MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Thermofilum pendens Hrk 5 plasmid pTPEN01

Total Repeats: 424

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008696	CAC	2	6	146	151	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709758
2	NC_008696	CGC	2	6	254	259	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709758
3	NC_008696	TAT	2	6	260	265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	119709758
4	NC_008696	GAC	2	6	275	280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709758
5	NC_008696	CGG	2	6	283	288	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709758
6	NC_008696	ACC	2	6	342	347	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709758
7	NC_008696	CAG	2	6	407	412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709758
8	NC_008696	GGA	2	6	451	456	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119709758
9	NC_008696	GCC	2	6	491	496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709758
10	NC_008696	CAG	2	6	542	547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709758
11	NC_008696	CCA	2	6	604	609	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709758
12	NC_008696	CGG	2	6	649	654	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709758
13	NC_008696	ACG	2	6	678	683	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709758
14	NC_008696	CAG	2	6	806	811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709758
15	NC_008696	CGA	2	6	826	831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709758
16	NC_008696	TCC	2	6	843	848	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
17	NC_008696	GCC	2	6	936	941	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709758
18	NC_008696	AGT	2	6	976	981	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709758
19	NC_008696	CCT	2	6	1057	1062	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
20	NC_008696	CGG	2	6	1087	1092	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709758
21	NC_008696	CGG	3	9	1165	1173	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709758
22	NC_008696	CCT	2	6	1285	1290	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
23	NC_008696	TCC	2	6	1341	1346	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
24	NC_008696	TCA	2	6	1408	1413	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119709758
25	NC_008696	CTC	2	6	1469	1474	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
26	NC_008696	CCT	3	9	1489	1497	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
27	NC_008696	CTC	2	6	1508	1513	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
28	NC_008696	CCT	2	6	1537	1542	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
29	NC_008696	CCT	2	6	1594	1599	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
30	NC_008696	CTC	3	9	1628	1636	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
31	NC_008696	CTT	2	6	1694	1699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709758
32	NC_008696	CTC	2	6	1703	1708	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709758
33	NC_008696	CGG	2	6	1843	1848	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709759
34	NC_008696	GAT	2	6	1880	1885	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709759
35	NC_008696	CCT	2	6	1904	1909	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709759
36	NC_008696	CAT	2	6	1940	1945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119709759
37	NC_008696	CCA	2	6	2076	2081	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709760
38	NC_008696	ACC	2	6	2240	2245	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709760
39	NC_008696	GAA	2	6	2269	2274	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119709760
40	NC_008696	CTG	2	6	2342	2347	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119709760
41	NC_008696	GTG	2	6	2372	2377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	119709760
42	NC_008696	GTA	2	6	2422	2427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709760
43	NC_008696	GGC	2	6	2431	2436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709760
44	NC_008696	TCC	2	6	2447	2452	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709760
45	NC_008696	ACG	2	6	2462	2467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709760
46	NC_008696	AAC	2	6	2468	2473	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	119709760
47	NC_008696	ATG	2	6	2474	2479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709760
48	NC_008696	GAC	2	6	2617	2622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709760
49	NC_008696	GGC	2	6	2629	2634	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709760
50	NC_008696	GCC	2	6	2638	2643	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709760
51	NC_008696	AAG	2	6	2696	2701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119709760
52	NC_008696	GAC	2	6	2704	2709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709760
53	NC_008696	GTT	2	6	2809	2814	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119709760
54	NC_008696	GCC	2	6	2881	2886	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709760
55	NC_008696	CAG	2	6	2947	2952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709760
56	NC_008696	CAC	2	6	3021	3026	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709761
57	NC_008696	CTT	2	6	3045	3050	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709761
58	NC_008696	CGG	2	6	3167	3172	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709761
59	NC_008696	CCA	2	6	3200	3205	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709761
60	NC_008696	TGA	3	9	3212	3220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709761
61	NC_008696	GGA	2	6	3278	3283	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119709761
62	NC_008696	GCG	2	6	3424	3429	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709761
63	NC_008696	GAC	2	6	3468	3473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709761
64	NC_008696	GTG	2	6	3517	3522	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	119709761
65	NC_008696	CCA	2	6	3713	3718	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709762
66	NC_008696	CTC	2	6	3862	3867	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709763
67	NC_008696	CCT	2	6	3879	3884	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709763
68	NC_008696	GCC	2	6	3922	3927	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709763
69	NC_008696	CTC	2	6	3963	3968	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709763
70	NC_008696	CTT	2	6	4125	4130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709763
71	NC_008696	CCT	2	6	4341	4346	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709764
72	NC_008696	CTC	2	6	4363	4368	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709764
73	NC_008696	CTT	3	9	4381	4389	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709764
74	NC_008696	GTC	2	6	4408	4413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119709764
75	NC_008696	ACC	2	6	4464	4469	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709764
76	NC_008696	CTC	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709764
77	NC_008696	CGA	2	6	4548	4553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709764
78	NC_008696	AAG	2	6	4571	4576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	119709764
79	NC_008696	CCG	2	6	4595	4600	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709764
80	NC_008696	CGG	2	6	4612	4617	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709764
81	NC_008696	TTG	2	6	4747	4752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119709765
82	NC_008696	CTC	2	6	4779	4784	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709765
83	NC_008696	ACC	2	6	4813	4818	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709765
84	NC_008696	CGA	2	6	4887	4892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709765
85	NC_008696	CCT	2	6	5255	5260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709766
86	NC_008696	TCC	3	9	5266	5274	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709766
87	NC_008696	CTC	2	6	5310	5315	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709766
88	NC_008696	TCC	2	6	5329	5334	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709766
89	NC_008696	TGT	2	6	5432	5437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119709766
90	NC_008696	CTC	2	6	5460	5465	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709766
91	NC_008696	CAC	2	6	5469	5474	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709766
92	NC_008696	CTC	2	6	5580	5585	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709766
93	NC_008696	GTC	2	6	5786	5791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119709767
94	NC_008696	CTC	2	6	5831	5836	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709767
95	NC_008696	CTG	2	6	5847	5852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119709767
96	NC_008696	CCT	2	6	6006	6011	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709768
97	NC_008696	AAC	2	6	6100	6105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	119709768
98	NC_008696	ACG	2	6	6133	6138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709768
99	NC_008696	CCG	2	6	6142	6147	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709768
100	NC_008696	GTT	2	6	6150	6155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119709768
101	NC_008696	GGA	2	6	6285	6290	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	119709768
102	NC_008696	ACT	2	6	6295	6300	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119709768
103	NC_008696	CTC	2	6	6336	6341	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709768
104	NC_008696	CTC	3	9	6503	6511	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709769
105	NC_008696	CTC	2	6	6521	6526	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709769
106	NC_008696	CCA	3	9	6527	6535	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709769
107	NC_008696	CTC	3	9	6566	6574	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709769
108	NC_008696	CTC	2	6	6584	6589	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709769
109	NC_008696	CTC	3	9	6596	6604	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709769
110	NC_008696	TTC	2	6	6605	6610	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709769
111	NC_008696	CTT	2	6	6637	6642	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709769
112	NC_008696	CTT	2	6	6849	6854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709770
113	NC_008696	CTC	2	6	6882	6887	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709770
114	NC_008696	GCC	2	6	6949	6954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709770
115	NC_008696	CCT	2	6	6995	7000	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709770
116	NC_008696	GTA	2	6	7020	7025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709770
117	NC_008696	CTC	2	6	7104	7109	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709770
118	NC_008696	GCG	2	6	7184	7189	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709770
119	NC_008696	CCT	2	6	7193	7198	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709770
120	NC_008696	CCT	2	6	7217	7222	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709770
121	NC_008696	CTC	2	6	7293	7298	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709770
122	NC_008696	CCG	2	6	7358	7363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709770
123	NC_008696	GAT	2	6	8220	8225	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709771
124	NC_008696	TGT	2	6	8243	8248	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	119709771
125	NC_008696	CGA	2	6	8447	8452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	119709771
126	NC_008696	CGC	2	6	8499	8504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	119709771
127	NC_008696	GTA	2	6	8550	8555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	119709771
128	NC_008696	CCA	2	6	8598	8603	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709771
129	NC_008696	GGC	2	6	8610	8615	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	119709771
130	NC_008696	CGT	2	6	8636	8641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	119709771
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132	NC_008696	CCA	2	6	8675	8680	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	119709771
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385	NC_008696	ATC	2	6	28672	28677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	119709805
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390	NC_008696	CTC	2	6	28914	28919	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709806
391	NC_008696	CCT	2	6	28928	28933	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	119709806
392	NC_008696	CTT	2	6	28949	28954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	119709806
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.