MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Polaromonas naphthalenivorans CJ2 plasmid pPNAP02

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008758	CGCCAG	2	12	3689	3700	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583021
2	NC_008758	CGGAGG	2	12	5954	5965	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	121583022
3	NC_008758	CGGTGA	2	12	9249	9260	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	121583025
4	NC_008758	GGCCCA	2	12	9414	9425	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583026
5	NC_008758	CCCAGG	2	12	9857	9868	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583027
6	NC_008758	GCAGTG	2	12	14454	14465	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	121583032
7	NC_008758	TGATCG	2	12	26503	26514	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	121583043
8	NC_008758	CGGGCA	3	18	30391	30408	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121583046
9	NC_008758	GGCAAT	2	12	33430	33441	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	121583048
10	NC_008758	TGCCGG	2	12	33850	33861	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	121583048
11	NC_008758	CCGCTC	2	12	36360	36371	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	121583050
12	NC_008758	AGCGCG	2	12	36978	36989	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121583050
13	NC_008758	TGCCGC	8	48	41431	41478	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	121583052
14	NC_008758	CAGGGC	2	12	44121	44132	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121583053
15	NC_008758	CACGCG	2	12	44952	44963	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583053
16	NC_008758	GGGCGC	2	12	47603	47614	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583055
17	NC_008758	TGGCAA	2	12	51119	51130	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	121583059
18	NC_008758	GCAGCG	2	12	53165	53176	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	121583061
19	NC_008758	TCGACA	2	12	53875	53886	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	121583062
20	NC_008758	CATCGC	2	12	57270	57281	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	121583065
21	NC_008758	CACCTA	2	12	60455	60466	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	121583067
22	NC_008758	GCTGGT	2	12	61148	61159	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	121583068
23	NC_008758	CTACAA	2	12	61175	61186	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	121583068
24	NC_008758	AGCTCA	2	12	62410	62421	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	121583068
25	NC_008758	CGGTGC	2	12	62506	62517	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	121583068
26	NC_008758	CACGCC	2	12	64230	64241	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	121583070
27	NC_008758	TCGCCT	2	12	64778	64789	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	121583070
28	NC_008758	TGGGCT	2	12	65039	65050	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	121583070
29	NC_008758	CATCCG	2	12	67478	67489	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	121583071
30	NC_008758	GTGGCG	2	12	69634	69645	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	121583073
31	NC_008758	GCACGC	2	12	71014	71025	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583073
32	NC_008758	GCGCCA	2	12	72361	72372	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583075
33	NC_008758	CGACAT	2	12	72466	72477	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	121583075
34	NC_008758	GACAAG	2	12	73552	73563	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	121583076
35	NC_008758	GACGAA	2	12	74787	74798	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	121583077
36	NC_008758	GTTTGA	2	12	76303	76314	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	121583079
37	NC_008758	TCAGCG	2	12	77166	77177	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	121583080
38	NC_008758	TGCAGG	2	12	80889	80900	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	121583085
39	NC_008758	GCTGGA	2	12	82704	82715	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	121583086
40	NC_008758	GCTACT	2	12	83035	83046	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	121583086
41	NC_008758	ACTGCC	2	12	83047	83058	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	121583086
42	NC_008758	GCCCAC	2	12	84600	84611	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	121583087
43	NC_008758	TCGCGA	2	12	85820	85831	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	121583087
44	NC_008758	CGCATG	2	12	86813	86824	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	121583088
45	NC_008758	CTACGA	2	12	88623	88634	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	121583091
46	NC_008758	GGCAGG	2	12	91276	91287	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	121583095
47	NC_008758	GGATCG	2	12	92120	92131	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	121583097
48	NC_008758	CGCTGA	2	12	94008	94019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	121583098
49	NC_008758	TCATAT	2	12	97726	97737	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	121583100
50	NC_008758	GGGCCG	2	12	98730	98741	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	121583101
51	NC_008758	GCACCG	4	24	102430	102453	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583106
52	NC_008758	GGCCTG	2	12	102657	102668	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	121583107
53	NC_008758	CCCTTG	2	12	106537	106548	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	121583111
54	NC_008758	CAGCCA	2	12	108850	108861	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	121583116
55	NC_008758	GGTGTT	2	12	110091	110102	0 %	50 %	50 %	0 %	121583117
56	NC_008758	CATGTG	2	12	113110	113121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	121583120
57	NC_008758	ATTGCG	2	12	114376	114387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	121583120
58	NC_008758	TCGGTG	2	12	114547	114558	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	121583120
59	NC_008758	GCTGCC	2	12	116924	116935	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	121583123
60	NC_008758	GACCTC	2	12	117761	117772	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	121583125
61	NC_008758	GATGCG	2	12	118361	118372	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	121583125
62	NC_008758	GCAGCC	2	12	119073	119084	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583125
63	NC_008758	GCGCCA	2	12	119100	119111	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583125
64	NC_008758	CAGTTC	2	12	120237	120248	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	121583126
65	NC_008758	GCCAGT	2	12	120367	120378	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	121583126
66	NC_008758	TGGAAT	2	12	122462	122473	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	121583130
67	NC_008758	TGCTGG	2	12	129971	129982	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	121583137
68	NC_008758	GCGGTG	2	12	134641	134652	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	121583140
69	NC_008758	CGGTGG	2	12	135983	135994	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	121583140
70	NC_008758	GCGCTT	2	12	136204	136215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583141
71	NC_008758	CCCGAG	2	12	141848	141859	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	121583146
72	NC_008758	GGCTTT	2	12	144039	144050	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	121583148
73	NC_008758	CAAGCG	2	12	144072	144083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583148
74	NC_008758	TGGCGG	2	12	144242	144253	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	121583148
75	NC_008758	CATTGA	2	12	148484	148495	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	121583153
76	NC_008758	CGCTTG	2	12	153435	153446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583155
77	NC_008758	GCCTTT	2	12	154746	154757	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	121583156
78	NC_008758	TGTGCT	2	12	155414	155425	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	121583156
79	NC_008758	GCGCGT	2	12	159393	159404	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	121583157
80	NC_008758	ACTCCG	2	12	159912	159923	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	121583157
81	NC_008758	CATGGT	2	12	166696	166707	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	121583161
82	NC_008758	GCCGAA	2	12	167224	167235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	121583162
83	NC_008758	GCGCTC	2	12	177641	177652	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	121583173
84	NC_008758	GCCTTG	2	12	178087	178098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	121583174
85	NC_008758	GCCTGC	2	12	179638	179649	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	121583174

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.