MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Syntrophobacter fumaroxidans MPOB chromosome

Total Repeats: 243

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008554	CCAGCA	2	12	19687	19698	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008554	CCGGCG	2	12	31381	31392	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008554	CTGTTA	2	12	66812	66823	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008554	CGGGAC	2	12	101436	101447	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008554	GACGGA	2	12	165446	165457	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008554	CGGCGC	2	12	177128	177139	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008554	GCAGCG	2	12	198030	198041	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008554	CGGTGT	2	12	202493	202504	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008554	GCAAAC	2	12	226317	226328	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008554	ACGAAG	2	12	266528	266539	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008554	GGTATG	2	12	333493	333504	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008554	CGGGCA	2	12	352323	352334	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008554	CGGGAG	2	12	384794	384805	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008554	TGTACC	2	12	435839	435850	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008554	TCTCCT	2	12	454287	454298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008554	TCATGT	2	12	465699	465710	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008554	GGATGA	2	12	486431	486442	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008554	AGTTTA	2	12	492102	492113	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008554	TCAAGC	2	12	510676	510687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008554	CTCGAT	2	12	531682	531693	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008554	CGTTTT	2	12	550605	550616	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008554	TCGATA	2	12	563900	563911	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008554	GATCGG	2	12	577474	577485	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008554	GCGGAG	2	12	584338	584349	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008554	CTTTTT	2	12	589737	589748	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_008554	TGATCA	2	12	612335	612346	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008554	GGGGGA	2	12	633329	633340	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008554	ATTCTC	2	12	635924	635935	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008554	GGTTAC	2	12	637292	637303	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008554	TATTAA	2	12	638779	638790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008554	CTGTTG	2	12	688667	688678	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_008554	GCCGGA	2	12	727110	727121	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008554	GATTCG	2	12	744074	744085	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008554	AGGTGA	2	12	752630	752641	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008554	TTTTCA	2	12	768638	768649	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008554	TGCCCT	2	12	806040	806051	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008554	ATATCG	2	12	834372	834383	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008554	CCGGGA	2	12	847258	847269	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008554	CACTGG	2	12	847449	847460	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008554	CCCGGT	2	12	849212	849223	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_008554	CGGGGG	2	12	898746	898757	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008554	GCGTTC	2	12	904770	904781	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008554	CGCCGG	2	12	910862	910873	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008554	TGCCCG	2	12	961857	961868	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008554	CTTGCA	2	12	996955	996966	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008554	TGCGCG	2	12	1002934	1002945	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008554	CAACGC	2	12	1007407	1007418	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008554	GCCGGC	2	12	1010991	1011002	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008554	GCCCGC	2	12	1011261	1011272	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_008554	GGAAGC	2	12	1042555	1042566	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_008554	ATTGTT	2	12	1092239	1092250	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008554	CGTGCG	2	12	1093491	1093502	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008554	CCGGGG	2	12	1098826	1098837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008554	GCGGGA	2	12	1115297	1115308	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008554	GATTTG	2	12	1127736	1127747	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008554	CGGAGA	2	12	1136135	1136146	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008554	CGGAAA	2	12	1149707	1149718	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008554	GGTTTT	2	12	1175718	1175729	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008554	CCTTTT	2	12	1205931	1205942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008554	GCCCGG	2	12	1214588	1214599	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008554	TTTCAC	2	12	1216974	1216985	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008554	TGCGCG	2	12	1217958	1217969	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008554	TCGATG	2	12	1226674	1226685	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008554	TGGCGA	2	12	1226750	1226761	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008554	GATTCT	2	12	1228149	1228160	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008554	TGACGT	2	12	1239092	1239103	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008554	GCCCCG	2	12	1240774	1240785	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_008554	GTTGCG	2	12	1264530	1264541	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008554	GGCGAG	2	12	1266727	1266738	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008554	ACCGTC	2	12	1274615	1274626	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008554	AGCCGA	2	12	1284137	1284148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008554	CCTTTT	2	12	1287356	1287367	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008554	GGGGGA	2	12	1322018	1322029	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008554	GGCGTT	2	12	1354258	1354269	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008554	TTGCGT	2	12	1370876	1370887	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008554	GGCGTC	2	12	1400555	1400566	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008554	GAATCG	2	12	1402664	1402675	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008554	TCATCC	2	12	1407390	1407401	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008554	CCCGGA	2	12	1427338	1427349	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008554	CTCTCC	2	12	1433658	1433669	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_008554	CCCGCG	2	12	1509889	1509900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_008554	CCGTGG	2	12	1528934	1528945	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008554	CGGCCG	2	12	1552456	1552467	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008554	CCCGTT	2	12	1568442	1568453	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008554	GACGAA	2	12	1581975	1581986	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008554	TGCATT	2	12	1599878	1599889	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_008554	TTCCGG	2	12	1616150	1616161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008554	CCGCGG	2	12	1657345	1657356	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008554	CATGAC	2	12	1660155	1660166	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_008554	CAGAAT	2	12	1667398	1667409	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_008554	TCCTTC	2	12	1684600	1684611	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008554	TGGGGG	2	12	1694691	1694702	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008554	CGCCCC	2	12	1701005	1701016	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
94	NC_008554	AGGGCG	2	12	1719330	1719341	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008554	CCGCGC	2	12	1728845	1728856	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_008554	CCCGGA	2	12	1730876	1730887	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_008554	TCCTTC	2	12	1732622	1732633	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008554	TCCCCC	2	12	1743363	1743374	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
99	NC_008554	CTGCCG	2	12	1813686	1813697	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008554	ACCCGG	2	12	1818222	1818233	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008554	CAATCG	2	12	1846745	1846756	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008554	ACATTG	2	12	1879469	1879480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008554	TCGTCA	2	12	1896585	1896596	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_008554	TCATTG	2	12	1900457	1900468	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_008554	TCGCCG	2	12	1941616	1941627	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
106	NC_008554	GGCAAG	2	12	1959643	1959654	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_008554	GCCTTT	2	12	1991837	1991848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008554	TTCCCG	2	12	2003661	2003672	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008554	CGGGCA	2	12	2013018	2013029	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008554	CCCCCT	2	12	2018990	2019001	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
111	NC_008554	TTCCCC	2	12	2030602	2030613	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_008554	TCTTTC	2	12	2034103	2034114	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008554	TGGTTG	2	12	2105498	2105509	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008554	CTTCAC	2	12	2122258	2122269	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_008554	CTTCGG	2	12	2137197	2137208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_008554	GTTGGA	2	12	2141400	2141411	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008554	TCACGA	2	12	2146476	2146487	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_008554	CCTTTT	2	12	2173753	2173764	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008554	CTTCCT	2	12	2178164	2178175	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008554	TCCGGT	2	12	2186246	2186257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008554	TCCGCA	2	12	2188778	2188789	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008554	CGACCA	2	12	2195335	2195346	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008554	CCGTAT	2	12	2197922	2197933	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008554	ACTTCG	2	12	2197991	2198002	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_008554	ACTCTC	2	12	2242384	2242395	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_008554	CCCTTC	2	12	2262913	2262924	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_008554	GGATGC	2	12	2270731	2270742	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_008554	TTCGCA	2	12	2276907	2276918	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008554	CCTTTC	2	12	2353388	2353399	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_008554	GTACGT	2	12	2376555	2376566	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_008554	CCGCGT	2	12	2412033	2412044	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008554	GCCTGG	2	12	2413823	2413834	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_008554	CTCGAC	2	12	2451064	2451075	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008554	CAACCC	2	12	2458769	2458780	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_008554	CGGCAC	2	12	2473671	2473682	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008554	GACGGA	2	12	2484680	2484691	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_008554	TTATAT	2	12	2514108	2514119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008554	GGCGCC	2	12	2574889	2574900	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008554	CGGCCC	2	12	2578489	2578500	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_008554	GAGAAG	2	12	2579916	2579927	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008554	AACCGG	2	12	2592398	2592409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_008554	GAAAAC	2	12	2593425	2593436	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_008554	GTTTTC	2	12	2593453	2593464	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_008554	ATACCC	2	12	2602715	2602726	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_008554	ATACGG	2	12	2615429	2615440	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_008554	TGTTCC	2	12	2671523	2671534	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_008554	TGGGGG	2	12	2687415	2687426	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008554	GAGGGG	2	12	2713210	2713221	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008554	AATTCC	2	12	2826185	2826196	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_008554	ACCGGC	2	12	2835272	2835283	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
151	NC_008554	GTTCGG	2	12	2838533	2838544	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_008554	CTCACG	2	12	2848860	2848871	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
153	NC_008554	ACCCTG	2	12	2850780	2850791	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
154	NC_008554	CGTCAT	2	12	2877606	2877617	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_008554	TCCGTC	2	12	2895730	2895741	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
156	NC_008554	ATCCCA	2	12	3007838	3007849	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_008554	CTCCGC	2	12	3039989	3040000	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_008554	CCGCTC	2	12	3048451	3048462	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
159	NC_008554	CTCCGC	2	12	3048632	3048643	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_008554	ACCGCG	2	12	3055244	3055255	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
161	NC_008554	ATTTCA	2	12	3068439	3068450	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_008554	TGGACA	2	12	3088789	3088800	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_008554	GATTTG	2	12	3098647	3098658	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_008554	TCGCGC	2	12	3131195	3131206	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
165	NC_008554	ATGTTT	2	12	3131416	3131427	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_008554	ACCGGG	2	12	3186661	3186672	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_008554	CCAGTG	2	12	3188424	3188435	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_008554	TCCCGG	2	12	3188615	3188626	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
169	NC_008554	GGAGGG	2	12	3195275	3195286	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
170	NC_008554	CAAAAC	2	12	3201256	3201267	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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191	NC_008554	GGTTCC	2	12	3870738	3870749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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231	NC_008554	GCCGTA	2	12	4813239	4813250	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
232	NC_008554	CGGCCG	2	12	4814108	4814119	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
233	NC_008554	CACTCG	2	12	4830060	4830071	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
234	NC_008554	ATGTCC	2	12	4858124	4858135	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
235	NC_008554	GCTTTG	2	12	4858424	4858435	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
236	NC_008554	GGCCGG	2	12	4877291	4877302	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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238	NC_008554	GATGAG	2	12	4908510	4908521	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
239	NC_008554	GCCTGC	2	12	4915660	4915671	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
240	NC_008554	GGGGAG	2	12	4931269	4931280	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
241	NC_008554	CCCGCA	2	12	4932808	4932819	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
242	NC_008554	TCGCGC	2	12	4942447	4942458	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
243	NC_008554	CCTGGG	2	12	4942835	4942846	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.