MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Burkholderia vietnamiensis G4 plasmid pBVIE02

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009227	CGCAGC	2	12	3945	3956	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_009227	CCACGT	2	12	4536	4547	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134287534
3	NC_009227	CATGCG	2	12	4728	4739	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287534
4	NC_009227	GCGATC	2	12	5980	5991	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287535
5	NC_009227	GCGCCC	2	12	13185	13196	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	134287544
6	NC_009227	TCAGCC	2	12	13617	13628	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134287544
7	NC_009227	GCTCCA	2	12	14934	14945	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134287545
8	NC_009227	CATGCC	2	12	16353	16364	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134287546
9	NC_009227	TGCCGG	2	12	19116	19127	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287548
10	NC_009227	CTCGGC	2	12	19741	19752	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134287548
11	NC_009227	GATGCT	2	12	21082	21093	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134287550
12	NC_009227	GCGATC	2	12	25784	25795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287553
13	NC_009227	TCGACT	2	12	30014	30025	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134287558
14	NC_009227	CGCCGG	2	12	34883	34894	0 %	0 %	50 %	50 %	134287562
15	NC_009227	CGCAAC	2	12	35285	35296	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134287563
16	NC_009227	GCCGGA	2	12	35708	35719	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134287564
17	NC_009227	CCGGCT	2	12	40001	40012	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134287567
18	NC_009227	CCGCAG	2	12	41038	41049	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134287568
19	NC_009227	CGAGCC	2	12	42639	42650	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134287569
20	NC_009227	CGACGG	2	12	44436	44447	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134287571
21	NC_009227	CATCTC	2	12	47782	47793	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_009227	GACCTC	2	12	48665	48676	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134287577
23	NC_009227	ATCGGC	2	12	48722	48733	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287577
24	NC_009227	ACAAGG	2	12	49260	49271	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	134287578
25	NC_009227	CAGATG	2	12	49454	49465	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134287578
26	NC_009227	CGTGAA	2	12	49957	49968	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134287579
27	NC_009227	CGCGGC	2	12	51954	51965	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_009227	ATCACC	2	12	53052	53063	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	134287584
29	NC_009227	CCGGCG	2	12	54267	54278	0 %	0 %	50 %	50 %	134287585
30	NC_009227	CTGCCC	2	12	63739	63750	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	134287594
31	NC_009227	CGCCGG	2	12	67899	67910	0 %	0 %	50 %	50 %	134287599
32	NC_009227	GGTGCC	2	12	73078	73089	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287606
33	NC_009227	GCGGTC	2	12	81558	81569	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287614
34	NC_009227	CGAGCT	2	12	85408	85419	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287617
35	NC_009227	ACAGCG	2	12	89175	89186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134287620
36	NC_009227	CGTCAA	2	12	89879	89890	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009227	CAGATG	2	12	93680	93691	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134287625
38	NC_009227	TTCACC	2	12	93810	93821	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	134287625
39	NC_009227	TCAAAT	2	12	105431	105442	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	134287637
40	NC_009227	CGGCCG	2	12	105630	105641	0 %	0 %	50 %	50 %	134287638
41	NC_009227	GATCGC	2	12	108970	108981	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287639
42	NC_009227	GCTCGC	2	12	110355	110366	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134287640
43	NC_009227	GCGCGA	2	12	110701	110712	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134287641
44	NC_009227	GTCCGG	2	12	113300	113311	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287646
45	NC_009227	TGCCGG	2	12	117287	117298	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287653
46	NC_009227	GGCCAG	2	12	126662	126673	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134287659
47	NC_009227	GGGCTC	2	12	126889	126900	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287660
48	NC_009227	TGCGCG	2	12	127349	127360	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287660
49	NC_009227	CGCTCG	2	12	127932	127943	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134287661
50	NC_009227	GCGCGA	2	12	129496	129507	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134287662
51	NC_009227	AAGGCG	2	12	129808	129819	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	134287663
52	NC_009227	CTTCGA	2	12	131625	131636	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134287664
53	NC_009227	ACGTGT	2	12	132150	132161	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_009227	TGCGCG	2	12	134193	134204	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287667
55	NC_009227	CGAACA	2	12	135987	135998	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	134287667
56	NC_009227	GCATCG	2	12	137830	137841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287670
57	NC_009227	GGCGCT	2	12	137993	138004	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287670
58	NC_009227	TGCGCG	2	12	139806	139817	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287671
59	NC_009227	GCAAGC	2	12	140081	140092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134287671
60	NC_009227	ATCGCG	2	12	141535	141546	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287672
61	NC_009227	TACGTC	2	12	142816	142827	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134287672
62	NC_009227	CAAGGT	2	12	143834	143845	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134287673
63	NC_009227	TGATCG	2	12	149089	149100	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_009227	TGCCGA	2	12	149267	149278	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287680
65	NC_009227	GCACCG	2	12	158502	158513	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134287686
66	NC_009227	GCCAAC	2	12	160609	160620	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134287689
67	NC_009227	TGGCGT	2	12	160866	160877	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134287690
68	NC_009227	TGCCGG	2	12	162141	162152	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287692
69	NC_009227	GCGCCC	2	12	163806	163817	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	134287693
70	NC_009227	GGTCGG	2	12	163983	163994	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	134287693
71	NC_009227	TGGCTG	2	12	166088	166099	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134287694
72	NC_009227	GCATCA	2	12	166175	166186	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134287694
73	NC_009227	ACGATT	2	12	166618	166629	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	134287695
74	NC_009227	CGCGAA	2	12	167061	167072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134287695
75	NC_009227	GCCAGT	2	12	168190	168201	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287695
76	NC_009227	TCGACG	2	12	170039	170050	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287696
77	NC_009227	CGTAGC	2	12	172705	172716	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287699
78	NC_009227	GGGATC	2	12	174094	174105	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134287701
79	NC_009227	TCCGCC	2	12	183381	183392	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	134287708
80	NC_009227	TGCGCA	2	12	186883	186894	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287711
81	NC_009227	TGAAGT	3	18	187318	187335	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009227	ATCGGC	2	12	191331	191342	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134287715
83	NC_009227	TTGGGC	2	12	192370	192381	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134287716
84	NC_009227	GCTCCC	2	12	194879	194890	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	134287720
85	NC_009227	GCCAAC	2	12	197319	197330	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134287723
86	NC_009227	TTGCCG	2	12	198761	198772	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134287726
87	NC_009227	CCGAGC	2	12	199192	199203	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009227	GGCCAC	2	12	200639	200650	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134287727
89	NC_009227	GGCGAA	2	12	201577	201588	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_009227	CCGACC	2	12	203786	203797	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	134287730
91	NC_009227	GTCGGC	2	12	204070	204081	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287730
92	NC_009227	CGTTGC	2	12	204447	204458	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134287731
93	NC_009227	CGACCT	2	12	206398	206409	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134287732
94	NC_009227	AGCCGC	2	12	207800	207811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134287736
95	NC_009227	ACGCCA	2	12	208903	208914	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134287738
96	NC_009227	CGGCAA	2	12	212800	212811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134287744
97	NC_009227	TCTGGT	2	12	214361	214372	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009227	GTACGT	2	12	215304	215315	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134287748
99	NC_009227	AGCCAA	2	12	216037	216048	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	134287749
100	NC_009227	AGCGTG	2	12	216255	216266	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134287749
101	NC_009227	AGGCAC	2	12	216905	216916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_009227	GCGCTG	2	12	219663	219674	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009227	TCGGCG	2	12	220316	220327	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287751
104	NC_009227	TGCCGC	2	12	221121	221132	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134287751
105	NC_009227	ACGCGA	2	12	222496	222507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134287753
106	NC_009227	CGCGTG	2	12	225518	225529	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287757
107	NC_009227	GCCGGC	2	12	231508	231519	0 %	0 %	50 %	50 %	134287761
108	NC_009227	GCAAGC	2	12	235774	235785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_009227	TGCCGG	2	12	242590	242601	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134287770
110	NC_009227	CGCCAC	2	12	245438	245449	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	134287775
111	NC_009227	GATCGC	2	12	248062	248073	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_009227	CGCGCC	2	12	249478	249489	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	134287780
113	NC_009227	GGCCAC	2	12	253901	253912	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134287782
114	NC_009227	GGTCAT	2	12	255070	255081	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134287783
115	NC_009227	CCCATC	2	12	257651	257662	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	134287785
116	NC_009227	GTTGCG	2	12	257894	257905	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_009227	CGCAGC	2	12	258473	258484	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134287786
118	NC_009227	TCGAGG	2	12	259946	259957	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134287788
119	NC_009227	CCGCGC	2	12	263967	263978	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	134287792
120	NC_009227	TGAACG	2	12	265263	265274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134287792
121	NC_009227	ATTCGG	2	12	265562	265573	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134287793

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.