MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halorhodospira halophila SL1 chromosome

Total Repeats: 1786

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008789	TCCGT	2	10	4526	4535	0 %	40 %	20 %	40 %	121996814
2	NC_008789	CCTCG	2	10	5297	5306	0 %	20 %	20 %	60 %	121996815
3	NC_008789	GCGCG	2	10	5827	5836	0 %	0 %	60 %	40 %	121996816
4	NC_008789	TGCTG	2	10	6028	6037	0 %	40 %	40 %	20 %	121996816
5	NC_008789	TGCCC	2	10	9423	9432	0 %	20 %	20 %	60 %	121996819
6	NC_008789	CTGGC	2	10	11205	11214	0 %	20 %	40 %	40 %	121996821
7	NC_008789	GCGCT	2	10	14108	14117	0 %	20 %	40 %	40 %	121996823
8	NC_008789	GCCTC	2	10	14688	14697	0 %	20 %	20 %	60 %	121996824
9	NC_008789	TCCCA	2	10	15537	15546	20 %	20 %	0 %	60 %	121996825
10	NC_008789	CCGAA	2	10	16251	16260	40 %	0 %	20 %	40 %	121996825
11	NC_008789	CGGGC	2	10	17939	17948	0 %	0 %	60 %	40 %	121996827
12	NC_008789	TCGTG	2	10	18471	18480	0 %	40 %	40 %	20 %	121996828
13	NC_008789	GATGG	2	10	19037	19046	20 %	20 %	60 %	0 %	121996828
14	NC_008789	CGGCA	2	10	20910	20919	20 %	0 %	40 %	40 %	121996829
15	NC_008789	TCTCC	2	10	23602	23611	0 %	40 %	0 %	60 %	121996832
16	NC_008789	CCTGG	2	10	28843	28852	0 %	20 %	40 %	40 %	121996836
17	NC_008789	GGTCG	2	10	29335	29344	0 %	20 %	60 %	20 %	121996836
18	NC_008789	CTGGG	2	10	30171	30180	0 %	20 %	60 %	20 %	121996837
19	NC_008789	TGGCG	2	10	30456	30465	0 %	20 %	60 %	20 %	121996837
20	NC_008789	TAGCT	2	10	31114	31123	20 %	40 %	20 %	20 %	121996838
21	NC_008789	GCCCC	2	10	34248	34257	0 %	0 %	20 %	80 %	121996842
22	NC_008789	TGATC	2	10	34839	34848	20 %	40 %	20 %	20 %	121996843
23	NC_008789	CAGCG	2	10	34942	34951	20 %	0 %	40 %	40 %	121996843
24	NC_008789	GTTCG	2	10	36362	36371	0 %	40 %	40 %	20 %	121996845
25	NC_008789	CCGAG	2	10	39909	39918	20 %	0 %	40 %	40 %	121996847
26	NC_008789	TCCGG	2	10	39944	39953	0 %	20 %	40 %	40 %	121996847
27	NC_008789	AGGCC	2	10	40480	40489	20 %	0 %	40 %	40 %	121996848
28	NC_008789	CCCGG	2	10	41105	41114	0 %	0 %	40 %	60 %	121996848
29	NC_008789	GGCAT	2	10	41395	41404	20 %	20 %	40 %	20 %	121996849
30	NC_008789	CGGCG	2	10	43166	43175	0 %	0 %	60 %	40 %	121996851
31	NC_008789	CCACC	2	10	43484	43493	20 %	0 %	0 %	80 %	121996851
32	NC_008789	GCCCC	2	10	44363	44372	0 %	0 %	20 %	80 %	121996851
33	NC_008789	GGCGC	2	10	46316	46325	0 %	0 %	60 %	40 %	121996854
34	NC_008789	CTCGC	2	10	46886	46895	0 %	20 %	20 %	60 %	121996854
35	NC_008789	GGTGG	2	10	46934	46943	0 %	20 %	80 %	0 %	121996854
36	NC_008789	CGGTC	2	10	47239	47248	0 %	20 %	40 %	40 %	121996854
37	NC_008789	TCCCC	2	10	47275	47284	0 %	20 %	0 %	80 %	121996854
38	NC_008789	CTCGC	2	10	49588	49597	0 %	20 %	20 %	60 %	121996857
39	NC_008789	GGGCC	2	10	50539	50548	0 %	0 %	60 %	40 %	121996858
40	NC_008789	CGGCC	2	10	54391	54400	0 %	0 %	40 %	60 %	121996862
41	NC_008789	ACCCA	2	10	55239	55248	40 %	0 %	0 %	60 %	121996862
42	NC_008789	CCCAG	2	10	56053	56062	20 %	0 %	20 %	60 %	121996862
43	NC_008789	CGCCC	2	10	57015	57024	0 %	0 %	20 %	80 %	121996862
44	NC_008789	GCGAG	2	10	57298	57307	20 %	0 %	60 %	20 %	121996863
45	NC_008789	CGACG	2	10	57649	57658	20 %	0 %	40 %	40 %	121996863
46	NC_008789	TCGGC	2	10	62890	62899	0 %	20 %	40 %	40 %	121996866
47	NC_008789	CCAGC	2	10	63299	63308	20 %	0 %	20 %	60 %	121996866
48	NC_008789	CTGGC	2	10	63867	63876	0 %	20 %	40 %	40 %	121996867
49	NC_008789	CGGCG	2	10	65269	65278	0 %	0 %	60 %	40 %	121996867
50	NC_008789	TCCCC	2	10	66264	66273	0 %	20 %	0 %	80 %	121996868
51	NC_008789	CGACG	2	10	68026	68035	20 %	0 %	40 %	40 %	121996869
52	NC_008789	CGGCC	2	10	72887	72896	0 %	0 %	40 %	60 %	121996872
53	NC_008789	CGATC	2	10	73498	73507	20 %	20 %	20 %	40 %	121996873
54	NC_008789	TCCAC	2	10	73819	73828	20 %	20 %	0 %	60 %	121996873
55	NC_008789	AGCCG	2	10	74353	74362	20 %	0 %	40 %	40 %	121996874
56	NC_008789	TGCTC	2	10	77047	77056	0 %	40 %	20 %	40 %	121996876
57	NC_008789	GCCCC	2	10	78005	78014	0 %	0 %	20 %	80 %	121996876
58	NC_008789	CGGCG	2	10	79646	79655	0 %	0 %	60 %	40 %	121996876
59	NC_008789	AGCCC	2	10	80032	80041	20 %	0 %	20 %	60 %	121996876
60	NC_008789	TCGAC	2	10	83905	83914	20 %	20 %	20 %	40 %	121996878
61	NC_008789	ACCGC	2	10	87393	87402	20 %	0 %	20 %	60 %	121996882
62	NC_008789	TCCGC	2	10	89770	89779	0 %	20 %	20 %	60 %	121996886
63	NC_008789	CCCAG	2	10	91338	91347	20 %	0 %	20 %	60 %	121996887
64	NC_008789	TCTGC	2	10	93714	93723	0 %	40 %	20 %	40 %	121996889
65	NC_008789	CCCTG	2	10	94034	94043	0 %	20 %	20 %	60 %	121996889
66	NC_008789	CAGCG	2	10	94954	94963	20 %	0 %	40 %	40 %	121996890
67	NC_008789	TAGCG	2	10	96113	96122	20 %	20 %	40 %	20 %	121996892
68	NC_008789	CACCG	2	10	98782	98791	20 %	0 %	20 %	60 %	121996894
69	NC_008789	ACGCC	2	10	100098	100107	20 %	0 %	20 %	60 %	121996895
70	NC_008789	CCGGC	2	10	101870	101879	0 %	0 %	40 %	60 %	121996897
71	NC_008789	CACAT	2	10	106249	106258	40 %	20 %	0 %	40 %	121996902
72	NC_008789	GCGCG	2	10	107221	107230	0 %	0 %	60 %	40 %	121996903
73	NC_008789	CCCGA	2	10	107354	107363	20 %	0 %	20 %	60 %	121996903
74	NC_008789	CCCGG	2	10	107639	107648	0 %	0 %	40 %	60 %	121996903
75	NC_008789	GGCGC	2	10	110529	110538	0 %	0 %	60 %	40 %	121996905
76	NC_008789	CCGTC	2	10	111276	111285	0 %	20 %	20 %	60 %	121996905
77	NC_008789	CGCTG	2	10	117861	117870	0 %	20 %	40 %	40 %	121996911
78	NC_008789	CGATC	2	10	118302	118311	20 %	20 %	20 %	40 %	121996911
79	NC_008789	CCGCC	2	10	120400	120409	0 %	0 %	20 %	80 %	121996913
80	NC_008789	GCCCC	2	10	121884	121893	0 %	0 %	20 %	80 %	121996914
81	NC_008789	GACCT	2	10	122466	122475	20 %	20 %	20 %	40 %	121996914
82	NC_008789	GCCCT	2	10	122517	122526	0 %	20 %	20 %	60 %	121996914
83	NC_008789	CGGCG	2	10	125555	125564	0 %	0 %	60 %	40 %	121996917
84	NC_008789	AGCGC	2	10	125657	125666	20 %	0 %	40 %	40 %	121996917
85	NC_008789	ACGGC	2	10	128537	128546	20 %	0 %	40 %	40 %	121996921
86	NC_008789	CGCCA	2	10	130409	130418	20 %	0 %	20 %	60 %	121996923
87	NC_008789	GTCCG	2	10	131061	131070	0 %	20 %	40 %	40 %	121996925
88	NC_008789	TACCC	2	10	132056	132065	20 %	20 %	0 %	60 %	121996925
89	NC_008789	CGCCA	2	10	137430	137439	20 %	0 %	20 %	60 %	121996929
90	NC_008789	GGCCT	2	10	137624	137633	0 %	20 %	40 %	40 %	121996930
91	NC_008789	ACCGG	2	10	139893	139902	20 %	0 %	40 %	40 %	121996931
92	NC_008789	GCCGC	2	10	141013	141022	0 %	0 %	40 %	60 %	121996931
93	NC_008789	GGCCA	2	10	141317	141326	20 %	0 %	40 %	40 %	121996931
94	NC_008789	GCGTC	2	10	142009	142018	0 %	20 %	40 %	40 %	121996932
95	NC_008789	GCCGC	2	10	142175	142184	0 %	0 %	40 %	60 %	121996932
96	NC_008789	CGTCC	2	10	143464	143473	0 %	20 %	20 %	60 %	121996933
97	NC_008789	TCGGC	2	10	144012	144021	0 %	20 %	40 %	40 %	121996934
98	NC_008789	GCCGT	2	10	148472	148481	0 %	20 %	40 %	40 %	121996937
99	NC_008789	CCCCG	2	10	148906	148915	0 %	0 %	20 %	80 %	121996938
100	NC_008789	AGACC	2	10	149390	149399	40 %	0 %	20 %	40 %	121996939
101	NC_008789	GAACC	2	10	149610	149619	40 %	0 %	20 %	40 %	121996939
102	NC_008789	GGCAT	2	10	149884	149893	20 %	20 %	40 %	20 %	121996939
103	NC_008789	AGCCG	2	10	150810	150819	20 %	0 %	40 %	40 %	121996941
104	NC_008789	CGCGC	2	10	152099	152108	0 %	0 %	40 %	60 %	121996942
105	NC_008789	CCGGC	2	10	152752	152761	0 %	0 %	40 %	60 %	121996943
106	NC_008789	GCGCT	2	10	153962	153971	0 %	20 %	40 %	40 %	121996944
107	NC_008789	TCCCC	2	10	154359	154368	0 %	20 %	0 %	80 %	121996944
108	NC_008789	GCTCG	2	10	154980	154989	0 %	20 %	40 %	40 %	121996944
109	NC_008789	CGCCC	2	10	155974	155983	0 %	0 %	20 %	80 %	121996945
110	NC_008789	GGGTC	2	10	157211	157220	0 %	20 %	60 %	20 %	121996946
111	NC_008789	CGGGC	2	10	159492	159501	0 %	0 %	60 %	40 %	121996948
112	NC_008789	GGACC	2	10	159574	159583	20 %	0 %	40 %	40 %	121996948
113	NC_008789	CGCCC	2	10	160229	160238	0 %	0 %	20 %	80 %	121996949
114	NC_008789	GCTCG	2	10	160940	160949	0 %	20 %	40 %	40 %	121996949
115	NC_008789	GCCGA	2	10	163295	163304	20 %	0 %	40 %	40 %	121996951
116	NC_008789	CCGGG	2	10	164344	164353	0 %	0 %	60 %	40 %	121996951
117	NC_008789	ACGCG	2	10	164505	164514	20 %	0 %	40 %	40 %	121996952
118	NC_008789	GTCCC	2	10	170704	170713	0 %	20 %	20 %	60 %	121996956
119	NC_008789	ATCCG	2	10	173573	173582	20 %	20 %	20 %	40 %	121996959
120	NC_008789	ACCGG	2	10	178525	178534	20 %	0 %	40 %	40 %	121996963
121	NC_008789	GACCC	2	10	183036	183045	20 %	0 %	20 %	60 %	121996965
122	NC_008789	GCCCC	2	10	183829	183838	0 %	0 %	20 %	80 %	121996966
123	NC_008789	CCCGG	2	10	184220	184229	0 %	0 %	40 %	60 %	121996966
124	NC_008789	GCCGA	2	10	186395	186404	20 %	0 %	40 %	40 %	121996969
125	NC_008789	CTGGC	2	10	188099	188108	0 %	20 %	40 %	40 %	121996970
126	NC_008789	CGCTG	2	10	188577	188586	0 %	20 %	40 %	40 %	121996971
127	NC_008789	CCGCC	2	10	189624	189633	0 %	0 %	20 %	80 %	121996971
128	NC_008789	CGTGG	2	10	189675	189684	0 %	20 %	60 %	20 %	121996971
129	NC_008789	AGCGC	2	10	190115	190124	20 %	0 %	40 %	40 %	121996972
130	NC_008789	CCCAC	2	10	190276	190285	20 %	0 %	0 %	80 %	121996972
131	NC_008789	GCCGA	2	10	193448	193457	20 %	0 %	40 %	40 %	121996973
132	NC_008789	GCTGC	2	10	194912	194921	0 %	20 %	40 %	40 %	121996974
133	NC_008789	GCGCG	2	10	195583	195592	0 %	0 %	60 %	40 %	121996975
134	NC_008789	CGCCA	2	10	196701	196710	20 %	0 %	20 %	60 %	121996976
135	NC_008789	TCACC	2	10	196811	196820	20 %	20 %	0 %	60 %	121996976
136	NC_008789	GCAGC	2	10	197021	197030	20 %	0 %	40 %	40 %	121996976
137	NC_008789	GACCA	2	10	197328	197337	40 %	0 %	20 %	40 %	121996976
138	NC_008789	GGTGA	2	10	198808	198817	20 %	20 %	60 %	0 %	121996978
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149	NC_008789	TCTGC	2	10	216698	216707	0 %	40 %	20 %	40 %	121996994
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249	NC_008789	GCCAC	2	10	353845	353854	20 %	0 %	20 %	60 %	121997121
250	NC_008789	GCTCG	2	10	356358	356367	0 %	20 %	40 %	40 %	121997123
251	NC_008789	GGCGG	2	10	359209	359218	0 %	0 %	80 %	20 %	121997125
252	NC_008789	AGCGC	2	10	367786	367795	20 %	0 %	40 %	40 %	121997134
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254	NC_008789	GCGCT	2	10	374820	374829	0 %	20 %	40 %	40 %	121997140
255	NC_008789	GCTGT	2	10	376145	376154	0 %	40 %	40 %	20 %	121997141
256	NC_008789	GCGCG	2	10	382575	382584	0 %	0 %	60 %	40 %	121997142
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258	NC_008789	CTGCC	2	10	386992	387001	0 %	20 %	20 %	60 %	121997145
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261	NC_008789	CGCGC	2	10	388607	388616	0 %	0 %	40 %	60 %	121997145
262	NC_008789	CGCGG	2	10	391781	391790	0 %	0 %	60 %	40 %	121997149
263	NC_008789	CCGAG	2	10	395007	395016	20 %	0 %	40 %	40 %	121997151
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