MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Nocardioides sp. JS614 plasmid pNOCA01

Total Repeats: 242

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008697	CGGCG	2	10	98	107	0 %	0 %	60 %	40 %	119714008
2	NC_008697	CGGCA	2	10	1430	1439	20 %	0 %	40 %	40 %	119714010
3	NC_008697	TGCGT	2	10	1812	1821	0 %	40 %	40 %	20 %	119714010
4	NC_008697	CACGG	2	10	2384	2393	20 %	0 %	40 %	40 %	119714011
5	NC_008697	GGACG	2	10	4239	4248	20 %	0 %	60 %	20 %	119714013
6	NC_008697	CGCAG	2	10	5839	5848	20 %	0 %	40 %	40 %	119714014
7	NC_008697	GACCT	2	10	7852	7861	20 %	20 %	20 %	40 %	119714015
8	NC_008697	GCTCG	2	10	8179	8188	0 %	20 %	40 %	40 %	119714015
9	NC_008697	GCGCC	2	10	8630	8639	0 %	0 %	40 %	60 %	119714015
10	NC_008697	GGCCG	2	10	11557	11566	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_008697	CGACC	2	10	13688	13697	20 %	0 %	20 %	60 %	119714020
12	NC_008697	CGGCC	2	10	15442	15451	0 %	0 %	40 %	60 %	119714022
13	NC_008697	CGGCC	2	10	16380	16389	0 %	0 %	40 %	60 %	119714023
14	NC_008697	GCGGT	2	10	16993	17002	0 %	20 %	60 %	20 %	119714025
15	NC_008697	TCGCC	2	10	18557	18566	0 %	20 %	20 %	60 %	119714026
16	NC_008697	GCCAG	2	10	18819	18828	20 %	0 %	40 %	40 %	119714026
17	NC_008697	GACCG	2	10	18904	18913	20 %	0 %	40 %	40 %	119714026
18	NC_008697	CCATC	2	10	19323	19332	20 %	20 %	0 %	60 %	119714026
19	NC_008697	CGGGA	2	10	19428	19437	20 %	0 %	60 %	20 %	119714026
20	NC_008697	GCGTC	2	10	19489	19498	0 %	20 %	40 %	40 %	119714026
21	NC_008697	CGCGG	2	10	21680	21689	0 %	0 %	60 %	40 %	119714027
22	NC_008697	CCAGC	2	10	23075	23084	20 %	0 %	20 %	60 %	119714030
23	NC_008697	ACGGC	2	10	24601	24610	20 %	0 %	40 %	40 %	119714032
24	NC_008697	GCCTG	2	10	26048	26057	0 %	20 %	40 %	40 %	119714034
25	NC_008697	GCTCG	2	10	28562	28571	0 %	20 %	40 %	40 %	119714036
26	NC_008697	TCGAC	2	10	28741	28750	20 %	20 %	20 %	40 %	119714036
27	NC_008697	GCCCT	2	10	30864	30873	0 %	20 %	20 %	60 %	119714038
28	NC_008697	ACCTG	2	10	31249	31258	20 %	20 %	20 %	40 %	119714038
29	NC_008697	CCGGT	2	10	32353	32362	0 %	20 %	40 %	40 %	119714039
30	NC_008697	GTCGG	2	10	33083	33092	0 %	20 %	60 %	20 %	119714040
31	NC_008697	CCGGG	2	10	35619	35628	0 %	0 %	60 %	40 %	119714044
32	NC_008697	CCTCA	2	10	35726	35735	20 %	20 %	0 %	60 %	119714044
33	NC_008697	CGGTG	2	10	35742	35751	0 %	20 %	60 %	20 %	119714044
34	NC_008697	TGCCC	2	10	36398	36407	0 %	20 %	20 %	60 %	119714044
35	NC_008697	CAGCT	2	10	38251	38260	20 %	20 %	20 %	40 %	119714045
36	NC_008697	CGAAC	2	10	38702	38711	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_008697	CTCGC	2	10	39516	39525	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_008697	CACGC	2	10	39861	39870	20 %	0 %	20 %	60 %	119714047
39	NC_008697	CGCAG	2	10	41223	41232	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_008697	TGGGG	2	10	42574	42583	0 %	20 %	80 %	0 %	119714049
41	NC_008697	TCGGA	2	10	44105	44114	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008697	GGCGG	2	10	44159	44168	0 %	0 %	80 %	20 %	119714051
43	NC_008697	GCGTC	2	10	45277	45286	0 %	20 %	40 %	40 %	119714053
44	NC_008697	CGCGG	2	10	47825	47834	0 %	0 %	60 %	40 %	119714054
45	NC_008697	GTGAG	2	10	49732	49741	20 %	20 %	60 %	0 %	119714054
46	NC_008697	ACCGC	2	10	54007	54016	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_008697	TGGCC	2	10	59861	59870	0 %	20 %	40 %	40 %	119714066
48	NC_008697	CGACG	2	10	61740	61749	20 %	0 %	40 %	40 %	119714067
49	NC_008697	CACCC	2	10	65675	65684	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
50	NC_008697	GCCGC	2	10	66978	66987	0 %	0 %	40 %	60 %	119714072
51	NC_008697	GATCG	2	10	67768	67777	20 %	20 %	40 %	20 %	119714073
52	NC_008697	GGTCC	2	10	69513	69522	0 %	20 %	40 %	40 %	119714075
53	NC_008697	TCGCC	2	10	69960	69969	0 %	20 %	20 %	60 %	119714075
54	NC_008697	GGCAA	2	10	70022	70031	40 %	0 %	40 %	20 %	119714075
55	NC_008697	ATCCC	2	10	73933	73942	20 %	20 %	0 %	60 %	119714077
56	NC_008697	CTTCG	2	10	74110	74119	0 %	40 %	20 %	40 %	119714077
57	NC_008697	TCCGG	2	10	74537	74546	0 %	20 %	40 %	40 %	119714077
58	NC_008697	TCGGC	2	10	75135	75144	0 %	20 %	40 %	40 %	119714077
59	NC_008697	TGGGG	2	10	75655	75664	0 %	20 %	80 %	0 %	119714077
60	NC_008697	CGAGT	2	10	75690	75699	20 %	20 %	40 %	20 %	119714077
61	NC_008697	CGTGG	2	10	75948	75957	0 %	20 %	60 %	20 %	119714077
62	NC_008697	CCGGC	2	10	78713	78722	0 %	0 %	40 %	60 %	119714078
63	NC_008697	GCGCG	2	10	80842	80851	0 %	0 %	60 %	40 %	119714079
64	NC_008697	GCGGT	2	10	81807	81816	0 %	20 %	60 %	20 %	119714079
65	NC_008697	GTCGC	2	10	84436	84445	0 %	20 %	40 %	40 %	119714079
66	NC_008697	GCCCC	2	10	85658	85667	0 %	0 %	20 %	80 %	119714080
67	NC_008697	CGCGG	2	10	86940	86949	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
68	NC_008697	ACGGG	2	10	90435	90444	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_008697	GTGCT	2	10	91358	91367	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008697	GTCGA	2	10	92780	92789	20 %	20 %	40 %	20 %	119714085
71	NC_008697	AGCCG	2	10	92808	92817	20 %	0 %	40 %	40 %	119714085
72	NC_008697	GACGC	2	10	94373	94382	20 %	0 %	40 %	40 %	119714085
73	NC_008697	GTCCA	2	10	94748	94757	20 %	20 %	20 %	40 %	119714085
74	NC_008697	CCGAG	2	10	97013	97022	20 %	0 %	40 %	40 %	119714087
75	NC_008697	CTGGC	2	10	98351	98360	0 %	20 %	40 %	40 %	119714089
76	NC_008697	CTCAG	2	10	100808	100817	20 %	20 %	20 %	40 %	119714089
77	NC_008697	CTGCG	2	10	101634	101643	0 %	20 %	40 %	40 %	119714089
78	NC_008697	CCGAG	2	10	103574	103583	20 %	0 %	40 %	40 %	119714090
79	NC_008697	CCAGC	2	10	106766	106775	20 %	0 %	20 %	60 %	119714092
80	NC_008697	GCATC	2	10	106940	106949	20 %	20 %	20 %	40 %	119714092
81	NC_008697	CGGGC	2	10	107676	107685	0 %	0 %	60 %	40 %	119714093
82	NC_008697	CCGGG	2	10	107839	107848	0 %	0 %	60 %	40 %	119714093
83	NC_008697	GGTGG	2	10	108891	108900	0 %	20 %	80 %	0 %	119714096
84	NC_008697	GGGTC	2	10	110409	110418	0 %	20 %	60 %	20 %	119714097
85	NC_008697	GCTGG	2	10	111380	111389	0 %	20 %	60 %	20 %	119714098
86	NC_008697	ATCAG	2	10	111595	111604	40 %	20 %	20 %	20 %	119714098
87	NC_008697	CAAGA	2	10	113418	113427	60 %	0 %	20 %	20 %	119714098
88	NC_008697	CACGG	2	10	114442	114451	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008697	CGGCC	2	10	121369	121378	0 %	0 %	40 %	60 %	119714105
90	NC_008697	CCGCG	2	10	122149	122158	0 %	0 %	40 %	60 %	119714105
91	NC_008697	GGCCG	2	10	122321	122330	0 %	0 %	60 %	40 %	119714105
92	NC_008697	CCGAC	2	10	122371	122380	20 %	0 %	20 %	60 %	119714105
93	NC_008697	GCCCT	2	10	122954	122963	0 %	20 %	20 %	60 %	119714105
94	NC_008697	AGGGC	2	10	125701	125710	20 %	0 %	60 %	20 %	119714106
95	NC_008697	GTTCC	2	10	127418	127427	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_008697	AACTG	2	10	127875	127884	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_008697	TGGAG	2	10	128720	128729	20 %	20 %	60 %	0 %	119714109
98	NC_008697	CGATC	2	10	130807	130816	20 %	20 %	20 %	40 %	119714111
99	NC_008697	GTCGG	2	10	131210	131219	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008697	CCCGA	2	10	131232	131241	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
101	NC_008697	ACCGG	2	10	133995	134004	20 %	0 %	40 %	40 %	119714114
102	NC_008697	CGGTG	2	10	134134	134143	0 %	20 %	60 %	20 %	119714114
103	NC_008697	CCTGT	2	10	135520	135529	0 %	40 %	20 %	40 %	119714116
104	NC_008697	CGGGT	2	10	136896	136905	0 %	20 %	60 %	20 %	119714116
105	NC_008697	GCCGA	2	10	139167	139176	20 %	0 %	40 %	40 %	119714118
106	NC_008697	GCGAC	2	10	140292	140301	20 %	0 %	40 %	40 %	119714120
107	NC_008697	TTGCC	2	10	143138	143147	0 %	40 %	20 %	40 %	119714122
108	NC_008697	CGAGC	2	10	143899	143908	20 %	0 %	40 %	40 %	119714123
109	NC_008697	GGTCG	2	10	144798	144807	0 %	20 %	60 %	20 %	119714123
110	NC_008697	GCGTC	2	10	144822	144831	0 %	20 %	40 %	40 %	119714123
111	NC_008697	TCGGC	2	10	146125	146134	0 %	20 %	40 %	40 %	119714125
112	NC_008697	TCGCC	2	10	147104	147113	0 %	20 %	20 %	60 %	119714125
113	NC_008697	GTCGA	2	10	147119	147128	20 %	20 %	40 %	20 %	119714125
114	NC_008697	CCCTG	2	10	149177	149186	0 %	20 %	20 %	60 %	119714127
115	NC_008697	GCTTC	2	10	151605	151614	0 %	40 %	20 %	40 %	119714129
116	NC_008697	CGGAC	2	10	153699	153708	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_008697	GGCAG	2	10	154353	154362	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_008697	TCGGC	2	10	156306	156315	0 %	20 %	40 %	40 %	119714132
119	NC_008697	CGAAG	2	10	157793	157802	40 %	0 %	40 %	20 %	119714133
120	NC_008697	GGGCC	2	10	158659	158668	0 %	0 %	60 %	40 %	119714134
121	NC_008697	CAAGC	2	10	158700	158709	40 %	0 %	20 %	40 %	119714134
122	NC_008697	TGTCC	2	10	160532	160541	0 %	40 %	20 %	40 %	119714136
123	NC_008697	AGGCG	2	10	161239	161248	20 %	0 %	60 %	20 %	119714137
124	NC_008697	TCCGC	2	10	161307	161316	0 %	20 %	20 %	60 %	119714137
125	NC_008697	CAGGT	2	10	162124	162133	20 %	20 %	40 %	20 %	119714138
126	NC_008697	CGGGT	2	10	163156	163165	0 %	20 %	60 %	20 %	119714138
127	NC_008697	TCGAC	2	10	164507	164516	20 %	20 %	20 %	40 %	119714140
128	NC_008697	CCTCG	2	10	165771	165780	0 %	20 %	20 %	60 %	119714140
129	NC_008697	TCCCA	2	10	166164	166173	20 %	20 %	0 %	60 %	119714141
130	NC_008697	CCGTG	2	10	167437	167446	0 %	20 %	40 %	40 %	119714142
131	NC_008697	GCGAG	2	10	170066	170075	20 %	0 %	60 %	20 %	119714145
132	NC_008697	CGCCC	2	10	171280	171289	0 %	0 %	20 %	80 %	119714145
133	NC_008697	ACCAC	2	10	171379	171388	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_008697	GCCGC	2	10	171464	171473	0 %	0 %	40 %	60 %	119714146
135	NC_008697	GGCCG	2	10	174269	174278	0 %	0 %	60 %	40 %	119714149
136	NC_008697	GCCGC	2	10	174703	174712	0 %	0 %	40 %	60 %	119714149
137	NC_008697	CTGCG	2	10	175245	175254	0 %	20 %	40 %	40 %	119714149
138	NC_008697	GACCT	2	10	175881	175890	20 %	20 %	20 %	40 %	119714149
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172	NC_008697	TCGGA	2	10	227203	227212	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
173	NC_008697	CTGGC	2	10	227502	227511	0 %	20 %	40 %	40 %	119714198
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177	NC_008697	GCCGG	2	10	234246	234255	0 %	0 %	60 %	40 %	119714204
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235	NC_008697	GGGCC	2	10	300421	300430	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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242	NC_008697	TGCCC	2	10	305754	305763	0 %	20 %	20 %	60 %	119714271

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.