MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Escherichia coli APEC O1 chromosome

Total Repeats: 188

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008563	GAAAAT	2	12	10650	10661	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008563	CTGGGG	2	12	48291	48302	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008563	ACCGTC	2	12	53035	53046	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008563	CAGTTT	2	12	141727	141738	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008563	GTAGTG	2	12	205157	205168	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008563	TGTTGA	2	12	263484	263495	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008563	CTTTTC	2	12	279476	279487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008563	TTTTCT	2	12	341660	341671	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008563	CTATTT	2	12	342697	342708	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_008563	GTCACT	2	12	346200	346211	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008563	AATTTC	2	12	349426	349437	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008563	TGTCTG	2	12	359354	359365	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008563	TGAGGT	2	12	359547	359558	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008563	GTGAAT	2	12	362828	362839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008563	TTTATT	2	12	376531	376542	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008563	AACAAT	2	12	423088	423099	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008563	CAGGCG	2	12	507046	507057	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008563	TTTCTG	2	12	533408	533419	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008563	GTTTTC	2	12	570428	570439	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008563	TGCAAA	2	12	598354	598365	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008563	CATGAG	2	12	640289	640300	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008563	ATTTTT	2	12	693463	693474	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008563	TTTACC	2	12	704375	704386	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008563	TTTTCT	2	12	759736	759747	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008563	GCGCTG	2	12	783714	783725	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008563	TAACCG	2	12	885267	885278	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008563	AACGCT	2	12	894521	894532	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008563	ACCGCT	2	12	925855	925866	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008563	CTGGAA	2	12	967651	967662	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008563	GCATCG	2	12	969840	969851	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008563	AAAGAT	2	12	990438	990449	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008563	ATAATG	2	12	1027743	1027754	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008563	TCAAAA	2	12	1039458	1039469	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008563	TGGTAA	2	12	1051524	1051535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008563	TGTTAA	2	12	1059968	1059979	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008563	GGGGCA	2	12	1096002	1096013	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008563	CAAAAA	2	12	1103572	1103583	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008563	TCTGCT	2	12	1181535	1181546	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008563	ACAGGA	2	12	1193250	1193261	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008563	AAAATG	2	12	1224060	1224071	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008563	AGGGGG	2	12	1235981	1235992	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008563	CTTATT	2	12	1305743	1305754	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_008563	CAAAAG	2	12	1312794	1312805	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008563	CTGATC	2	12	1323272	1323283	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008563	GGAAAA	2	12	1341558	1341569	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008563	CGCCGT	2	12	1350462	1350473	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008563	AAAGTT	2	12	1374107	1374118	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008563	TATAAC	2	12	1423336	1423347	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008563	TGCTTT	2	12	1473012	1473023	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008563	ATTTAA	2	12	1473560	1473571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008563	AAGTGA	2	12	1483102	1483113	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008563	TGCCTT	2	12	1499491	1499502	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008563	TAAATT	2	12	1521580	1521591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008563	ATGCCG	2	12	1555543	1555554	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008563	GTTAAT	2	12	1585219	1585230	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008563	AAAAAC	2	12	1611586	1611597	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008563	CGTTGT	2	12	1612974	1612985	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008563	ACCGTT	2	12	1619158	1619169	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008563	TGGTTA	2	12	1627950	1627961	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008563	CAAAAA	2	12	1672295	1672306	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008563	CGTAAC	2	12	1672400	1672411	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008563	TACGGA	2	12	1746112	1746123	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008563	CGGCAA	2	12	1752081	1752092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008563	AAAATA	2	12	1771736	1771747	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008563	TGTTTT	2	12	1772369	1772380	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008563	ACGTTT	2	12	1816646	1816657	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008563	GTGCTT	2	12	1816694	1816705	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_008563	CGGCAT	2	12	1844273	1844284	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008563	TTTCTT	2	12	1897799	1897810	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008563	TCAACG	2	12	1915415	1915426	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008563	CTCGTC	2	12	1923592	1923603	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008563	AATTCA	2	12	1991585	1991596	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008563	TTCTGA	2	12	1993171	1993182	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_008563	ATATTT	2	12	1993572	1993583	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008563	GTCGAT	2	12	2032318	2032329	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008563	AGCGAA	2	12	2032357	2032368	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_008563	ACTGAT	2	12	2054506	2054517	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008563	AAACCG	2	12	2069816	2069827	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008563	ATTTTT	2	12	2130353	2130364	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008563	CTGATA	2	12	2139444	2139455	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008563	CCAGAA	2	12	2140698	2140709	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008563	ATGAAA	2	12	2151057	2151068	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008563	ATACAT	2	12	2192852	2192863	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_008563	CATTTT	2	12	2205702	2205713	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008563	GTTCGC	2	12	2208638	2208649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008563	TTTTGT	2	12	2210032	2210043	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008563	TATTCG	2	12	2220620	2220631	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008563	TAGTCG	2	12	2264820	2264831	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008563	CGGTGG	2	12	2265304	2265315	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008563	GTAACT	2	12	2266959	2266970	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_008563	GTAAAG	2	12	2269810	2269821	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008563	CCTGTT	2	12	2329640	2329651	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008563	ATGGCG	2	12	2364472	2364483	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008563	TCTTCC	2	12	2376532	2376543	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008563	ATGCTA	2	12	2399796	2399807	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_008563	TAAATG	2	12	2511689	2511700	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008563	AACACC	2	12	2520531	2520542	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008563	GTTTAC	2	12	2521179	2521190	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008563	TGTCAC	2	12	2525323	2525334	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008563	AGCGGA	2	12	2528459	2528470	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008563	AGAAAA	2	12	2535602	2535613	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008563	CAGTTG	2	12	2562209	2562220	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008563	GTTATG	2	12	2646611	2646622	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008563	TCGATA	2	12	2657237	2657248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_008563	GATGCC	2	12	2658401	2658412	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008563	CAAGTG	2	12	2663580	2663591	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_008563	GGTGGC	2	12	2747100	2747111	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008563	AAAAAC	2	12	2778964	2778975	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008563	CTTCGC	2	12	2804247	2804258	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_008563	TGAGCG	2	12	2833564	2833575	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008563	TGGACA	2	12	2843574	2843585	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008563	GCGTAT	2	12	2879839	2879850	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_008563	CAGCAA	2	12	2890243	2890254	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008563	GGATGA	2	12	2920621	2920632	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008563	TGTGGC	2	12	2922683	2922694	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008563	CAGAAG	2	12	2941308	2941319	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_008563	ATATAG	2	12	2953804	2953815	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008563	CATTCT	2	12	2953866	2953877	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008563	TCACCA	2	12	2983957	2983968	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008563	TGATAT	2	12	2991662	2991673	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008563	TGATAT	2	12	2991802	2991813	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008563	CGTCAG	2	12	3002568	3002579	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008563	AATGAT	2	12	3070953	3070964	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008563	GGTTTT	2	12	3086943	3086954	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008563	ACAAGA	2	12	3091273	3091284	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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149	NC_008563	CCTTTC	2	12	3746248	3746259	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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154	NC_008563	AATTTA	2	12	3831904	3831915	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008563	TGATAA	2	12	3858721	3858732	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.