MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile 630

Total Repeats: 2049

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009089	GTTGCA	2	12	376	387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126697567
2	NC_009089	GAATTG	2	12	1599	1610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	400927236
3	NC_009089	TTATAT	2	12	3586	3597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126697570
4	NC_009089	AATTAT	2	12	5617	5628	50 %	50 %	0 %	0 %	126697571
5	NC_009089	AAAGTT	2	12	6777	6788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697572
6	NC_009089	ATGCTA	2	12	6988	6999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	126697572
7	NC_009089	AACTAC	2	12	7703	7714	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	126697572
8	NC_009089	AAAAAT	2	12	9818	9829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697576
9	NC_009089	ATAAAA	2	12	9924	9935	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697577
10	NC_009089	TGGCGG	2	12	35361	35372	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126697587
11	NC_009089	TTAGAG	2	12	36128	36139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697587
12	NC_009089	ACTAAA	2	12	36910	36921	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697587
13	NC_009089	AGATAA	2	12	37539	37550	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697587
14	NC_009089	AAAGCT	2	12	39491	39502	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	400927238
15	NC_009089	AATTAA	2	12	41258	41269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697589
16	NC_009089	ACAGGA	2	12	42355	42366	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	126697591
17	NC_009089	TAGAAA	2	12	44184	44195	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697592
18	NC_009089	AAAGAA	2	12	44204	44215	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697592
19	NC_009089	ATTTTT	2	12	44548	44559	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	126697592
20	NC_009089	TAATTG	2	12	47029	47040	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697594
21	NC_009089	TGATTT	2	12	55507	55518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697599
22	NC_009089	TGAAAA	2	12	60769	60780	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697604
23	NC_009089	AGAAGG	2	12	61808	61819	50 %	0 %	50 %	0 %	126697605
24	NC_009089	AGATGT	2	12	62333	62344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697605
25	NC_009089	AGTAAA	2	12	66582	66593	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697606
26	NC_009089	TATTAA	2	12	68416	68427	50 %	50 %	0 %	0 %	126697609
27	NC_009089	ATAAGA	2	12	69313	69324	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697610
28	NC_009089	ATAAAA	2	12	69510	69521	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697610
29	NC_009089	AAAATC	2	12	70642	70653	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697612
30	NC_009089	AAATAT	2	12	71837	71848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697613
31	NC_009089	TAGGAT	2	12	72432	72443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697614
32	NC_009089	CTGATG	2	12	72528	72539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126697614
33	NC_009089	TAAGAT	2	12	77478	77489	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697617
34	NC_009089	ATATGC	2	12	79391	79402	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	400927240
35	NC_009089	AAAGCT	2	12	80549	80560	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697619
36	NC_009089	TGAAAT	2	12	80578	80589	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697619
37	NC_009089	AGTTAG	2	12	82799	82810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697622
38	NC_009089	GCTAAA	2	12	83727	83738	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697624
39	NC_009089	CAAGCA	2	12	84534	84545	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	126697624
40	NC_009089	AGTTTT	2	12	86881	86892	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697629
41	NC_009089	TCAGCT	2	12	88237	88248	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	126697631
42	NC_009089	AGGATT	2	12	88374	88385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697631
43	NC_009089	TAGGAA	2	12	90752	90763	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	126697633
44	NC_009089	GCTAAA	2	12	100919	100930	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697638
45	NC_009089	CAAGCA	2	12	101726	101737	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	126697638
46	NC_009089	AGCTAA	2	12	105822	105833	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697645
47	NC_009089	ATAGAA	2	12	106187	106198	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697646
48	NC_009089	AGTTTC	2	12	108851	108862	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	126697652
49	NC_009089	AATGAC	2	12	109317	109328	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697654
50	NC_009089	AAAGGT	2	12	110221	110232	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	126697655
51	NC_009089	GAAAAG	2	12	115263	115274	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	126697665
52	NC_009089	AAGCAA	2	12	115304	115315	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	126697665
53	NC_009089	CTAGAA	2	12	115793	115804	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126697666
54	NC_009089	ATAGAA	2	12	117015	117026	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697669
55	NC_009089	AAAAAG	2	12	117742	117753	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697669
56	NC_009089	GATTTA	2	12	122538	122549	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697676
57	NC_009089	TCTAAT	2	12	123529	123540	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697677
58	NC_009089	AAATTT	2	12	140743	140754	50 %	50 %	0 %	0 %	126697680
59	NC_009089	AAAATA	2	12	154796	154807	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	126697682
60	NC_009089	TCAAAA	2	12	157028	157039	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697684
61	NC_009089	AAGAAT	2	12	158264	158275	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697686
62	NC_009089	CCATTC	2	12	160066	160077	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	126697688
63	NC_009089	AGGATT	2	12	160889	160900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697689
64	NC_009089	AGATGT	2	12	161363	161374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697690
65	NC_009089	GTTGGT	2	12	163926	163937	0 %	50 %	50 %	0 %	126697692
66	NC_009089	CTATAA	2	12	172590	172601	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	126697699
67	NC_009089	TTTAGT	2	12	174533	174544	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697702
68	NC_009089	GCAGGA	2	12	176211	176222	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	126697703
69	NC_009089	AATTTT	2	12	176912	176923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126697703
70	NC_009089	AAATGA	2	12	177334	177345	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697704
71	NC_009089	ATAGAT	2	12	178160	178171	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697704
72	NC_009089	AGATAA	2	12	179131	179142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697704
73	NC_009089	ATAATT	2	12	181002	181013	50 %	50 %	0 %	0 %	126697706
74	NC_009089	AAAAGA	2	12	182053	182064	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697706
75	NC_009089	AGCTGG	2	12	184724	184735	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	126697710
76	NC_009089	AGCTAC	2	12	185893	185904	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	126697711
77	NC_009089	AGAAAA	2	12	186790	186801	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697712
78	NC_009089	ATAGTA	2	12	190209	190220	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697715
79	NC_009089	CTGGAG	2	12	192706	192717	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	126697716
80	NC_009089	GATATA	2	12	194312	194323	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	400927245
81	NC_009089	AGAATA	2	12	194946	194957	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	400927245
82	NC_009089	TAGGTT	2	12	197428	197439	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	126697719
83	NC_009089	GAAAAT	2	12	199105	199116	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697721
84	NC_009089	TTTTAG	2	12	201359	201370	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	126697724
85	NC_009089	AACAAT	2	12	206668	206679	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697728
86	NC_009089	ATAGAA	2	12	214007	214018	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697732
87	NC_009089	AATGAA	2	12	215171	215182	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697732
88	NC_009089	CATCTT	2	12	216786	216797	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	126697735
89	NC_009089	TATGAT	2	12	217389	217400	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697736
90	NC_009089	ATGCAG	2	12	219515	219526	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	126697738
91	NC_009089	TACATT	2	12	219981	219992	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697738
92	NC_009089	TACCAA	2	12	220963	220974	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	126697739
93	NC_009089	ATCATT	2	12	222659	222670	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697739
94	NC_009089	TAAAAT	2	12	224401	224412	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697741
95	NC_009089	TTTCAA	2	12	225576	225587	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697742
96	NC_009089	CTAAAA	2	12	225801	225812	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697742
97	NC_009089	TATCCA	2	12	226934	226945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126697742
98	NC_009089	TTTAGA	2	12	228030	228041	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697743
99	NC_009089	AAGATG	2	12	231474	231485	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	126697747
100	NC_009089	CAACCA	2	12	235040	235051	50 %	0 %	0 %	50 %	126697750
101	NC_009089	TATCAT	2	12	235134	235145	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	126697750
102	NC_009089	GAAATA	2	12	236196	236207	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697751
103	NC_009089	ATTAAT	2	12	239396	239407	50 %	50 %	0 %	0 %	126697754
104	NC_009089	TAGATT	2	12	239841	239852	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	126697754
105	NC_009089	GGTTAA	2	12	241507	241518	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	126697756
106	NC_009089	TGGTTC	2	12	242113	242124	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	126697756
107	NC_009089	TTTGGA	2	12	244269	244280	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	126697759
108	NC_009089	ACAATA	2	12	248360	248371	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697763
109	NC_009089	AGAAAA	2	12	250443	250454	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697765
110	NC_009089	AACTAA	2	12	252490	252501	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	126697767
111	NC_009089	CAGTAG	2	12	252630	252641	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	126697767
112	NC_009089	AATGAA	2	12	269555	269566	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697776
113	NC_009089	TATAAA	2	12	271974	271985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697778
114	NC_009089	TGCCAA	2	12	273103	273114	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	126697780
115	NC_009089	AGTTAA	2	12	275030	275041	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	126697782
116	NC_009089	TTAAAA	2	12	276444	276455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	126697783
117	NC_009089	AAGAAA	2	12	280180	280191	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	126697787
118	NC_009089	AATGAA	2	12	282250	282261	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	126697790
119	NC_009089	AGTTCC	2	12	283751	283762	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	126697791
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464	NC_009089	TAATTT	2	12	1088481	1088492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	126698480
465	NC_009089	ACTTAC	2	12	1088619	1088630	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	126698480
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468	NC_009089	TTTCAT	2	12	1091999	1092010	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	126698482
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