MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 plasmid A

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009007	CCCGGC	2	12	355	366	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125654606
2	NC_009007	GCACCG	2	12	1547	1558	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654606
3	NC_009007	GGGCGA	2	12	2545	2556	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654607
4	NC_009007	GGAGCG	2	12	3148	3159	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654608
5	NC_009007	CTCGGC	2	12	3264	3275	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654608
6	NC_009007	CCAGCC	2	12	3356	3367	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	125654608
7	NC_009007	GGCCGC	2	12	3597	3608	0 %	0 %	50 %	50 %	125654608
8	NC_009007	TCGAGC	2	12	3853	3864	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	125654608
9	NC_009007	CGCTTG	2	12	4075	4086	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125654608
10	NC_009007	CGCCAC	2	12	5182	5193	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	125654609
11	NC_009007	CAGGCA	2	12	6128	6139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009007	CGGGCG	2	12	7966	7977	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125654611
13	NC_009007	TCCTGA	2	12	8407	8418	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	125654612
14	NC_009007	GCTTCC	2	12	9307	9318	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	125654613
15	NC_009007	TCTGGC	2	12	11193	11204	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	125654615
16	NC_009007	GCAGGA	2	12	12166	12177	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	125654616
17	NC_009007	TCCCGG	2	12	12952	12963	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654617
18	NC_009007	CGTCAA	2	12	14176	14187	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125654618
19	NC_009007	GCCAGC	2	12	15054	15065	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654619
20	NC_009007	AGGGTC	2	12	15315	15326	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125654619
21	NC_009007	GCCTCG	2	12	15991	16002	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654620
22	NC_009007	CGCTGG	2	12	16941	16952	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	125654621
23	NC_009007	GGGCGA	2	12	17080	17091	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654621
24	NC_009007	GCCCGA	2	12	17258	17269	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654621
25	NC_009007	AGCGCC	2	12	17580	17591	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654621
26	NC_009007	GATCAG	2	12	18407	18418	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125654621
27	NC_009007	GCCAGC	2	12	19269	19280	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654622
28	NC_009007	CGGCCT	2	12	19612	19623	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654622
29	NC_009007	CTCGGC	2	12	20153	20164	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654622
30	NC_009007	CACCGG	2	12	26792	26803	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654624
31	NC_009007	CGGTGC	2	12	27616	27627	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	125654624
32	NC_009007	CACCGG	2	12	28127	28138	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654624
33	NC_009007	GATCGC	2	12	29490	29501	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	125654625
34	NC_009007	GGGCGA	2	12	30636	30647	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654627
35	NC_009007	AGCGTG	2	12	31150	31161	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125654628
36	NC_009007	CGAGGG	2	12	31163	31174	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654628
37	NC_009007	CACCGC	2	12	31722	31733	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	125654628
38	NC_009007	GGTGAG	2	12	31740	31751	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	125654628
39	NC_009007	AGCGCC	2	12	32620	32631	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654629
40	NC_009007	GGCCCA	2	12	33298	33309	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654630
41	NC_009007	CCCGGC	2	12	33864	33875	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_009007	ACCGGC	2	12	35942	35953	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654632
43	NC_009007	CCGCTG	2	12	35972	35983	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654632
44	NC_009007	GCCCTC	2	12	36512	36523	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_009007	GGGGGC	2	12	37158	37169	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009007	CGGCCG	2	12	37349	37360	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_009007	GTCCGG	2	12	37533	37544	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009007	GACGAG	2	12	38903	38914	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	125654636
49	NC_009007	TCGGCC	2	12	39886	39897	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654637
50	NC_009007	GCCCGA	2	12	40521	40532	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654637
51	NC_009007	CACGAG	2	12	40706	40717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009007	GGGTCT	2	12	40777	40788	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009007	AGCGCC	2	12	41211	41222	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_009007	CGAGCG	2	12	41553	41564	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	125654638
55	NC_009007	CACGAG	2	12	41761	41772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125654638
56	NC_009007	CATGGG	2	12	45082	45093	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009007	GCGGTC	2	12	46266	46277	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	125654642
58	NC_009007	TGGCCG	2	12	48097	48108	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	125654644
59	NC_009007	GGGACG	2	12	49956	49967	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654647
60	NC_009007	GCGGTG	2	12	50774	50785	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	125654648
61	NC_009007	CATCAC	2	12	51003	51014	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	125654648
62	NC_009007	ATGGCG	2	12	52404	52415	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125654649
63	NC_009007	CAGCCC	2	12	52854	52865	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	125654650
64	NC_009007	CTCGGC	2	12	54655	54666	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654651
65	NC_009007	GGCCGG	2	12	55523	55534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125654652
66	NC_009007	TCTGGA	2	12	58442	58453	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125654654
67	NC_009007	ACGGCC	2	12	60131	60142	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654656
68	NC_009007	TTGTTC	2	12	60524	60535	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125654656
69	NC_009007	GACGAA	2	12	60770	60781	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	125654657
70	NC_009007	GGATCG	2	12	63063	63074	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125654658
71	NC_009007	GCCACC	2	12	63542	63553	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	125654659
72	NC_009007	CGGCAC	2	12	67734	67745	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_009007	CAAGCC	2	12	68387	68398	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_009007	TGACCG	2	12	69192	69203	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	125654662
75	NC_009007	GGAGAA	2	12	70531	70542	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009007	CTGGCA	2	12	70842	70853	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009007	GGCGAG	2	12	72144	72155	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654665
78	NC_009007	CTTCTC	2	12	73324	73335	0 %	50 %	0 %	50 %	125654667
79	NC_009007	GTTTCA	2	12	73705	73716	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009007	TCGGCC	2	12	74255	74266	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654668
81	NC_009007	GCCCCG	2	12	75526	75537	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	125654668
82	NC_009007	GGGTGC	2	12	75852	75863	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	125654668
83	NC_009007	GTCCAT	2	12	77199	77210	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	125654669
84	NC_009007	CCCTTG	2	12	83104	83115	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_009007	GCTTCC	2	12	84676	84687	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009007	ACGGTG	2	12	85423	85434	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125654673
87	NC_009007	GATCGC	2	12	88786	88797	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	125654674
88	NC_009007	ACGCTC	2	12	89338	89349	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	125654674
89	NC_009007	TCACCT	2	12	91099	91110	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009007	CTGGCG	2	12	91311	91322	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009007	GGGCCG	2	12	91555	91566	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_009007	CAGCAT	2	12	91944	91955	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125654675
93	NC_009007	CCTCGG	2	12	94463	94474	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	125654677
94	NC_009007	AGGAGC	2	12	94821	94832	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009007	CAGCGC	2	12	95383	95394	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	125654678
96	NC_009007	GGGCCG	2	12	96330	96341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125654679
97	NC_009007	CCCGTC	2	12	103301	103312	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	125654685
98	NC_009007	CTCGAA	2	12	104530	104541	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125654686
99	NC_009007	GGGGCC	2	12	104854	104865	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	125654686
100	NC_009007	CGAGGG	2	12	104901	104912	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	125654686
101	NC_009007	GCCCCC	2	12	106560	106571	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	125654688
102	NC_009007	GCGGTC	2	12	107361	107372	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	125654688
103	NC_009007	GGGACG	2	12	107843	107854	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_009007	CGCGGC	2	12	108796	108807	0 %	0 %	50 %	50 %	125654689
105	NC_009007	CGCGGC	2	12	108916	108927	0 %	0 %	50 %	50 %	125654689
106	NC_009007	CAGCTC	2	12	109064	109075	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	125654689
107	NC_009007	CACCGC	2	12	112446	112457	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	125654691
108	NC_009007	ATCACG	2	12	113332	113343	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125654692

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.