MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia cenocepacia HI2424 chromosome 1

Total Repeats: 143

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008542	ACGGTG	2	12	9269	9280	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008542	GGCCGA	2	12	44645	44656	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008542	TCGCCG	2	12	74126	74137	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008542	CTTTCC	2	12	74261	74272	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008542	CGTTTT	2	12	75503	75514	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008542	TACGCA	2	12	135759	135770	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008542	CGGGGC	2	12	162395	162406	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008542	CAAGCC	3	18	163803	163820	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008542	TTCGTC	2	12	226957	226968	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008542	CGCGTC	2	12	240153	240164	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008542	GCAACG	2	12	246333	246344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008542	TCACCA	2	12	262399	262410	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008542	ACTGCG	2	12	266528	266539	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008542	TTTTGC	2	12	281671	281682	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008542	CGCCGG	2	12	346482	346493	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008542	GAGGCA	2	12	348814	348825	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008542	CCGCGT	2	12	446276	446287	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008542	GGTTGC	2	12	501228	501239	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008542	CAAAAA	2	12	561821	561832	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008542	GCCAGG	2	12	595645	595656	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008542	GGCGTT	2	12	655759	655770	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008542	CGGCCC	2	12	669969	669980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_008542	GCAGGA	2	12	695145	695156	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008542	TGCCGA	2	12	707342	707353	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008542	CATCGA	2	12	707487	707498	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008542	CCGTCG	2	12	732520	732531	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008542	CGGCGA	2	12	757660	757671	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008542	GATTCG	2	12	758387	758398	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008542	GCCGGG	2	12	758456	758467	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008542	GCCGGC	2	12	818090	818101	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008542	GTAAAA	2	12	824495	824506	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008542	CAACGC	12	72	922304	922375	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008542	CGCGTG	2	12	953358	953369	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008542	TGCAAT	2	12	1056331	1056342	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_008542	TCCCCG	2	12	1083082	1083093	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_008542	AAAAAG	2	12	1109267	1109278	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008542	GCGTTG	3	18	1110426	1110443	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008542	GCCGTG	2	12	1120923	1120934	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008542	CGGATG	2	12	1129520	1129531	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008542	CTGGGC	2	12	1171340	1171351	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008542	GGCGCG	2	12	1182255	1182266	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008542	ACCGGC	2	12	1211235	1211246	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008542	TTGCGC	2	12	1225344	1225355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008542	TTTTGT	2	12	1235619	1235630	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008542	GCCGCA	2	12	1251596	1251607	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008542	GAAGCG	2	12	1256624	1256635	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008542	CGGGCG	2	12	1273829	1273840	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008542	GAACGC	2	12	1276036	1276047	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008542	AACGTG	2	12	1284482	1284493	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008542	GGTTTG	2	12	1293831	1293842	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008542	CAAAAC	2	12	1296082	1296093	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008542	CGGGCA	2	12	1308824	1308835	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008542	CGGAAA	2	12	1323671	1323682	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_008542	CGCCTC	2	12	1324067	1324078	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_008542	GCCGGG	2	12	1378452	1378463	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008542	TGGCAA	2	12	1450830	1450841	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008542	GAGAAG	2	12	1609970	1609981	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008542	CCGCGC	2	12	1649582	1649593	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_008542	ACGTAT	2	12	1679630	1679641	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008542	ATCTGA	2	12	1703828	1703839	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008542	ATGCGC	2	12	1735884	1735895	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008542	CACCGG	2	12	1798399	1798410	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008542	ACGCGT	2	12	1799092	1799103	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008542	GGGGGT	2	12	1829558	1829569	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008542	GACGGC	2	12	1850449	1850460	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008542	CGGGCG	2	12	1862285	1862296	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008542	TCGCGC	2	12	1871017	1871028	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008542	AACAGG	2	12	1881560	1881571	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008542	CATCGT	2	12	1891071	1891082	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008542	TTCGAT	2	12	1918471	1918482	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_008542	TGCAGA	2	12	1940740	1940751	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008542	TCCCGC	2	12	1948684	1948695	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_008542	CGCCGG	2	12	1976010	1976021	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008542	CGGGCA	2	12	1984906	1984917	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008542	CGGGTC	2	12	2001041	2001052	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008542	TGAACG	2	12	2033211	2033222	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_008542	GTGAAG	2	12	2050410	2050421	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008542	GCCCGT	2	12	2070200	2070211	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008542	CGGCCG	2	12	2086648	2086659	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008542	TTTTCG	2	12	2089242	2089253	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008542	CCGACA	2	12	2108848	2108859	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008542	CCGGGC	2	12	2125460	2125471	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008542	TGCGCC	2	12	2165107	2165118	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008542	CCGATG	2	12	2178884	2178895	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008542	GTCGAC	2	12	2185742	2185753	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008542	CGCCGG	2	12	2185825	2185836	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_008542	TCGATA	2	12	2189464	2189475	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008542	CCCGCT	2	12	2189579	2189590	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_008542	GCCCGG	2	12	2261272	2261283	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008542	GAAAAA	2	12	2303014	2303025	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008542	CCCCCG	2	12	2313755	2313766	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
92	NC_008542	GCACAG	2	12	2336570	2336581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008542	AAAACG	2	12	2354127	2354138	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008542	GAAAAT	2	12	2389698	2389709	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008542	GGCGCA	2	12	2411858	2411869	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_008542	TTCTCA	2	12	2447631	2447642	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008542	CGAACG	2	12	2467965	2467976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008542	ATCGGA	2	12	2506889	2506900	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008542	TGGGGA	2	12	2603029	2603040	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008542	GCTCGC	2	12	2612955	2612966	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008542	GCGAGC	2	12	2637194	2637205	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008542	CTCGAT	2	12	2644024	2644035	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_008542	GCGCTC	2	12	2671295	2671306	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008542	GCCCGC	2	12	2728279	2728290	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_008542	GGAGAT	2	12	2748430	2748441	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008542	CCGCGG	2	12	2771942	2771953	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008542	CTTTTT	2	12	2800817	2800828	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008542	CAAAAA	2	12	2819160	2819171	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008542	CGACAA	2	12	2929862	2929873	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008542	AAATAC	2	12	2947870	2947881	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008542	TTCGAA	2	12	2965701	2965712	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008542	CCGGAA	2	12	2979586	2979597	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008542	GCATCG	2	12	2991000	2991011	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008542	GTCGGC	2	12	2991155	2991166	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008542	AGCGCC	2	12	2991410	2991421	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008542	CGTGCG	2	12	3010577	3010588	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008542	GGTCGG	2	12	3068658	3068669	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_008542	CGGCGC	2	12	3068797	3068808	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008542	TTTTTC	2	12	3100709	3100720	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_008542	CCGCAC	2	12	3101356	3101367	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_008542	AAATCG	2	12	3110748	3110759	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_008542	ATCGCG	2	12	3125423	3125434	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008542	TGTCGA	2	12	3138227	3138238	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_008542	CGGCGC	2	12	3142229	3142240	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_008542	GTTGCC	2	12	3168726	3168737	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_008542	AGCCGT	2	12	3181154	3181165	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008542	CGTCGA	2	12	3181178	3181189	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008542	CCGCGA	2	12	3182144	3182155	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
129	NC_008542	CGAGCG	2	12	3182582	3182593	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_008542	ACGTCA	2	12	3184288	3184299	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008542	CGCCGG	2	12	3186326	3186337	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008542	GCCGGA	2	12	3254736	3254747	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_008542	CTGAAA	2	12	3259255	3259266	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_008542	GCCGAC	2	12	3265246	3265257	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_008542	GCAGAA	2	12	3315827	3315838	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_008542	TGTCGG	2	12	3337541	3337552	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_008542	CCTCGT	2	12	3361876	3361887	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
138	NC_008542	CGGCGC	2	12	3367256	3367267	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008542	CCGGGC	2	12	3375971	3375982	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_008542	TTTTCG	2	12	3390275	3390286	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_008542	CGGCCG	2	12	3403938	3403949	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008542	TTTCGT	2	12	3460639	3460650	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_008542	GGTGGG	2	12	3478546	3478557	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.