MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermofilum pendens Hrk 5 chromosome

Total Repeats: 380

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008698	TGCC	2	8	7545	7552	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008698	AGCT	2	8	9172	9179	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_008698	AGCC	2	8	13522	13529	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008698	CTTG	2	8	16635	16642	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_008698	ACTC	2	8	41415	41422	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_008698	TTTC	2	8	41437	41444	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008698	ATTT	2	8	44072	44079	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008698	GCAT	2	8	45504	45511	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_008698	CGCC	2	8	47092	47099	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_008698	CAAG	2	8	53644	53651	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008698	TAAA	2	8	59040	59047	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008698	GTAA	2	8	63149	63156	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008698	ATTG	2	8	64398	64405	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008698	ACTC	2	8	84037	84044	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008698	GAAA	2	8	87102	87109	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008698	TTAT	2	8	88535	88542	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008698	CGGT	2	8	95875	95882	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008698	CTTT	2	8	96954	96961	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008698	GTGC	2	8	102948	102955	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_008698	GTTT	2	8	117387	117394	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008698	TAAA	2	8	124617	124624	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008698	AAAC	2	8	124643	124650	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_008698	ACGT	2	8	129581	129588	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008698	CCTT	2	8	138673	138680	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008698	TAAA	2	8	148340	148347	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008698	GGTC	2	8	148387	148394	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_008698	GTAG	2	8	168465	168472	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008698	TGCT	2	8	178877	178884	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008698	GAAA	2	8	190690	190697	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008698	TTTG	2	8	191021	191028	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008698	TATT	2	8	191051	191058	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008698	TCGC	2	8	203352	203359	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008698	TCTT	2	8	208685	208692	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_008698	GCCA	2	8	216005	216012	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008698	ATTA	2	8	222225	222232	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008698	TGGC	2	8	222263	222270	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008698	TGCT	2	8	226703	226710	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_008698	TAAA	2	8	228358	228365	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008698	GGGA	2	8	230010	230017	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008698	CGGG	2	8	230059	230066	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008698	CAGC	2	8	230174	230181	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_008698	TATC	2	8	231262	231269	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_008698	AAAT	2	8	231290	231297	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008698	CAAA	2	8	236690	236697	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_008698	AAAT	2	8	237374	237381	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008698	CCTT	2	8	243822	243829	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008698	CGGC	2	8	245675	245682	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008698	ACGC	2	8	245789	245796	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008698	TAGA	2	8	245798	245805	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008698	ACAA	2	8	257481	257488	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008698	GCCG	2	8	257504	257511	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_008698	CCGG	2	8	257758	257765	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_008698	AAAT	2	8	257882	257889	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008698	AAGA	2	8	258612	258619	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008698	AAAT	2	8	258623	258630	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008698	GCAG	2	8	260347	260354	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_008698	GGTA	2	8	261009	261016	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008698	TTCT	2	8	261631	261638	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_008698	CTTT	2	8	263832	263839	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008698	AAGC	2	8	267485	267492	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008698	CCGG	2	8	268395	268402	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008698	CCTT	2	8	272527	272534	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008698	AGGC	2	8	275028	275035	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008698	TTTC	2	8	275069	275076	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008698	ATGT	2	8	287416	287423	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008698	CCCG	2	8	288419	288426	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
67	NC_008698	ATCC	2	8	293396	293403	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008698	CACG	2	8	295030	295037	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008698	TCCA	2	8	297671	297678	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_008698	CTAG	2	8	300975	300982	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008698	TCGC	2	8	321225	321232	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008698	AGGG	2	8	322969	322976	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008698	TAAA	2	8	331861	331868	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008698	TTCT	2	8	331897	331904	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_008698	CACG	2	8	333482	333489	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008698	CATT	2	8	333587	333594	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_008698	CTAG	2	8	350828	350835	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008698	CTTC	2	8	360708	360715	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008698	TACG	2	8	361986	361993	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_008698	GGGT	2	8	363171	363178	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008698	CGGT	2	8	365012	365019	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_008698	GGGC	2	8	365095	365102	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
83	NC_008698	GGCT	2	8	365322	365329	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_008698	CCTC	2	8	366355	366362	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_008698	GCCG	2	8	367664	367671	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008698	TAGT	2	8	367936	367943	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008698	ACGC	2	8	372457	372464	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_008698	GGGA	2	8	378518	378525	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008698	AGGG	2	8	380405	380412	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008698	CTTG	2	8	383966	383973	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_008698	CACG	2	8	386585	386592	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008698	TACT	2	8	391960	391967	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008698	GCGA	2	8	391981	391988	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_008698	CCGG	2	8	392072	392079	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008698	CGCA	2	8	392230	392237	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008698	GGCG	2	8	409102	409109	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008698	CGGG	2	8	409213	409220	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008698	CGCC	2	8	409240	409247	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
99	NC_008698	CCCT	2	8	409603	409610	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_008698	GGGA	2	8	409633	409640	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008698	GCAA	2	8	409922	409929	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_008698	AAGG	2	8	418705	418712	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008698	CCTC	2	8	418775	418782	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_008698	GCAA	2	8	419050	419057	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008698	GCCC	2	8	419279	419286	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_008698	TAAA	2	8	433913	433920	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008698	AGCA	2	8	433978	433985	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008698	AGAA	2	8	436524	436531	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008698	TCAC	2	8	436546	436553	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_008698	TTAA	2	8	438576	438583	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008698	GCCG	2	8	438650	438657	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008698	GGCT	2	8	440595	440602	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008698	CTCG	2	8	440658	440665	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008698	TTCG	2	8	441150	441157	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008698	TTCA	2	8	441905	441912	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008698	TACC	2	8	441913	441920	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008698	TAAA	2	8	443717	443724	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008698	CTTC	2	8	444324	444331	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008698	CAGA	2	8	444355	444362	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_008698	GCAC	2	8	445647	445654	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008698	GAAA	2	8	447395	447402	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008698	TATC	2	8	454819	454826	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_008698	TGCT	2	8	455187	455194	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008698	CCCT	2	8	462164	462171	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
125	NC_008698	TCTT	2	8	462446	462453	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_008698	CCCT	2	8	476817	476824	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
127	NC_008698	ATGG	2	8	477825	477832	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008698	TGAT	2	8	478017	478024	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008698	ATAA	2	8	478061	478068	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008698	GGAG	2	8	484631	484638	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008698	GCAT	2	8	486234	486241	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_008698	TTTG	2	8	491005	491012	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008698	TCCC	2	8	499260	499267	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
134	NC_008698	TGGG	2	8	515524	515531	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008698	AAGC	2	8	523990	523997	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_008698	GCAA	2	8	528731	528738	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_008698	CTAC	2	8	529070	529077	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_008698	TGCG	2	8	530939	530946	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_008698	AGCA	2	8	531648	531655	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_008698	CTCC	2	8	535969	535976	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
141	NC_008698	CTTC	2	8	535981	535988	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008698	TCCT	2	8	536126	536133	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_008698	CCGG	2	8	538752	538759	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_008698	CGCC	2	8	538781	538788	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
145	NC_008698	CGCA	2	8	539332	539339	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_008698	TAAT	2	8	540820	540827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008698	GCTA	2	8	544657	544664	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_008698	AAAG	2	8	552429	552436	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008698	TTCT	2	8	560196	560203	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_008698	AAAG	2	8	560281	560288	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008698	CTTC	2	8	560517	560524	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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352	NC_008698	CTAG	2	8	1586422	1586429	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
353	NC_008698	CGAT	2	8	1593486	1593493	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
354	NC_008698	CAGC	2	8	1601245	1601252	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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362	NC_008698	CCGA	2	8	1664036	1664043	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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376	NC_008698	GAAA	2	8	1749746	1749753	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.