MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 5b str. L20 chromosome

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009053	TTTAAT	2	12	61093	61104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009053	AGATAA	2	12	64150	64161	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009053	CGAAGG	2	12	70075	70086	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009053	TGAAAT	2	12	73460	73471	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009053	CCTTAT	2	12	74734	74745	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_009053	TTGCCG	2	12	125246	125257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_009053	GCGATT	2	12	168031	168042	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_009053	TAATTT	2	12	174044	174055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009053	TTATTT	2	12	183400	183411	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009053	TTATTT	2	12	208862	208873	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009053	AGCTGA	2	12	208944	208955	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_009053	ATTAAA	2	12	241253	241264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009053	TTTTTA	2	12	241522	241533	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009053	CGAAGG	2	12	279161	279172	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_009053	TGAAAT	2	12	282728	282739	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009053	CATTTT	2	12	310120	310131	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009053	TAAAAA	2	12	321655	321666	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009053	CATTTT	2	12	321912	321923	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009053	ATTTTC	2	12	332539	332550	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_009053	AAAGTT	2	12	346136	346147	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009053	TCAAAG	2	12	364366	364377	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009053	TAAAAA	2	12	383148	383159	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009053	TATTTA	2	12	390587	390598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009053	ATTAAA	2	12	428147	428158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009053	GAATGC	2	12	443394	443405	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009053	AATAAA	2	12	475639	475650	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009053	TATTTA	2	12	485179	485190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009053	ATAAAT	2	12	496679	496690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009053	TAGATC	2	12	555173	555184	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_009053	GATAAA	2	12	555264	555275	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009053	TCAAAT	2	12	563044	563055	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009053	TCAATT	2	12	568533	568544	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_009053	GAAAAA	2	12	584830	584841	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009053	CGTTTT	2	12	601805	601816	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_009053	ATTAGC	2	12	603303	603314	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_009053	ACATTT	2	12	638646	638657	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009053	TTTTGT	2	12	681603	681614	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009053	TCGATC	2	12	724710	724721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009053	TAATCG	2	12	741783	741794	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_009053	CGCCAT	2	12	741936	741947	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_009053	TTTATA	2	12	742194	742205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009053	TTATTT	2	12	774612	774623	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009053	TAATGA	2	12	780907	780918	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009053	TCTTGT	2	12	783057	783068	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009053	AATATA	2	12	786880	786891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009053	TAGTGA	5	30	883064	883093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009053	TTTTTA	2	12	923942	923953	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009053	CAAAGG	2	12	985014	985025	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_009053	TTATAT	2	12	991777	991788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009053	TCTGAT	2	12	1033324	1033335	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_009053	TTGAAT	2	12	1065137	1065148	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009053	AAAACT	2	12	1066497	1066508	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009053	TAAATA	2	12	1089223	1089234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009053	CGAAAG	2	12	1112129	1112140	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009053	GGTGGA	2	12	1112837	1112848	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009053	TCTAAT	2	12	1120615	1120626	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009053	CAATAA	2	12	1218919	1218930	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009053	CTGAAA	2	12	1219844	1219855	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_009053	TAAAAA	2	12	1257063	1257074	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009053	TTTCTA	2	12	1277282	1277293	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009053	AAAGAA	2	12	1281180	1281191	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009053	TAAATT	2	12	1300780	1300791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009053	ATTAAA	2	12	1314952	1314963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009053	TTTTAA	2	12	1315244	1315255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009053	CTAAAG	2	12	1315267	1315278	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_009053	GCTAAA	2	12	1334084	1334095	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_009053	CTAAAT	2	12	1385977	1385988	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009053	TGAGAA	2	12	1403988	1403999	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009053	GATAAA	2	12	1417998	1418009	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009053	TGAATA	2	12	1436179	1436190	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009053	AAATTT	2	12	1495270	1495281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009053	TTTAGT	2	12	1496301	1496312	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009053	AGAAAA	2	12	1570408	1570419	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009053	ATTTCA	2	12	1571720	1571731	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009053	GCCTTC	2	12	1575104	1575115	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009053	AACATA	2	12	1590275	1590286	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009053	ATATCT	2	12	1592089	1592100	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_009053	AAAAGA	2	12	1605744	1605755	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009053	ATACTC	2	12	1607849	1607860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_009053	GGACAA	2	12	1619908	1619919	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_009053	TAAAGA	2	12	1630841	1630852	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009053	ATAAAA	2	12	1656585	1656596	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009053	CAAAAA	2	12	1727902	1727913	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009053	TAATGC	2	12	1756519	1756530	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009053	ATTTCA	2	12	1759060	1759071	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009053	GCCTTC	2	12	1762626	1762637	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_009053	TATTTA	2	12	1789586	1789597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009053	TATAAT	2	12	1789836	1789847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009053	TAAAAA	2	12	1789899	1789910	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009053	AAATAA	2	12	1801315	1801326	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009053	AATACG	2	12	1808913	1808924	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_009053	ATAAAT	2	12	1808971	1808982	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009053	TATAAA	2	12	1813127	1813138	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009053	ATTTCA	2	12	1868756	1868767	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009053	GCCTTC	2	12	1872140	1872151	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_009053	TGTGTT	2	12	1889128	1889139	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009053	ATCATT	2	12	1899951	1899962	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009053	TCCCTC	2	12	1915786	1915797	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_009053	AATTTC	2	12	1939131	1939142	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009053	GCTTTA	2	12	1953739	1953750	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009053	AGAATG	2	12	1955062	1955073	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009053	TTGCAA	2	12	2010612	2010623	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_009053	CTTTAA	2	12	2011593	2011604	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_009053	TTTGAT	2	12	2035657	2035668	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009053	GCCAGA	2	12	2036170	2036181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009053	TTTTCG	2	12	2037379	2037390	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009053	TAAAGA	2	12	2037566	2037577	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009053	CGAAAT	2	12	2060717	2060728	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009053	CGAAGG	2	12	2066111	2066122	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_009053	TGAAAT	2	12	2069679	2069690	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009053	CTTTTA	2	12	2070937	2070948	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_009053	TCCTCT	2	12	2070983	2070994	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_009053	AATCGT	2	12	2125039	2125050	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009053	GTTTTT	2	12	2190683	2190694	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009053	GACTGT	2	12	2209723	2209734	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_009053	AAAAAG	2	12	2218410	2218421	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009053	GGAGGG	2	12	2219258	2219269	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009053	TAATAT	2	12	2230237	2230248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009053	ATCATA	2	12	2244534	2244545	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009053	CGTACT	2	12	2251474	2251485	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.