MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanoculleus marisnigri JR1 chromosome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009051	CGCGTT	2	12	9864	9875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009051	TGTCAA	2	12	16414	16425	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009051	TTAACA	2	12	16971	16982	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009051	CCGGAT	2	12	41278	41289	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_009051	CCGCGC	2	12	41369	41380	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009051	GAGTGC	2	12	76332	76343	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_009051	TGCGAC	2	12	77764	77775	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_009051	TTCGGG	2	12	92540	92551	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009051	CCGGCT	2	12	110201	110212	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_009051	TCGCTC	2	12	111709	111720	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_009051	TGCTCC	2	12	153514	153525	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_009051	TGCTCC	2	12	153592	153603	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_009051	TTTTAC	2	12	178276	178287	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_009051	GATCTC	2	12	182067	182078	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009051	GGAGAG	2	12	188777	188788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009051	GCCCCC	2	12	241977	241988	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
17	NC_009051	TCGCAC	2	12	242204	242215	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009051	ACCCGG	2	12	269544	269555	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_009051	GGCGGG	2	12	318210	318221	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_009051	TGCCGG	2	12	354287	354298	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009051	ATATTA	2	12	354726	354737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009051	GTGCTC	2	12	383199	383210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009051	GCCCCC	2	12	406809	406820	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
24	NC_009051	CCCCAC	2	12	406966	406977	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
25	NC_009051	TTATTC	2	12	424540	424551	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009051	GCAGGA	2	12	470774	470785	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009051	GCAAAC	2	12	502152	502163	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009051	GTTCAT	2	12	505638	505649	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009051	GCGGGA	2	12	548676	548687	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_009051	GCAGGA	2	12	620070	620081	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_009051	GCCGGT	2	12	643936	643947	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009051	GTTTTG	2	12	706355	706366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009051	GCAGGA	2	12	706439	706450	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009051	GAGCAC	2	12	706538	706549	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009051	GCGACG	2	12	712625	712636	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009051	GCTCGT	2	12	712687	712698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009051	ATCCGG	2	12	735788	735799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_009051	CTTCTC	2	12	737525	737536	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_009051	TTCCGG	2	12	763512	763523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009051	TTCCGG	2	12	763534	763545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009051	ATGGTC	2	12	784569	784580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009051	TGCTCC	2	12	949033	949044	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
43	NC_009051	TGCTCC	2	12	949183	949194	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_009051	GGGGGC	2	12	985798	985809	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009051	GCCCCC	2	12	991282	991293	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
46	NC_009051	GCCCCC	2	12	1020482	1020493	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
47	NC_009051	TATCCC	2	12	1055315	1055326	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_009051	TCCATA	2	12	1061644	1061655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_009051	AGACCG	2	12	1122452	1122463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_009051	AAGATC	2	12	1122840	1122851	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_009051	ATTCTG	2	12	1136050	1136061	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_009051	GAGCAC	2	12	1136316	1136327	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009051	TTATAT	2	12	1139342	1139353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009051	GGACAT	2	12	1200797	1200808	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009051	GCCCCC	2	12	1266671	1266682	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
56	NC_009051	GGGAGA	2	12	1271597	1271608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009051	GTGCCT	2	12	1278850	1278861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009051	GTGCTC	2	12	1304085	1304096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009051	GCCCCC	2	12	1304131	1304142	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
60	NC_009051	GTGAGC	2	12	1346726	1346737	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009051	GTGCTC	2	12	1350018	1350029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009051	AGCGAA	2	12	1361343	1361354	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_009051	TCCCCC	2	12	1361401	1361412	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
64	NC_009051	ATCCGC	2	12	1376346	1376357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_009051	GATTGT	2	12	1381164	1381175	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009051	TCAGCA	2	12	1386169	1386180	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009051	GCAGGA	2	12	1392987	1392998	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009051	GTGAGC	2	12	1397507	1397518	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_009051	AATGCA	2	12	1397585	1397596	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009051	CCTCTC	2	12	1402631	1402642	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_009051	GTGCTC	2	12	1413338	1413349	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009051	GTGCGA	2	12	1413693	1413704	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_009051	GTGCGA	2	12	1434643	1434654	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_009051	GCCGGG	2	12	1462003	1462014	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_009051	AATCAG	2	12	1467745	1467756	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_009051	CCCGCG	2	12	1528596	1528607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_009051	GCTCAC	2	12	1605806	1605817	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_009051	CGGCTG	2	12	1649294	1649305	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009051	TAGTTT	2	12	1683311	1683322	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009051	TGCTCC	2	12	1689626	1689637	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009051	GGGGAG	2	12	1694117	1694128	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009051	AGGTGC	2	12	1704467	1704478	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_009051	GGTCGA	2	12	1720228	1720239	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_009051	GAGCAC	2	12	1724323	1724334	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_009051	GGGGGC	2	12	1724526	1724537	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_009051	ATCGGG	2	12	1779471	1779482	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_009051	TGCTCC	2	12	1791479	1791490	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009051	GCTCAC	2	12	1791549	1791560	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_009051	GCTCAC	2	12	1791587	1791598	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009051	TGCCAA	2	12	1824181	1824192	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009051	CAAAAA	2	12	1872154	1872165	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_009051	CGAGAG	2	12	1879727	1879738	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_009051	TCGCGA	2	12	1970740	1970751	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009051	CTCCCC	2	12	1998834	1998845	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
95	NC_009051	CCGGGG	2	12	2108577	2108588	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_009051	GAGGTC	2	12	2108844	2108855	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009051	CGATCA	2	12	2109338	2109349	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_009051	GTGTGG	2	12	2136075	2136086	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009051	ACAAAA	2	12	2149376	2149387	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_009051	GGAGCG	2	12	2231703	2231714	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_009051	CGGCCG	2	12	2237343	2237354	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_009051	GTGCTC	2	12	2293832	2293843	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009051	TTCGCT	2	12	2294293	2294304	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009051	ACGAAG	2	12	2338834	2338845	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009051	TTTCCG	2	12	2338864	2338875	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009051	ATGGCG	2	12	2395770	2395781	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009051	CCCGAG	2	12	2396276	2396287	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
108	NC_009051	CCAAAA	2	12	2398528	2398539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_009051	GGATCG	2	12	2414316	2414327	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.