MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Burkholderia cenocepacia HI2424 plasmid 1

Total Repeats: 65

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008545	TCCGGC	2	12	1988	1999	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116687166
2	NC_008545	CGGCGC	2	12	2055	2066	0 %	0 %	50 %	50 %	116687166
3	NC_008545	CCGCTG	2	12	7205	7216	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116687173
4	NC_008545	CGGACT	2	12	9448	9459	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687176
5	NC_008545	CGGCGC	2	12	20660	20671	0 %	0 %	50 %	50 %	116687188
6	NC_008545	ATGCCG	2	12	29485	29496	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687195
7	NC_008545	GTCGAC	2	12	35164	35175	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687200
8	NC_008545	GTCGAC	2	12	35413	35424	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687200
9	NC_008545	GTCGAC	2	12	35662	35673	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687200
10	NC_008545	GGCGCG	2	12	35858	35869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116687200
11	NC_008545	TCGACG	2	12	36498	36509	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687200
12	NC_008545	CCGGCA	2	12	36939	36950	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116687200
13	NC_008545	GGCGCC	2	12	38185	38196	0 %	0 %	50 %	50 %	116687200
14	NC_008545	GCGCTC	2	12	38992	39003	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116687201
15	NC_008545	CTCTGC	2	12	39391	39402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116687202
16	NC_008545	CCGGCG	2	12	41306	41317	0 %	0 %	50 %	50 %	116687203
17	NC_008545	GCGATC	2	12	45939	45950	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687207
18	NC_008545	CGACGT	2	12	48393	48404	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687208
19	NC_008545	CGTCGA	2	12	53654	53665	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687213
20	NC_008545	CGCCGG	2	12	55210	55221	0 %	0 %	50 %	50 %	116687216
21	NC_008545	GATCGC	2	12	58156	58167	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687219
22	NC_008545	CGCGCT	2	12	59987	59998	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116687221
23	NC_008545	GCGCCG	2	12	65231	65242	0 %	0 %	50 %	50 %	116687228
24	NC_008545	CGGCAT	2	12	66550	66561	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687228
25	NC_008545	CATCGA	2	12	70770	70781	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116687232
26	NC_008545	AACACG	2	12	72813	72824	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116687234
27	NC_008545	CGCGGC	2	12	76909	76920	0 %	0 %	50 %	50 %	116687240
28	NC_008545	ACGTCG	2	12	78428	78439	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687241
29	NC_008545	GCGAGC	2	12	80201	80212	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116687241
30	NC_008545	CGTTGC	2	12	80839	80850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116687242
31	NC_008545	CTTCGC	2	12	81193	81204	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116687242
32	NC_008545	CGCCGG	2	12	82072	82083	0 %	0 %	50 %	50 %	116687243
33	NC_008545	GCGCGA	2	12	85357	85368	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116687246
34	NC_008545	ACCGCT	2	12	93269	93280	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008545	CGACAT	2	12	95496	95507	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008545	CGATGT	2	12	101290	101301	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116687264
37	NC_008545	GAACAA	2	12	106717	106728	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116687271
38	NC_008545	GGAAGC	2	12	112118	112129	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116687275
39	NC_008545	GTCGAC	2	12	114612	114623	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687278
40	NC_008545	TGCCTC	2	12	116789	116800	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116687279
41	NC_008545	GTCGGC	2	12	117284	117295	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116687280
42	NC_008545	TTCCGC	2	12	117847	117858	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116687280
43	NC_008545	CGATCA	2	12	117909	117920	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116687280
44	NC_008545	CTGCCG	2	12	122962	122973	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008545	AGTGCA	2	12	124595	124606	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116687282
46	NC_008545	TTCGGC	2	12	125262	125273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116687283
47	NC_008545	TGGTCG	2	12	125807	125818	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	116687283
48	NC_008545	GCGTAC	2	12	126101	126112	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687283
49	NC_008545	GCAGCG	2	12	127069	127080	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008545	TGGGCG	2	12	134545	134556	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	116687292
51	NC_008545	ACCGGC	2	12	137143	137154	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116687295
52	NC_008545	CGACGG	2	12	137160	137171	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116687295
53	NC_008545	CCTACG	2	12	137825	137836	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116687295
54	NC_008545	CGCCAC	2	12	137895	137906	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	116687295
55	NC_008545	GCATCA	2	12	141214	141225	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116687298
56	NC_008545	AGCGCG	2	12	142212	142223	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116687299
57	NC_008545	TACACG	2	12	144327	144338	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008545	CGACGT	2	12	146847	146858	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116687305
59	NC_008545	ATCGCG	2	12	146986	146997	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008545	CCGGCT	2	12	147871	147882	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116687306
61	NC_008545	CCGGCG	2	12	149418	149429	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008545	CTGGAA	2	12	150769	150780	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116687308
63	NC_008545	GAAGGC	2	12	151798	151809	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116687308
64	NC_008545	AGTACG	2	12	159123	159134	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116687317
65	NC_008545	CCCGTC	2	12	159289	159300	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	116687317

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.