MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Borrelia afzelii PKo plasmid lp28

Total Repeats: 51

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008568	ATTAT	2	10	2417	2426	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008568	ATTAA	2	10	2782	2791	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008568	CTTAT	2	10	2947	2956	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_008568	TCTTT	2	10	3655	3664	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008568	ATTAT	2	10	4856	4865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008568	AACAA	2	10	5280	5289	80 %	0 %	0 %	20 %	117621804
7	NC_008568	CAAAA	2	10	5493	5502	80 %	0 %	0 %	20 %	117621804
8	NC_008568	TTAAA	2	10	5574	5583	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008568	TATTT	2	10	5590	5599	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008568	CATAC	2	10	6094	6103	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_008568	AAAAT	2	10	6481	6490	80 %	20 %	0 %	0 %	117621805
12	NC_008568	AAAAT	2	10	7604	7613	80 %	20 %	0 %	0 %	117621806
13	NC_008568	TTTAT	2	10	7821	7830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008568	AGATT	2	10	7976	7985	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008568	AGAAA	2	10	8409	8418	80 %	0 %	20 %	0 %	117621807
16	NC_008568	TCAAA	2	10	8691	8700	60 %	20 %	0 %	20 %	117621807
17	NC_008568	AATAA	2	10	9114	9123	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008568	GATAA	2	10	9613	9622	60 %	20 %	20 %	0 %	117621809
19	NC_008568	AACTA	2	10	9975	9984	60 %	20 %	0 %	20 %	117621809
20	NC_008568	ATAAA	2	10	10535	10544	80 %	20 %	0 %	0 %	117621809
21	NC_008568	ATTTT	2	10	11240	11249	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008568	TAAAG	2	10	11539	11548	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008568	AAATA	2	10	11624	11633	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008568	TACTT	2	10	11749	11758	20 %	60 %	0 %	20 %	117621811
25	NC_008568	TGCTT	2	10	13363	13372	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008568	TTTGC	2	10	13547	13556	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008568	AAAAT	2	10	14007	14016	80 %	20 %	0 %	0 %	117621813
28	NC_008568	AGAAA	2	10	14035	14044	80 %	0 %	20 %	0 %	117621813
29	NC_008568	AAATT	2	10	14106	14115	60 %	40 %	0 %	0 %	117621813
30	NC_008568	TTTAA	2	10	14274	14283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008568	TAATA	3	15	15456	15470	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008568	TAATA	2	10	15490	15499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008568	AAATT	2	10	15771	15780	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008568	TCCTT	2	10	16480	16489	0 %	60 %	0 %	40 %	117621815
35	NC_008568	ATTTC	2	10	17390	17399	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008568	TATCT	2	10	17448	17457	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008568	ATAAA	2	10	17623	17632	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008568	ATTTG	2	10	20540	20549	20 %	60 %	20 %	0 %	117621821
39	NC_008568	TATTT	2	10	20588	20597	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008568	ATATT	2	10	21390	21399	40 %	60 %	0 %	0 %	117621822
41	NC_008568	TCAAA	2	10	21655	21664	60 %	20 %	0 %	20 %	117621822
42	NC_008568	AGAAT	2	10	23039	23048	60 %	20 %	20 %	0 %	117621826
43	NC_008568	AAGAA	2	10	23424	23433	80 %	0 %	20 %	0 %	117621826
44	NC_008568	CTTTA	2	10	25187	25196	20 %	60 %	0 %	20 %	117621830
45	NC_008568	TATAT	2	10	27048	27057	40 %	60 %	0 %	0 %	117621831
46	NC_008568	TTGAT	2	10	27397	27406	20 %	60 %	20 %	0 %	117621831
47	NC_008568	TTTCT	2	10	27491	27500	0 %	80 %	0 %	20 %	117621831
48	NC_008568	TTAAA	2	10	27912	27921	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008568	TCTAT	2	10	27957	27966	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008568	ATATA	2	10	28232	28241	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008568	GTGTG	2	10	28411	28420	0 %	40 %	60 %	0 %	117621833

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.