MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Herminiimonas arsenicoxydans chromosome

Total Repeats: 322

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009138	GCCTG	2	10	145	154	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_009138	TTCGC	2	10	8172	8181	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_009138	GATGG	2	10	10674	10683	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009138	TTCAA	2	10	28040	28049	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009138	ACCTG	2	10	30937	30946	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_009138	GTGCA	2	10	46724	46733	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_009138	AATTT	2	10	53138	53147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009138	AAGTG	2	10	58593	58602	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009138	GTTCA	2	10	67967	67976	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_009138	ATGGC	2	10	85827	85836	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009138	GGCAA	2	10	93516	93525	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_009138	ATGGA	2	10	124167	124176	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009138	TTTTG	2	10	160105	160114	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009138	GGCCG	2	10	161979	161988	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_009138	CCTGA	2	10	175893	175902	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_009138	CATTT	2	10	185284	185293	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_009138	ACAAA	2	10	189694	189703	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_009138	GTTTT	2	10	193917	193926	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009138	TGCCT	2	10	194762	194771	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_009138	ATCTC	2	10	202557	202566	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_009138	TCGTG	2	10	203893	203902	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_009138	ATCAA	2	10	204818	204827	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_009138	CGATT	2	10	207865	207874	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009138	GAGCG	2	10	210198	210207	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009138	TGGCG	2	10	217824	217833	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009138	TAAAA	2	10	237378	237387	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009138	GAATC	2	10	256123	256132	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009138	GTTTG	2	10	275332	275341	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009138	GCATC	2	10	275553	275562	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_009138	GTTCA	2	10	309926	309935	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_009138	TTTCA	2	10	322295	322304	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_009138	TTTCG	2	10	325839	325848	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_009138	TAATA	2	10	335107	335116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009138	GAAGA	2	10	345156	345165	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009138	TGAAA	2	10	350498	350507	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009138	AACTT	2	10	394770	394779	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_009138	TACGA	2	10	396480	396489	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_009138	GTGCT	2	10	401273	401282	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009138	GCAAT	2	10	408656	408665	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009138	TTGCA	2	10	425309	425318	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_009138	ATTTT	2	10	426228	426237	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009138	GAAAA	2	10	439816	439825	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009138	GACCA	2	10	445145	445154	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_009138	ATCGT	2	10	465725	465734	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009138	CAGTC	2	10	467032	467041	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_009138	CCATT	2	10	475069	475078	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_009138	CGTTT	2	10	484479	484488	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009138	AATGT	2	10	497291	497300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009138	TCTTT	2	10	498581	498590	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009138	TTCAA	2	10	507362	507371	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_009138	CAATG	2	10	508404	508413	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_009138	GGATC	2	10	508574	508583	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_009138	TCAAA	2	10	508844	508853	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_009138	AACGA	2	10	509918	509927	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009138	ACTGA	2	10	511767	511776	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_009138	GTTCA	2	10	513209	513218	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_009138	CAGGG	2	10	514764	514773	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_009138	ACTTC	2	10	514881	514890	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_009138	AATGT	2	10	518438	518447	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009138	TCAAT	2	10	530900	530909	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_009138	ATCTC	2	10	574792	574801	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_009138	TCGTG	2	10	576128	576137	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_009138	ATCAA	2	10	577053	577062	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_009138	CTTCA	2	10	580533	580542	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_009138	CATGT	2	10	610954	610963	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_009138	GATGA	2	10	611187	611196	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009138	CGGCA	2	10	644679	644688	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_009138	TACTT	2	10	653963	653972	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_009138	ATGAA	2	10	657601	657610	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009138	CACAT	2	10	661429	661438	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_009138	TTCCT	2	10	667442	667451	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_009138	AACGC	2	10	677639	677648	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_009138	TAATT	2	10	691722	691731	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009138	GGGAT	2	10	706362	706371	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009138	CGCGT	2	10	715306	715315	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_009138	AAATT	2	10	717943	717952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009138	ATGTT	2	10	743524	743533	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009138	TTGCA	2	10	749000	749009	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_009138	ATTTG	2	10	764996	765005	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009138	ATCAA	2	10	765023	765032	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_009138	TGAAA	2	10	765922	765931	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009138	GTTTG	2	10	767139	767148	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009138	ATGCC	2	10	773628	773637	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_009138	GATAT	2	10	775410	775419	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009138	AGGTA	2	10	785340	785349	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009138	GCATC	2	10	797417	797426	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_009138	GGCTA	2	10	814111	814120	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_009138	GATGC	2	10	823273	823282	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009138	CAGTC	2	10	826744	826753	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_009138	GCAGG	2	10	832690	832699	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009138	GAATG	2	10	834899	834908	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009138	GGCGC	2	10	838785	838794	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009138	GCGCG	2	10	860569	860578	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
94	NC_009138	GGCGG	2	10	869061	869070	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009138	ATTTA	2	10	887958	887967	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009138	ATATC	2	10	898713	898722	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009138	GACGG	2	10	898756	898765	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_009138	ATCAA	2	10	898858	898867	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_009138	CGGTT	2	10	899117	899126	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_009138	ACCGT	2	10	909682	909691	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_009138	CAAAT	2	10	922653	922662	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009138	ATTGC	2	10	928089	928098	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_009138	ATTTC	2	10	930970	930979	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009138	TCGAA	2	10	936816	936825	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_009138	CCGAG	2	10	943535	943544	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_009138	CTTTT	2	10	954113	954122	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_009138	CGCGA	2	10	966165	966174	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_009138	GAATG	2	10	981188	981197	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009138	GCATG	2	10	987486	987495	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_009138	TGTGC	2	10	988164	988173	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009138	ATTTT	2	10	997124	997133	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009138	TTCAT	2	10	1000019	1000028	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_009138	ACTGA	2	10	1002398	1002407	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_009138	AATGT	2	10	1002659	1002668	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009138	ATCGG	2	10	1002889	1002898	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_009138	CCTAC	2	10	1004941	1004950	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
117	NC_009138	GTCCG	2	10	1040600	1040609	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_009138	TCATG	2	10	1048502	1048511	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_009138	TGTTT	2	10	1051098	1051107	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009138	CTTGT	2	10	1061955	1061964	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_009138	TAATT	2	10	1063899	1063908	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009138	GCACA	2	10	1082149	1082158	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_009138	ATGCA	2	10	1089512	1089521	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_009138	GTTGA	2	10	1091441	1091450	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009138	GATGT	2	10	1110355	1110364	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009138	GGCTG	2	10	1123023	1123032	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_009138	TAGTT	2	10	1154322	1154331	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009138	GCGCA	2	10	1181443	1181452	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_009138	TATCG	2	10	1192813	1192822	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_009138	GCGAC	2	10	1202678	1202687	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_009138	CCGGC	2	10	1217625	1217634	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
132	NC_009138	TGGAC	2	10	1223760	1223769	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_009138	TTCAA	2	10	1248101	1248110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009138	GTCTG	2	10	1252249	1252258	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009138	ACCAA	2	10	1258545	1258554	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_009138	AAGCA	2	10	1283939	1283948	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009138	ATTTC	2	10	1292473	1292482	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009138	GCCAG	2	10	1341454	1341463	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_009138	GCATC	2	10	1352449	1352458	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_009138	GCGCT	2	10	1352495	1352504	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_009138	AATTC	2	10	1359826	1359835	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_009138	AGACT	2	10	1376184	1376193	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_009138	CAGAT	2	10	1376766	1376775	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_009138	GGGCG	2	10	1423708	1423717	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
145	NC_009138	TGGAC	2	10	1423775	1423784	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_009138	GAATG	2	10	1459561	1459570	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009138	CGATG	2	10	1463458	1463467	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_009138	AAAAT	2	10	1472109	1472118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_009138	CATTT	2	10	1498698	1498707	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_009138	GCCGC	2	10	1504879	1504888	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
152	NC_009138	GCCTT	2	10	1507104	1507113	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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154	NC_009138	CCAAA	2	10	1542097	1542106	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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157	NC_009138	TCATT	2	10	1599590	1599599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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173	NC_009138	AGTTG	2	10	1745199	1745208	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
174	NC_009138	TGATT	2	10	1762162	1762171	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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277	NC_009138	CAATA	2	10	2930044	2930053	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
278	NC_009138	CGCTG	2	10	2944954	2944963	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
279	NC_009138	ATGCG	2	10	2951287	2951296	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
280	NC_009138	AATAA	2	10	3001569	3001578	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_009138	CATCG	2	10	3005633	3005642	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
282	NC_009138	AATTT	2	10	3010470	3010479	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_009138	AGATA	2	10	3016704	3016713	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
284	NC_009138	TTAAA	3	15	3037645	3037659	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_009138	GCCGC	3	15	3063259	3063273	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
286	NC_009138	GCTGC	2	10	3123924	3123933	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
287	NC_009138	CTTGC	2	10	3135503	3135512	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_009138	GCTTG	2	10	3150800	3150809	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
289	NC_009138	CATAG	2	10	3150981	3150990	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
290	NC_009138	CTTGC	2	10	3155237	3155246	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
291	NC_009138	AATTT	2	10	3155746	3155755	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_009138	ATCGC	2	10	3164492	3164501	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_009138	TCAAT	2	10	3166704	3166713	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
294	NC_009138	CATCG	2	10	3167122	3167131	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_009138	TCAAG	2	10	3170196	3170205	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_009138	GCCAC	2	10	3171747	3171756	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
297	NC_009138	GAGCC	2	10	3176651	3176660	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
298	NC_009138	GATAG	2	10	3179599	3179608	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
299	NC_009138	ACTTA	2	10	3181481	3181490	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_009138	ATCGC	2	10	3198961	3198970	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
301	NC_009138	AAGAC	2	10	3210116	3210125	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
302	NC_009138	TGAAT	2	10	3239319	3239328	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
303	NC_009138	CGGCA	2	10	3242896	3242905	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
304	NC_009138	CGCTC	2	10	3266801	3266810	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
305	NC_009138	GCATG	2	10	3282039	3282048	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
306	NC_009138	TTTTA	2	10	3289930	3289939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_009138	TTTAC	2	10	3311471	3311480	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
308	NC_009138	GCATG	2	10	3317286	3317295	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
309	NC_009138	AAAAG	2	10	3320723	3320732	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
310	NC_009138	AGCAT	2	10	3323277	3323286	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
311	NC_009138	GAGCT	2	10	3323332	3323341	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
312	NC_009138	GTTTT	2	10	3331619	3331628	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
313	NC_009138	AGACA	2	10	3339874	3339883	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
314	NC_009138	CAAAA	2	10	3340104	3340113	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
315	NC_009138	TACTT	2	10	3344879	3344888	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
316	NC_009138	AATGA	2	10	3356015	3356024	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
317	NC_009138	TAGGC	2	10	3361824	3361833	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
318	NC_009138	ATTGC	2	10	3372753	3372762	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
319	NC_009138	TGCAA	2	10	3379160	3379169	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
320	NC_009138	GTTGC	2	10	3392271	3392280	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
321	NC_009138	CGCTG	2	10	3393370	3393379	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
322	NC_009138	GCAGT	2	10	3417775	3417784	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.