MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Ruthia magnifica str. Cm (Calyptogena magnifica)

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008610	ATTAT	2	10	2763	2772	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008610	ATTTA	2	10	2819	2828	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008610	ACAGT	2	10	31912	31921	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_008610	AAATC	2	10	32193	32202	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008610	TAAAT	2	10	33640	33649	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008610	TGAGT	2	10	49262	49271	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008610	TATAA	2	10	53492	53501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008610	TAAAA	2	10	57709	57718	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008610	GATGC	2	10	58500	58509	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008610	TTGGT	2	10	75038	75047	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008610	ATAAA	2	10	75139	75148	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008610	TTTTA	2	10	78966	78975	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008610	TTATT	2	10	85290	85299	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008610	TTAAC	2	10	85416	85425	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008610	AAGAA	2	10	85450	85459	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008610	TGATA	2	10	86404	86413	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008610	ATTAT	2	10	88376	88385	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008610	TAGAA	2	10	88442	88451	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008610	AAGCA	2	10	88943	88952	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_008610	CTTAT	2	10	90951	90960	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008610	TTCTT	2	10	110012	110021	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_008610	AATTA	2	10	113283	113292	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008610	ACTAG	2	10	113652	113661	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_008610	TGGTG	2	10	114443	114452	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008610	ATAAA	2	10	120938	120947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008610	ATTTA	2	10	121146	121155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008610	TTAAT	2	10	121448	121457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008610	ACAAA	2	10	129648	129657	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008610	GGCTG	2	10	130755	130764	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008610	CTTTT	2	10	134850	134859	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008610	TAAAG	2	10	138965	138974	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008610	TTAAA	2	10	139899	139908	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008610	TTAAA	2	10	140109	140118	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008610	AATTA	2	10	149227	149236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008610	CTTAC	2	10	149732	149741	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_008610	TTCAT	2	10	152507	152516	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008610	AGTTA	2	10	163533	163542	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008610	GATTT	2	10	164670	164679	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008610	TTTGG	2	10	169286	169295	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008610	TGAAT	2	10	169307	169316	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008610	TTGTT	2	10	180547	180556	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008610	TAAGA	2	10	184519	184528	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008610	TAAAA	2	10	205942	205951	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008610	TTTAT	2	10	206545	206554	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008610	TAAAA	2	10	207413	207422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008610	TATTG	2	10	210982	210991	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008610	TATCT	2	10	211178	211187	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_008610	AATTA	2	10	211199	211208	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008610	ATTTA	2	10	211486	211495	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008610	TTTAG	2	10	212045	212054	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008610	TTTTA	2	10	215924	215933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008610	ATTGT	2	10	223704	223713	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008610	GTAAG	2	10	228294	228303	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008610	TAAAA	2	10	230078	230087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008610	TAGTC	2	10	237268	237277	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008610	GATTT	2	10	242420	242429	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008610	AATAA	2	10	243384	243393	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008610	TATTT	2	10	243480	243489	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008610	ATGAT	2	10	243629	243638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008610	ATTTT	2	10	247523	247532	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008610	TCTTA	2	10	266176	266185	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_008610	AGATA	2	10	276207	276216	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008610	TTTTA	2	10	293821	293830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008610	ATTTT	2	10	307483	307492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008610	TAAAA	2	10	309114	309123	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008610	TAATT	2	10	314582	314591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008610	TTGTG	2	10	324207	324216	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008610	TTTCA	2	10	324363	324372	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_008610	TCATT	2	10	325439	325448	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008610	ACCTT	2	10	332999	333008	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_008610	ATTTT	2	10	333039	333048	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008610	TCTTT	2	10	338288	338297	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008610	AGACT	2	10	344717	344726	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_008610	GTGTT	2	10	353085	353094	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008610	TCTAG	2	10	353271	353280	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_008610	TATTT	2	10	356979	356988	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008610	TATTT	2	10	357167	357176	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008610	TTAAG	2	10	360444	360453	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008610	TGATG	2	10	360825	360834	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008610	AAACA	2	10	365369	365378	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008610	ATTAA	2	10	365454	365463	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008610	AGTAT	2	10	385915	385924	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008610	ATATT	2	10	386181	386190	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008610	ATATG	2	10	388266	388275	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008610	ATACA	2	10	388535	388544	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_008610	TTTAA	2	10	389011	389020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008610	GTTTT	2	10	389156	389165	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008610	ATACT	2	10	389365	389374	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_008610	GCTTA	2	10	404769	404778	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_008610	TTGGT	2	10	405346	405355	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008610	AATAG	2	10	405386	405395	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008610	GTTTA	2	10	405671	405680	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008610	CAAAT	2	10	405899	405908	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_008610	GCTTT	2	10	406518	406527	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008610	ATGAT	2	10	406599	406608	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008610	TTTAA	2	10	408126	408135	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008610	TAGAT	2	10	408555	408564	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008610	TATAA	2	10	413256	413265	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008610	TCTTA	2	10	414233	414242	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008610	ATTTT	2	10	415395	415404	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008610	GGAGT	2	10	425511	425520	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008610	TAATT	2	10	425825	425834	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008610	ATTTT	2	10	431284	431293	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008610	ATTTT	2	10	432445	432454	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008610	AAAAT	2	10	432520	432529	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008610	TTTAA	2	10	439380	439389	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008610	TCGTG	2	10	439817	439826	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008610	CATTG	2	10	443703	443712	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_008610	GTATT	2	10	451356	451365	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008610	ATAGT	2	10	455844	455853	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008610	TGGCA	2	10	459141	459150	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_008610	TTAAA	2	10	462065	462074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008610	TTAAT	2	10	462182	462191	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008610	ATGTC	2	10	468137	468146	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_008610	ATTTA	2	10	472137	472146	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008610	ATCAA	2	10	472150	472159	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_008610	TTTGT	2	10	492995	493004	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008610	AATTA	2	10	493089	493098	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008610	ATTTA	2	10	499348	499357	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008610	TTTTC	2	10	499366	499375	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_008610	AAGTG	2	10	502133	502142	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008610	ATTAT	2	10	511954	511963	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008610	ATTTT	2	10	518373	518382	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008610	TTTTA	2	10	525398	525407	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008610	AGTTT	2	10	529970	529979	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008610	TAAAT	2	10	530234	530243	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008610	TTGAT	2	10	534293	534302	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008610	GAATT	2	10	534580	534589	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008610	AAAAT	2	10	538969	538978	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008610	TTTGT	2	10	548439	548448	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008610	CAATT	2	10	550181	550190	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_008610	TATAA	2	10	554160	554169	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008610	TCGTT	2	10	574496	574505	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_008610	ATTTT	2	10	577424	577433	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008610	TTAAT	2	10	590162	590171	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008610	GGTAT	2	10	590289	590298	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008610	ATTGC	2	10	590574	590583	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_008610	AAATA	2	10	592056	592065	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008610	CATAA	2	10	592253	592262	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008610	AATGA	2	10	635977	635986	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008610	AAAGT	2	10	640695	640704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008610	ATTTA	2	10	643949	643958	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008610	TTAAA	2	10	644668	644677	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008610	AAATA	2	10	645024	645033	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008610	TATCT	2	10	653661	653670	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_008610	AAACT	2	10	659565	659574	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_008610	ATTAT	2	10	659810	659819	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008610	AAAAT	2	10	667303	667312	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_008610	CAAAG	2	10	1156769	1156778	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
280	NC_008610	CATAA	2	10	1160773	1160782	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.