MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorhodospira halophila SL1 chromosome

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008789	GCGCCC	2	12	116383	116394	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_008789	GATACA	2	12	236672	236683	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008789	GGGGGC	2	12	255100	255111	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008789	CCGGGC	2	12	270901	270912	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008789	CCCGAC	2	12	332216	332227	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008789	ATTTCA	2	12	377830	377841	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008789	CCCCCG	2	12	416045	416056	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
8	NC_008789	AACGAT	2	12	450772	450783	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008789	GCCGGC	2	12	462434	462445	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008789	GCCGAG	2	12	465137	465148	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008789	CCACCC	2	12	473193	473204	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
12	NC_008789	CGCGCC	2	12	473320	473331	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_008789	CGACCA	2	12	478771	478782	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008789	CGCGGC	2	12	483682	483693	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008789	GCAGCC	2	12	538315	538326	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008789	CGACAG	2	12	551000	551011	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008789	CCAGCG	2	12	551038	551049	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008789	GCGGCA	2	12	551050	551061	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008789	CCCAGC	2	12	624617	624628	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_008789	ACCCGC	2	12	628289	628300	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_008789	TCCCTG	2	12	688937	688948	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_008789	GATGCA	2	12	711469	711480	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008789	GAGAGC	2	12	715646	715657	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008789	GCGCGT	2	12	719370	719381	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008789	CCGGTG	2	12	729815	729826	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008789	CAACCG	2	12	747559	747570	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008789	TCGCCG	2	12	785214	785225	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_008789	TTCAGG	2	12	811756	811767	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008789	AACGCC	2	12	825281	825292	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008789	CGTCCA	2	12	825531	825542	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008789	CAACAG	2	12	825748	825759	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008789	CCGTTA	2	12	840459	840470	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008789	CATGAT	2	12	866316	866327	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008789	GCCTCC	2	12	872926	872937	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_008789	CTACGC	2	12	873823	873834	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_008789	GTCGAT	2	12	927472	927483	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008789	ATTTCA	2	12	949839	949850	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008789	GGAGCA	2	12	996352	996363	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_008789	CAAAGC	2	12	1208837	1208848	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008789	GTATCG	2	12	1235521	1235532	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_008789	ACTAGA	2	12	1263089	1263100	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008789	GCGCGA	2	12	1267013	1267024	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008789	CCGGGC	2	12	1271013	1271024	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008789	CGGCCA	2	12	1285913	1285924	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008789	GTCCTC	2	12	1303939	1303950	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008789	GACGCC	2	12	1310558	1310569	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008789	ATGACG	2	12	1376142	1376153	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008789	CTTTTT	2	12	1405711	1405722	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008789	AAGGCT	2	12	1423084	1423095	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008789	CCCCTC	2	12	1427943	1427954	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
51	NC_008789	TCGACT	2	12	1431223	1431234	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008789	GCCCCA	2	12	1464117	1464128	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_008789	GCGGCA	2	12	1510205	1510216	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008789	GCCCGC	2	12	1572491	1572502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_008789	ATGAGG	2	12	1651282	1651293	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008789	GCACCC	2	12	1664326	1664337	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_008789	GCCACG	2	12	1714084	1714095	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008789	CGCGCT	2	12	1757927	1757938	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008789	GCCACC	2	12	1804074	1804085	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_008789	GGCAGG	2	12	1818074	1818085	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008789	GCCGAC	2	12	1826322	1826333	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008789	CCGACG	2	12	1842725	1842736	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008789	GCACGC	2	12	1945917	1945928	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_008789	GAGCAC	2	12	1991979	1991990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008789	GCCGCG	2	12	2146892	2146903	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_008789	AGCAAC	2	12	2160601	2160612	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008789	GGCCCC	2	12	2172852	2172863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_008789	GGTCGC	2	12	2456275	2456286	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008789	GGGCGC	2	12	2475504	2475515	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008789	TCATCG	2	12	2480404	2480415	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008789	GCGCCG	2	12	2574693	2574704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008789	GCCATG	2	12	2578523	2578534	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.