MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Paracoccus denitrificans PD1222 chromosome 2

Total Repeats: 65

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008687	TTTCCG	2	12	42581	42592	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008687	GTTTTC	2	12	44238	44249	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008687	TCCGGG	2	12	146312	146323	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008687	GCCTCG	2	12	220900	220911	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008687	AATATA	2	12	227837	227848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008687	ACGCTG	2	12	247000	247011	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008687	CAGCGG	2	12	328476	328487	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008687	CTGCGG	2	12	337943	337954	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008687	CCCGAA	2	12	338110	338121	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008687	CGGGGT	2	12	341865	341876	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008687	GCTGAC	2	12	373708	373719	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008687	TTGAAA	2	12	410468	410479	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008687	GCCGAG	2	12	413730	413741	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008687	TGGCGG	2	12	418663	418674	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008687	GACTCA	2	12	422548	422559	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008687	GTCTAT	2	12	457654	457665	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008687	TCCTGA	2	12	459174	459185	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008687	CTGGCC	2	12	491544	491555	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_008687	CTGCGG	2	12	511259	511270	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008687	CCCGAA	2	12	511426	511437	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008687	CGGGGT	2	12	514895	514906	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008687	AGGTCG	2	12	515357	515368	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008687	CGAAAC	2	12	515464	515475	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008687	CACGAC	2	12	535247	535258	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008687	AGGGCA	2	12	540467	540478	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_008687	TTGGCG	2	12	557692	557703	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008687	GCCGGG	2	12	600909	600920	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008687	GGGCGG	2	12	655746	655757	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008687	CTCGAT	2	12	745478	745489	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008687	CGCAGG	2	12	760158	760169	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008687	TTGCAT	2	12	763337	763348	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_008687	TCCTTG	2	12	775813	775824	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008687	GGGCGG	2	12	856594	856605	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008687	GCCCGT	2	12	875667	875678	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008687	GCGCCC	2	12	875920	875931	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_008687	TGGCTT	2	12	878285	878296	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008687	GCAGGG	2	12	882908	882919	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008687	CCTGCC	2	12	883904	883915	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_008687	GACGCA	2	12	890203	890214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008687	GTCTGC	2	12	912105	912116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008687	GCAGAG	2	12	913808	913819	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008687	CGGGAG	2	12	950170	950181	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_008687	GTAGAG	2	12	957843	957854	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008687	CTGGCG	2	12	991943	991954	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008687	GCCGGG	2	12	1006731	1006742	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008687	GGCAAC	2	12	1013075	1013086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008687	CCAAAG	2	12	1057268	1057279	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008687	GCGGTG	2	12	1080763	1080774	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008687	CAGGAA	2	12	1086039	1086050	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008687	GCGGCA	2	12	1086053	1086064	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008687	AGGTGA	2	12	1111373	1111384	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008687	TGGCCA	2	12	1157265	1157276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008687	AAAGGG	2	12	1191705	1191716	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008687	CCTCGA	2	12	1266198	1266209	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_008687	AACCGA	2	12	1305467	1305478	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008687	CGCCCC	2	12	1409243	1409254	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
57	NC_008687	CGCGGG	2	12	1409302	1409313	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008687	GCTGCG	2	12	1434119	1434130	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008687	CCCTTT	2	12	1465096	1465107	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_008687	CCGGTC	2	12	1522515	1522526	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008687	GACCAC	2	12	1532070	1532081	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008687	CAAAGG	2	12	1561525	1561536	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008687	GCCCCC	2	12	1622930	1622941	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
64	NC_008687	GGGTTC	2	12	1718210	1718221	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008687	TGGCCT	2	12	1728727	1728738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.