MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermofilum pendens Hrk 5 chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008698	AGTTT	3	15	23433	23447	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008698	AGCCC	2	10	37197	37206	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_008698	TGTAT	2	10	43998	44007	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008698	ACCTT	2	10	48277	48286	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_008698	AGCCT	2	10	63158	63167	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_008698	TAACG	2	10	80922	80931	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008698	CGTTT	2	10	87112	87121	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008698	ACTCT	2	10	127503	127512	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008698	ATAAA	2	10	154524	154533	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008698	ACTCT	2	10	169663	169672	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_008698	CACAA	2	10	193239	193248	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_008698	GCCTT	2	10	242782	242791	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_008698	AGCAA	2	10	261018	261027	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008698	AAGGC	2	10	273627	273636	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008698	AAAGC	2	10	284553	284562	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_008698	CGGAG	2	10	288022	288031	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_008698	ACGCG	2	10	295066	295075	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008698	CCGGG	2	10	320650	320659	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_008698	AAAGT	2	10	338746	338755	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008698	CTTGC	2	10	339888	339897	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_008698	CGCGC	2	10	341158	341167	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_008698	CTACG	2	10	363818	363827	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_008698	TCCCC	2	10	365434	365443	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
24	NC_008698	CGAGC	2	10	366046	366055	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_008698	CCCCT	2	10	367890	367899	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
26	NC_008698	TAGGA	2	10	378264	378273	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008698	CGGGC	2	10	378600	378609	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_008698	TGACG	2	10	379030	379039	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008698	CGCGC	2	10	399268	399277	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
30	NC_008698	GAGGC	2	10	420918	420927	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008698	CCTGA	2	10	443967	443976	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_008698	GCCCC	2	10	444391	444400	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
33	NC_008698	CTTCG	2	10	471438	471447	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_008698	AAGCT	2	10	486280	486289	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_008698	CCTAG	2	10	489387	489396	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_008698	CCCAC	2	10	499305	499314	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
37	NC_008698	GGCAC	2	10	516262	516271	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008698	AGACT	2	10	528645	528654	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_008698	CTAAC	2	10	535045	535054	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_008698	GTAAA	2	10	536405	536414	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008698	AGCCT	2	10	560444	560453	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_008698	GCTAG	2	10	562983	562992	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_008698	GCCCC	2	10	586604	586613	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
44	NC_008698	TTTCT	2	10	590069	590078	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008698	CCCCT	2	10	598156	598165	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
46	NC_008698	CTTAA	2	10	612601	612610	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_008698	TCTCT	2	10	613978	613987	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_008698	TTTTC	2	10	616321	616330	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_008698	GCACG	2	10	643605	643614	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_008698	GACCG	2	10	643729	643738	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_008698	ACGCG	2	10	657692	657701	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_008698	GGGCG	2	10	667516	667525	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_008698	GTCGC	2	10	681005	681014	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_008698	TGAGT	2	10	757463	757472	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008698	TTTAC	2	10	788113	788122	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008698	ACCCC	2	10	789344	789353	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
57	NC_008698	TAGTC	2	10	796120	796129	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_008698	TTACG	2	10	819887	819896	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008698	GTTGC	2	10	821125	821134	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008698	GTAAA	2	10	831652	831661	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008698	GTCGA	2	10	851946	851955	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_008698	AAACA	2	10	908053	908062	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008698	AAGCC	2	10	926776	926785	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_008698	GTGGG	2	10	943148	943157	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008698	GGTGC	2	10	964208	964217	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_008698	AGAGG	2	10	969494	969503	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008698	TGCTT	2	10	971762	971771	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_008698	AAAAG	2	10	982779	982788	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008698	GGCCC	2	10	1001629	1001638	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
70	NC_008698	TTGCC	2	10	1001794	1001803	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_008698	CCTCT	2	10	1001870	1001879	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_008698	GTCGA	2	10	1002138	1002147	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008698	AGAGA	2	10	1068786	1068795	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008698	CGGCG	2	10	1091906	1091915	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_008698	CTTGG	2	10	1110543	1110552	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_008698	AAAGC	2	10	1112844	1112853	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008698	GAAAA	2	10	1156314	1156323	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008698	AAGAA	2	10	1168056	1168065	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008698	AGCGT	2	10	1177033	1177042	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008698	GTAAA	2	10	1179579	1179588	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008698	TAGCT	2	10	1186079	1186088	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008698	GTTAA	2	10	1191486	1191495	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008698	GGCGA	2	10	1227475	1227484	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_008698	GGCGG	2	10	1227854	1227863	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008698	GTGTG	2	10	1228404	1228413	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008698	GTTGT	2	10	1228443	1228452	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008698	ATTCT	2	10	1245068	1245077	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_008698	TACAC	2	10	1249426	1249435	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008698	TAACG	2	10	1250766	1250775	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_008698	TAGGA	2	10	1251074	1251083	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008698	TTTGC	2	10	1252289	1252298	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_008698	TAATC	2	10	1254373	1254382	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008698	CCGAG	2	10	1255994	1256003	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_008698	AGAAA	2	10	1270000	1270009	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008698	GACCT	2	10	1273277	1273286	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_008698	GCGCC	2	10	1274673	1274682	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_008698	ACGTC	2	10	1282324	1282333	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_008698	GCCGC	2	10	1294382	1294391	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_008698	TTTTC	2	10	1364793	1364802	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008698	TGGGG	2	10	1386784	1386793	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008698	TTTTC	2	10	1427103	1427112	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008698	CCAGC	2	10	1469626	1469635	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_008698	GCCGC	2	10	1519564	1519573	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_008698	CTCTA	2	10	1546795	1546804	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_008698	GCGCG	2	10	1549563	1549572	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
106	NC_008698	CTGAG	2	10	1641452	1641461	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_008698	CTTTT	2	10	1678551	1678560	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008698	ACCCC	2	10	1700164	1700173	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_008698	CGAGC	2	10	1710966	1710975	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_008698	GCAGG	2	10	1723622	1723631	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_008698	TTGTT	2	10	1743900	1743909	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008698	TTTAT	2	10	1750993	1751002	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.