MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 chromosome

Total Repeats: 1030

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009004	TTGCTG	2	12	419	430	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	125622883
2	NC_009004	TTGAAG	2	12	1628	1639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125622884
3	NC_009004	TGAAAG	2	12	1931	1942	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	125622884
4	NC_009004	ATGTTG	2	12	4415	4426	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	125622885
5	NC_009004	TCAAAA	2	12	7004	7015	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	125622886
6	NC_009004	AAAATG	2	12	7155	7166	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	125622886
7	NC_009004	AAGCCA	2	12	10232	10243	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	125622888
8	NC_009004	AAAGAT	2	12	11231	11242	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	125622889
9	NC_009004	TAAAAA	2	12	12749	12760	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	125622891
10	NC_009004	AATTGG	2	12	14831	14842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125622894
11	NC_009004	TTGACA	2	12	17334	17345	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125622895
12	NC_009004	AAATCA	2	12	20707	20718	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	125622899
13	NC_009004	GTCGGA	2	12	24138	24149	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125622902
14	NC_009004	GCGTGA	2	12	24680	24691	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125622902
15	NC_009004	ATGCAA	2	12	25312	25323	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	125622902
16	NC_009004	TTTCTT	2	12	36702	36713	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	125622911
17	NC_009004	AAAAGG	2	12	50879	50890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125622936
18	NC_009004	GGAAAG	2	12	51351	51362	50 %	0 %	50 %	0 %	125622936
19	NC_009004	TAATAT	2	12	52991	53002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009004	TGAAAA	2	12	54347	54358	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009004	TTTTAA	2	12	54937	54948	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009004	TGTTTG	2	12	57100	57111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125622943
23	NC_009004	GATAAT	2	12	60019	60030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	125622945
24	NC_009004	TCAGAG	2	12	60238	60249	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125622945
25	NC_009004	AAGGAA	2	12	60297	60308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	125622945
26	NC_009004	TAAAAT	2	12	62061	62072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009004	TTCACC	2	12	67045	67056	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	125622951
28	NC_009004	GCAGGA	2	12	68231	68242	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	125622951
29	NC_009004	CTTCAA	2	12	71311	71322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125622954
30	NC_009004	TATAAA	2	12	72211	72222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125622955
31	NC_009004	GGTCAG	2	12	74266	74277	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125622958
32	NC_009004	TTGCTT	2	12	76220	76231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125622960
33	NC_009004	TTGTTT	2	12	76529	76540	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	125622960
34	NC_009004	TTATTT	2	12	77668	77679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	125622961
35	NC_009004	TCCAAG	2	12	80337	80348	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125622964
36	NC_009004	ACAAGA	2	12	82505	82516	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	125622965
37	NC_009004	TAGGCT	2	12	82635	82646	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125622966
38	NC_009004	CTTTAT	2	12	85553	85564	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	125622968
39	NC_009004	AAGTTC	2	12	92443	92454	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125622976
40	NC_009004	TAAAAA	2	12	92734	92745	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009004	CATTTG	2	12	94649	94660	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	125622979
42	NC_009004	AAGCAA	2	12	94754	94765	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	125622979
43	NC_009004	GGGAAT	2	12	95790	95801	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	125622980
44	NC_009004	ATCAAA	2	12	97891	97902	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	125622982
45	NC_009004	TTTTCG	2	12	98880	98891	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125622983
46	NC_009004	AAAACC	2	12	100528	100539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	125622985
47	NC_009004	TGGACG	2	12	101019	101030	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125622985
48	NC_009004	TGGGAC	2	12	103234	103245	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	125622989
49	NC_009004	CAGTTG	2	12	104096	104107	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125622990
50	NC_009004	AGCTGA	2	12	107491	107502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125622992
51	NC_009004	TTTATC	2	12	110282	110293	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	125622995
52	NC_009004	TATAAA	2	12	114991	115002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	125623001
53	NC_009004	TATGGG	2	12	122260	122271	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	125623006
54	NC_009004	TTCATA	2	12	140112	140123	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	125623023
55	NC_009004	ATTGCT	2	12	142138	142149	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	125623025
56	NC_009004	TGCAGC	2	12	142221	142232	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	125623025
57	NC_009004	TCATAA	2	12	145607	145618	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	125623032
58	NC_009004	CAAAAG	2	12	146143	146154	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	125623033
59	NC_009004	GTTTAA	2	12	146834	146845	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	125623034
60	NC_009004	CAAACC	2	12	149710	149721	50 %	0 %	0 %	50 %	125623037
61	NC_009004	TAAAAA	2	12	150516	150527	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009004	ATTAAT	2	12	153863	153874	50 %	50 %	0 %	0 %	125623041
63	NC_009004	ATAATT	2	12	159082	159093	50 %	50 %	0 %	0 %	125623046
64	NC_009004	TTGCTT	2	12	165432	165443	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125623053
65	NC_009004	GTAAAG	2	12	170716	170727	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	125623056
66	NC_009004	TTATTT	2	12	173441	173452	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009004	GAATAC	2	12	173531	173542	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	125623062
68	NC_009004	TTTGAA	2	12	173982	173993	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	125623062
69	NC_009004	TATAAA	2	12	177675	177686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009004	TTCAGC	2	12	178304	178315	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	125623067
71	NC_009004	ATTGGG	2	12	179305	179316	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	125623067
72	NC_009004	AAATAG	2	12	181639	181650	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	125623069
73	NC_009004	AATCGA	2	12	182094	182105	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	125623070
74	NC_009004	TACCAT	2	12	185992	186003	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	125623074
75	NC_009004	ATGTTT	2	12	186043	186054	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	125623074
76	NC_009004	AAAAGA	2	12	187009	187020	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	125623075
77	NC_009004	AAGTAA	2	12	187794	187805	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	125623075
78	NC_009004	AAAACA	2	12	188183	188194	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009004	CGAAGT	2	12	190689	190700	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125623077
80	NC_009004	TGATTT	2	12	191289	191300	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009004	AGAAGT	2	12	192630	192641	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	125623079
82	NC_009004	GACTTT	2	12	192705	192716	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	125623079
83	NC_009004	TCCAGA	2	12	195871	195882	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125623083
84	NC_009004	GAAGGT	2	12	197646	197657	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	125623086
85	NC_009004	GAAAAC	2	12	198189	198200	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	125623086
86	NC_009004	CTGAAT	2	12	198824	198835	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125623087
87	NC_009004	AAAAGC	2	12	199236	199247	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	125623087
88	NC_009004	AAAAAC	2	12	201581	201592	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	125623089
89	NC_009004	TTGCTT	2	12	204245	204256	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125623092
90	NC_009004	TAAAAA	2	12	209375	209386	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	125623097
91	NC_009004	TGCAAC	2	12	211326	211337	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125623099
92	NC_009004	AAAAAT	2	12	211745	211756	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	125623099
93	NC_009004	AAATAA	2	12	216620	216631	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	125623103
94	NC_009004	ATTATG	2	12	216832	216843	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	125623103
95	NC_009004	TAAAAA	2	12	220398	220409	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009004	TGAAAA	2	12	222158	222169	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009004	TCAAAA	2	12	225318	225329	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009004	ACGTAA	2	12	238506	238517	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	125623127
99	NC_009004	CGTAAA	2	12	238531	238542	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	125623127
100	NC_009004	CCAGCC	2	12	241377	241388	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	125623130
101	NC_009004	AAGCTC	2	12	249698	249709	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125623136
102	NC_009004	TGATTG	2	12	252550	252561	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	125623137
103	NC_009004	GTCATT	2	12	254656	254667	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	125623139
104	NC_009004	AAGGCC	2	12	259857	259868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125623143
105	NC_009004	TAACGA	2	12	261214	261225	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	125623144
106	NC_009004	TGGCAT	2	12	262124	262135	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125623146
107	NC_009004	ATTCTA	2	12	262333	262344	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_009004	TTTGAT	2	12	263765	263776	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	125623149
109	NC_009004	TTTAAC	2	12	266892	266903	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	125623153
110	NC_009004	TTGGTT	2	12	268181	268192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	125623154
111	NC_009004	CAAAAT	2	12	269477	269488	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	125623154
112	NC_009004	ATTTCC	2	12	273964	273975	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	125623158
113	NC_009004	ATCTGC	2	12	274738	274749	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	125623158
114	NC_009004	GAAAAT	2	12	275477	275488	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009004	GGCTCA	2	12	280214	280225	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	125623163
116	NC_009004	AAAAAC	2	12	285575	285586	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	125623168
117	NC_009004	GTCTTG	2	12	285719	285730	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	125623168
118	NC_009004	CTTGGT	2	12	287939	287950	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	125623169
119	NC_009004	CTTTTT	2	12	290702	290713	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	125623173
120	NC_009004	TTTAAA	2	12	293007	293018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009004	ATTTTT	2	12	300419	300430	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	125623185
122	NC_009004	CCAACA	2	12	307498	307509	50 %	0 %	0 %	50 %	125623191
123	NC_009004	AACATC	2	12	309312	309323	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	125623193
124	NC_009004	AGGGAT	2	12	311289	311300	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	125623195
125	NC_009004	TTTAAA	2	12	317197	317208	50 %	50 %	0 %	0 %	125623199
126	NC_009004	AAGTTT	2	12	322710	322721	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009004	TTGTTT	2	12	323149	323160	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009004	TTGCTG	2	12	325325	325336	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	125623208
129	NC_009004	TAATTA	2	12	325926	325937	50 %	50 %	0 %	0 %	125623208
130	NC_009004	GATTTT	3	18	329725	329742	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	125623212
131	NC_009004	TTGCTT	2	12	330826	330837	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125623214
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137	NC_009004	ATTTTT	2	12	341225	341236	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009004	AAAATG	2	12	349951	349962	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	125623231
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140	NC_009004	TCTGGT	2	12	356189	356200	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	125623235
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160	NC_009004	TAAAAT	2	12	385798	385809	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_009004	AAAGCT	2	12	389082	389093	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	125623264
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223	NC_009004	TGGAAG	2	12	516112	516123	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
224	NC_009004	AAGCAA	2	12	521147	521158	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	125623388
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231	NC_009004	TATAAT	2	12	546905	546916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
232	NC_009004	TGCTTG	2	12	550463	550474	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	125623421
233	NC_009004	CGACAG	2	12	551353	551364	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	125623422
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236	NC_009004	AGAAAA	2	12	554888	554899	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	125623427
237	NC_009004	GAAGCT	2	12	556873	556884	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125623428
238	NC_009004	AGCATA	2	12	561299	561310	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
239	NC_009004	TGAAAT	2	12	563676	563687	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	125623437
240	NC_009004	TCTTCA	2	12	563941	563952	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	125623438
241	NC_009004	ATCAGC	2	12	564183	564194	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125623438
242	NC_009004	ACTTTC	2	12	568265	568276	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	125623441
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246	NC_009004	GCTAAT	2	12	582881	582892	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125623454
247	NC_009004	GAAGCT	2	12	582917	582928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125623454
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250	NC_009004	TGTTAA	2	12	595809	595820	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
251	NC_009004	TTGAAC	2	12	597498	597509	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125623470
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260	NC_009004	TAATTT	2	12	628188	628199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_009004	ACTTGC	2	12	628680	628691	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	125623495
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266	NC_009004	AAGAAA	2	12	642755	642766	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
267	NC_009004	GGGCAA	2	12	645732	645743	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	125623510
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279	NC_009004	CTCAAA	2	12	676423	676434	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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289	NC_009004	TTTGAT	2	12	701460	701471	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	125623573
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300	NC_009004	AAAATG	2	12	728448	728459	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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327	NC_009004	AAAAAG	2	12	803572	803583	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	125623681
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338	NC_009004	TAAGTG	2	12	823832	823843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125623702
339	NC_009004	CTGACA	2	12	826551	826562	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
340	NC_009004	GTTTAA	2	12	826754	826765	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	125623704
341	NC_009004	TCTTTG	2	12	827967	827978	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	125623705
342	NC_009004	AGATTG	2	12	834105	834116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125623709
343	NC_009004	TTAGGA	2	12	835163	835174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125623709
344	NC_009004	AATGGC	2	12	837752	837763	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	125623712
345	NC_009004	ATGGTG	2	12	837835	837846	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	125623712
346	NC_009004	ATGCAC	2	12	841409	841420	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	125623715
347	NC_009004	GTTGAA	2	12	845414	845425	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	125623720
348	NC_009004	GTTCAG	2	12	848487	848498	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125623721
349	NC_009004	CAAAAT	2	12	849977	849988	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	125623721
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351	NC_009004	TAAAAA	2	12	852587	852598	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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457	NC_009004	TTGATT	2	12	1095140	1095151	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	125623961
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462	NC_009004	CTGTAA	2	12	1114585	1114596	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	125623979
463	NC_009004	AATATT	2	12	1115379	1115390	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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466	NC_009004	ACTTAT	2	12	1120745	1120756	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	125623983
467	NC_009004	TGAAAA	2	12	1122810	1122821	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	125623985
468	NC_009004	TTGAAA	2	12	1123859	1123870	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	125623985
469	NC_009004	CTGATG	2	12	1127736	1127747	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125623992
470	NC_009004	AAAGTT	2	12	1128043	1128054	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	125623992
471	NC_009004	TCATTA	2	12	1135307	1135318	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	125623999
472	NC_009004	CGACTG	2	12	1135402	1135413	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	125623999
473	NC_009004	AGAATT	2	12	1142739	1142750	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	125624005
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475	NC_009004	AGAAAA	2	12	1160477	1160488	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	125624018
476	NC_009004	AATTGA	2	12	1161019	1161030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	125624019
477	NC_009004	GAGTTG	2	12	1162476	1162487	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	125624022
478	NC_009004	GTTGAT	2	12	1162517	1162528	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	125624022
479	NC_009004	ACTTTT	2	12	1163064	1163075	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	125624023
480	NC_009004	ACTTGG	2	12	1165656	1165667	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	125624026
481	NC_009004	AATGAA	2	12	1169907	1169918	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	125624031
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485	NC_009004	CTTTTC	2	12	1181826	1181837	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	125624040
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489	NC_009004	TTTTAG	2	12	1203138	1203149	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	125624057
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491	NC_009004	TTAGAA	2	12	1207316	1207327	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
492	NC_009004	TGAAAG	2	12	1213144	1213155	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	125624068
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499	NC_009004	TTAAAT	2	12	1245393	1245404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
500	NC_009004	TCAATA	2	12	1249147	1249158	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	125624103

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