MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 plasmid pSN254

Total Repeats: 427

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009140	AGAT	2	8	178	185	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009140	AGAT	2	8	271	278	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009140	AAGA	2	8	710	717	75 %	0 %	25 %	0 %	134047144
4	NC_009140	GCCA	2	8	936	943	25 %	0 %	25 %	50 %	134047134
5	NC_009140	AAGA	2	8	1271	1278	75 %	0 %	25 %	0 %	134047215
6	NC_009140	GCCA	2	8	1420	1427	25 %	0 %	25 %	50 %	134047215
7	NC_009140	GCTC	2	8	2008	2015	0 %	25 %	25 %	50 %	134047215
8	NC_009140	AAAG	2	8	2267	2274	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009140	CAGG	2	8	2331	2338	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_009140	AATA	2	8	3121	3128	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009140	GATC	2	8	3393	3400	25 %	25 %	25 %	25 %	134047132
12	NC_009140	AACG	2	8	3435	3442	50 %	0 %	25 %	25 %	134047132
13	NC_009140	ACTC	2	8	3503	3510	25 %	25 %	0 %	50 %	134047132
14	NC_009140	ATCC	2	8	3627	3634	25 %	25 %	0 %	50 %	134047132
15	NC_009140	ATCA	2	8	3727	3734	50 %	25 %	0 %	25 %	134047153
16	NC_009140	ATCC	2	8	5204	5211	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_009140	TTGG	2	8	6013	6020	0 %	50 %	50 %	0 %	134047200
18	NC_009140	ATCC	2	8	6710	6717	25 %	25 %	0 %	50 %	134047216
19	NC_009140	TGGT	2	8	6845	6852	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009140	TGGC	2	8	7478	7485	0 %	25 %	50 %	25 %	134047223
21	NC_009140	TCCA	2	8	8785	8792	25 %	25 %	0 %	50 %	134047167
22	NC_009140	TGAT	2	8	9296	9303	25 %	50 %	25 %	0 %	134047167
23	NC_009140	CAAA	2	8	9876	9883	75 %	0 %	0 %	25 %	134047262
24	NC_009140	TGGT	2	8	10511	10518	0 %	50 %	50 %	0 %	134047263
25	NC_009140	TGCC	2	8	11470	11477	0 %	25 %	25 %	50 %	134047212
26	NC_009140	CTAT	2	8	12143	12150	25 %	50 %	0 %	25 %	134047154
27	NC_009140	TCAT	2	8	12485	12492	25 %	50 %	0 %	25 %	134047244
28	NC_009140	GTTC	2	8	12555	12562	0 %	50 %	25 %	25 %	134047244
29	NC_009140	ATGG	2	8	12658	12665	25 %	25 %	50 %	0 %	134047244
30	NC_009140	TGCT	2	8	13030	13037	0 %	50 %	25 %	25 %	134047244
31	NC_009140	GAAG	2	8	13300	13307	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009140	TGGA	2	8	13468	13475	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009140	CTGA	2	8	13617	13624	25 %	25 %	25 %	25 %	134047145
34	NC_009140	AAAC	2	8	14049	14056	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_009140	GAAC	2	8	14560	14567	50 %	0 %	25 %	25 %	134047206
36	NC_009140	CTTA	2	8	15413	15420	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_009140	AGTA	2	8	15493	15500	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009140	TGAA	2	8	15564	15571	50 %	25 %	25 %	0 %	134047121
39	NC_009140	TGGC	2	8	16259	16266	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_009140	GAGC	2	8	16982	16989	25 %	0 %	50 %	25 %	134047168
41	NC_009140	GCAA	2	8	17282	17289	50 %	0 %	25 %	25 %	134047261
42	NC_009140	TTCA	2	8	17919	17926	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_009140	GGAG	2	8	18107	18114	25 %	0 %	75 %	0 %	134047230
44	NC_009140	CGAC	2	8	18150	18157	25 %	0 %	25 %	50 %	134047230
45	NC_009140	GGAT	2	8	18841	18848	25 %	25 %	50 %	0 %	134047198
46	NC_009140	CTTT	2	8	18964	18971	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_009140	GGCG	2	8	19424	19431	0 %	0 %	75 %	25 %	134047087
48	NC_009140	CAGC	2	8	19741	19748	25 %	0 %	25 %	50 %	134047087
49	NC_009140	GCTG	2	8	20501	20508	0 %	25 %	50 %	25 %	134047092
50	NC_009140	CTCG	2	8	21389	21396	0 %	25 %	25 %	50 %	134047139
51	NC_009140	CTGG	2	8	22800	22807	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_009140	GGCA	2	8	22822	22829	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_009140	TGTA	2	8	22871	22878	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009140	GCGG	2	8	23095	23102	0 %	0 %	75 %	25 %	134047191
55	NC_009140	GGGT	2	8	23331	23338	0 %	25 %	75 %	0 %	134047191
56	NC_009140	GGGT	2	8	23590	23597	0 %	25 %	75 %	0 %	134047191
57	NC_009140	TGAC	2	8	24392	24399	25 %	25 %	25 %	25 %	134047191
58	NC_009140	GCCG	2	8	24783	24790	0 %	0 %	50 %	50 %	134047124
59	NC_009140	AACA	2	8	24834	24841	75 %	0 %	0 %	25 %	134047124
60	NC_009140	CTGG	2	8	24863	24870	0 %	25 %	50 %	25 %	134047124
61	NC_009140	ACGG	2	8	25107	25114	25 %	0 %	50 %	25 %	134047124
62	NC_009140	CAGA	2	8	25747	25754	50 %	0 %	25 %	25 %	134047163
63	NC_009140	CGGT	2	8	26479	26486	0 %	25 %	50 %	25 %	134047163
64	NC_009140	GCAG	2	8	27003	27010	25 %	0 %	50 %	25 %	134047131
65	NC_009140	CTGG	2	8	27084	27091	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_009140	GGCA	2	8	27106	27113	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_009140	TGTA	2	8	27155	27162	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009140	GGCA	2	8	27396	27403	25 %	0 %	50 %	25 %	134047112
69	NC_009140	CCTG	2	8	27562	27569	0 %	25 %	25 %	50 %	134047112
70	NC_009140	TTGC	2	8	27577	27584	0 %	50 %	25 %	25 %	134047112
71	NC_009140	AAGC	2	8	27610	27617	50 %	0 %	25 %	25 %	134047112
72	NC_009140	CCAT	2	8	27637	27644	25 %	25 %	0 %	50 %	134047112
73	NC_009140	CGGC	2	8	27853	27860	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
74	NC_009140	AGCG	2	8	27941	27948	25 %	0 %	50 %	25 %	134047112
75	NC_009140	CGGC	2	8	27971	27978	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
76	NC_009140	CAGG	2	8	28906	28913	25 %	0 %	50 %	25 %	134047255
77	NC_009140	CACT	2	8	29325	29332	25 %	25 %	0 %	50 %	134047104
78	NC_009140	CCAG	2	8	30157	30164	25 %	0 %	25 %	50 %	134047221
79	NC_009140	CAGA	2	8	31236	31243	50 %	0 %	25 %	25 %	134047125
80	NC_009140	TTTC	2	8	31596	31603	0 %	75 %	0 %	25 %	134047177
81	NC_009140	ACAG	2	8	31766	31773	50 %	0 %	25 %	25 %	134047177
82	NC_009140	CTGC	2	8	31986	31993	0 %	25 %	25 %	50 %	134047177
83	NC_009140	CGAG	2	8	32142	32149	25 %	0 %	50 %	25 %	134047177
84	NC_009140	GTTT	2	8	33064	33071	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009140	AAAG	2	8	33281	33288	75 %	0 %	25 %	0 %	134047169
86	NC_009140	ATGG	2	8	33303	33310	25 %	25 %	50 %	0 %	134047169
87	NC_009140	TCAT	2	8	33460	33467	25 %	50 %	0 %	25 %	134047169
88	NC_009140	TGAT	2	8	33577	33584	25 %	50 %	25 %	0 %	134047169
89	NC_009140	TGAA	2	8	34543	34550	50 %	25 %	25 %	0 %	134047105
90	NC_009140	ACTG	2	8	34664	34671	25 %	25 %	25 %	25 %	134047105
91	NC_009140	GACC	2	8	35036	35043	25 %	0 %	25 %	50 %	134047105
92	NC_009140	GAAT	2	8	35356	35363	50 %	25 %	25 %	0 %	134047247
93	NC_009140	TCCA	2	8	35768	35775	25 %	25 %	0 %	50 %	134047269
94	NC_009140	CCTG	2	8	36243	36250	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_009140	TTAT	2	8	36469	36476	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009140	AGCA	2	8	36734	36741	50 %	0 %	25 %	25 %	134047210
97	NC_009140	AGGC	2	8	36984	36991	25 %	0 %	50 %	25 %	134047210
98	NC_009140	CAAA	2	8	37484	37491	75 %	0 %	0 %	25 %	134047148
99	NC_009140	GTTC	2	8	37613	37620	0 %	50 %	25 %	25 %	134047148
100	NC_009140	AAGG	2	8	38652	38659	50 %	0 %	50 %	0 %	134047088
101	NC_009140	GAAA	2	8	38827	38834	75 %	0 %	25 %	0 %	134047088
102	NC_009140	TGGT	2	8	39079	39086	0 %	50 %	50 %	0 %	134047256
103	NC_009140	CAGA	2	8	39239	39246	50 %	0 %	25 %	25 %	134047256
104	NC_009140	GTTC	2	8	40330	40337	0 %	50 %	25 %	25 %	134047186
105	NC_009140	AAGG	2	8	40769	40776	50 %	0 %	50 %	0 %	134047186
106	NC_009140	CTCG	2	8	41524	41531	0 %	25 %	25 %	50 %	134047238
107	NC_009140	AGAT	2	8	42132	42139	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009140	GCGA	2	8	42166	42173	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_009140	CCAT	2	8	42607	42614	25 %	25 %	0 %	50 %	134047270
110	NC_009140	AGAC	2	8	43630	43637	50 %	0 %	25 %	25 %	134047127
111	NC_009140	TTTG	2	8	43858	43865	0 %	75 %	25 %	0 %	134047127
112	NC_009140	GCAA	2	8	43908	43915	50 %	0 %	25 %	25 %	134047127
113	NC_009140	TTTG	2	8	43952	43959	0 %	75 %	25 %	0 %	134047127
114	NC_009140	CAAA	2	8	44080	44087	75 %	0 %	0 %	25 %	134047127
115	NC_009140	GCCA	2	8	44345	44352	25 %	0 %	25 %	50 %	134047127
116	NC_009140	ACAA	2	8	44804	44811	75 %	0 %	0 %	25 %	134047127
117	NC_009140	ACCA	2	8	44910	44917	50 %	0 %	0 %	50 %	134047127
118	NC_009140	CAAA	2	8	45023	45030	75 %	0 %	0 %	25 %	134047127
119	NC_009140	AGGG	2	8	45212	45219	25 %	0 %	75 %	0 %	134047127
120	NC_009140	GCCA	2	8	45359	45366	25 %	0 %	25 %	50 %	134047127
121	NC_009140	CAGC	2	8	48108	48115	25 %	0 %	25 %	50 %	134047158
122	NC_009140	CTGA	2	8	48287	48294	25 %	25 %	25 %	25 %	134047158
123	NC_009140	AACA	2	8	48303	48310	75 %	0 %	0 %	25 %	134047158
124	NC_009140	GCAA	2	8	48749	48756	50 %	0 %	25 %	25 %	134047158
125	NC_009140	AAAC	2	8	49086	49093	75 %	0 %	0 %	25 %	134047158
126	NC_009140	GGCT	2	8	49450	49457	0 %	25 %	50 %	25 %	134047236
127	NC_009140	GGCA	2	8	50213	50220	25 %	0 %	50 %	25 %	134047236
128	NC_009140	TGGT	2	8	50702	50709	0 %	50 %	50 %	0 %	134047236
129	NC_009140	ATGA	2	8	51323	51330	50 %	25 %	25 %	0 %	134047096
130	NC_009140	CAGC	2	8	51499	51506	25 %	0 %	25 %	50 %	134047096
131	NC_009140	GACA	2	8	51875	51882	50 %	0 %	25 %	25 %	134047224
132	NC_009140	AGGG	2	8	52423	52430	25 %	0 %	75 %	0 %	134047224
133	NC_009140	TTGC	2	8	52573	52580	0 %	50 %	25 %	25 %	134047258
134	NC_009140	GCTG	2	8	53132	53139	0 %	25 %	50 %	25 %	134047170
135	NC_009140	GGTT	2	8	53488	53495	0 %	50 %	50 %	0 %	134047099
136	NC_009140	AGCA	2	8	53880	53887	50 %	0 %	25 %	25 %	134047099
137	NC_009140	TTCA	2	8	54154	54161	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_009140	AACC	2	8	54924	54931	50 %	0 %	0 %	50 %	134047157
139	NC_009140	GGAT	2	8	54960	54967	25 %	25 %	50 %	0 %	134047157
140	NC_009140	TGAT	2	8	55369	55376	25 %	50 %	25 %	0 %	134047205
141	NC_009140	TGAA	2	8	55829	55836	50 %	25 %	25 %	0 %	134047107
142	NC_009140	AGCC	2	8	56194	56201	25 %	0 %	25 %	50 %	134047107
143	NC_009140	CGGT	2	8	56218	56225	0 %	25 %	50 %	25 %	134047107
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416	NC_009140	TCCC	2	8	171662	171669	0 %	25 %	0 %	75 %	134047240
417	NC_009140	CAAA	2	8	172034	172041	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
418	NC_009140	TCTG	2	8	172850	172857	0 %	50 %	25 %	25 %	134047211
419	NC_009140	CTAT	2	8	173329	173336	25 %	50 %	0 %	25 %	134047211
420	NC_009140	ACAG	2	8	173809	173816	50 %	0 %	25 %	25 %	134047245
421	NC_009140	GTAC	2	8	174426	174433	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
422	NC_009140	AAGG	2	8	174486	174493	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
423	NC_009140	CCAG	2	8	175429	175436	25 %	0 %	25 %	50 %	134047108
424	NC_009140	CATC	2	8	175451	175458	25 %	25 %	0 %	50 %	134047108
425	NC_009140	CAGG	2	8	175961	175968	25 %	0 %	50 %	25 %	134047108
426	NC_009140	ATCA	2	8	176124	176131	50 %	25 %	0 %	25 %	134047108
427	NC_009140	TTGC	2	8	176335	176342	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.