MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Burkholderia cenocepacia HI2424 plasmid 1

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008545	AGGTG	2	10	3553	3562	20 %	20 %	60 %	0 %	116687168
2	NC_008545	TCAAT	2	10	5008	5017	40 %	40 %	0 %	20 %	116687170
3	NC_008545	GTCGA	2	10	6833	6842	20 %	20 %	40 %	20 %	116687172
4	NC_008545	GCCGG	2	10	8251	8260	0 %	0 %	60 %	40 %	116687175
5	NC_008545	TCGTG	2	10	8903	8912	0 %	40 %	40 %	20 %	116687175
6	NC_008545	GCGCC	2	10	10177	10186	0 %	0 %	40 %	60 %	116687177
7	NC_008545	ACGTC	2	10	13945	13954	20 %	20 %	20 %	40 %	116687180
8	NC_008545	GTTGA	2	10	14782	14791	20 %	40 %	40 %	0 %	116687181
9	NC_008545	ATCGC	2	10	16716	16725	20 %	20 %	20 %	40 %	116687183
10	NC_008545	GGGCA	2	10	17161	17170	20 %	0 %	60 %	20 %	116687184
11	NC_008545	CGATC	2	10	17310	17319	20 %	20 %	20 %	40 %	116687184
12	NC_008545	GCAAG	2	10	19295	19304	40 %	0 %	40 %	20 %	116687185
13	NC_008545	TCGAT	2	10	20370	20379	20 %	40 %	20 %	20 %	116687187
14	NC_008545	GCGCC	2	10	20543	20552	0 %	0 %	40 %	60 %	116687187
15	NC_008545	GCCAA	2	10	21576	21585	40 %	0 %	20 %	40 %	116687189
16	NC_008545	CCCCG	2	10	22951	22960	0 %	0 %	20 %	80 %	116687190
17	NC_008545	ATCGC	2	10	23186	23195	20 %	20 %	20 %	40 %	116687190
18	NC_008545	CGTGC	2	10	23564	23573	0 %	20 %	40 %	40 %	116687190
19	NC_008545	CGCAG	2	10	26128	26137	20 %	0 %	40 %	40 %	116687191
20	NC_008545	GCCGA	2	10	29295	29304	20 %	0 %	40 %	40 %	116687195
21	NC_008545	ACGTG	2	10	30146	30155	20 %	20 %	40 %	20 %	116687195
22	NC_008545	AGGCT	2	10	30229	30238	20 %	20 %	40 %	20 %	116687195
23	NC_008545	CACGC	2	10	31904	31913	20 %	0 %	20 %	60 %	116687197
24	NC_008545	ATCGG	2	10	34508	34517	20 %	20 %	40 %	20 %	116687200
25	NC_008545	GGCGT	2	10	37079	37088	0 %	20 %	60 %	20 %	116687200
26	NC_008545	GGCGC	2	10	39616	39625	0 %	0 %	60 %	40 %	116687202
27	NC_008545	ACCCT	2	10	41540	41549	20 %	20 %	0 %	60 %	116687203
28	NC_008545	CACGG	2	10	41611	41620	20 %	0 %	40 %	40 %	116687203
29	NC_008545	GCTTC	2	10	43338	43347	0 %	40 %	20 %	40 %	116687204
30	NC_008545	CGCGC	2	10	44457	44466	0 %	0 %	40 %	60 %	116687206
31	NC_008545	CGTCG	2	10	44741	44750	0 %	20 %	40 %	40 %	116687206
32	NC_008545	AAGCG	2	10	45764	45773	40 %	0 %	40 %	20 %	116687206
33	NC_008545	CGAAG	2	10	45992	46001	40 %	0 %	40 %	20 %	116687207
34	NC_008545	TCGAT	2	10	47176	47185	20 %	40 %	20 %	20 %	116687208
35	NC_008545	TGATC	2	10	47472	47481	20 %	40 %	20 %	20 %	116687208
36	NC_008545	TCACC	2	10	47565	47574	20 %	20 %	0 %	60 %	116687208
37	NC_008545	TCGAG	2	10	49004	49013	20 %	20 %	40 %	20 %	116687208
38	NC_008545	GCCAT	2	10	50215	50224	20 %	20 %	20 %	40 %	116687209
39	NC_008545	ACAGA	2	10	52952	52961	60 %	0 %	20 %	20 %	116687212
40	NC_008545	TCGAT	2	10	53929	53938	20 %	40 %	20 %	20 %	116687214
41	NC_008545	TCGTT	2	10	54545	54554	0 %	60 %	20 %	20 %	116687215
42	NC_008545	CGTGA	2	10	54665	54674	20 %	20 %	40 %	20 %	116687215
43	NC_008545	CGCGC	2	10	57307	57316	0 %	0 %	40 %	60 %	116687217
44	NC_008545	CGGCA	2	10	57789	57798	20 %	0 %	40 %	40 %	116687218
45	NC_008545	CCAGC	2	10	58143	58152	20 %	0 %	20 %	60 %	116687219
46	NC_008545	AGACG	2	10	62675	62684	40 %	0 %	40 %	20 %	116687224
47	NC_008545	CATCG	2	10	62937	62946	20 %	20 %	20 %	40 %	116687224
48	NC_008545	CCGCC	2	10	65126	65135	0 %	0 %	20 %	80 %	116687228
49	NC_008545	AGGAA	2	10	66492	66501	60 %	0 %	40 %	0 %	116687228
50	NC_008545	AGCCG	2	10	67447	67456	20 %	0 %	40 %	40 %	116687228
51	NC_008545	CCGAC	2	10	68412	68421	20 %	0 %	20 %	60 %	116687229
52	NC_008545	GCGCT	2	10	69644	69653	0 %	20 %	40 %	40 %	116687230
53	NC_008545	GCTCG	2	10	69917	69926	0 %	20 %	40 %	40 %	116687231
54	NC_008545	GCCGC	2	10	71513	71522	0 %	0 %	40 %	60 %	116687233
55	NC_008545	GCGCA	2	10	71844	71853	20 %	0 %	40 %	40 %	116687233
56	NC_008545	CTCGG	2	10	72615	72624	0 %	20 %	40 %	40 %	116687234
57	NC_008545	GCGCG	2	10	79914	79923	0 %	0 %	60 %	40 %	116687241
58	NC_008545	ATCGC	2	10	80570	80579	20 %	20 %	20 %	40 %	116687241
59	NC_008545	GCTCT	2	10	80817	80826	0 %	40 %	20 %	40 %	116687242
60	NC_008545	GCGTC	2	10	82450	82459	0 %	20 %	40 %	40 %	116687243
61	NC_008545	GCTTC	2	10	84143	84152	0 %	40 %	20 %	40 %	116687244
62	NC_008545	CGCGC	2	10	85262	85271	0 %	0 %	40 %	60 %	116687246
63	NC_008545	CGTCG	2	10	85546	85555	0 %	20 %	40 %	40 %	116687246
64	NC_008545	CGAAG	2	10	86796	86805	40 %	0 %	40 %	20 %	116687247
65	NC_008545	CGCGC	2	10	95180	95189	0 %	0 %	40 %	60 %	116687252
66	NC_008545	GGGCA	2	10	97669	97678	20 %	0 %	60 %	20 %	116687257
67	NC_008545	CGCGC	2	10	97788	97797	0 %	0 %	40 %	60 %	116687257
68	NC_008545	GGCGC	2	10	101629	101638	0 %	0 %	60 %	40 %	116687265
69	NC_008545	CTGCG	2	10	102255	102264	0 %	20 %	40 %	40 %	116687265
70	NC_008545	CGAGA	2	10	107293	107302	40 %	0 %	40 %	20 %	116687271
71	NC_008545	CTCGA	2	10	108672	108681	20 %	20 %	20 %	40 %	116687273
72	NC_008545	GCGAC	2	10	109785	109794	20 %	0 %	40 %	40 %	116687274
73	NC_008545	AACGC	2	10	111969	111978	40 %	0 %	20 %	40 %	116687275
74	NC_008545	CCGGT	2	10	112096	112105	0 %	20 %	40 %	40 %	116687275
75	NC_008545	TGGCG	2	10	112145	112154	0 %	20 %	60 %	20 %	116687275
76	NC_008545	TCGAT	2	10	112996	113005	20 %	40 %	20 %	20 %	116687275
77	NC_008545	AGGCG	2	10	113996	114005	20 %	0 %	60 %	20 %	116687277
78	NC_008545	GCGAC	2	10	119859	119868	20 %	0 %	40 %	40 %	116687280
79	NC_008545	GTTTA	2	10	121185	121194	20 %	60 %	20 %	0 %	116687281
80	NC_008545	CGATT	2	10	126508	126517	20 %	40 %	20 %	20 %	116687284
81	NC_008545	CGGTC	2	10	129342	129351	0 %	20 %	40 %	40 %	116687288
82	NC_008545	TGCGA	2	10	130095	130104	20 %	20 %	40 %	20 %	116687289
83	NC_008545	GACGG	2	10	130630	130639	20 %	0 %	60 %	20 %	116687289
84	NC_008545	ATCCG	2	10	131078	131087	20 %	20 %	20 %	40 %	116687290
85	NC_008545	CGGCC	2	10	137210	137219	0 %	0 %	40 %	60 %	116687295
86	NC_008545	TGCGT	2	10	141325	141334	0 %	40 %	40 %	20 %	116687298
87	NC_008545	GCGCC	2	10	141634	141643	0 %	0 %	40 %	60 %	116687298
88	NC_008545	GTCGC	2	10	144738	144747	0 %	20 %	40 %	40 %	116687302
89	NC_008545	GATCG	2	10	145726	145735	20 %	20 %	40 %	20 %	116687303
90	NC_008545	TCGCG	2	10	145787	145796	0 %	20 %	40 %	40 %	116687303
91	NC_008545	GCGAC	2	10	150468	150477	20 %	0 %	40 %	40 %	116687308
92	NC_008545	GACGT	2	10	151192	151201	20 %	20 %	40 %	20 %	116687308
93	NC_008545	GATCG	2	10	151519	151528	20 %	20 %	40 %	20 %	116687308
94	NC_008545	CGATG	2	10	151560	151569	20 %	20 %	40 %	20 %	116687308
95	NC_008545	CGATC	2	10	153790	153799	20 %	20 %	20 %	40 %	116687312
96	NC_008545	CGACG	2	10	153868	153877	20 %	0 %	40 %	40 %	116687312
97	NC_008545	CAAAG	2	10	157918	157927	60 %	0 %	20 %	20 %	116687317
98	NC_008545	ATCGC	2	10	157971	157980	20 %	20 %	20 %	40 %	116687317
99	NC_008545	GAAGG	2	10	158150	158159	40 %	0 %	60 %	0 %	116687317
100	NC_008545	CGTGC	2	10	160361	160370	0 %	20 %	40 %	40 %	116687318
101	NC_008545	GCGGA	2	10	160847	160856	20 %	0 %	60 %	20 %	116687318

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.