MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Nocardioides sp. JS614 plasmid pNOCA01

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008697	CGCCGG	2	12	1361	1372	0 %	0 %	50 %	50 %	119714010
2	NC_008697	TGGCGA	2	12	2467	2478	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714011
3	NC_008697	GCCGGT	2	12	5112	5123	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714014
4	NC_008697	CCAGGC	2	12	5629	5640	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714014
5	NC_008697	CGCGGC	2	12	6139	6150	0 %	0 %	50 %	50 %	119714015
6	NC_008697	GTTCGC	2	12	7834	7845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119714015
7	NC_008697	GCCTCG	2	12	8210	8221	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714015
8	NC_008697	GGCCTG	2	12	8494	8505	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714015
9	NC_008697	GAAGAT	2	12	10011	10022	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	119714016
10	NC_008697	ACTCCC	2	12	12056	12067	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	119714019
11	NC_008697	CGAGGT	2	12	12848	12859	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714019
12	NC_008697	CGCCGT	2	12	13210	13221	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714020
13	NC_008697	GCCCTT	2	12	13544	13555	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	119714020
14	NC_008697	TGCCCA	2	12	13798	13809	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714020
15	NC_008697	GGTCGG	2	12	14326	14337	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	119714020
16	NC_008697	GATCGT	2	12	14785	14796	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	119714021
17	NC_008697	CCCCCA	2	12	15018	15029	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	119714021
18	NC_008697	AGGGCG	2	12	16321	16332	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	119714023
19	NC_008697	CCGGCG	2	12	16345	16356	0 %	0 %	50 %	50 %	119714023
20	NC_008697	CGCACC	2	12	16366	16377	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	119714023
21	NC_008697	GGTCCT	2	12	16493	16504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119714023
22	NC_008697	GGTGCT	2	12	16608	16619	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	119714023
23	NC_008697	CGGTCC	2	12	19391	19402	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714026
24	NC_008697	TCCAGG	2	12	19754	19765	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714026
25	NC_008697	GACGGT	2	12	22641	22652	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714029
26	NC_008697	GAACAG	2	12	23259	23270	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	119714031
27	NC_008697	CCATCA	2	12	23309	23320	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	119714031
28	NC_008697	CGTCGA	2	12	24423	24434	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714032
29	NC_008697	CCAGCG	2	12	26120	26131	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714034
30	NC_008697	CCAGGC	2	12	26208	26219	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714034
31	NC_008697	GATCGA	2	12	29417	29428	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	119714036
32	NC_008697	CCTCGG	2	12	29662	29673	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714036
33	NC_008697	CCCGCG	2	12	34902	34913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119714043
34	NC_008697	CGGCGT	2	12	35439	35450	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714044
35	NC_008697	GTCGAC	2	12	35452	35463	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714044
36	NC_008697	TCGCCG	2	12	35818	35829	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714044
37	NC_008697	GGTCGA	2	12	36021	36032	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714044
38	NC_008697	CGCGGC	2	12	36882	36893	0 %	0 %	50 %	50 %	119714044
39	NC_008697	CGTCCT	2	12	37751	37762	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	119714045
40	NC_008697	CACCGA	2	12	39889	39900	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	119714047
41	NC_008697	CGCACT	2	12	39919	39930	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714047
42	NC_008697	GTCGAA	2	12	40545	40556	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	119714048
43	NC_008697	CCATCG	2	12	42348	42359	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714049
44	NC_008697	CGTGGT	2	12	46864	46875	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	119714054
45	NC_008697	GCCGCA	2	12	48100	48111	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714054
46	NC_008697	CGGGGG	2	12	51867	51878	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	119714055
47	NC_008697	CGAGCT	2	12	52311	52322	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714055
48	NC_008697	CACCGA	2	12	52557	52568	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	119714055
49	NC_008697	CGGGCG	2	12	54929	54940	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119714057
50	NC_008697	GGACAT	2	12	59761	59772	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	119714065
51	NC_008697	CAAGGA	2	12	63433	63444	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	119714068
52	NC_008697	TGAGGT	2	12	66727	66738	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	119714072
53	NC_008697	GAGCGG	2	12	67199	67210	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	119714072
54	NC_008697	TGCCGG	2	12	71350	71361	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714076
55	NC_008697	GTCTCG	2	12	71508	71519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119714076
56	NC_008697	CGTGGT	2	12	72680	72691	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	119714076
57	NC_008697	CTCCTG	2	12	74902	74913	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	119714077
58	NC_008697	GCGCCG	2	12	77332	77343	0 %	0 %	50 %	50 %	119714078
59	NC_008697	TGCCGA	2	12	79715	79726	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714078
60	NC_008697	CCTTCT	2	12	80935	80946	0 %	50 %	0 %	50 %	119714079
61	NC_008697	GCCCTC	2	12	85633	85644	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	119714080
62	NC_008697	GGTCAT	2	12	86641	86652	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	119714082
63	NC_008697	GACCTT	2	12	88691	88702	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	119714083
64	NC_008697	GCGGCC	2	12	89460	89471	0 %	0 %	50 %	50 %	119714084
65	NC_008697	TCGCCT	2	12	92138	92149	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	119714085
66	NC_008697	ATCGGC	2	12	94937	94948	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714085
67	NC_008697	GGCTCG	2	12	102391	102402	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714089
68	NC_008697	CGTCGG	2	12	102434	102445	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714090
69	NC_008697	GGTCGG	2	12	102602	102613	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	119714090
70	NC_008697	CGGCCT	2	12	102905	102916	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714090
71	NC_008697	GCGAGT	2	12	107977	107988	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714094
72	NC_008697	TGCGGC	2	12	108775	108786	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714095
73	NC_008697	CCTATG	2	12	110042	110053	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	119714097
74	NC_008697	TCGCAG	2	12	111442	111453	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714098
75	NC_008697	CTGGCC	2	12	112356	112367	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714098
76	NC_008697	TTCAAC	2	12	112392	112403	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119714098
77	NC_008697	CCGAGG	3	18	117033	117050	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714102
78	NC_008697	CGCGAA	2	12	117928	117939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119714103
79	NC_008697	GCGCTC	2	12	118003	118014	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714103
80	NC_008697	GTCGCG	2	12	119693	119704	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714105
81	NC_008697	GCCGCG	2	12	120770	120781	0 %	0 %	50 %	50 %	119714105
82	NC_008697	CGACCG	2	12	121186	121197	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714105
83	NC_008697	GCACGA	2	12	123034	123045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119714105
84	NC_008697	GCCGAC	2	12	123699	123710	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714105
85	NC_008697	GGCCGC	2	12	124420	124431	0 %	0 %	50 %	50 %	119714105
86	NC_008697	CCGTCA	2	12	128899	128910	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714109
87	NC_008697	GATCAT	2	12	130505	130516	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	119714111
88	NC_008697	GATCGG	2	12	135954	135965	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714116
89	NC_008697	CGATCC	2	12	136692	136703	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714116
90	NC_008697	TCGGTG	2	12	137015	137026	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	119714116
91	NC_008697	GAGGCG	2	12	138759	138770	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	119714118
92	NC_008697	CGTCGC	2	12	139267	139278	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714118
93	NC_008697	CTCAGC	2	12	149541	149552	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714127
94	NC_008697	TTGCCG	2	12	156284	156295	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119714132
95	NC_008697	TCGCGA	2	12	158773	158784	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714134
96	NC_008697	TCGGCC	2	12	159584	159595	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714135
97	NC_008697	TCGGCG	2	12	160612	160623	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714136
98	NC_008697	ACCGGC	2	12	164901	164912	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714140
99	NC_008697	GGCGAG	2	12	165378	165389	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	119714140
100	NC_008697	GAGCGT	2	12	168294	168305	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714143
101	NC_008697	TCGAGC	2	12	168550	168561	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714143
102	NC_008697	CGACCT	2	12	171262	171273	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714145
103	NC_008697	GGTGGC	2	12	173521	173532	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	119714148
104	NC_008697	TCAGGG	2	12	180307	180318	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714152
105	NC_008697	GACGAG	2	12	182757	182768	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	119714154
106	NC_008697	GGCTGC	2	12	183671	183682	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714156
107	NC_008697	GAGCCC	2	12	184191	184202	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714156
108	NC_008697	CGGCGC	2	12	185353	185364	0 %	0 %	50 %	50 %	119714157
109	NC_008697	CGCCAC	2	12	186398	186409	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	119714159
110	NC_008697	CGTAGG	2	12	188438	188449	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714162
111	NC_008697	GCGCGA	2	12	192628	192639	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714165
112	NC_008697	GCGCCG	2	12	194467	194478	0 %	0 %	50 %	50 %	119714167
113	NC_008697	CACCGA	2	12	195435	195446	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	119714168
114	NC_008697	CGGCGT	2	12	198255	198266	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714170
115	NC_008697	CGTTCA	2	12	198478	198489	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	119714170
116	NC_008697	TCCACG	2	12	201455	201466	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714172
117	NC_008697	GCATCG	2	12	207177	207188	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714177
118	NC_008697	AGCGCG	2	12	208152	208163	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714177
119	NC_008697	CGATGA	2	12	214128	214139	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	119714185
120	NC_008697	GCTTCG	2	12	214619	214630	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119714185
121	NC_008697	TGTGGC	2	12	215625	215636	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	119714187
122	NC_008697	CGTCAC	2	12	218203	218214	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714189
123	NC_008697	GGTTCA	2	12	220729	220740	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	119714191
124	NC_008697	CGCGGC	2	12	222016	222027	0 %	0 %	50 %	50 %	119714192
125	NC_008697	CGACTC	2	12	222347	222358	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	119714193
126	NC_008697	CGAGCG	2	12	227828	227839	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714198
127	NC_008697	CCCGAC	2	12	228458	228469	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	119714198
128	NC_008697	CGCGGG	2	12	229622	229633	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119714200
129	NC_008697	CACCTC	2	12	229764	229775	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	119714200
130	NC_008697	CAGCCG	2	12	234078	234089	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714204
131	NC_008697	GAGGTG	2	12	234297	234308	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	119714204
132	NC_008697	CGGCGA	2	12	237148	237159	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714207
133	NC_008697	AGGACG	2	12	237261	237272	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	119714207
134	NC_008697	GAGGTC	2	12	238736	238747	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	119714208
135	NC_008697	CCTGGC	2	12	239448	239459	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714209
136	NC_008697	GCCGGC	2	12	241931	241942	0 %	0 %	50 %	50 %	119714211
137	NC_008697	CGCCTC	2	12	243541	243552	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	119714212
138	NC_008697	GGTCGC	2	12	243922	243933	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714212
139	NC_008697	CTGGCG	2	12	246518	246529	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714214
140	NC_008697	GGACCG	2	12	246541	246552	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714214
141	NC_008697	GCCCTC	2	12	247432	247443	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	119714216
142	NC_008697	CGCGGG	2	12	248596	248607	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119714217
143	NC_008697	CGAGGG	2	12	248772	248783	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	119714218
144	NC_008697	ACCTCC	2	12	249701	249712	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	119714219
145	NC_008697	CGCGGC	2	12	249937	249948	0 %	0 %	50 %	50 %	119714219
146	NC_008697	CGCGAC	2	12	250615	250626	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714219
147	NC_008697	CGCCGT	2	12	250873	250884	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714219
148	NC_008697	CCGCGG	2	12	251312	251323	0 %	0 %	50 %	50 %	119714220
149	NC_008697	GCCTGC	2	12	251899	251910	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714220
150	NC_008697	CTCCGG	2	12	252900	252911	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714221
151	NC_008697	GGACGC	2	12	256809	256820	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714225
152	NC_008697	GCCACC	2	12	257953	257964	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	119714227
153	NC_008697	CACTCC	2	12	258157	258168	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	119714227
154	NC_008697	CGCCTC	2	12	258189	258200	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	119714227
155	NC_008697	TCGCGC	2	12	263471	263482	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714230
156	NC_008697	TGAACC	2	12	266228	266239	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	119714233
157	NC_008697	CGCGGC	2	12	268176	268187	0 %	0 %	50 %	50 %	119714236
158	NC_008697	GCTCGC	2	12	270478	270489	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714237
159	NC_008697	CCGGCA	2	12	270495	270506	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714237
160	NC_008697	CGAGGA	2	12	272278	272289	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	119714237
161	NC_008697	CACCGA	2	12	272614	272625	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	119714237
162	NC_008697	CGAGCC	2	12	275375	275386	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	119714238
163	NC_008697	CGGCGT	2	12	277381	277392	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714240
164	NC_008697	GTCCCC	2	12	280239	280250	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	119714244
165	NC_008697	GTCGGC	2	12	281434	281445	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714246
166	NC_008697	CGTCGG	2	12	281547	281558	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	119714246
167	NC_008697	CGGCGC	2	12	284731	284742	0 %	0 %	50 %	50 %	119714249
168	NC_008697	CCGGCG	2	12	285627	285638	0 %	0 %	50 %	50 %	119714251
169	NC_008697	GCGCCG	2	12	292082	292093	0 %	0 %	50 %	50 %	119714261
170	NC_008697	CGCCGT	2	12	294052	294063	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	119714262
171	NC_008697	CCGATG	3	18	297450	297467	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	119714265
172	NC_008697	CTGGTC	2	12	298603	298614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119714266
173	NC_008697	GCCCTC	2	12	299248	299259	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	119714266
174	NC_008697	ACGAGG	2	12	301259	301270	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	119714267
175	NC_008697	GAGCCG	2	12	301423	301434	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	119714267

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.