MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 272

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009012	GATTTT	2	12	23928	23939	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009012	GAAAAA	2	12	23955	23966	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009012	TAAAAA	2	12	40119	40130	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009012	AAAATT	2	12	52690	52701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009012	CAAAAA	2	12	67742	67753	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_009012	TAATAT	2	12	75224	75235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009012	ATTGGC	2	12	75242	75253	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_009012	AACTTC	2	12	112851	112862	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009012	AACGAA	2	12	118526	118537	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009012	TGAAAA	2	12	173746	173757	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009012	GAAAAA	2	12	193684	193695	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009012	TTTTTG	2	12	213250	213261	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009012	TAGAAA	2	12	272617	272628	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009012	ATATTT	2	12	273484	273495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009012	AAAAGG	2	12	275410	275421	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009012	ATTTTT	2	12	277116	277127	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009012	ATTTGT	2	12	317286	317297	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009012	TTTCTG	2	12	326511	326522	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009012	AATATA	2	12	402233	402244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009012	GAATTG	2	12	440606	440617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009012	ATATAC	2	12	476319	476330	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009012	ATATGG	2	12	495499	495510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009012	GTTATT	2	12	498180	498191	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009012	CAAACA	2	12	546022	546033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009012	ATGAAA	2	12	553461	553472	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009012	ATAAAT	2	12	561381	561392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009012	TATATT	2	12	571906	571917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009012	ATATTT	2	12	613844	613855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009012	TTTTAT	2	12	666067	666078	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009012	TGGTTG	2	12	675471	675482	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009012	ATAAAA	2	12	683737	683748	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009012	TTTTGT	2	12	692434	692445	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009012	TTTAGC	2	12	706042	706053	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009012	AAAGAC	2	12	709385	709396	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_009012	ATAATT	2	12	716433	716444	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009012	GTATCT	2	12	720079	720090	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009012	TTCTGT	2	12	720239	720250	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009012	TTTTTA	2	12	725066	725077	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009012	AGAGGT	2	12	725851	725862	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009012	TTTATT	2	12	772594	772605	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009012	GTTTTT	2	12	806330	806341	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009012	TTTTTA	2	12	810670	810681	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009012	AAAATT	2	12	810756	810767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009012	TTTCCT	2	12	830741	830752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009012	TTAATG	2	12	840592	840603	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009012	AATTTG	2	12	853299	853310	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009012	ATTTTT	2	12	857128	857139	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009012	ATTTTT	2	12	888521	888532	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009012	TTTATT	2	12	900332	900343	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009012	ACGTTC	2	12	912445	912456	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009012	TATTTA	2	12	930461	930472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009012	CATTTT	2	12	945910	945921	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009012	AAAAAT	2	12	959587	959598	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009012	AATCTT	2	12	966034	966045	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009012	TATATT	2	12	969918	969929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009012	ATTATA	2	12	997305	997316	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009012	CAATTA	2	12	1006582	1006593	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009012	ACTATA	2	12	1031183	1031194	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_009012	TTAAAA	2	12	1035857	1035868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009012	TCAAAC	2	12	1050026	1050037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_009012	TTTTAA	2	12	1051743	1051754	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009012	TATAAT	2	12	1059542	1059553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009012	TTTAAA	2	12	1064590	1064601	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009012	TTTCAT	2	12	1070679	1070690	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_009012	ATTTTT	2	12	1071048	1071059	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009012	ATATTT	2	12	1077005	1077016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009012	AATATT	2	12	1078636	1078647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009012	CTTCAT	2	12	1102277	1102288	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_009012	TTTCAT	2	12	1103474	1103485	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009012	TAAACT	2	12	1109319	1109330	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_009012	TTTTTA	2	12	1130315	1130326	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009012	GCAAAA	2	12	1148572	1148583	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_009012	GAAATT	2	12	1150608	1150619	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009012	AAAATC	2	12	1161960	1161971	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009012	TATAAA	3	18	1163523	1163540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009012	TAAGCT	2	12	1203259	1203270	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009012	AATATA	2	12	1223976	1223987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009012	TTCCTA	2	12	1230922	1230933	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009012	GCAAAA	2	12	1241421	1241432	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009012	ACAAAA	2	12	1246938	1246949	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_009012	TTTTGT	2	12	1264515	1264526	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009012	TTTTAA	2	12	1288093	1288104	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009012	TTTTTA	2	12	1295734	1295745	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009012	TACTTG	2	12	1313911	1313922	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_009012	TATAAA	2	12	1319216	1319227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009012	TTATTT	2	12	1319924	1319935	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009012	AGTGGA	2	12	1344090	1344101	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009012	TTAGCG	2	12	1344465	1344476	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_009012	AATATA	2	12	1345580	1345591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009012	ATTTTT	2	12	1375548	1375559	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009012	ATGAAT	2	12	1403653	1403664	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009012	AGAAAA	2	12	1407671	1407682	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009012	AGAAAG	2	12	1407683	1407694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009012	AGAAAA	2	12	1407699	1407710	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009012	AAAAAG	2	12	1407745	1407756	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009012	AAAAGC	2	12	1408410	1408421	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009012	TAAAAA	2	12	1468454	1468465	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009012	CATTAT	2	12	1471233	1471244	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_009012	AAAGTA	2	12	1504397	1504408	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009012	TTATAA	2	12	1507296	1507307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009012	CAAAAC	2	12	1561369	1561380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_009012	TCCCAT	2	12	1584519	1584530	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_009012	CAATCT	2	12	1598321	1598332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009012	TTTTTA	2	12	1606935	1606946	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009012	TTATAA	2	12	1611294	1611305	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009012	AAAATT	2	12	1622873	1622884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009012	CAATAT	2	12	1624135	1624146	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009012	TTAATA	2	12	1681507	1681518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009012	ATATTA	2	12	1688114	1688125	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009012	ATTATA	2	12	1695355	1695366	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009012	CAATAA	2	12	1707394	1707405	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_009012	GTAGCT	2	12	1713523	1713534	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_009012	ACAGGA	2	12	1714317	1714328	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009012	CTGCGT	2	12	1714478	1714489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009012	TTTTCC	2	12	1716746	1716757	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_009012	ATTTCC	2	12	1718044	1718055	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009012	ATTTCC	2	12	1718112	1718123	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009012	AATTAT	2	12	1738560	1738571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009012	ATTTTT	2	12	1738575	1738586	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009012	CTTTAT	2	12	1741853	1741864	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_009012	ACACAA	2	12	1756131	1756142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009012	ATACGT	2	12	1759073	1759084	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009012	TTGCAC	2	12	1785223	1785234	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009012	TAATCA	2	12	1785702	1785713	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_009012	AAAAAT	2	12	1796646	1796657	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009012	AATAAA	2	12	1815405	1815416	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009012	ACAAAA	2	12	1829432	1829443	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_009012	AAATAT	2	12	1843043	1843054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009012	GCAAAT	2	12	1861218	1861229	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_009012	AATACG	2	12	1867117	1867128	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_009012	CGTTCA	2	12	1874313	1874324	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_009012	CTAAAT	2	12	1886655	1886666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_009012	GAAAGT	2	12	1913408	1913419	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009012	GAGAAA	2	12	1913424	1913435	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009012	TAATCT	2	12	1918991	1919002	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_009012	TTTTAA	2	12	1929854	1929865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_009012	AGGTTA	2	12	1936833	1936844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009012	ATCCTT	2	12	1937935	1937946	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_009012	ATATTT	2	12	1971340	1971351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_009012	AATATA	2	12	2021623	2021634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009012	TCCCAA	2	12	2034332	2034343	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_009012	TCTTTC	2	12	2036646	2036657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_009012	TAATTT	2	12	2067077	2067088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009012	ATTTTT	2	12	2093148	2093159	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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146	NC_009012	TAATTT	2	12	2096841	2096852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009012	ACTTAT	2	12	2121974	2121985	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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149	NC_009012	CTATAT	2	12	2172262	2172273	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_009012	CTTTTA	2	12	2184696	2184707	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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152	NC_009012	ATAATT	2	12	2199548	2199559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009012	ATATAA	2	12	2208409	2208420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_009012	AAACAT	2	12	2252485	2252496	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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156	NC_009012	TTGTTT	2	12	2295726	2295737	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_009012	ATTTAA	2	12	2330277	2330288	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_009012	TAAAAA	2	12	2345734	2345745	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_009012	CCTATC	2	12	2418154	2418165	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
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251	NC_009012	TTATAT	2	12	3567553	3567564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
252	NC_009012	GCTCCT	2	12	3591466	3591477	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
253	NC_009012	ATATTT	2	12	3596268	3596279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
254	NC_009012	TTAAAC	2	12	3597773	3597784	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
255	NC_009012	AACTAC	2	12	3612309	3612320	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
256	NC_009012	TATTAA	2	12	3619389	3619400	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_009012	ACATAA	2	12	3632778	3632789	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
258	NC_009012	ACTTTT	2	12	3637519	3637530	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_009012	ATTAAA	2	12	3654083	3654094	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
260	NC_009012	TATATT	2	12	3656421	3656432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_009012	AAAATA	2	12	3693521	3693532	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_009012	TGTAAA	2	12	3696271	3696282	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
263	NC_009012	GTATAT	2	12	3697900	3697911	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
264	NC_009012	CAAAAA	2	12	3726757	3726768	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
265	NC_009012	TATTAA	2	12	3738188	3738199	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_009012	AATTAC	2	12	3746015	3746026	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
267	NC_009012	TTTTGT	2	12	3755093	3755104	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
268	NC_009012	TTAAAT	2	12	3808518	3808529	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_009012	ATTTTT	2	12	3815551	3815562	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_009012	AAAAGC	2	12	3821251	3821262	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
271	NC_009012	ATTGAT	2	12	3832488	3832499	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
272	NC_009012	TCTATA	2	12	3841063	3841074	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.