MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Acidovorax sp. JS42 plasmid pAOVO01

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008765	TTGGC	2	10	943	952	0 %	40 %	40 %	20 %	121582468
2	NC_008765	GAGCG	2	10	2463	2472	20 %	0 %	60 %	20 %	121582471
3	NC_008765	GATGT	2	10	3502	3511	20 %	40 %	40 %	0 %	121582471
4	NC_008765	GCCGC	2	10	4229	4238	0 %	0 %	40 %	60 %	121582471
5	NC_008765	CGCGC	2	10	5420	5429	0 %	0 %	40 %	60 %	121582472
6	NC_008765	TCGCA	2	10	7322	7331	20 %	20 %	20 %	40 %	121582473
7	NC_008765	GCTTC	2	10	7401	7410	0 %	40 %	20 %	40 %	121582473
8	NC_008765	CGATC	2	10	8784	8793	20 %	20 %	20 %	40 %	121582475
9	NC_008765	TTGGC	2	10	10652	10661	0 %	40 %	40 %	20 %	121582477
10	NC_008765	GGATC	2	10	11681	11690	20 %	20 %	40 %	20 %	121582478
11	NC_008765	CGCGC	2	10	11831	11840	0 %	0 %	40 %	60 %	121582478
12	NC_008765	CGAAA	2	10	12807	12816	60 %	0 %	20 %	20 %	121582480
13	NC_008765	CGGCG	2	10	13553	13562	0 %	0 %	60 %	40 %	121582481
14	NC_008765	GTTGG	2	10	13590	13599	0 %	40 %	60 %	0 %	121582481
15	NC_008765	CGGGT	2	10	14398	14407	0 %	20 %	60 %	20 %	121582482
16	NC_008765	GGCCC	2	10	18743	18752	0 %	0 %	40 %	60 %	121582485
17	NC_008765	CACGC	2	10	18965	18974	20 %	0 %	20 %	60 %	121582485
18	NC_008765	CGGTG	2	10	18996	19005	0 %	20 %	60 %	20 %	121582485
19	NC_008765	GTGCT	2	10	19032	19041	0 %	40 %	40 %	20 %	121582485
20	NC_008765	TTGCG	2	10	19804	19813	0 %	40 %	40 %	20 %	121582486
21	NC_008765	GCCCT	2	10	24658	24667	0 %	20 %	20 %	60 %	121582495
22	NC_008765	GTCTT	2	10	25817	25826	0 %	60 %	20 %	20 %	121582496
23	NC_008765	CCTTG	2	10	26106	26115	0 %	40 %	20 %	40 %	121582496
24	NC_008765	TCCTT	2	10	30585	30594	0 %	60 %	0 %	40 %	121582498
25	NC_008765	ACACC	2	10	30673	30682	40 %	0 %	0 %	60 %	121582498
26	NC_008765	GGTTT	2	10	32294	32303	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008765	AGCGG	2	10	33409	33418	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_008765	GGCCG	2	10	33493	33502	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_008765	GTCAT	2	10	35724	35733	20 %	40 %	20 %	20 %	121582506
30	NC_008765	CGCAG	2	10	35780	35789	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_008765	GCCCT	2	10	36242	36251	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_008765	AGCGC	2	10	36421	36430	20 %	0 %	40 %	40 %	121582507
33	NC_008765	AGCGC	2	10	37703	37712	20 %	0 %	40 %	40 %	121582510
34	NC_008765	GCGGT	2	10	38266	38275	0 %	20 %	60 %	20 %	121582510
35	NC_008765	GCGCG	2	10	38745	38754	0 %	0 %	60 %	40 %	121582510
36	NC_008765	CGGCG	2	10	39092	39101	0 %	0 %	60 %	40 %	121582510
37	NC_008765	GTCTG	2	10	39555	39564	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_008765	CGGGG	2	10	39729	39738	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
39	NC_008765	CAGCG	2	10	39980	39989	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_008765	GCCCT	2	10	40329	40338	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_008765	CATGC	2	10	40401	40410	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_008765	TGGCG	2	10	40782	40791	0 %	20 %	60 %	20 %	121582511
43	NC_008765	GCGCG	2	10	41957	41966	0 %	0 %	60 %	40 %	121582514
44	NC_008765	CGGGG	2	10	43233	43242	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008765	CAGCG	2	10	43484	43493	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008765	GCACG	2	10	44309	44318	20 %	0 %	40 %	40 %	121582516
47	NC_008765	CGCGG	2	10	45404	45413	0 %	0 %	60 %	40 %	121582518
48	NC_008765	GCGCA	2	10	45534	45543	20 %	0 %	40 %	40 %	121582518
49	NC_008765	CGTGG	2	10	46102	46111	0 %	20 %	60 %	20 %	121582519
50	NC_008765	GTCTG	2	10	46198	46207	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008765	GCGCA	2	10	47834	47843	20 %	0 %	40 %	40 %	121582522
52	NC_008765	ACGCT	2	10	47961	47970	20 %	20 %	20 %	40 %	121582522
53	NC_008765	TCGCT	2	10	48790	48799	0 %	40 %	20 %	40 %	121582522
54	NC_008765	CCCTT	2	10	49484	49493	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_008765	CCCGG	2	10	49706	49715	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
56	NC_008765	GAACC	2	10	50562	50571	40 %	0 %	20 %	40 %	121582523
57	NC_008765	TGCGG	2	10	52538	52547	0 %	20 %	60 %	20 %	121582526
58	NC_008765	CCAGC	2	10	53666	53675	20 %	0 %	20 %	60 %	121582527
59	NC_008765	TTCCA	2	10	54220	54229	20 %	40 %	0 %	40 %	121582528
60	NC_008765	CAGCG	2	10	54405	54414	20 %	0 %	40 %	40 %	121582528
61	NC_008765	GCGCG	2	10	54869	54878	0 %	0 %	60 %	40 %	121582529
62	NC_008765	GGTGC	2	10	57802	57811	0 %	20 %	60 %	20 %	121582531
63	NC_008765	CGGTT	2	10	59242	59251	0 %	40 %	40 %	20 %	121582531
64	NC_008765	ATGCA	2	10	60703	60712	40 %	20 %	20 %	20 %	121582533
65	NC_008765	GAAAG	2	10	60833	60842	60 %	0 %	40 %	0 %	121582533
66	NC_008765	CCCCA	2	10	61022	61031	20 %	0 %	0 %	80 %	121582533
67	NC_008765	TGCGC	2	10	63866	63875	0 %	20 %	40 %	40 %	121582538
68	NC_008765	GCCCG	2	10	69907	69916	0 %	0 %	40 %	60 %	121582545
69	NC_008765	GGATT	2	10	70286	70295	20 %	40 %	40 %	0 %	121582545
70	NC_008765	GGCGC	2	10	71753	71762	0 %	0 %	60 %	40 %	121582549
71	NC_008765	CCATT	2	10	72576	72585	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.