MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Nocardioides sp. JS614 chromosome

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008699	GTCGAG	2	12	75852	75863	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008699	CGCGGA	2	12	77996	78007	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008699	GTCGCC	2	12	78953	78964	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008699	TGTTCG	2	12	79063	79074	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008699	CCCGGC	2	12	145537	145548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008699	GAACAT	2	12	198956	198967	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008699	CGGCGT	2	12	250229	250240	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008699	GGCCGG	2	12	258992	259003	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008699	CCGCCA	2	12	303453	303464	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_008699	GGTCCG	2	12	304506	304517	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008699	CTCGTC	2	12	332310	332321	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_008699	TCGACC	2	12	386433	386444	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008699	GCTGGT	2	12	386777	386788	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008699	CGACCG	2	12	448808	448819	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008699	CTGATC	2	12	448824	448835	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008699	TCGACC	2	12	474960	474971	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_008699	GCGTGG	2	12	489162	489173	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_008699	GTTCGG	2	12	582182	582193	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008699	AGGCCG	2	12	589516	589527	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008699	TCGGCG	2	12	590367	590378	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008699	CAGTGC	2	12	597133	597144	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008699	ACGCCG	2	12	601194	601205	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_008699	ATCGCG	2	12	613813	613824	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008699	GGCTAC	2	12	633027	633038	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008699	GCCGGC	2	12	665315	665326	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008699	GCCGGA	2	12	673658	673669	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008699	GACGGT	2	12	691475	691486	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008699	AGGCCG	2	12	715613	715624	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008699	CGGCGC	2	12	722265	722276	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008699	TGGCGA	2	12	733567	733578	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008699	CCGGCG	2	12	919183	919194	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008699	GCTGAG	2	12	928383	928394	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_008699	CGGGTC	2	12	938997	939008	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008699	CGGGCT	2	12	981467	981478	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008699	ACGTCG	2	12	1032537	1032548	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008699	CGCCGG	2	12	1055277	1055288	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008699	GGCGCC	2	12	1060381	1060392	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_008699	GCGTCG	2	12	1119840	1119851	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008699	GGGCCC	2	12	1134290	1134301	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
40	NC_008699	GGGGCC	2	12	1134302	1134313	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008699	CGCGTG	2	12	1148067	1148078	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008699	CTCGAC	2	12	1149430	1149441	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008699	CGGCGT	2	12	1152701	1152712	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008699	GTCCTG	2	12	1181962	1181973	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008699	CGTGCG	2	12	1219103	1219114	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008699	CGTCCT	2	12	1222168	1222179	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008699	GCCGTC	2	12	1268986	1268997	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008699	AACCGG	2	12	1306992	1307003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008699	CCGTCG	3	18	1327580	1327597	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008699	CCGGCC	2	12	1327620	1327631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_008699	ATCACC	2	12	1362174	1362185	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_008699	GTCGAG	2	12	1382859	1382870	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008699	CCGACA	2	12	1414282	1414293	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_008699	GGTCGC	2	12	1435102	1435113	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008699	GAGGCG	2	12	1436573	1436584	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008699	CCGTCC	2	12	1438700	1438711	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_008699	AGCCGC	2	12	1451744	1451755	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008699	ACCGGT	2	12	1582772	1582783	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008699	GCGTCG	2	12	1582854	1582865	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008699	GGCGGT	2	12	1583324	1583335	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008699	CGCGGC	2	12	1593693	1593704	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008699	GCCCGT	2	12	1613428	1613439	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008699	GACGGC	2	12	1614620	1614631	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008699	GGGGGA	2	12	1732395	1732406	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008699	CTTCGG	2	12	1779318	1779329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008699	GGCGAG	2	12	1780134	1780145	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008699	GGGGTG	2	12	1880543	1880554	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008699	CTCGGT	2	12	1907638	1907649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008699	GCTCGA	2	12	1951141	1951152	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008699	TCCCCT	2	12	1980851	1980862	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_008699	CCCACA	2	12	2033463	2033474	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_008699	CCGGGC	2	12	2060735	2060746	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008699	ACAGCA	2	12	2073641	2073652	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008699	GCAGGA	2	12	2118909	2118920	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008699	CGCTGG	2	12	2146859	2146870	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008699	GACCCG	2	12	2147052	2147063	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008699	CGTCGC	2	12	2155336	2155347	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_008699	CATCCG	2	12	2156742	2156753	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008699	CTGATA	2	12	2171186	2171197	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008699	CGGCGT	2	12	2175675	2175686	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008699	CGCACG	2	12	2180370	2180381	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008699	GCCGAG	2	12	2181992	2182003	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008699	GCCGGC	2	12	2218182	2218193	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008699	TCTCGC	2	12	2224747	2224758	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008699	TCGCGA	2	12	2243406	2243417	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008699	CCTGAA	2	12	2272562	2272573	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008699	ACGTCG	2	12	2274223	2274234	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008699	TGTCGT	2	12	2292569	2292580	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008699	GAGGAC	2	12	2328848	2328859	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008699	CGCGAG	2	12	2329005	2329016	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_008699	ATGCCG	2	12	2348018	2348029	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008699	CGGCCG	2	12	2365294	2365305	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008699	GCCGGC	2	12	2414918	2414929	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008699	AAGATG	2	12	2423077	2423088	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008699	CCGCGA	2	12	2423247	2423258	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008699	TCTCGA	2	12	2425152	2425163	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008699	ACCGGC	2	12	2439005	2439016	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008699	TGGGGG	2	12	2560607	2560618	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008699	CCCTCA	2	12	2560632	2560643	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_008699	CGAGCT	2	12	2606894	2606905	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008699	AGGCCG	2	12	2618487	2618498	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008699	TCCCCG	2	12	2646614	2646625	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_008699	TGTCGG	2	12	2662826	2662837	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_008699	CACGAC	2	12	2688178	2688189	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008699	ACCCGG	2	12	2737577	2737588	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_008699	CCCGGC	2	12	2737612	2737623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_008699	CCCCGG	2	12	2760630	2760641	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_008699	GCAGCC	2	12	2779264	2779275	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008699	GCATCG	2	12	2788195	2788206	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008699	TGAGGG	2	12	2885473	2885484	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008699	GGTTGA	2	12	2887567	2887578	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008699	CGCGGG	2	12	2923691	2923702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008699	ACGTCG	2	12	2934870	2934881	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008699	CCCTCG	2	12	2935062	2935073	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_008699	GACCGG	2	12	3000896	3000907	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_008699	GCCGGG	2	12	3011614	3011625	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008699	CCTCGG	2	12	3048617	3048628	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
118	NC_008699	GTCGGC	2	12	3054246	3054257	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008699	GCCGAC	2	12	3054268	3054279	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008699	AGCTCG	2	12	3081133	3081144	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008699	CGCGGT	2	12	3126685	3126696	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008699	GACCGG	2	12	3127879	3127890	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008699	CGCCGG	2	12	3160918	3160929	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_008699	CCTGTC	2	12	3234643	3234654	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_008699	GACGGG	2	12	3279607	3279618	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_008699	GGGAGA	2	12	3324857	3324868	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008699	CCGCCC	2	12	3340693	3340704	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
128	NC_008699	GCCCGC	2	12	3340706	3340717	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_008699	TCCTCG	2	12	3397278	3397289	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_008699	AGCACC	2	12	3408443	3408454	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
131	NC_008699	TCGGCC	2	12	3471389	3471400	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008699	TGCTGG	2	12	3481717	3481728	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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134	NC_008699	CCGACG	2	12	3567384	3567395	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_008699	GAGCAG	2	12	3602587	3602598	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_008699	CGGGTC	2	12	3602902	3602913	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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139	NC_008699	GACCGG	2	12	3731366	3731377	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_008699	CAGTTC	2	12	3731931	3731942	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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151	NC_008699	TCTGCT	2	12	4015505	4015516	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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153	NC_008699	CCGGGC	2	12	4033634	4033645	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
154	NC_008699	CTCGAG	2	12	4056345	4056356	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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160	NC_008699	CGTCGA	2	12	4160879	4160890	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.