MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Thermofilum pendens Hrk 5 plasmid pTPEN01

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008696	CCAG	2	8	295	302	25 %	0 %	25 %	50 %	119709758
2	NC_008696	TAGC	2	8	792	799	25 %	25 %	25 %	25 %	119709758
3	NC_008696	GCCC	3	12	862	873	0 %	0 %	25 %	75 %	119709758
4	NC_008696	GCCC	2	8	2502	2509	0 %	0 %	25 %	75 %	119709760
5	NC_008696	CTCA	2	8	3011	3018	25 %	25 %	0 %	50 %	119709760
6	NC_008696	TGCC	2	8	3449	3456	0 %	25 %	25 %	50 %	119709761
7	NC_008696	CTCC	2	8	3644	3651	0 %	25 %	0 %	75 %	119709762
8	NC_008696	CTTT	2	8	3788	3795	0 %	75 %	0 %	25 %	119709762
9	NC_008696	CTCC	2	8	3900	3907	0 %	25 %	0 %	75 %	119709763
10	NC_008696	CAGC	2	8	4192	4199	25 %	0 %	25 %	50 %	119709763
11	NC_008696	CCGT	2	8	4397	4404	0 %	25 %	25 %	50 %	119709764
12	NC_008696	CGAC	2	8	4793	4800	25 %	0 %	25 %	50 %	119709765
13	NC_008696	CCAG	2	8	6711	6718	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008696	CCTC	2	8	7058	7065	0 %	25 %	0 %	75 %	119709770
15	NC_008696	CGCC	2	8	7346	7353	0 %	0 %	25 %	75 %	119709770
16	NC_008696	TTAA	4	16	7632	7647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008696	GTTT	2	8	9352	9359	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008696	GGAG	2	8	9670	9677	25 %	0 %	75 %	0 %	119709773
19	NC_008696	GCTG	2	8	9766	9773	0 %	25 %	50 %	25 %	119709773
20	NC_008696	GTGG	2	8	9844	9851	0 %	25 %	75 %	0 %	119709773
21	NC_008696	CGGA	2	8	10024	10031	25 %	0 %	50 %	25 %	119709774
22	NC_008696	ATTT	2	8	10386	10393	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008696	TCAT	2	8	10441	10448	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008696	CCTA	2	8	11110	11117	25 %	25 %	0 %	50 %	119709775
25	NC_008696	ACGG	2	8	11715	11722	25 %	0 %	50 %	25 %	119709775
26	NC_008696	AGCC	2	8	11952	11959	25 %	0 %	25 %	50 %	119709775
27	NC_008696	GGGA	2	8	12385	12392	25 %	0 %	75 %	0 %	119709776
28	NC_008696	AGGA	2	8	14473	14480	50 %	0 %	50 %	0 %	119709781
29	NC_008696	TGGC	2	8	14619	14626	0 %	25 %	50 %	25 %	119709782
30	NC_008696	CTTT	2	8	15369	15376	0 %	75 %	0 %	25 %	119709783
31	NC_008696	AGCC	2	8	16059	16066	25 %	0 %	25 %	50 %	119709784
32	NC_008696	GGAG	2	8	18419	18426	25 %	0 %	75 %	0 %	119709788
33	NC_008696	CGCT	2	8	18697	18704	0 %	25 %	25 %	50 %	119709789
34	NC_008696	CCTC	2	8	18778	18785	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
35	NC_008696	TCAG	2	8	19682	19689	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_008696	CGTG	2	8	20236	20243	0 %	25 %	50 %	25 %	119709793
37	NC_008696	CTGT	2	8	20324	20331	0 %	50 %	25 %	25 %	119709793
38	NC_008696	CGCT	2	8	20341	20348	0 %	25 %	25 %	50 %	119709793
39	NC_008696	GCTC	2	8	20806	20813	0 %	25 %	25 %	50 %	119709793
40	NC_008696	CAGC	2	8	21145	21152	25 %	0 %	25 %	50 %	119709793
41	NC_008696	TAGC	2	8	23276	23283	25 %	25 %	25 %	25 %	119709794
42	NC_008696	CACC	2	8	24725	24732	25 %	0 %	0 %	75 %	119709796
43	NC_008696	GCTC	2	8	26060	26067	0 %	25 %	25 %	50 %	119709798
44	NC_008696	CCAC	2	8	26309	26316	25 %	0 %	0 %	75 %	119709799
45	NC_008696	ACCT	2	8	27580	27587	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008696	GAGC	2	8	28830	28837	25 %	0 %	50 %	25 %	119709805
47	NC_008696	TCCC	2	8	29521	29528	0 %	25 %	0 %	75 %	119709806
48	NC_008696	TGCC	2	8	29632	29639	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008696	GACG	2	8	29794	29801	25 %	0 %	50 %	25 %	119709807
50	NC_008696	GCCT	2	8	30205	30212	0 %	25 %	25 %	50 %	119709808
51	NC_008696	AGCC	2	8	30940	30947	25 %	0 %	25 %	50 %	119709809
52	NC_008696	GGAC	2	8	31198	31205	25 %	0 %	50 %	25 %	119709809

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.