	CTTTT	2	10	22256	22265	0 %	80 %	0 %	20 %	145301235
14	NC_009349	CCTCA	2	10	22340	22349	20 %	20 %	0 %	60 %	145301235
15	NC_009349	TTCAC	2	10	24419	24428	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_009349	CAGAC	2	10	25250	25259	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_009349	CATCA	2	10	25412	25421	40 %	20 %	0 %	40 %	145301238
18	NC_009349	TCAAA	2	10	25576	25585	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_009349	CTTCC	2	10	26972	26981	0 %	40 %	0 %	60 %	145301242
20	NC_009349	GATCA	2	10	28129	28138	40 %	20 %	20 %	20 %	145301243
21	NC_009349	TTCTG	2	10	28669	28678	0 %	60 %	20 %	20 %	145301244
22	NC_009349	CCAGG	2	10	29339	29348	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_009349	CTTCG	2	10	29720	29729	0 %	40 %	20 %	40 %	145301246
24	NC_009349	CAACC	2	10	30022	30031	40 %	0 %	0 %	60 %	145301246
25	NC_009349	CTTGT	2	10	33427	33436	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009349	GGGAG	2	10	34085	34094	20 %	0 %	80 %	0 %	145301249
27	NC_009349	AGCCA	2	10	36412	36421	40 %	0 %	20 %	40 %	145301251
28	NC_009349	CTTTC	2	10	36944	36953	0 %	60 %	0 %	40 %	145301252
29	NC_009349	AGTTC	2	10	37915	37924	20 %	40 %	20 %	20 %	145301253
30	NC_009349	GGGAG	2	10	39058	39067	20 %	0 %	80 %	0 %	145301255
31	NC_009349	GCTTC	2	10	39275	39284	0 %	40 %	20 %	40 %	145301255
32	NC_009349	CTTCA	2	10	39298	39307	20 %	40 %	0 %	40 %	145301255
33	NC_009349	CTTGA	2	10	39735	39744	20 %	40 %	20 %	20 %	145301255
34	NC_009349	CTAAC	2	10	41949	41958	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_009349	ATGGG	2	10	42006	42015	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009349	CAGTT	2	10	44242	44251	20 %	40 %	20 %	20 %	145301261
37	NC_009349	AGGGA	2	10	45818	45827	40 %	0 %	60 %	0 %	145301264
38	NC_009349	TTTAA	2	10	51311	51320	40 %	60 %	0 %	0 %	145301272
39	NC_009349	CTCGT	2	10	51932	51941	0 %	40 %	20 %	40 %	145301272
40	NC_009349	GCCTC	2	10	51999	52008	0 %	20 %	20 %	60 %	145301272
41	NC_009349	CCATT	2	10	61127	61136	20 %	40 %	0 %	40 %	145301278
42	NC_009349	GTCAT	2	10	61487	61496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_009349	AACTG	2	10	65160	65169	40 %	20 %	20 %	20 %	145301281
44	NC_009349	CTAGG	2	10	68809	68818	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009349	CTCTG	2	10	71930	71939	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_009349	CATGG	2	10	71976	71985	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_009349	TCCAC	2	10	72488	72497	20 %	20 %	0 %	60 %	145301287
48	NC_009349	CCAGT	2	10	72693	72702	20 %	20 %	20 %	40 %	145301287
49	NC_009349	TCAAA	2	10	73537	73546	60 %	20 %	0 %	20 %	145301288
50	NC_009349	ACCAG	2	10	78525	78534	40 %	0 %	20 %	40 %	145301292
51	NC_009349	TGCTT	2	10	78696	78705	0 %	60 %	20 %	20 %	145301292
52	NC_009349	ATCCA	2	10	82630	82639	40 %	20 %	0 %	40 %	145301296
53	NC_009349	CGGCG	2	10	82823	82832	0 %	0 %	60 %	40 %	145301296
54	NC_009349	GGGCT	2	10	83445	83454	0 %	20 %	60 %	20 %	145301298
55	NC_009349	CGGCC	2	10	83582	83591	0 %	0 %	40 %	60 %	145301298
56	NC_009349	GGCCT	2	10	83655	83664	0 %	20 %	40 %	40 %	145301298
57	NC_009349	CGGAC	2	10	83717	83726	20 %	0 %	40 %	40 %	145301298
58	NC_009349	CGCAG	2	10	85762	85771	20 %	0 %	40 %	40 %	145301300
59	NC_009349	ATCCC	2	10	90468	90477	20 %	20 %	0 %	60 %	145301306
60	NC_009349	CGCTG	2	10	90611	90620	0 %	20 %	40 %	40 %	145301306
61	NC_009349	GCCGC	2	10	91461	91470	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
62	NC_009349	CGAAC	2	10	92534	92543	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_009349	TGCGG	2	10	93367	93376	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009349	GCGCC	2	10	93492	93501	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
65	NC_009349	AGGGT	2	10	93893	93902	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009349	CGAAC	2	10	95693	95702	40 %	0 %	20 %	40 %	145301311
67	NC_009349	AGGAT	2	10	97211	97220	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009349	GCCAA	2	10	98500	98509	40 %	0 %	20 %	40 %	145301314
69	NC_009349	GCATC	2	10	98991	99000	20 %	20 %	20 %	40 %	145301314
70	NC_009349	CGCGC	2	10	100170	100179	0 %	0 %	40 %	60 %	145301314
71	NC_009349	TGAGC	2	10	100914	100923	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009349	TGACA	2	10	103791	103800	40 %	20 %	20 %	20 %	145301318
73	NC_009349	ACTTC	2	10	104617	104626	20 %	40 %	0 %	40 %	145301318
74	NC_009349	GACAA	2	10	106235	106244	60 %	0 %	20 %	20 %	145301320
75	NC_009349	TGTTC	2	10	106281	106290	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009349	TTCTT	2	10	107387	107396	0 %	80 %	0 %	20 %	145301322
77	NC_009349	AGCTT	2	10	113221	113230	20 %	40 %	20 %	20 %	145301330
78	NC_009349	ATCCA	2	10	113460	113469	40 %	20 %	0 %	40 %	145301330
79	NC_009349	TGGTC	2	10	115707	115716	0 %	40 %	40 %	20 %	145301332
80	NC_009349	GCCAT	2	10	116255	116264	20 %	20 %	20 %	40 %	145301332
81	NC_009349	GGTGG	2	10	117228	117237	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009349	ATCGG	2	10	118950	118959	20 %	20 %	40 %	20 %	145301337
83	NC_009349	AGACC	2	10	119084	119093	40 %	0 %	20 %	40 %	145301337
84	NC_009349	CAGAC	2	10	119584	119593	40 %	0 %	20 %	40 %	145301337
85	NC_009349	CACGA	2	10	119759	119768	40 %	0 %	20 %	40 %	145301337
86	NC_009349	AGCAA	2	10	122681	122690	60 %	0 %	20 %	20 %	145301340
87	NC_009349	CGGAT	2	10	124048	124057	20 %	20 %	40 %	20 %	145301342
88	NC_009349	GCATC	2	10	125276	125285	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_009349	GACGA	2	10	127962	127971	40 %	0 %	40 %	20 %	145301348
90	NC_009349	CAGTT	2	10	130031	130040	20 %	40 %	20 %	20 %	145301351
91	NC_009349	TTGCC	2	10	130309	130318	0 %	40 %	20 %	40 %	145301352
92	NC_009349	TGGCG	2	10	130503	130512	0 %	20 %	60 %	20 %	145301352
93	NC_009349	GTCGG	2	10	132439	132448	0 %	20 %	60 %	20 %	145301355
94	NC_009349	TTCTT	2	10	134499	134508	0 %	80 %	0 %	20 %	145301356
95	NC_009349	TGTCG	2	10	135254	135263	0 %	40 %	40 %	20 %	145301357
96	NC_009349	GAGGT	2	10	136356	136365	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009349	AGGGC	2	10	136807	136816	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_009349	TGCTG	2	10	137156	137165	0 %	40 %	40 %	20 %	145301358
99	NC_009349	CGAGC	2	10	138815	138824	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_009349	ACAGA	2	10	140228	140237	60 %	0 %	20 %	20 %	145301362
101	NC_009349	GAAGA	2	10	141859	141868	60 %	0 %	40 %	0 %	145301365
102	NC_009349	AATCG	2	10	142304	142313	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009349	ATCGC	2	10	144165	144174	20 %	20 %	20 %	40 %	145301366
104	NC_009349	ATTCG	2	10	145631	145640	20 %	40 %	20 %	20 %	145301369
105	NC_009349	TGGCG	2	10	146373	146382	0 %	20 %	60 %	20 %	145301369
106	NC_009349	CAACG	2	10	146851	146860	40 %	0 %	20 %	40 %	145301369
107	NC_009349	CAGCA	2	10	148102	148111	40 %	0 %	20 %	40 %	145301370
108	NC_009349	TCCCT	2	10	151937	151946	0 %	40 %	0 %	60 %	145301374
109	NC_009349	CTCAT	2	10	152111	152120	20 %	40 %	0 %	40 %	145301374
110	NC_009349	CCTTC	2	10	153170	153179	0 %	40 %	0 %	60 %	145301375
111	NC_009349	GGGCG	2	10	155523	155532	0 %	0 %	80 %	20 %	145301376
112	NC_009349	CCCGC	3	15	157646	157660	0 %	0 %	20 %	80 %	145301377
113	NC_009349	AGGCA	2	10	158274	158283	40 %	0 %	40 %	20 %	145301377
114	NC_009349	TCCTC	2	10	161655	161664	0 %	40 %	0 %	60 %	145301380
115	NC_009349	CACGC	2	10	162433	162442	20 %	0 %	20 %	60 %	145301381
116	NC_009349	CAATC	2	10	163013	163022	40 %	20 %	0 %	40 %	145301381
117	NC_009349	TCAGG	2	10	164350	164359	20 %	20 %	40 %	20 %	145301382
118	NC_009349	AAGAC	2	10	165077	165086	60 %	0 %	20 %	20 %	145301382
119	NC_009349	CTTGG	2	10	166379	166388	0 %	40 %	40 %	20 %	145301384
120	NC_009349	GTGGC	2	10	166593	166602	0 %	20 %	60 %	20 %	145301384

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.