MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Shigella sonnei Ss046 plasmid pSS046_spA

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009345	GCA	2	6	60	65	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009345	GCC	2	6	209	214	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_009345	CGC	2	6	285	290	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_009345	GCC	2	6	308	313	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_009345	GCT	2	6	378	383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009345	TGT	2	6	418	423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009345	CTG	2	6	434	439	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009345	CCT	2	6	519	524	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294026
9	NC_009345	TCG	2	6	586	591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
10	NC_009345	GCG	2	6	617	622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294026
11	NC_009345	GCC	2	6	645	650	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294026
12	NC_009345	CTC	2	6	681	686	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294026
13	NC_009345	TCA	2	6	719	724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294026
14	NC_009345	AGC	2	6	853	858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294026
15	NC_009345	GTC	3	9	903	911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
16	NC_009345	AGC	2	6	970	975	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294026
17	NC_009345	GCT	2	6	1010	1015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
18	NC_009345	GTC	2	6	1045	1050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294026
19	NC_009345	GGC	2	6	1086	1091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294026
20	NC_009345	ATA	2	6	1150	1155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	145294027
21	NC_009345	CCA	2	6	1159	1164	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	145294027
22	NC_009345	TGC	2	6	1309	1314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
23	NC_009345	CCT	2	6	1319	1324	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294027
24	NC_009345	ACG	2	6	1345	1350	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294027
25	NC_009345	CTG	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
26	NC_009345	GCG	2	6	1442	1447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294027
27	NC_009345	GCT	2	6	1476	1481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
28	NC_009345	CAT	2	6	1493	1498	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294027
29	NC_009345	TTC	2	6	1716	1721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
30	NC_009345	CGT	2	6	1859	1864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
31	NC_009345	CGC	2	6	1865	1870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294027
32	NC_009345	TCT	2	6	1882	1887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
33	NC_009345	TCA	2	6	1888	1893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294027
34	NC_009345	GCC	2	6	2040	2045	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294027
35	NC_009345	TGT	2	6	2197	2202	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294027
36	NC_009345	GGC	2	6	2249	2254	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294027
37	NC_009345	TCG	2	6	2275	2280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294027
38	NC_009345	CTC	2	6	2286	2291	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	145294027
39	NC_009345	AAC	2	6	2318	2323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	145294027
40	NC_009345	TTC	2	6	2405	2410	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294027
41	NC_009345	GCC	2	6	2568	2573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_009345	ATG	2	6	2754	2759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009345	TTA	2	6	2767	2772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009345	CAG	2	6	2777	2782	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009345	TTC	2	6	2803	2808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009345	TGA	2	6	2840	2845	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009345	ACT	2	6	2874	2879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009345	CCA	2	6	2890	2895	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_009345	ACC	3	9	2898	2906	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_009345	CAT	2	6	2945	2950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009345	ACC	2	6	2982	2987	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_009345	TAC	2	6	3093	3098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009345	CTG	2	6	3192	3197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009345	AGG	2	6	3422	3427	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009345	CAG	2	6	3481	3486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009345	GCA	2	6	3501	3506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009345	GAG	2	6	3568	3573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009345	AAC	2	6	3578	3583	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009345	CAA	2	6	3769	3774	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009345	ACC	2	6	3775	3780	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_009345	TTC	2	6	3895	3900	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009345	ATG	2	6	4048	4053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009345	GAA	2	6	4144	4149	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009345	ATT	2	6	4242	4247	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009345	GTT	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009345	CAT	2	6	4573	4578	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009345	GTT	2	6	4616	4621	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009345	GCA	2	6	4742	4747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_009345	CAG	2	6	4757	4762	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_009345	GCG	2	6	4828	4833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_009345	AGA	2	6	4898	4903	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009345	GTG	2	6	4981	4986	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009345	GCA	2	6	5255	5260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009345	AAG	2	6	5482	5487	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009345	GCA	2	6	5591	5596	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_009345	CAT	3	9	5670	5678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009345	ATT	4	12	5756	5767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009345	TCA	2	6	5793	5798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
79	NC_009345	CGC	2	6	5944	5949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294028
80	NC_009345	GTG	2	6	6072	6077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294028
81	NC_009345	ATC	2	6	6139	6144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
82	NC_009345	TCG	2	6	6153	6158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294028
83	NC_009345	CAT	2	6	6214	6219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294028
84	NC_009345	GCG	2	6	6230	6235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294028
85	NC_009345	GCT	2	6	6326	6331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	145294028
86	NC_009345	GCC	3	9	6488	6496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294028
87	NC_009345	GGC	2	6	6562	6567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294028
88	NC_009345	TCA	2	6	6630	6635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009345	GTG	2	6	6744	6749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294029
90	NC_009345	CGC	2	6	6785	6790	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294029
91	NC_009345	TCA	2	6	6858	6863	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294029
92	NC_009345	AGG	2	6	6870	6875	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	145294029
93	NC_009345	AGG	2	6	6879	6884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	145294029
94	NC_009345	CGG	2	6	6921	6926	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294029
95	NC_009345	GCA	2	6	6973	6978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294029
96	NC_009345	CTT	2	6	7090	7095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	145294029
97	NC_009345	CGC	2	6	7116	7121	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294029
98	NC_009345	GTT	2	6	7190	7195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	145294029
99	NC_009345	TGG	2	6	7227	7232	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	145294029
100	NC_009345	GGC	2	6	7272	7277	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	145294029
101	NC_009345	CAG	2	6	7284	7289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294029
102	NC_009345	GCC	2	6	7467	7472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294030
103	NC_009345	AGA	2	6	7596	7601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	145294030
104	NC_009345	TGA	2	6	7608	7613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294030
105	NC_009345	GAT	2	6	7873	7878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294030
106	NC_009345	ATG	2	6	7933	7938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	145294030
107	NC_009345	CAT	2	6	7978	7983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294030
108	NC_009345	CAT	2	6	7989	7994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	145294030
109	NC_009345	GCC	2	6	8059	8064	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	145294030
110	NC_009345	GAC	2	6	8092	8097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	145294030

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.