MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Clostridium difficile 630

Total Repeats: 2531

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009089	GTTGCA	2	12	376	387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126697567
2	NC_009089	GAATTG	2	12	1599	1610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400927236
3	NC_009089	TTATAT	2	12	3586	3597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126697570
4	NC_009089	AATTAT	2	12	5617	5628	50 %	50 %	0 %	0 %	126697571
5	NC_009089	AAAGTT	2	12	6777	6788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697572
6	NC_009089	ATGCTA	2	12	6988	6999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	126697572
7	NC_009089	AACTAC	2	12	7703	7714	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	126697572
8	NC_009089	AAAAAT	2	12	9818	9829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697576
9	NC_009089	ATAAAA	2	12	9924	9935	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697577
10	NC_009089	GATTTA	2	12	23187	23198	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009089	TAAAGA	2	12	25052	25063	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009089	TATGTT	2	12	33033	33044	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009089	ATATGA	2	12	34560	34571	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009089	TGGCGG	2	12	35361	35372	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126697587
15	NC_009089	TTAGAG	2	12	36128	36139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697587
16	NC_009089	ACTAAA	2	12	36910	36921	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697587
17	NC_009089	AGATAA	2	12	37539	37550	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697587
18	NC_009089	AAAGCT	2	12	39491	39502	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	400927238
19	NC_009089	AATTAA	2	12	41258	41269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697589
20	NC_009089	ACAGGA	2	12	42355	42366	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	126697591
21	NC_009089	TAGAAA	2	12	44184	44195	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697592
22	NC_009089	AAAGAA	2	12	44204	44215	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697592
23	NC_009089	ATTTTT	2	12	44548	44559	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	126697592
24	NC_009089	TAATTG	2	12	47029	47040	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697594
25	NC_009089	TGATTT	2	12	55507	55518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697599
26	NC_009089	GTTATT	2	12	57200	57211	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009089	TGAAAA	2	12	60769	60780	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697604
28	NC_009089	AGAAGG	2	12	61808	61819	50 %	0 %	50 %	0 %	126697605
29	NC_009089	AGATGT	2	12	62333	62344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697605
30	NC_009089	AGTAAA	2	12	66582	66593	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697606
31	NC_009089	TATTAA	2	12	68416	68427	50 %	50 %	0 %	0 %	126697609
32	NC_009089	ATAAGA	2	12	69313	69324	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697610
33	NC_009089	ATAAAA	2	12	69510	69521	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697610
34	NC_009089	AAAATC	2	12	70642	70653	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697612
35	NC_009089	AAATAT	2	12	71837	71848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697613
36	NC_009089	TAGGAT	2	12	72432	72443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697614
37	NC_009089	CTGATG	2	12	72528	72539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126697614
38	NC_009089	AATATA	2	12	72993	73004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009089	TAAGAT	2	12	77478	77489	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697617
40	NC_009089	ATATGC	2	12	79391	79402	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	400927240
41	NC_009089	AAAGCT	2	12	80549	80560	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697619
42	NC_009089	TGAAAT	2	12	80578	80589	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697619
43	NC_009089	AGTTAG	2	12	82799	82810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697622
44	NC_009089	GCTAAA	2	12	83727	83738	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697624
45	NC_009089	CAAGCA	2	12	84534	84545	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	126697624
46	NC_009089	AGTTTT	2	12	86881	86892	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697629
47	NC_009089	TCAGCT	2	12	88237	88248	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	126697631
48	NC_009089	AGGATT	2	12	88374	88385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697631
49	NC_009089	TAGGAA	2	12	90752	90763	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	126697633
50	NC_009089	AATATA	2	12	100840	100851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009089	GCTAAA	2	12	100919	100930	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697638
52	NC_009089	CAAGCA	2	12	101726	101737	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	126697638
53	NC_009089	AGCTAA	2	12	105822	105833	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697645
54	NC_009089	ATAGAA	2	12	106187	106198	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697646
55	NC_009089	AGTTTC	2	12	108851	108862	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	126697652
56	NC_009089	AATGAC	2	12	109317	109328	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697654
57	NC_009089	AAAGGT	2	12	110221	110232	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	126697655
58	NC_009089	GAAAAG	2	12	115263	115274	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126697665
59	NC_009089	AAGCAA	2	12	115304	115315	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	126697665
60	NC_009089	CTAGAA	2	12	115793	115804	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697666
61	NC_009089	ATAGAA	2	12	117015	117026	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697669
62	NC_009089	AAAAAG	2	12	117742	117753	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697669
63	NC_009089	GATTTA	2	12	122538	122549	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697676
64	NC_009089	TATACA	2	12	123144	123155	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009089	TCTAAT	2	12	123529	123540	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697677
66	NC_009089	TATTTT	2	12	123942	123953	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009089	AAATTT	2	12	140743	140754	50 %	50 %	0 %	0 %	126697680
68	NC_009089	AAAATA	2	12	154796	154807	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697682
69	NC_009089	TCAAAA	2	12	157028	157039	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697684
70	NC_009089	AAGAAT	2	12	158264	158275	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697686
71	NC_009089	CCATTC	2	12	160066	160077	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	126697688
72	NC_009089	AGGATT	2	12	160889	160900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697689
73	NC_009089	AGATGT	2	12	161363	161374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697690
74	NC_009089	GTTGGT	2	12	163926	163937	0 %	50 %	50 %	0 %	126697692
75	NC_009089	CTATAA	2	12	172590	172601	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	126697699
76	NC_009089	TTTAGT	2	12	174533	174544	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697702
77	NC_009089	GCAGGA	2	12	176211	176222	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	126697703
78	NC_009089	AATTTT	2	12	176912	176923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126697703
79	NC_009089	AAATGA	2	12	177334	177345	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697704
80	NC_009089	ATAGAT	2	12	178160	178171	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697704
81	NC_009089	AGATAA	2	12	179131	179142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697704
82	NC_009089	ATAATT	2	12	181002	181013	50 %	50 %	0 %	0 %	126697706
83	NC_009089	AAAAGA	2	12	182053	182064	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697706
84	NC_009089	AGCTGG	2	12	184724	184735	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	126697710
85	NC_009089	AGCTAC	2	12	185893	185904	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	126697711
86	NC_009089	AGAAAA	2	12	186790	186801	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697712
87	NC_009089	TAAATA	2	12	188167	188178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009089	ATAGTA	2	12	190209	190220	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697715
89	NC_009089	CTGGAG	2	12	192706	192717	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	126697716
90	NC_009089	GATATA	2	12	194312	194323	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400927245
91	NC_009089	AGAATA	2	12	194946	194957	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400927245
92	NC_009089	TAGGTT	2	12	197428	197439	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	126697719
93	NC_009089	AAATTT	2	12	197724	197735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009089	GAAAAT	2	12	199105	199116	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697721
95	NC_009089	TTTTAG	2	12	201359	201370	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697724
96	NC_009089	AACAAT	2	12	206668	206679	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697728
97	NC_009089	TAAATA	2	12	208898	208909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009089	AAAATT	2	12	208928	208939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009089	ATATTA	2	12	209126	209137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009089	GTTTTT	2	12	209990	210001	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009089	TAGTTT	2	12	210239	210250	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009089	TGTATT	2	12	210825	210836	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009089	ATAGAA	2	12	214007	214018	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697732
104	NC_009089	AATGAA	2	12	215171	215182	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697732
105	NC_009089	CATCTT	2	12	216786	216797	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	126697735
106	NC_009089	GAAATT	2	12	217345	217356	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009089	TATGAT	2	12	217389	217400	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697736
108	NC_009089	ATTTTG	2	12	217691	217702	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009089	ATGCAG	2	12	219515	219526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	126697738
110	NC_009089	TACATT	2	12	219981	219992	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697738
111	NC_009089	TCCTAT	2	12	220650	220661	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_009089	TACCAA	2	12	220963	220974	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	126697739
113	NC_009089	ATCATT	2	12	222659	222670	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697739
114	NC_009089	AATTTA	2	12	222859	222870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009089	AAATAG	2	12	223957	223968	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009089	TAAAAT	2	12	224401	224412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697741
117	NC_009089	TTTCAA	2	12	225576	225587	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697742
118	NC_009089	CTAAAA	2	12	225801	225812	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697742
119	NC_009089	TATCCA	2	12	226934	226945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126697742
120	NC_009089	TTTAGA	2	12	228030	228041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697743
121	NC_009089	AAGATG	2	12	231474	231485	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	126697747
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240	NC_009089	CTGTGC	2	12	441742	441753	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126697942
241	NC_009089	TTTCCT	2	12	442076	442087	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	126697942
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249	NC_009089	CTAGCA	2	12	467558	467569	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	126697964
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351	NC_009089	CATATT	2	12	669997	670008	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
352	NC_009089	GATATA	2	12	676126	676137	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126698146
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