MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP03

Total Repeats: 441

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008759	TGGC	2	8	329	336	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008759	GCGG	2	8	932	939	0 %	0 %	75 %	25 %	121583184
3	NC_008759	CAGC	2	8	996	1003	25 %	0 %	25 %	50 %	121583184
4	NC_008759	GTTC	2	8	1370	1377	0 %	50 %	25 %	25 %	121583185
5	NC_008759	ACCG	2	8	1695	1702	25 %	0 %	25 %	50 %	121583185
6	NC_008759	AGTC	2	8	2374	2381	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008759	GAAT	2	8	2919	2926	50 %	25 %	25 %	0 %	121583186
8	NC_008759	GCAA	2	8	2961	2968	50 %	0 %	25 %	25 %	121583186
9	NC_008759	GAGG	2	8	3136	3143	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008759	CGAC	2	8	3655	3662	25 %	0 %	25 %	50 %	121583187
11	NC_008759	GGCC	2	8	4069	4076	0 %	0 %	50 %	50 %	121583187
12	NC_008759	GGGC	2	8	6391	6398	0 %	0 %	75 %	25 %	121583192
13	NC_008759	AGCT	2	8	6777	6784	25 %	25 %	25 %	25 %	121583192
14	NC_008759	CACG	2	8	6974	6981	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008759	CCAT	2	8	7097	7104	25 %	25 %	0 %	50 %	121583193
16	NC_008759	CCAA	2	8	7155	7162	50 %	0 %	0 %	50 %	121583193
17	NC_008759	CTTT	2	8	7170	7177	0 %	75 %	0 %	25 %	121583193
18	NC_008759	GCCT	2	8	8263	8270	0 %	25 %	25 %	50 %	121583195
19	NC_008759	AACG	2	8	8383	8390	50 %	0 %	25 %	25 %	121583195
20	NC_008759	AATC	2	8	9752	9759	50 %	25 %	0 %	25 %	121583196
21	NC_008759	TGAC	2	8	9912	9919	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_008759	CGGC	2	8	10021	10028	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_008759	ACGA	2	8	10769	10776	50 %	0 %	25 %	25 %	121583197
24	NC_008759	GGGT	2	8	10778	10785	0 %	25 %	75 %	0 %	121583197
25	NC_008759	GCCT	2	8	11598	11605	0 %	25 %	25 %	50 %	121583198
26	NC_008759	TGGA	2	8	12035	12042	25 %	25 %	50 %	0 %	121583198
27	NC_008759	TGCG	2	8	12087	12094	0 %	25 %	50 %	25 %	121583198
28	NC_008759	AGGC	2	8	12228	12235	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008759	ATCA	2	8	12575	12582	50 %	25 %	0 %	25 %	121583199
30	NC_008759	TTGA	2	8	13019	13026	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008759	CTGG	2	8	13433	13440	0 %	25 %	50 %	25 %	121583200
32	NC_008759	AAGG	2	8	14247	14254	50 %	0 %	50 %	0 %	121583201
33	NC_008759	TTGA	2	8	14877	14884	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008759	CCGG	2	8	15463	15470	0 %	0 %	50 %	50 %	121583202
35	NC_008759	GGCA	2	8	15916	15923	25 %	0 %	50 %	25 %	121583202
36	NC_008759	CCCG	2	8	15946	15953	0 %	0 %	25 %	75 %	121583202
37	NC_008759	TATC	2	8	16127	16134	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_008759	GGTC	2	8	16872	16879	0 %	25 %	50 %	25 %	121583203
39	NC_008759	TGGC	2	8	17211	17218	0 %	25 %	50 %	25 %	121583203
40	NC_008759	CTTT	2	8	18129	18136	0 %	75 %	0 %	25 %	121583204
41	NC_008759	ATGA	2	8	19150	19157	50 %	25 %	25 %	0 %	121583205
42	NC_008759	GGCT	2	8	19225	19232	0 %	25 %	50 %	25 %	121583205
43	NC_008759	CTCG	2	8	19607	19614	0 %	25 %	25 %	50 %	121583206
44	NC_008759	GTAC	2	8	20174	20181	25 %	25 %	25 %	25 %	121583208
45	NC_008759	GATA	2	8	20607	20614	50 %	25 %	25 %	0 %	121583209
46	NC_008759	CCCA	2	8	20748	20755	25 %	0 %	0 %	75 %	121583210
47	NC_008759	ACGC	2	8	21196	21203	25 %	0 %	25 %	50 %	121583212
48	NC_008759	GGCT	2	8	21564	21571	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008759	CCCG	2	8	22354	22361	0 %	0 %	25 %	75 %	121583213
50	NC_008759	GCTG	2	8	22450	22457	0 %	25 %	50 %	25 %	121583213
51	NC_008759	CTGG	2	8	22847	22854	0 %	25 %	50 %	25 %	121583213
52	NC_008759	TGGA	2	8	23766	23773	25 %	25 %	50 %	0 %	121583214
53	NC_008759	GCGT	2	8	24689	24696	0 %	25 %	50 %	25 %	121583215
54	NC_008759	GCTG	2	8	24816	24823	0 %	25 %	50 %	25 %	121583216
55	NC_008759	CGGC	2	8	24827	24834	0 %	0 %	50 %	50 %	121583216
56	NC_008759	GGGC	2	8	25008	25015	0 %	0 %	75 %	25 %	121583216
57	NC_008759	ACCC	2	8	25218	25225	25 %	0 %	0 %	75 %	121583217
58	NC_008759	AGCA	2	8	25472	25479	50 %	0 %	25 %	25 %	121583218
59	NC_008759	TGAA	2	8	25578	25585	50 %	25 %	25 %	0 %	121583218
60	NC_008759	AAAT	2	8	26006	26013	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008759	GAAA	2	8	26244	26251	75 %	0 %	25 %	0 %	121583219
62	NC_008759	AGCG	2	8	27781	27788	25 %	0 %	50 %	25 %	121583220
63	NC_008759	ACAG	2	8	27818	27825	50 %	0 %	25 %	25 %	121583220
64	NC_008759	AGAC	2	8	28979	28986	50 %	0 %	25 %	25 %	121583222
65	NC_008759	CAGG	2	8	29198	29205	25 %	0 %	50 %	25 %	121583222
66	NC_008759	ATGG	2	8	29356	29363	25 %	25 %	50 %	0 %	121583223
67	NC_008759	GCTT	2	8	29631	29638	0 %	50 %	25 %	25 %	121583223
68	NC_008759	GCTG	2	8	29693	29700	0 %	25 %	50 %	25 %	121583223
69	NC_008759	CGGC	2	8	30220	30227	0 %	0 %	50 %	50 %	121583224
70	NC_008759	GGCG	2	8	30238	30245	0 %	0 %	75 %	25 %	121583224
71	NC_008759	AGGC	2	8	30500	30507	25 %	0 %	50 %	25 %	121583224
72	NC_008759	TCCA	2	8	32116	32123	25 %	25 %	0 %	50 %	121583225
73	NC_008759	TCCA	2	8	32395	32402	25 %	25 %	0 %	50 %	121583225
74	NC_008759	TGCA	2	8	33027	33034	25 %	25 %	25 %	25 %	121583226
75	NC_008759	GCCG	2	8	33255	33262	0 %	0 %	50 %	50 %	121583226
76	NC_008759	CATC	2	8	33397	33404	25 %	25 %	0 %	50 %	121583226
77	NC_008759	GCTC	2	8	36429	36436	0 %	25 %	25 %	50 %	121583229
78	NC_008759	GCTG	2	8	36823	36830	0 %	25 %	50 %	25 %	121583229
79	NC_008759	GGCC	2	8	36922	36929	0 %	0 %	50 %	50 %	121583229
80	NC_008759	AGCC	2	8	37121	37128	25 %	0 %	25 %	50 %	121583229
81	NC_008759	CGCC	2	8	38013	38020	0 %	0 %	25 %	75 %	121583230
82	NC_008759	ACCG	2	8	38945	38952	25 %	0 %	25 %	50 %	121583232
83	NC_008759	CTTG	2	8	40709	40716	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_008759	CAGG	2	8	40779	40786	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_008759	GCTT	2	8	41507	41514	0 %	50 %	25 %	25 %	121583235
86	NC_008759	CATG	2	8	41632	41639	25 %	25 %	25 %	25 %	121583235
87	NC_008759	GTTT	2	8	41794	41801	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008759	CTTA	2	8	42125	42132	25 %	50 %	0 %	25 %	121583236
89	NC_008759	GGGT	2	8	42672	42679	0 %	25 %	75 %	0 %	121583237
90	NC_008759	CGGG	2	8	43129	43136	0 %	0 %	75 %	25 %	121583237
91	NC_008759	GCAT	2	8	43627	43634	25 %	25 %	25 %	25 %	121583238
92	NC_008759	CAGC	2	8	44959	44966	25 %	0 %	25 %	50 %	121583239
93	NC_008759	GGCG	2	8	44996	45003	0 %	0 %	75 %	25 %	121583239
94	NC_008759	GGGT	2	8	46078	46085	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008759	ATTC	2	8	46320	46327	25 %	50 %	0 %	25 %	121583240
96	NC_008759	GTTG	2	8	46337	46344	0 %	50 %	50 %	0 %	121583240
97	NC_008759	GCCA	2	8	47009	47016	25 %	0 %	25 %	50 %	121583241
98	NC_008759	GCCG	2	8	47133	47140	0 %	0 %	50 %	50 %	121583241
99	NC_008759	GGCC	2	8	47771	47778	0 %	0 %	50 %	50 %	121583241
100	NC_008759	CAAC	2	8	48199	48206	50 %	0 %	0 %	50 %	121583242
101	NC_008759	TGGC	2	8	48965	48972	0 %	25 %	50 %	25 %	121583243
102	NC_008759	GCTG	2	8	49076	49083	0 %	25 %	50 %	25 %	121583243
103	NC_008759	ATGG	2	8	49118	49125	25 %	25 %	50 %	0 %	121583243
104	NC_008759	TGCT	2	8	49268	49275	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008759	TGGT	2	8	49658	49665	0 %	50 %	50 %	0 %	121583244
106	NC_008759	CCAT	2	8	49823	49830	25 %	25 %	0 %	50 %	121583244
107	NC_008759	GCCC	2	8	50310	50317	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
108	NC_008759	TTGA	2	8	50362	50369	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008759	AGAT	2	8	50518	50525	50 %	25 %	25 %	0 %	121583245
110	NC_008759	GCTG	2	8	50625	50632	0 %	25 %	50 %	25 %	121583245
111	NC_008759	GGCC	2	8	50645	50652	0 %	0 %	50 %	50 %	121583245
112	NC_008759	GGCA	2	8	50854	50861	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008759	ACCA	2	8	50877	50884	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008759	GCCA	2	8	51076	51083	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_008759	TGCT	2	8	51599	51606	0 %	50 %	25 %	25 %	121583246
116	NC_008759	CAAT	2	8	52346	52353	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008759	CGGT	2	8	52391	52398	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_008759	CGTA	2	8	52590	52597	25 %	25 %	25 %	25 %	121583247
119	NC_008759	ACTA	2	8	52931	52938	50 %	25 %	0 %	25 %	121583247
120	NC_008759	TTAT	2	8	53578	53585	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008759	AAAT	2	8	53685	53692	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008759	AGGC	2	8	53779	53786	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_008759	GGCC	2	8	54768	54775	0 %	0 %	50 %	50 %	121583248
124	NC_008759	GCAG	2	8	54891	54898	25 %	0 %	50 %	25 %	121583248
125	NC_008759	GCCA	2	8	55204	55211	25 %	0 %	25 %	50 %	121583248
126	NC_008759	CCTG	2	8	56026	56033	0 %	25 %	25 %	50 %	121583249
127	NC_008759	CTGG	2	8	56277	56284	0 %	25 %	50 %	25 %	121583250
128	NC_008759	GCCG	2	8	56299	56306	0 %	0 %	50 %	50 %	121583250
129	NC_008759	ACGA	2	8	56473	56480	50 %	0 %	25 %	25 %	121583250
130	NC_008759	GGCC	2	8	57514	57521	0 %	0 %	50 %	50 %	121583252
131	NC_008759	GGCT	2	8	58071	58078	0 %	25 %	50 %	25 %	121583253
132	NC_008759	TGCA	2	8	58391	58398	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_008759	CGTC	2	8	58476	58483	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008759	GACT	2	8	59348	59355	25 %	25 %	25 %	25 %	121583255
135	NC_008759	TTCA	2	8	59363	59370	25 %	50 %	0 %	25 %	121583255
136	NC_008759	GCAA	2	8	60083	60090	50 %	0 %	25 %	25 %	121583256
137	NC_008759	CCTG	2	8	60298	60305	0 %	25 %	25 %	50 %	121583256
138	NC_008759	CAGC	2	8	60788	60795	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008759	GGAT	2	8	60903	60910	25 %	25 %	50 %	0 %	121583257
140	NC_008759	CGCC	2	8	60988	60995	0 %	0 %	25 %	75 %	121583257
141	NC_008759	TAAA	2	8	61175	61182	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008759	ATTT	2	8	61474	61481	25 %	75 %	0 %	0 %	121583258
143	NC_008759	CTTG	2	8	61756	61763	0 %	50 %	25 %	25 %	121583258
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424	NC_008759	CCGA	2	8	166594	166601	25 %	0 %	25 %	50 %	121583334
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441	NC_008759	CTGG	2	8	171007	171014	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.