MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 plasmid pSN254

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009140	AAAAG	2	10	642	651	80 %	0 %	20 %	0 %	134047144
2	NC_009140	GCCCT	2	10	949	958	0 %	20 %	20 %	60 %	134047134
3	NC_009140	CGGAG	2	10	4715	4724	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009140	AAAGT	2	10	4909	4918	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009140	GTCAT	2	10	5819	5828	20 %	40 %	20 %	20 %	134047200
6	NC_009140	ACCAA	2	10	6463	6472	60 %	0 %	0 %	40 %	134047216
7	NC_009140	TTCCC	2	10	7462	7471	0 %	40 %	0 %	60 %	134047223
8	NC_009140	GCTGA	2	10	7679	7688	20 %	20 %	40 %	20 %	134047268
9	NC_009140	CAAAG	2	10	7843	7852	60 %	0 %	20 %	20 %	134047268
10	NC_009140	GTCAG	2	10	8063	8072	20 %	20 %	40 %	20 %	134047268
11	NC_009140	TCTGT	2	10	11388	11397	0 %	60 %	20 %	20 %	134047212
12	NC_009140	AGGTT	2	10	13485	13494	20 %	40 %	40 %	0 %	134047145
13	NC_009140	AGCAA	2	10	14115	14124	60 %	0 %	20 %	20 %	134047232
14	NC_009140	CTTTG	2	10	15215	15224	0 %	60 %	20 %	20 %	134047109
15	NC_009140	TCAGA	2	10	15695	15704	40 %	20 %	20 %	20 %	134047121
16	NC_009140	GGCCT	2	10	19211	19220	0 %	20 %	40 %	40 %	134047087
17	NC_009140	GAGCA	2	10	19400	19409	40 %	0 %	40 %	20 %	134047087
18	NC_009140	TGCTC	2	10	20840	20849	0 %	40 %	20 %	40 %	134047092
19	NC_009140	AGGCC	2	10	21029	21038	20 %	0 %	40 %	40 %	134047092
20	NC_009140	GCCCT	2	10	21573	21582	0 %	20 %	20 %	60 %	134047139
21	NC_009140	GCGCC	2	10	22257	22266	0 %	0 %	40 %	60 %	134047193
22	NC_009140	CGAAG	2	10	22374	22383	40 %	0 %	40 %	20 %	134047193
23	NC_009140	GCCGG	2	10	24700	24709	0 %	0 %	60 %	40 %	134047124
24	NC_009140	GATCG	2	10	24842	24851	20 %	20 %	40 %	20 %	134047124
25	NC_009140	TCGGA	2	10	25060	25069	20 %	20 %	40 %	20 %	134047124
26	NC_009140	TCAAG	2	10	26120	26129	40 %	20 %	20 %	20 %	134047163
27	NC_009140	GTTCA	2	10	26844	26853	20 %	40 %	20 %	20 %	134047131
28	NC_009140	AAAGG	2	10	28255	28264	60 %	0 %	40 %	0 %	134047112
29	NC_009140	GCTTC	2	10	28996	29005	0 %	40 %	20 %	40 %	134047255
30	NC_009140	TCCCC	2	10	29356	29365	0 %	20 %	0 %	80 %	134047104
31	NC_009140	TGCCC	2	10	29414	29423	0 %	20 %	20 %	60 %	134047104
32	NC_009140	CTCCC	2	10	30517	30526	0 %	20 %	0 %	80 %	134047221
33	NC_009140	AAGGC	2	10	30749	30758	40 %	0 %	40 %	20 %	134047125
34	NC_009140	CGATG	2	10	32958	32967	20 %	20 %	40 %	20 %	134047229
35	NC_009140	TGACT	2	10	34328	34337	20 %	40 %	20 %	20 %	134047105
36	NC_009140	GAAAA	2	10	35225	35234	80 %	0 %	20 %	0 %	134047247
37	NC_009140	AGGGG	2	10	39496	39505	20 %	0 %	80 %	0 %	134047186
38	NC_009140	GATCA	2	10	42390	42399	40 %	20 %	20 %	20 %	134047270
39	NC_009140	GCCGA	2	10	43054	43063	20 %	0 %	40 %	40 %	134047174
40	NC_009140	TTTCC	2	10	43317	43326	0 %	60 %	0 %	40 %	134047127
41	NC_009140	AGGGG	2	10	44563	44572	20 %	0 %	80 %	0 %	134047127
42	NC_009140	TGGTT	2	10	44588	44597	0 %	60 %	40 %	0 %	134047127
43	NC_009140	GCAAA	2	10	47913	47922	60 %	0 %	20 %	20 %	134047158
44	NC_009140	ATCTG	2	10	50604	50613	20 %	40 %	20 %	20 %	134047236
45	NC_009140	CCCAG	2	10	51144	51153	20 %	0 %	20 %	60 %	134047236
46	NC_009140	AGAGC	2	10	51243	51252	40 %	0 %	40 %	20 %	134047236
47	NC_009140	AGCTG	2	10	51414	51423	20 %	20 %	40 %	20 %	134047096
48	NC_009140	CGAAA	2	10	52857	52866	60 %	0 %	20 %	20 %	134047258
49	NC_009140	CCGAA	2	10	55897	55906	40 %	0 %	20 %	40 %	134047107
50	NC_009140	GAAGC	2	10	57501	57510	40 %	0 %	40 %	20 %	134047150
51	NC_009140	ATCGC	2	10	57754	57763	20 %	20 %	20 %	40 %	134047150
52	NC_009140	CTCAC	2	10	59866	59875	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
53	NC_009140	CAGGA	2	10	60729	60738	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009140	GAACG	2	10	60881	60890	40 %	0 %	40 %	20 %	134047123
55	NC_009140	AATGA	2	10	60902	60911	60 %	20 %	20 %	0 %	134047123
56	NC_009140	CCAGC	2	10	64472	64481	20 %	0 %	20 %	60 %	134047225
57	NC_009140	CTGGC	2	10	64866	64875	0 %	20 %	40 %	40 %	134047225
58	NC_009140	GCTTT	2	10	66569	66578	0 %	60 %	20 %	20 %	134047225
59	NC_009140	CTGTA	2	10	66759	66768	20 %	40 %	20 %	20 %	134047225
60	NC_009140	GTTGG	2	10	66994	67003	0 %	40 %	60 %	0 %	134047225
61	NC_009140	TTTCA	2	10	68268	68277	20 %	60 %	0 %	20 %	134047101
62	NC_009140	CTCAC	2	10	71498	71507	20 %	20 %	0 %	60 %	134047113
63	NC_009140	ATGAA	2	10	74051	74060	60 %	20 %	20 %	0 %	134047098
64	NC_009140	CCAAC	2	10	75326	75335	40 %	0 %	0 %	60 %	134047272
65	NC_009140	TACAG	2	10	75561	75570	40 %	20 %	20 %	20 %	134047272
66	NC_009140	CAAAG	2	10	75750	75759	60 %	0 %	20 %	20 %	134047272
67	NC_009140	GGATG	2	10	77262	77271	20 %	20 %	60 %	0 %	134047272
68	NC_009140	GCCAG	2	10	77454	77463	20 %	0 %	40 %	40 %	134047272
69	NC_009140	GCTGG	2	10	77848	77857	0 %	20 %	60 %	20 %	134047272
70	NC_009140	TCATT	2	10	81418	81427	20 %	60 %	0 %	20 %	134047146
71	NC_009140	CGTTC	2	10	81439	81448	0 %	40 %	20 %	40 %	134047146
72	NC_009140	CCAAG	2	10	84520	84529	40 %	0 %	20 %	40 %	134047165
73	NC_009140	GATCA	2	10	84791	84800	40 %	20 %	20 %	20 %	134047165
74	NC_009140	GAAGA	2	10	85536	85545	60 %	0 %	40 %	0 %	134047266
75	NC_009140	CGACC	2	10	87237	87246	20 %	0 %	20 %	60 %	134047249
76	NC_009140	GGTTT	2	10	95399	95408	0 %	60 %	40 %	0 %	134047175
77	NC_009140	ATCTC	2	10	98994	99003	20 %	40 %	0 %	40 %	134047122
78	NC_009140	CGAGG	2	10	99542	99551	20 %	0 %	60 %	20 %	134047122
79	NC_009140	TCGAT	2	10	102386	102395	20 %	40 %	20 %	20 %	134047195
80	NC_009140	GTCTG	2	10	102403	102412	0 %	40 %	40 %	20 %	134047195
81	NC_009140	ACGAA	2	10	107290	107299	60 %	0 %	20 %	20 %	134047149
82	NC_009140	CAAAG	2	10	109333	109342	60 %	0 %	20 %	20 %	134047130
83	NC_009140	GTTGG	2	10	111874	111883	0 %	40 %	60 %	0 %	134047259
84	NC_009140	TTCGG	2	10	112664	112673	0 %	40 %	40 %	20 %	134047259
85	NC_009140	TAACC	2	10	113540	113549	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_009140	AATCC	2	10	114481	114490	40 %	20 %	0 %	40 %	134047192
87	NC_009140	CTTGG	2	10	115270	115279	0 %	40 %	40 %	20 %	134047085
88	NC_009140	GAGAA	2	10	118504	118513	60 %	0 %	40 %	0 %	134047267
89	NC_009140	GCCGT	2	10	121246	121255	0 %	20 %	40 %	40 %	134047160
90	NC_009140	GCGAA	2	10	121759	121768	40 %	0 %	40 %	20 %	134047160
91	NC_009140	AGCGC	2	10	122669	122678	20 %	0 %	40 %	40 %	134047160
92	NC_009140	GTTCG	2	10	125856	125865	0 %	40 %	40 %	20 %	134047152
93	NC_009140	CGCGG	2	10	126928	126937	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
94	NC_009140	CCCGC	2	10	130268	130277	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
95	NC_009140	GCACC	2	10	131026	131035	20 %	0 %	20 %	60 %	134047141
96	NC_009140	AGGGT	2	10	131427	131436	20 %	20 %	60 %	0 %	134047141
97	NC_009140	AGCCA	2	10	131924	131933	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_009140	TCCGA	2	10	131937	131946	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_009140	ATTTT	2	10	133748	133757	20 %	80 %	0 %	0 %	134047106
100	NC_009140	CAGCG	2	10	134340	134349	20 %	0 %	40 %	40 %	134047234
101	NC_009140	GGGAT	2	10	134483	134492	20 %	20 %	60 %	0 %	134047234
102	NC_009140	TGCCA	2	10	136689	136698	20 %	20 %	20 %	40 %	134047265
103	NC_009140	GGCCT	2	10	141393	141402	0 %	20 %	40 %	40 %	134047166
104	NC_009140	GAGCA	2	10	141582	141591	40 %	0 %	40 %	20 %	134047166
105	NC_009140	GGCCT	2	10	142160	142169	0 %	20 %	40 %	40 %	134047196
106	NC_009140	GAGCA	2	10	142349	142358	40 %	0 %	40 %	20 %	134047196
107	NC_009140	ATCCT	2	10	142954	142963	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_009140	TGGTC	2	10	143400	143409	0 %	40 %	40 %	20 %	134047143
109	NC_009140	TGCCA	2	10	143717	143726	20 %	20 %	20 %	40 %	134047143
110	NC_009140	CGAGG	2	10	147690	147699	20 %	0 %	60 %	20 %	134047116
111	NC_009140	TGGAT	2	10	147775	147784	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009140	AAGGG	2	10	151547	151556	40 %	0 %	60 %	0 %	134047119
113	NC_009140	ATCAC	2	10	152165	152174	40 %	20 %	0 %	40 %	134047119
114	NC_009140	CCGAC	2	10	155078	155087	20 %	0 %	20 %	60 %	134047119
115	NC_009140	ATAGG	2	10	157482	157491	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009140	CGGCA	2	10	160351	160360	20 %	0 %	40 %	40 %	134047136
117	NC_009140	CAAAG	2	10	160510	160519	60 %	0 %	20 %	20 %	134047136
118	NC_009140	CCCCA	2	10	161105	161114	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
119	NC_009140	AATCT	2	10	161197	161206	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009140	CCAAA	2	10	165527	165536	60 %	0 %	0 %	40 %	134047253
121	NC_009140	GAAGC	2	10	165547	165556	40 %	0 %	40 %	20 %	134047253
122	NC_009140	AATGA	2	10	166499	166508	60 %	20 %	20 %	0 %	134047117
123	NC_009140	CAACA	2	10	166510	166519	60 %	0 %	0 %	40 %	134047117
124	NC_009140	GCAAA	2	10	167984	167993	60 %	0 %	20 %	20 %	134047246
125	NC_009140	GCCGC	2	10	170153	170162	0 %	0 %	40 %	60 %	134047246
126	NC_009140	CAGGT	2	10	170412	170421	20 %	20 %	40 %	20 %	134047246
127	NC_009140	CTGAA	2	10	170616	170625	40 %	20 %	20 %	20 %	134047246
128	NC_009140	CCATT	2	10	171921	171930	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_009140	CTTTT	2	10	174796	174805	0 %	80 %	0 %	20 %	134047120

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.