MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029 plasmid pRSPH01

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009040	CCGAGG	2	12	5550	5561	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464807
2	NC_009040	CGAGGC	2	12	6094	6105	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464807
3	NC_009040	CTGATC	2	12	7303	7314	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	126464808
4	NC_009040	CGGTGG	2	12	7412	7423	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464808
5	NC_009040	GCTCGG	2	12	8450	8461	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464808
6	NC_009040	TCGCCC	2	12	8630	8641	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	126464808
7	NC_009040	GCCAGC	2	12	8768	8779	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	126464808
8	NC_009040	CGCGGG	2	12	9464	9475	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126464809
9	NC_009040	CGAGGC	2	12	9719	9730	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464809
10	NC_009040	CCGGGG	2	12	9931	9942	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126464809
11	NC_009040	TCCTGC	2	12	13546	13557	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	126464813
12	NC_009040	GGCCAG	2	12	14518	14529	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464814
13	NC_009040	CGATGT	2	12	16009	16020	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126464816
14	NC_009040	CCACCC	2	12	17044	17055	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	126464817
15	NC_009040	TCAGGA	2	12	17305	17316	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	126464817
16	NC_009040	GTGGCG	2	12	20534	20545	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464820
17	NC_009040	CAAGCG	2	12	21641	21652	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	126464821
18	NC_009040	GCTCGA	2	12	21863	21874	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	126464821
19	NC_009040	GGCTGG	2	12	22360	22371	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464821
20	NC_009040	GCCGAG	2	12	22452	22463	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464821
21	NC_009040	GCCCCT	2	12	22557	22568	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	126464821
22	NC_009040	CGCCCT	2	12	23152	23163	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	126464822
23	NC_009040	CGGTGC	2	12	24149	24160	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464823
24	NC_009040	TCGTGA	2	12	26100	26111	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126464824
25	NC_009040	GCGGTG	2	12	26987	26998	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464825
26	NC_009040	TGGAGC	2	12	30367	30378	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	126464827
27	NC_009040	CGACCG	2	12	32071	32082	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	126464828
28	NC_009040	GCGGGC	2	12	32393	32404	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126464828
29	NC_009040	GCGCCG	2	12	32699	32710	0 %	0 %	50 %	50 %	126464828
30	NC_009040	CCCTCG	2	12	34532	34543	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	126464830
31	NC_009040	CGGCCC	2	12	34578	34589	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126464830
32	NC_009040	GTCCGG	2	12	35353	35364	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464830
33	NC_009040	AGGCCG	2	12	42353	42364	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464836
34	NC_009040	CCGGCC	2	12	42496	42507	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126464837
35	NC_009040	GGCGCT	2	12	43443	43454	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464838
36	NC_009040	GCTCCT	2	12	44006	44017	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	126464839
37	NC_009040	GGCCGA	2	12	44362	44373	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464840
38	NC_009040	GATGCT	2	12	46882	46893	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126464842
39	NC_009040	GGGCTG	2	12	51859	51870	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464846
40	NC_009040	GCCTCG	2	12	52355	52366	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	126464846
41	NC_009040	TGAACA	2	12	52830	52841	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	126464846
42	NC_009040	CAAGAC	2	12	53173	53184	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	126464846
43	NC_009040	GGCGCG	2	12	55790	55801	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126464846
44	NC_009040	GCCAGC	2	12	58667	58678	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	126464849
45	NC_009040	GCGAGC	2	12	58844	58855	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464849
46	NC_009040	GCCATC	2	12	59722	59733	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	126464850
47	NC_009040	TCTCGA	2	12	63258	63269	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	126464854
48	NC_009040	TCGAGG	2	12	65439	65450	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	126464855
49	NC_009040	CTACAG	2	12	65491	65502	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	126464855
50	NC_009040	GGCGCG	2	12	65600	65611	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126464855
51	NC_009040	CTTCTC	2	12	66788	66799	0 %	50 %	0 %	50 %	126464857
52	NC_009040	CGGCCT	2	12	67294	67305	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	126464857
53	NC_009040	CCCGGC	2	12	67755	67766	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126464857
54	NC_009040	CGCTGG	2	12	68112	68123	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464857
55	NC_009040	TGCCGC	2	12	68455	68466	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	126464857
56	NC_009040	CGCGGT	2	12	76230	76241	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464866
57	NC_009040	CTGGAT	2	12	78383	78394	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	126464869
58	NC_009040	CTGCGC	2	12	79366	79377	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	126464870
59	NC_009040	CATGAT	2	12	80120	80131	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	126464871
60	NC_009040	CGGGCG	2	12	81685	81696	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	126464872
61	NC_009040	CGGTGG	2	12	84646	84657	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464874
62	NC_009040	CCGATC	2	12	85125	85136	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	126464875
63	NC_009040	CTTCGT	2	12	87418	87429	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	126464876
64	NC_009040	GAACAA	2	12	87665	87676	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	126464877
65	NC_009040	GTCCAG	2	12	89729	89740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	126464879
66	NC_009040	CCGGCC	2	12	92649	92660	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	126464881
67	NC_009040	GCCGAG	2	12	93517	93528	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464882
68	NC_009040	CACCGT	2	12	93945	93956	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	126464882
69	NC_009040	GGGGCT	2	12	95317	95328	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464883
70	NC_009040	GTGATG	2	12	97169	97180	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	126464885
71	NC_009040	CACCGC	2	12	97398	97409	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	126464885
72	NC_009040	CCGTCC	2	12	98215	98226	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	126464886
73	NC_009040	CGGCCA	2	12	100075	100086	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	126464889
74	NC_009040	GACCGC	2	12	101906	101917	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	126464891
75	NC_009040	CCCATG	2	12	103090	103101	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	126464892
76	NC_009040	CTCGTG	2	12	106423	106434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126464896
77	NC_009040	CGCTCG	2	12	106631	106642	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	126464896
78	NC_009040	GAGCGT	2	12	106701	106712	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	126464896
79	NC_009040	TGGCGC	2	12	106972	106983	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464897
80	NC_009040	CCAGAC	2	12	107405	107416	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	126464897
81	NC_009040	CTCGTG	2	12	107478	107489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126464897
82	NC_009040	TCGGGC	2	12	107663	107674	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464898
83	NC_009040	GGCCGA	2	12	108298	108309	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464898
84	NC_009040	CTCGTC	2	12	109302	109313	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	126464899
85	NC_009040	CAGCGG	2	12	112345	112356	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	126464903
86	NC_009040	GCCGGT	2	12	112375	112386	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464903
87	NC_009040	GGCCTG	2	12	115016	115027	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464906
88	NC_009040	CCTCAC	2	12	116577	116588	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	126464908
89	NC_009040	GCGGTG	2	12	117034	117045	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	126464908
90	NC_009040	GCCCTC	2	12	117154	117165	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	126464908
91	NC_009040	TCACGC	2	12	117167	117178	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	126464908
92	NC_009040	TCGCCC	2	12	117682	117693	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	126464909
93	NC_009040	GCGATC	2	12	118830	118841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	126464911
94	NC_009040	GCACCG	2	12	120025	120036	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	126464912
95	NC_009040	GCCGGT	2	12	120191	120202	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464912
96	NC_009040	GCACCG	2	12	120703	120714	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	126464912
97	NC_009040	CTCGGT	2	12	121229	121240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	126464912
98	NC_009040	GCCGGT	2	12	121526	121537	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	126464912

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.