MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 3161

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009012	ATTCG	2	10	2532	2541	20 %	40 %	20 %	20 %	125972527
2	NC_009012	GAATA	2	10	5894	5903	60 %	20 %	20 %	0 %	125972529
3	NC_009012	CAGGA	2	10	6357	6366	40 %	0 %	40 %	20 %	125972529
4	NC_009012	GGAGT	2	10	7937	7946	20 %	20 %	60 %	0 %	125972529
5	NC_009012	GGACT	2	10	8982	8991	20 %	20 %	40 %	20 %	125972529
6	NC_009012	GTGAG	2	10	9965	9974	20 %	20 %	60 %	0 %	125972530
7	NC_009012	GTTTT	2	10	10097	10106	0 %	80 %	20 %	0 %	125972530
8	NC_009012	TTTTA	2	10	10729	10738	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009012	AAAAT	2	10	10927	10936	80 %	20 %	0 %	0 %	125972531
10	NC_009012	TATTT	2	10	11186	11195	20 %	80 %	0 %	0 %	125972531
11	NC_009012	AAAAC	2	10	11739	11748	80 %	0 %	0 %	20 %	125972532
12	NC_009012	TGAAA	2	10	12183	12192	60 %	20 %	20 %	0 %	125972533
13	NC_009012	CATTT	2	10	12209	12218	20 %	60 %	0 %	20 %	125972533
14	NC_009012	ACAAA	2	10	13927	13936	80 %	0 %	0 %	20 %	125972534
15	NC_009012	GAATA	2	10	14560	14569	60 %	20 %	20 %	0 %	125972534
16	NC_009012	ACTTA	2	10	17486	17495	40 %	40 %	0 %	20 %	125972534
17	NC_009012	GAAAA	2	10	20044	20053	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009012	AACAC	2	10	20483	20492	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_009012	ATAAA	2	10	23496	23505	80 %	20 %	0 %	0 %	125972541
20	NC_009012	ATATA	2	10	23610	23619	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009012	TATAA	2	10	25550	25559	60 %	40 %	0 %	0 %	125972542
22	NC_009012	TTTAC	2	10	26546	26555	20 %	60 %	0 %	20 %	125972544
23	NC_009012	TCGGA	2	10	28299	28308	20 %	20 %	40 %	20 %	125972546
24	NC_009012	AAGGG	2	10	29116	29125	40 %	0 %	60 %	0 %	125972547
25	NC_009012	ATGGC	2	10	29780	29789	20 %	20 %	40 %	20 %	125972548
26	NC_009012	AAAGA	2	10	31272	31281	80 %	0 %	20 %	0 %	125972550
27	NC_009012	GAAAA	2	10	31661	31670	80 %	0 %	20 %	0 %	125972550
28	NC_009012	GCATG	2	10	34878	34887	20 %	20 %	40 %	20 %	125972552
29	NC_009012	TTGTT	2	10	35449	35458	0 %	80 %	20 %	0 %	125972552
30	NC_009012	TTTTA	2	10	35637	35646	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009012	TTGGT	2	10	35960	35969	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009012	TTGCT	2	10	36903	36912	0 %	60 %	20 %	20 %	125972554
33	NC_009012	AGTAT	2	10	41639	41648	40 %	40 %	20 %	0 %	125972557
34	NC_009012	GTGCG	2	10	41952	41961	0 %	20 %	60 %	20 %	125972557
35	NC_009012	ATGTC	2	10	42715	42724	20 %	40 %	20 %	20 %	125972557
36	NC_009012	TCAAA	2	10	44376	44385	60 %	20 %	0 %	20 %	125972559
37	NC_009012	TGGAC	2	10	46175	46184	20 %	20 %	40 %	20 %	125972560
38	NC_009012	GGAAA	2	10	49136	49145	60 %	0 %	40 %	0 %	125972563
39	NC_009012	TAAAA	2	10	49224	49233	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009012	CTGTT	2	10	49530	49539	0 %	60 %	20 %	20 %	125972564
41	NC_009012	AATTT	2	10	49860	49869	40 %	60 %	0 %	0 %	125972564
42	NC_009012	GAAAT	2	10	53849	53858	60 %	20 %	20 %	0 %	125972566
43	NC_009012	GATAT	2	10	54101	54110	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009012	CCCAT	2	10	54695	54704	20 %	20 %	0 %	60 %	125972567
45	NC_009012	TGGGC	2	10	54725	54734	0 %	20 %	60 %	20 %	125972567
46	NC_009012	TGTAT	2	10	54843	54852	20 %	60 %	20 %	0 %	125972567
47	NC_009012	TTTTC	2	10	57588	57597	0 %	80 %	0 %	20 %	125972568
48	NC_009012	AAAAT	2	10	61234	61243	80 %	20 %	0 %	0 %	125972570
49	NC_009012	ACAAG	2	10	61487	61496	60 %	0 %	20 %	20 %	125972570
50	NC_009012	ATTTA	2	10	62251	62260	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009012	TGTTT	2	10	62398	62407	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009012	AAAAG	2	10	65660	65669	80 %	0 %	20 %	0 %	125972574
53	NC_009012	ATGGG	2	10	66293	66302	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009012	TGTCC	2	10	68599	68608	0 %	40 %	20 %	40 %	125972576
55	NC_009012	GTTCA	2	10	68753	68762	20 %	40 %	20 %	20 %	125972576
56	NC_009012	TATGA	2	10	69486	69495	40 %	40 %	20 %	0 %	125972577
57	NC_009012	TGTTT	2	10	69570	69579	0 %	80 %	20 %	0 %	125972577
58	NC_009012	ATGGG	2	10	70347	70356	20 %	20 %	60 %	0 %	125972577
59	NC_009012	AACAT	2	10	71883	71892	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_009012	AAGCA	2	10	74318	74327	60 %	0 %	20 %	20 %	346980472
61	NC_009012	GGATT	2	10	76135	76144	20 %	40 %	40 %	0 %	125972580
62	NC_009012	TGTAT	2	10	76482	76491	20 %	60 %	20 %	0 %	125972580
63	NC_009012	AACGG	2	10	76570	76579	40 %	0 %	40 %	20 %	125972580
64	NC_009012	GTATG	2	10	77788	77797	20 %	40 %	40 %	0 %	125972580
65	NC_009012	AAAAC	2	10	78218	78227	80 %	0 %	0 %	20 %	125972580
66	NC_009012	CGGTA	2	10	78267	78276	20 %	20 %	40 %	20 %	125972580
67	NC_009012	GGAGC	2	10	78511	78520	20 %	0 %	60 %	20 %	125972580
68	NC_009012	AATAA	2	10	78892	78901	80 %	20 %	0 %	0 %	125972580
69	NC_009012	TACAA	2	10	79015	79024	60 %	20 %	0 %	20 %	125972580
70	NC_009012	GTATG	2	10	79066	79075	20 %	40 %	40 %	0 %	125972580
71	NC_009012	AAGCT	2	10	79145	79154	40 %	20 %	20 %	20 %	125972580
72	NC_009012	TTGAT	2	10	79190	79199	20 %	60 %	20 %	0 %	125972580
73	NC_009012	GACAG	2	10	79486	79495	40 %	0 %	40 %	20 %	125972580
74	NC_009012	AAGGT	2	10	82939	82948	40 %	20 %	40 %	0 %	125972580
75	NC_009012	AAGAA	2	10	83043	83052	80 %	0 %	20 %	0 %	125972580
76	NC_009012	AGGAT	2	10	83260	83269	40 %	20 %	40 %	0 %	125972580
77	NC_009012	ACGGT	2	10	83639	83648	20 %	20 %	40 %	20 %	125972580
78	NC_009012	AGAGA	2	10	84375	84384	60 %	0 %	40 %	0 %	125972580
79	NC_009012	ACGGA	2	10	85586	85595	40 %	0 %	40 %	20 %	125972580
80	NC_009012	AGAAC	2	10	85820	85829	60 %	0 %	20 %	20 %	125972580
81	NC_009012	GACAG	2	10	86184	86193	40 %	0 %	40 %	20 %	125972580
82	NC_009012	ATGAC	2	10	86711	86720	40 %	20 %	20 %	20 %	125972580
83	NC_009012	CAAAG	2	10	87802	87811	60 %	0 %	20 %	20 %	125972580
84	NC_009012	GCATT	2	10	90420	90429	20 %	40 %	20 %	20 %	125972582
85	NC_009012	ATGTA	2	10	92282	92291	40 %	40 %	20 %	0 %	125972583
86	NC_009012	ATAAA	2	10	93058	93067	80 %	20 %	0 %	0 %	125972584
87	NC_009012	CCATC	2	10	94686	94695	20 %	20 %	0 %	60 %	125972586
88	NC_009012	ATTAT	2	10	95930	95939	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009012	ATTTT	2	10	95945	95954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009012	GCCCA	2	10	97021	97030	20 %	0 %	20 %	60 %	125972588
91	NC_009012	TTTTA	2	10	97548	97557	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009012	AATAT	2	10	97647	97656	60 %	40 %	0 %	0 %	125972589
93	NC_009012	GGTGC	2	10	99197	99206	0 %	20 %	60 %	20 %	125972591
94	NC_009012	GAAAT	2	10	100937	100946	60 %	20 %	20 %	0 %	125972593
95	NC_009012	ATTAT	2	10	101171	101180	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009012	TATCT	2	10	103180	103189	20 %	60 %	0 %	20 %	125972595
97	NC_009012	TTTTC	2	10	103964	103973	0 %	80 %	0 %	20 %	125972595
98	NC_009012	GGGGT	2	10	104943	104952	0 %	20 %	80 %	0 %	125972595
99	NC_009012	TATTT	2	10	108286	108295	20 %	80 %	0 %	0 %	125972599
100	NC_009012	GAAAA	2	10	108676	108685	80 %	0 %	20 %	0 %	125972600
101	NC_009012	GAAAA	2	10	108689	108698	80 %	0 %	20 %	0 %	125972600
102	NC_009012	ATTTA	2	10	109131	109140	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009012	CAGCA	2	10	113163	113172	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_009012	CCGGA	2	10	113464	113473	20 %	0 %	40 %	40 %	125972606
105	NC_009012	ATTTG	2	10	114179	114188	20 %	60 %	20 %	0 %	125972606
106	NC_009012	AAACC	2	10	115603	115612	60 %	0 %	0 %	40 %	125972606
107	NC_009012	AACAA	2	10	116661	116670	80 %	0 %	0 %	20 %	125972607
108	NC_009012	TCAAC	2	10	117265	117274	40 %	20 %	0 %	40 %	125972607
109	NC_009012	ATTTT	2	10	119210	119219	20 %	80 %	0 %	0 %	125972609
110	NC_009012	ACAGA	2	10	119638	119647	60 %	0 %	20 %	20 %	125972610
111	NC_009012	TTACC	2	10	120041	120050	20 %	40 %	0 %	40 %	125972610
112	NC_009012	AGTAT	2	10	120533	120542	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009012	ATTTT	3	15	120715	120729	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009012	GGAAA	2	10	120969	120978	60 %	0 %	40 %	0 %	125972611
115	NC_009012	CTTAT	2	10	121836	121845	20 %	60 %	0 %	20 %	125972612
116	NC_009012	AATGA	2	10	124276	124285	60 %	20 %	20 %	0 %	125972615
117	NC_009012	ATATG	2	10	124551	124560	40 %	40 %	20 %	0 %	125972615
118	NC_009012	AAATA	2	10	128183	128192	80 %	20 %	0 %	0 %	125972618
119	NC_009012	CAAAT	2	10	129062	129071	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_009012	TAAAT	2	10	130055	130064	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009012	GCTTT	2	10	130592	130601	0 %	60 %	20 %	20 %	125972622
122	NC_009012	TCTGT	2	10	131495	131504	0 %	60 %	20 %	20 %	125972623
123	NC_009012	AGGTA	2	10	132306	132315	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009012	TTCCT	2	10	132428	132437	0 %	60 %	0 %	40 %	125972624
125	NC_009012	CCGAA	2	10	133493	133502	40 %	0 %	20 %	40 %	125972625
126	NC_009012	GCCTT	2	10	134631	134640	0 %	40 %	20 %	40 %	125972626
127	NC_009012	ATAAA	2	10	137164	137173	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009012	ATTGG	2	10	137230	137239	20 %	40 %	40 %	0 %	125972629
129	NC_009012	CAGGA	2	10	137430	137439	40 %	0 %	40 %	20 %	125972629
130	NC_009012	AAGAC	2	10	139624	139633	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_009012	TTTAT	2	10	141922	141931	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009012	ATATA	2	10	141939	141948	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009012	TTATA	2	10	142002	142011	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009012	ATATG	2	10	147316	147325	40 %	40 %	20 %	0 %	125972639
135	NC_009012	AAAAG	2	10	149623	149632	80 %	0 %	20 %	0 %	125972640
136	NC_009012	GGGAT	2	10	151169	151178	20 %	20 %	60 %	0 %	125972643
137	NC_009012	CCGGT	2	10	152839	152848	0 %	20 %	40 %	40 %	125972646
138	NC_009012	ACAAG	2	10	153185	153194	60 %	0 %	20 %	20 %	346980473
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