MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 plasmid pSN254

Total Repeats: 286

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009140	GA	3	6	60	65	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009140	AT	3	6	107	112	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009140	TA	3	6	2422	2427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009140	AT	3	6	2637	2642	50 %	50 %	0 %	0 %	134047218
5	NC_009140	CA	3	6	2746	2751	50 %	0 %	0 %	50 %	134047218
6	NC_009140	CA	3	6	6422	6427	50 %	0 %	0 %	50 %	134047216
7	NC_009140	CA	3	6	6571	6576	50 %	0 %	0 %	50 %	134047216
8	NC_009140	AC	3	6	9365	9370	50 %	0 %	0 %	50 %	134047167
9	NC_009140	AC	3	6	9869	9874	50 %	0 %	0 %	50 %	134047262
10	NC_009140	CA	3	6	10900	10905	50 %	0 %	0 %	50 %	134047090
11	NC_009140	GA	3	6	11948	11953	50 %	0 %	50 %	0 %	134047154
12	NC_009140	TA	3	6	11973	11978	50 %	50 %	0 %	0 %	134047154
13	NC_009140	GA	3	6	13971	13976	50 %	0 %	50 %	0 %	134047145
14	NC_009140	GA	3	6	14263	14268	50 %	0 %	50 %	0 %	134047232
15	NC_009140	GA	3	6	14677	14682	50 %	0 %	50 %	0 %	134047206
16	NC_009140	TA	3	6	15436	15441	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009140	AC	3	6	15738	15743	50 %	0 %	0 %	50 %	134047121
18	NC_009140	AG	3	6	15853	15858	50 %	0 %	50 %	0 %	134047121
19	NC_009140	TC	3	6	17851	17856	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009140	GC	3	6	19411	19416	0 %	0 %	50 %	50 %	134047087
21	NC_009140	GA	3	6	19530	19535	50 %	0 %	50 %	0 %	134047087
22	NC_009140	TC	3	6	20714	20719	0 %	50 %	0 %	50 %	134047092
23	NC_009140	CG	3	6	20832	20837	0 %	0 %	50 %	50 %	134047092
24	NC_009140	CG	3	6	21156	21161	0 %	0 %	50 %	50 %	134047139
25	NC_009140	CG	3	6	21292	21297	0 %	0 %	50 %	50 %	134047139
26	NC_009140	GC	3	6	21531	21536	0 %	0 %	50 %	50 %	134047139
27	NC_009140	TG	3	6	22763	22768	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009140	GT	3	6	23491	23496	0 %	50 %	50 %	0 %	134047191
29	NC_009140	GC	3	6	26923	26928	0 %	0 %	50 %	50 %	134047131
30	NC_009140	CG	4	8	28152	28159	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
31	NC_009140	GC	3	6	28348	28353	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
32	NC_009140	CG	3	6	28582	28587	0 %	0 %	50 %	50 %	134047112
33	NC_009140	GC	4	8	28935	28942	0 %	0 %	50 %	50 %	134047255
34	NC_009140	CT	3	6	29454	29459	0 %	50 %	0 %	50 %	134047104
35	NC_009140	CG	3	6	29515	29520	0 %	0 %	50 %	50 %	134047104
36	NC_009140	GA	3	6	30028	30033	50 %	0 %	50 %	0 %	134047221
37	NC_009140	GC	3	6	30302	30307	0 %	0 %	50 %	50 %	134047221
38	NC_009140	GA	3	6	30448	30453	50 %	0 %	50 %	0 %	134047221
39	NC_009140	GC	3	6	30809	30814	0 %	0 %	50 %	50 %	134047125
40	NC_009140	GT	3	6	31648	31653	0 %	50 %	50 %	0 %	134047177
41	NC_009140	GC	4	8	31740	31747	0 %	0 %	50 %	50 %	134047177
42	NC_009140	GC	3	6	31924	31929	0 %	0 %	50 %	50 %	134047177
43	NC_009140	CG	3	6	32195	32200	0 %	0 %	50 %	50 %	134047177
44	NC_009140	CT	3	6	33657	33662	0 %	50 %	0 %	50 %	134047169
45	NC_009140	TG	3	6	34467	34472	0 %	50 %	50 %	0 %	134047105
46	NC_009140	AG	3	6	35173	35178	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009140	TC	3	6	35729	35734	0 %	50 %	0 %	50 %	134047269
48	NC_009140	GA	3	6	35979	35984	50 %	0 %	50 %	0 %	134047269
49	NC_009140	GA	3	6	36121	36126	50 %	0 %	50 %	0 %	134047269
50	NC_009140	TG	3	6	36950	36955	0 %	50 %	50 %	0 %	134047210
51	NC_009140	AC	3	6	39548	39553	50 %	0 %	0 %	50 %	134047186
52	NC_009140	TC	3	6	40093	40098	0 %	50 %	0 %	50 %	134047186
53	NC_009140	AG	3	6	40353	40358	50 %	0 %	50 %	0 %	134047186
54	NC_009140	AG	3	6	40439	40444	50 %	0 %	50 %	0 %	134047186
55	NC_009140	GA	3	6	40477	40482	50 %	0 %	50 %	0 %	134047186
56	NC_009140	GA	3	6	40893	40898	50 %	0 %	50 %	0 %	134047162
57	NC_009140	GA	4	8	42271	42278	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009140	TC	3	6	43480	43485	0 %	50 %	0 %	50 %	134047127
59	NC_009140	TC	3	6	44788	44793	0 %	50 %	0 %	50 %	134047127
60	NC_009140	GT	3	6	46338	46343	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009140	CT	3	6	46606	46611	0 %	50 %	0 %	50 %	134047158
62	NC_009140	AG	3	6	47182	47187	50 %	0 %	50 %	0 %	134047158
63	NC_009140	AC	3	6	47430	47435	50 %	0 %	0 %	50 %	134047158
64	NC_009140	TC	3	6	48547	48552	0 %	50 %	0 %	50 %	134047158
65	NC_009140	TC	3	6	48729	48734	0 %	50 %	0 %	50 %	134047158
66	NC_009140	GA	3	6	49761	49766	50 %	0 %	50 %	0 %	134047236
67	NC_009140	TG	3	6	51255	51260	0 %	50 %	50 %	0 %	134047096
68	NC_009140	AG	4	8	51522	51529	50 %	0 %	50 %	0 %	134047096
69	NC_009140	TG	3	6	52085	52090	0 %	50 %	50 %	0 %	134047224
70	NC_009140	TC	3	6	52681	52686	0 %	50 %	0 %	50 %	134047258
71	NC_009140	AG	3	6	52879	52884	50 %	0 %	50 %	0 %	134047258
72	NC_009140	GT	3	6	53004	53009	0 %	50 %	50 %	0 %	134047170
73	NC_009140	AC	3	6	53141	53146	50 %	0 %	0 %	50 %	134047170
74	NC_009140	AG	3	6	53274	53279	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009140	TC	3	6	55018	55023	0 %	50 %	0 %	50 %	134047157
76	NC_009140	TC	3	6	55343	55348	0 %	50 %	0 %	50 %	134047205
77	NC_009140	TG	3	6	56429	56434	0 %	50 %	50 %	0 %	134047107
78	NC_009140	AT	3	6	59100	59105	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009140	TA	3	6	60096	60101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009140	CA	3	6	60662	60667	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009140	AG	3	6	61337	61342	50 %	0 %	50 %	0 %	134047123
82	NC_009140	AG	3	6	61714	61719	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
83	NC_009140	TC	3	6	61868	61873	0 %	50 %	0 %	50 %	134047225
84	NC_009140	CA	3	6	63199	63204	50 %	0 %	0 %	50 %	134047225
85	NC_009140	AG	3	6	64107	64112	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
86	NC_009140	AC	3	6	64551	64556	50 %	0 %	0 %	50 %	134047225
87	NC_009140	AG	3	6	64686	64691	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
88	NC_009140	GA	3	6	66026	66031	50 %	0 %	50 %	0 %	134047225
89	NC_009140	TC	3	6	66167	66172	0 %	50 %	0 %	50 %	134047225
90	NC_009140	TG	3	6	67263	67268	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009140	GT	3	6	67274	67279	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009140	CA	3	6	67802	67807	50 %	0 %	0 %	50 %	134047260
93	NC_009140	CT	3	6	68011	68016	0 %	50 %	0 %	50 %	134047260
94	NC_009140	GC	3	6	68580	68585	0 %	0 %	50 %	50 %	134047101
95	NC_009140	GC	3	6	69422	69427	0 %	0 %	50 %	50 %	134047199
96	NC_009140	GT	3	6	70019	70024	0 %	50 %	50 %	0 %	134047199
97	NC_009140	GT	3	6	70091	70096	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009140	CA	3	6	70148	70153	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_009140	AT	3	6	70732	70737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009140	TA	3	6	71728	71733	50 %	50 %	0 %	0 %	134047113
101	NC_009140	TG	3	6	72176	72181	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009140	AC	3	6	72305	72310	50 %	0 %	0 %	50 %	134047254
103	NC_009140	GC	3	6	72902	72907	0 %	0 %	50 %	50 %	134047254
104	NC_009140	GC	3	6	73744	73749	0 %	0 %	50 %	50 %	134047098
105	NC_009140	AG	3	6	74313	74318	50 %	0 %	50 %	0 %	134047220
106	NC_009140	TG	3	6	74522	74527	0 %	50 %	50 %	0 %	134047220
107	NC_009140	AC	3	6	75050	75055	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_009140	CA	3	6	75061	75066	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_009140	GA	3	6	76157	76162	50 %	0 %	50 %	0 %	134047272
110	NC_009140	CT	3	6	76297	76302	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
111	NC_009140	CT	3	6	77638	77643	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
112	NC_009140	GT	3	6	77773	77778	0 %	50 %	50 %	0 %	134047272
113	NC_009140	CT	3	6	78217	78222	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
114	NC_009140	TG	3	6	79125	79130	0 %	50 %	50 %	0 %	134047272
115	NC_009140	GA	3	6	80456	80461	50 %	0 %	50 %	0 %	134047272
116	NC_009140	TC	3	6	80609	80614	0 %	50 %	0 %	50 %	134047272
117	NC_009140	CT	3	6	80987	80992	0 %	50 %	0 %	50 %	134047146
118	NC_009140	TG	3	6	81662	81667	0 %	50 %	50 %	0 %	134047203
119	NC_009140	TG	3	6	81674	81679	0 %	50 %	50 %	0 %	134047203
120	NC_009140	CT	3	6	82505	82510	0 %	50 %	0 %	50 %	134047203
121	NC_009140	TC	3	6	83330	83335	0 %	50 %	0 %	50 %	134047203
122	NC_009140	AC	3	6	83760	83765	50 %	0 %	0 %	50 %	134047203
123	NC_009140	AG	3	6	84685	84690	50 %	0 %	50 %	0 %	134047165
124	NC_009140	CA	3	6	85980	85985	50 %	0 %	0 %	50 %	134047266
125	NC_009140	CT	3	6	86161	86166	0 %	50 %	0 %	50 %	134047159
126	NC_009140	CT	3	6	86256	86261	0 %	50 %	0 %	50 %	134047159
127	NC_009140	CT	3	6	86392	86397	0 %	50 %	0 %	50 %	134047159
128	NC_009140	AG	3	6	87014	87019	50 %	0 %	50 %	0 %	134047249
129	NC_009140	TA	3	6	89867	89872	50 %	50 %	0 %	0 %	134047133
130	NC_009140	AT	3	6	90095	90100	50 %	50 %	0 %	0 %	134047133
131	NC_009140	CT	3	6	90281	90286	0 %	50 %	0 %	50 %	134047133
132	NC_009140	GC	3	6	90615	90620	0 %	0 %	50 %	50 %	134047133
133	NC_009140	AG	3	6	91880	91885	50 %	0 %	50 %	0 %	134047093
134	NC_009140	TC	3	6	93056	93061	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_009140	CT	3	6	93131	93136	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_009140	TC	3	6	94984	94989	0 %	50 %	0 %	50 %	134047175
137	NC_009140	AG	3	6	95719	95724	50 %	0 %	50 %	0 %	134047264
138	NC_009140	GA	3	6	97238	97243	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009140	GA	3	6	97554	97559	50 %	0 %	50 %	0 %	134047100
140	NC_009140	AG	4	8	97839	97846	50 %	0 %	50 %	0 %	134047100
141	NC_009140	AG	3	6	98131	98136	50 %	0 %	50 %	0 %	134047100
142	NC_009140	CA	3	6	102064	102069	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_009140	CT	3	6	102160	102165	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_009140	TG	3	6	102249	102254	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009140	CA	3	6	102274	102279	50 %	0 %	0 %	50 %	134047195
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.