MICAS: Microsatellite Analysis Server

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorhodospira halophila SL1 chromosome

Total Repeats: 617

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008789	GCCG	2	8	8550	8557	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008789	GAAG	2	8	8629	8636	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008789	GCCG	2	8	8637	8644	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008789	ACCC	2	8	8688	8695	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_008789	GCGG	2	8	11326	11333	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
6	NC_008789	AGGG	2	8	11422	11429	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008789	GAAT	2	8	17177	17184	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008789	GCAC	2	8	22349	22356	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008789	CCCG	2	8	22438	22445	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_008789	CCTG	2	8	22595	22602	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008789	CCCT	2	8	22645	22652	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_008789	GCTG	2	8	25161	25168	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_008789	ACCT	2	8	25993	26000	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008789	ACTG	2	8	26059	26066	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_008789	GTGG	2	8	42682	42689	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008789	AGCG	2	8	44429	44436	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008789	GCTG	2	8	51192	51199	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008789	CTCC	2	8	57078	57085	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
19	NC_008789	CCCT	2	8	63577	63584	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_008789	CCTG	2	8	81380	81387	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008789	GCCA	2	8	81391	81398	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_008789	CGCC	2	8	87538	87545	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
23	NC_008789	ACCG	2	8	93057	93064	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_008789	GCCC	2	8	97891	97898	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
25	NC_008789	ACCG	2	8	103550	103557	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008789	GGCC	2	8	111876	111883	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008789	GGCT	2	8	119628	119635	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_008789	AGCG	2	8	119889	119896	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008789	CCGT	2	8	123022	123029	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008789	AGGC	2	8	126979	126986	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_008789	GGCC	2	8	139720	139727	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008789	TCAG	2	8	162038	162045	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008789	GCCT	2	8	176124	176131	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008789	CGGG	2	8	176185	176192	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008789	CGGG	2	8	185594	185601	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
36	NC_008789	GGCC	2	8	197876	197883	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008789	CCCG	2	8	205091	205098	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
38	NC_008789	GCCG	2	8	205101	205108	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_008789	GCCC	2	8	211412	211419	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
40	NC_008789	GCCC	2	8	213837	213844	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
41	NC_008789	TGCC	2	8	214704	214711	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_008789	GGTG	2	8	215718	215725	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008789	ACGA	2	8	225882	225889	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008789	CGGG	2	8	228130	228137	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
45	NC_008789	GAGG	2	8	234454	234461	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008789	ACGC	2	8	251740	251747	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008789	GGTC	2	8	252594	252601	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_008789	CCCG	2	8	255140	255147	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
49	NC_008789	GTGA	2	8	260428	260435	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008789	CCTG	2	8	262401	262408	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_008789	GAGG	2	8	267192	267199	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008789	CGGC	2	8	267369	267376	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_008789	CCGG	2	8	286505	286512	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_008789	CCGC	2	8	286542	286549	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
55	NC_008789	GCCG	2	8	290334	290341	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008789	CTTC	2	8	299135	299142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008789	CGAA	2	8	305173	305180	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008789	GCCC	2	8	307217	307224	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
59	NC_008789	TCCC	2	8	308505	308512	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
60	NC_008789	CGGG	2	8	310148	310155	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008789	GCCC	2	8	310166	310173	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
62	NC_008789	CCGA	2	8	313414	313421	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008789	CGGT	2	8	331531	331538	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008789	TGCT	2	8	358146	358153	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008789	CCCA	2	8	359667	359674	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_008789	ACTC	2	8	359721	359728	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008789	ACCC	2	8	359789	359796	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
68	NC_008789	GCCC	2	8	361997	362004	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
69	NC_008789	TAAA	2	8	363273	363280	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008789	TCAT	2	8	365418	365425	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008789	CAAA	2	8	365776	365783	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_008789	GGTT	2	8	366989	366996	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008789	GGCA	2	8	367069	367076	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008789	CGCT	2	8	376834	376841	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008789	CTAC	2	8	377610	377617	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008789	CACG	2	8	377618	377625	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008789	CTTT	2	8	378760	378767	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008789	GTCT	2	8	378903	378910	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008789	GCTC	2	8	379164	379171	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008789	AAGT	2	8	379258	379265	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008789	TCGG	2	8	379405	379412	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_008789	TTCG	2	8	385039	385046	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_008789	CGCC	2	8	395678	395685	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
84	NC_008789	CCGG	2	8	403154	403161	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008789	CGGC	2	8	414346	414353	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008789	GGAC	3	12	414377	414388	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_008789	GCCC	2	8	414397	414404	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
88	NC_008789	CGCC	2	8	414997	415004	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
89	NC_008789	AGGG	2	8	428430	428437	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008789	CGGC	2	8	434340	434347	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008789	CTGC	2	8	434485	434492	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008789	CGGG	2	8	435104	435111	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008789	GCCG	2	8	435112	435119	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008789	CCAA	2	8	437106	437113	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008789	CCGA	2	8	437705	437712	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008789	ACGG	2	8	437812	437819	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008789	CGCC	2	8	440885	440892	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
98	NC_008789	CTGG	2	8	450730	450737	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_008789	GCCC	2	8	450836	450843	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_008789	AACG	2	8	450924	450931	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008789	CAGC	2	8	451252	451259	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008789	TGGC	2	8	456155	456162	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008789	CTGG	2	8	456187	456194	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_008789	CGAT	2	8	456279	456286	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008789	AATC	2	8	458182	458189	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_008789	GGGC	2	8	460105	460112	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
107	NC_008789	AGCG	2	8	464741	464748	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008789	GCTG	2	8	465516	465523	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_008789	GGAC	2	8	465648	465655	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008789	GATA	2	8	472543	472550	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008789	CACG	2	8	472593	472600	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008789	AGCA	2	8	472948	472955	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008789	GCCG	2	8	473507	473514	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008789	CAGG	2	8	473689	473696	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008789	GCCA	2	8	473764	473771	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008789	CTGA	2	8	474081	474088	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008789	TGCC	2	8	474112	474119	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_008789	AGTT	2	8	474337	474344	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008789	CCGC	2	8	475147	475154	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
120	NC_008789	CGCC	2	8	477536	477543	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
121	NC_008789	GCTC	2	8	478636	478643	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008789	CAGC	2	8	479186	479193	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008789	GCCC	2	8	479434	479441	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
124	NC_008789	TCGA	2	8	479590	479597	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_008789	GATT	2	8	483027	483034	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008789	AGCA	2	8	483531	483538	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_008789	GCCC	2	8	483709	483716	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
128	NC_008789	GCCC	2	8	484028	484035	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
129	NC_008789	CGGG	2	8	492121	492128	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
130	NC_008789	ACCC	2	8	493895	493902	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
131	NC_008789	CCAC	2	8	505540	505547	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
132	NC_008789	GCCG	2	8	509978	509985	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008789	GCCT	2	8	524680	524687	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008789	CTGG	2	8	534372	534379	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_008789	GTGG	2	8	538390	538397	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008789	CGCT	2	8	538473	538480	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_008789	CAGC	2	8	549262	549269	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_008789	CACG	2	8	549412	549419	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008789	GGCT	2	8	549588	549595	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_008789	GGTG	2	8	549676	549683	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008789	GCCC	2	8	550006	550013	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
142	NC_008789	GCGG	2	8	550451	550458	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_008789	CCAT	2	8	550572	550579	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_008789	ACTG	2	8	556900	556907	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_008789	CCGA	2	8	559564	559571	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_008789	CGGC	2	8	569987	569994	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_008789	GCCC	2	8	570097	570104	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
148	NC_008789	CCGC	2	8	574016	574023	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
149	NC_008789	GCGA	2	8	576047	576054	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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151	NC_008789	CGGA	2	8	577993	578000	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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445	NC_008789	CGCC	2	8	1702989	1702996	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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463	NC_008789	AGCT	2	8	1789642	1789649	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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469	NC_008789	GCGG	2	8	1804098	1804105	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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485	NC_008789	GACT	2	8	1877206	1877213	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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487	NC_008789	ATCC	2	8	1877413	1877420	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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489	NC_008789	GCCG	2	8	1912125	1912132	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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491	NC_008789	TCGG	2	8	1915742	1915749	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
492	NC_008789	AGCG	2	8	1924496	1924503	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
493	NC_008789	CGTC	2	8	1927772	1927779	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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495	NC_008789	AATC	2	8	1939731	1939738	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
496	NC_008789	AGGC	2	8	1945952	1945959	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
497	NC_008789	CGCC	2	8	1951880	1951887	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
498	NC_008789	CGGG	2	8	1951899	1951906	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
499	NC_008789	GCAC	2	8	1952780	1952787	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
500	NC_008789	GCCG	2	8	1983033	1983040	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

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