MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 5b str. L20 chromosome

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009053	GACAA	2	10	2865	2874	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009053	TTAGG	2	10	38462	38471	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009053	TGTAA	2	10	48474	48483	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009053	GTTAC	2	10	48504	48513	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_009053	ATGCA	2	10	52441	52450	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_009053	AATTT	2	10	57088	57097	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009053	TTGAA	2	10	69352	69361	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009053	AGTCG	2	10	72555	72564	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_009053	AGGTT	2	10	72882	72891	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009053	GGTGT	2	10	74283	74292	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009053	AATTT	2	10	82973	82982	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009053	AATAA	2	10	99282	99291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009053	AGCGA	2	10	100526	100535	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_009053	ATTTA	2	10	106129	106138	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009053	TTTAT	3	15	106261	106275	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009053	TAGAA	2	10	120157	120166	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009053	TAATT	2	10	126818	126827	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009053	TGTAT	2	10	133819	133828	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009053	TTTAT	2	10	167918	167927	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009053	TATTT	2	10	175578	175587	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009053	AAAAG	2	10	180647	180656	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009053	TATAG	2	10	192168	192177	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009053	ATACC	2	10	192284	192293	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_009053	CTGAT	2	10	192302	192311	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_009053	CTTTT	2	10	195743	195752	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_009053	ATTTG	2	10	203079	203088	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009053	GCTTT	2	10	203231	203240	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009053	TTAAA	2	10	225603	225612	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009053	AATTC	2	10	236879	236888	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_009053	TATAT	2	10	245364	245373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009053	GAGAA	2	10	252530	252539	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009053	GTTAA	2	10	253901	253910	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009053	TAATT	2	10	254831	254840	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009053	CTTTT	2	10	258060	258069	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_009053	TTTAA	2	10	263140	263149	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009053	TAACC	2	10	267553	267562	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_009053	GTTTG	2	10	274010	274019	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009053	TTGAA	2	10	278439	278448	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009053	AGTCG	2	10	281823	281832	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_009053	AGGTT	2	10	282150	282159	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009053	GGTGT	2	10	283551	283560	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009053	AGCGG	2	10	307700	307709	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_009053	AAGAT	2	10	318383	318392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009053	GAGCA	2	10	319484	319493	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_009053	AAGCA	2	10	404780	404789	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_009053	TCTTT	2	10	413375	413384	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_009053	TAGCA	2	10	422322	422331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_009053	TTTCA	2	10	431172	431181	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_009053	CAGGG	2	10	435498	435507	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_009053	GATAA	2	10	442495	442504	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009053	TTTAA	2	10	443450	443459	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009053	AGATA	2	10	448756	448765	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009053	AGAAA	2	10	460679	460688	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009053	AGCAT	2	10	483754	483763	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_009053	TATAT	2	10	483807	483816	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009053	ATTTA	2	10	489883	489892	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009053	CTTAA	2	10	510079	510088	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_009053	TAAAA	2	10	515517	515526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009053	ATATT	2	10	515538	515547	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009053	AAAGG	2	10	516299	516308	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009053	GGGAT	2	10	519259	519268	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009053	TAAAA	2	10	526845	526854	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009053	GGTTT	2	10	527951	527960	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009053	TAAAA	2	10	546714	546723	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009053	TTATT	2	10	546748	546757	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009053	TTTAT	2	10	552562	552571	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009053	TTTTG	2	10	556631	556640	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009053	TAATA	2	10	559985	559994	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009053	GTGCT	2	10	562576	562585	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_009053	TGAAT	2	10	563317	563326	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009053	GCGGT	2	10	574299	574308	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009053	ACCGC	2	10	574358	574367	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_009053	AATAC	2	10	589688	589697	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_009053	CACGG	2	10	599902	599911	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009053	ATTCA	2	10	603621	603630	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_009053	TTTCC	2	10	610958	610967	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_009053	ATTTT	2	10	666042	666051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009053	AAATT	2	10	682934	682943	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009053	TGTTT	2	10	687449	687458	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009053	TTTAA	2	10	702096	702105	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009053	TTATA	2	10	711295	711304	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009053	GTTTT	2	10	728082	728091	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009053	TTTAA	2	10	759992	760001	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009053	TTTAA	2	10	760055	760064	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009053	GATAA	2	10	777957	777966	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009053	AAGTT	2	10	789437	789446	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009053	AAAAT	2	10	805174	805183	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009053	TGTGC	14	70	816052	816121	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_009053	CCTTA	2	10	817671	817680	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_009053	TTTAC	2	10	824175	824184	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_009053	TTTTA	2	10	828006	828015	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009053	ACAGC	2	10	832884	832893	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009053	ATTTT	2	10	835018	835027	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009053	CGATA	2	10	844521	844530	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_009053	GCGGT	2	10	852124	852133	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_009053	TCGTA	2	10	852164	852173	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_009053	TTTTG	2	10	863317	863326	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009053	TTTAT	2	10	865083	865092	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009053	TTTAC	2	10	883165	883174	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_009053	TTATT	2	10	883768	883777	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009053	ATTTC	2	10	890399	890408	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_009053	ATAAG	2	10	911808	911817	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009053	ATTCT	2	10	912031	912040	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_009053	AAACC	2	10	913137	913146	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009053	TTAAG	2	10	920205	920214	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009053	TAAAT	2	10	921098	921107	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009053	GCTGT	2	10	940517	940526	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_009053	AATGA	2	10	943449	943458	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009053	ACATC	2	10	943473	943482	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_009053	CAAAA	2	10	976023	976032	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_009053	CTAAT	2	10	983383	983392	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_009053	GTTTT	2	10	997889	997898	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009053	CTCTC	2	10	1000077	1000086	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
114	NC_009053	AAAAC	2	10	1011952	1011961	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_009053	TTCTT	2	10	1026255	1026264	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_009053	CTTTA	2	10	1033438	1033447	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_009053	ACTAA	2	10	1054198	1054207	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_009053	TTAAA	2	10	1059093	1059102	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009053	TTAAC	2	10	1061660	1061669	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009053	CTTTT	2	10	1062969	1062978	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_009053	AATAG	2	10	1065956	1065965	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009053	AAATA	2	10	1091678	1091687	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009053	TACCA	2	10	1092576	1092585	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_009053	CAATC	2	10	1098727	1098736	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_009053	ATTAA	2	10	1100513	1100522	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009053	AATTG	2	10	1102487	1102496	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009053	TTCGA	2	10	1103238	1103247	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_009053	ATAAA	2	10	1113778	1113787	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009053	TTTTA	2	10	1120714	1120723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009053	TTATG	2	10	1127615	1127624	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009053	ACCGA	2	10	1128238	1128247	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_009053	ATTTT	2	10	1136153	1136162	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009053	CTTTT	2	10	1144105	1144114	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_009053	AAATC	2	10	1155799	1155808	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_009053	TTTAA	2	10	1161718	1161727	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009053	CAAAT	2	10	1162280	1162289	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_009053	ACAAA	2	10	1165783	1165792	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_009053	ATATA	2	10	1177966	1177975	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009053	CAAAA	2	10	1206235	1206244	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_009053	AAACC	2	10	1206297	1206306	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_009053	CAAAC	2	10	1211409	1211418	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_009053	GATAA	2	10	1219319	1219328	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009053	TTCTT	2	10	1230093	1230102	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_009053	GAAAA	2	10	1247531	1247540	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009053	ACTTC	2	10	1250433	1250442	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_009053	CGTTA	2	10	1257086	1257095	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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279	NC_009053	TAAAG	2	10	2223276	2223285	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_009053	TGTCT	2	10	2230035	2230044	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.