MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Hyperthermus butylicus DSM 5456 chromosome

Total Repeats: 282

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008818	CTACC	2	10	422	431	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_008818	GCTAG	2	10	20042	20051	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_008818	TGGAA	2	10	22392	22401	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008818	CAATG	2	10	43637	43646	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008818	CTAGG	2	10	58700	58709	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008818	CAACA	2	10	65219	65228	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_008818	CTAAG	2	10	65967	65976	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008818	ACTCC	2	10	66306	66315	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_008818	CCCCA	2	10	66316	66325	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
10	NC_008818	GTTTA	2	10	66355	66364	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008818	CTATT	2	10	67664	67673	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008818	GACGT	2	10	89609	89618	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_008818	GCACC	2	10	93380	93389	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_008818	CCACC	2	10	101833	101842	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
15	NC_008818	CTTCC	2	10	105557	105566	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
16	NC_008818	ACCCC	2	10	117241	117250	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
17	NC_008818	CTCTG	2	10	117839	117848	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008818	CAGAG	2	10	118962	118971	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008818	TTTCA	2	10	130063	130072	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_008818	GAGAG	2	10	130116	130125	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008818	GGGTG	2	10	130262	130271	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008818	GCATA	2	10	132816	132825	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_008818	GGGGT	2	10	154839	154848	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008818	GCCTA	2	10	154942	154951	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_008818	CGTAT	2	10	158752	158761	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008818	GGGAA	2	10	159060	159069	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008818	GCTTC	2	10	177500	177509	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_008818	AGGTA	3	15	179309	179323	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008818	ATACT	2	10	179711	179720	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008818	AGGAG	2	10	180968	180977	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008818	GGAGC	2	10	181050	181059	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_008818	CAGCC	2	10	185318	185327	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_008818	GCCTC	2	10	186003	186012	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_008818	CTCTC	2	10	187698	187707	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_008818	CCCCA	2	10	204460	204469	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
36	NC_008818	TGGTA	2	10	205815	205824	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008818	CAGCT	2	10	209392	209401	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008818	CCCAC	2	10	216543	216552	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
39	NC_008818	AAGCC	2	10	220554	220563	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_008818	GTAAG	2	10	220753	220762	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008818	GGGAG	2	10	221457	221466	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008818	GTTAG	2	10	224933	224942	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008818	TAGGC	2	10	231214	231223	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008818	TAGCC	2	10	231936	231945	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_008818	GTGTA	2	10	232303	232312	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008818	GTGTA	2	10	242472	242481	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008818	AGGCT	2	10	248199	248208	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_008818	TACGC	2	10	252641	252650	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_008818	GCCTC	2	10	279838	279847	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
50	NC_008818	GGCAT	2	10	284139	284148	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008818	TGCAC	2	10	284157	284166	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_008818	AGTAT	2	10	298036	298045	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008818	TAGTG	2	10	317866	317875	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008818	CTATG	2	10	317984	317993	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_008818	TGCCT	2	10	318014	318023	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_008818	GCAGA	2	10	321141	321150	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_008818	AGCTA	2	10	321157	321166	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_008818	CGAGA	2	10	323941	323950	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008818	GCCTA	2	10	327506	327515	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_008818	TCTTG	2	10	329227	329236	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_008818	TTGTT	2	10	332222	332231	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008818	CCCAG	2	10	336100	336109	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_008818	ACTAG	2	10	342645	342654	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008818	CCAAT	2	10	374330	374339	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_008818	TCCGC	2	10	386989	386998	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_008818	TCTCC	2	10	388928	388937	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_008818	AGCAA	2	10	396276	396285	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_008818	ACATC	2	10	406489	406498	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_008818	GCTGT	2	10	412964	412973	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008818	ACCCA	2	10	417300	417309	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_008818	ACTAC	2	10	433164	433173	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_008818	GCATA	2	10	440168	440177	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008818	CCTTC	2	10	444220	444229	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_008818	CAGTT	2	10	446671	446680	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008818	ATTGA	2	10	454380	454389	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008818	TGGTG	2	10	467126	467135	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008818	TGCTG	2	10	468670	468679	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008818	ATGGT	2	10	469830	469839	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008818	TAAAA	2	10	474111	474120	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008818	GATTG	2	10	475735	475744	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008818	TGCTC	2	10	478767	478776	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_008818	TATGC	2	10	500445	500454	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_008818	CCAGG	2	10	505042	505051	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_008818	GCAGA	2	10	508745	508754	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008818	CTTGG	2	10	512751	512760	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_008818	ATAAA	2	10	536068	536077	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008818	CCGTT	2	10	546451	546460	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_008818	CAAGG	2	10	558562	558571	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_008818	GAATA	2	10	558588	558597	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008818	AGGGT	2	10	563814	563823	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008818	TTTAT	2	10	564589	564598	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008818	TGCAA	2	10	568595	568604	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008818	TGGTG	2	10	569235	569244	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008818	ATGGT	2	10	570488	570497	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008818	CTTAT	2	10	570640	570649	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008818	CTGGA	2	10	573940	573949	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_008818	TTTCA	2	10	583223	583232	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_008818	GCGGG	2	10	587778	587787	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
99	NC_008818	GGGCT	2	10	598856	598865	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008818	TAGCC	2	10	607946	607955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_008818	TAGCC	2	10	615159	615168	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_008818	CTAGA	2	10	615333	615342	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_008818	CGGGC	2	10	615498	615507	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
104	NC_008818	CGCCA	2	10	628572	628581	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
105	NC_008818	GCCAA	2	10	632807	632816	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_008818	CCACC	2	10	633003	633012	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
107	NC_008818	GCCCC	2	10	644133	644142	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
108	NC_008818	GGAGC	2	10	646359	646368	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_008818	AGGCT	2	10	648370	648379	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_008818	AACTG	2	10	657434	657443	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_008818	GGGAG	2	10	657713	657722	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008818	AATTA	2	10	658913	658922	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008818	AGCAA	2	10	667673	667682	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_008818	GCCCC	2	10	673624	673633	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
115	NC_008818	TAGCC	2	10	674963	674972	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_008818	GCTGG	2	10	685793	685802	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_008818	CAGCC	2	10	685956	685965	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
118	NC_008818	CCAGC	2	10	687837	687846	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_008818	CAGCA	2	10	688168	688177	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_008818	TGCCG	2	10	690346	690355	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_008818	GGTCT	2	10	690914	690923	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_008818	AATCA	2	10	704046	704055	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008818	GTTGG	2	10	705895	705904	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008818	GCGGG	2	10	709544	709553	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008818	CAGCA	2	10	709575	709584	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_008818	GCTGC	2	10	709667	709676	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_008818	CCTGC	2	10	711249	711258	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_008818	TACAA	2	10	715968	715977	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_008818	GTTAG	2	10	722538	722547	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008818	CGTGG	2	10	722563	722572	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_008818	AGGAG	2	10	728301	728310	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008818	GAGCC	2	10	728504	728513	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_008818	ATAGC	2	10	733123	733132	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_008818	GCCAC	2	10	737224	737233	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_008818	CAGCC	2	10	737381	737390	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_008818	GTAGA	2	10	738273	738282	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008818	GCCCC	2	10	739382	739391	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
138	NC_008818	GCCAC	2	10	740462	740471	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_008818	GTGGC	2	10	741450	741459	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008818	TGCCG	2	10	755224	755233	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_008818	TGGGC	2	10	755319	755328	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
142	NC_008818	TGTAG	2	10	763678	763687	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008818	TATGA	2	10	765727	765736	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008818	TTACA	2	10	774422	774431	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_008818	GCTGC	2	10	783982	783991	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_008818	CTTTA	2	10	793726	793735	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_008818	CCAGC	2	10	809889	809898	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
148	NC_008818	CAGAG	2	10	813337	813346	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_008818	ATGAT	2	10	813469	813478	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008818	GCTGA	2	10	813545	813554	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_008818	GTGTT	2	10	822433	822442	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008818	GCATA	2	10	825099	825108	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_008818	CAACC	2	10	825414	825423	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
154	NC_008818	GAGAA	2	10	825464	825473	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008818	ATTCA	2	10	827300	827309	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
156	NC_008818	CACAG	2	10	844945	844954	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_008818	GCCAT	2	10	851541	851550	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
158	NC_008818	CTAGA	2	10	852705	852714	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_008818	CTTCA	2	10	855517	855526	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_008818	ATGCC	2	10	872800	872809	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
161	NC_008818	ACTAG	2	10	877089	877098	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_008818	TAGCT	2	10	882455	882464	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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164	NC_008818	TAGCC	2	10	885537	885546	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NC_008818	GGCTG	2	10	892180	892189	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
166	NC_008818	TGGGA	2	10	926946	926955	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_008818	GCTAT	2	10	969174	969183	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
170	NC_008818	GTTTT	2	10	993856	993865	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_008818	GTTGG	2	10	996823	996832	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
172	NC_008818	GTGTT	2	10	1033792	1033801	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
173	NC_008818	TGTGA	2	10	1034975	1034984	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
174	NC_008818	AGATA	2	10	1035898	1035907	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
175	NC_008818	AGCCT	2	10	1036392	1036401	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
176	NC_008818	CAAGC	2	10	1042221	1042230	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
177	NC_008818	TGTGG	2	10	1057615	1057624	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
178	NC_008818	CCCCT	2	10	1059061	1059070	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
179	NC_008818	CAGAG	2	10	1072013	1072022	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_008818	TCCCC	2	10	1091220	1091229	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
182	NC_008818	CCACG	2	10	1092959	1092968	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
183	NC_008818	AACCA	2	10	1105947	1105956	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
184	NC_008818	CCTTC	2	10	1109655	1109664	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
185	NC_008818	CCTAT	2	10	1109708	1109717	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_008818	AAATA	2	10	1120009	1120018	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_008818	CGAGG	2	10	1124772	1124781	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
188	NC_008818	TGAGC	2	10	1124791	1124800	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
189	NC_008818	GCCGG	2	10	1128739	1128748	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
190	NC_008818	AGCGA	2	10	1131117	1131126	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
191	NC_008818	AGCCT	2	10	1131653	1131662	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
192	NC_008818	GGGTA	2	10	1134526	1134535	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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194	NC_008818	CCTGG	2	10	1142523	1142532	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
195	NC_008818	TCCCT	2	10	1143107	1143116	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
196	NC_008818	CGGGG	2	10	1144412	1144421	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
197	NC_008818	AGCCG	2	10	1146061	1146070	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
198	NC_008818	TCCTA	2	10	1155072	1155081	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
199	NC_008818	TGGAT	2	10	1162080	1162089	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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202	NC_008818	TTCGC	2	10	1172339	1172348	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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222	NC_008818	GCAAG	2	10	1307204	1307213	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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231	NC_008818	GCAGG	2	10	1335259	1335268	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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263	NC_008818	GTGGA	2	10	1556102	1556111	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
264	NC_008818	TAGCC	2	10	1560439	1560448	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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266	NC_008818	GGGGA	2	10	1595860	1595869	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
267	NC_008818	CAAGG	2	10	1598459	1598468	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_008818	GCCGT	2	10	1611935	1611944	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
272	NC_008818	TGAAA	2	10	1614342	1614351	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
273	NC_008818	GAGAG	2	10	1617235	1617244	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
274	NC_008818	GGCGG	2	10	1617852	1617861	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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277	NC_008818	CGGCC	2	10	1662700	1662709	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
278	NC_008818	CGCGG	2	10	1663283	1663292	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
279	NC_008818	CGAGC	2	10	1663689	1663698	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
280	NC_008818	CCGTG	2	10	1663716	1663725	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
281	NC_008818	ACCCC	2	10	1663939	1663948	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
282	NC_008818	CGTGG	2	10	1666097	1666106	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.