MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Streptococcus pneumoniae D39 chromosome

Total Repeats: 843

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008533	GAAATG	2	12	142	153	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516053
2	NC_008533	ATTGGA	2	12	4582	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515731
3	NC_008533	TTGCAA	2	12	4871	4882	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516151
4	NC_008533	TGCTTA	2	12	7518	7529	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516151
5	NC_008533	GCTAAC	2	12	7759	7770	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116516151
6	NC_008533	TTGATT	2	12	8693	8704	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515979
7	NC_008533	TAAGGA	2	12	16698	16709	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008533	GAAGTG	2	12	19786	19797	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008533	ACTAAT	2	12	19816	19827	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_008533	GATAGA	2	12	20405	20416	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008533	TCTTGT	2	12	21051	21062	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008533	AGTTGA	2	12	21714	21725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008533	AGGTTG	2	12	25856	25867	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116516243
14	NC_008533	TTGTTT	2	12	28085	28096	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	116516295
15	NC_008533	AAAATT	2	12	28116	28127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516295
16	NC_008533	CGATTG	2	12	32072	32083	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516654
17	NC_008533	TTCCTT	2	12	35225	35236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116516491
18	NC_008533	TAAAAA	2	12	39489	39500	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008533	CATCTC	2	12	40983	40994	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_008533	AGTTGA	2	12	41102	41113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008533	AGGATA	2	12	42209	42220	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516510
22	NC_008533	TCAATC	2	12	43538	43549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516510
23	NC_008533	TTACTG	2	12	53921	53932	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516890
24	NC_008533	ATATTG	2	12	54339	54350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116516062
25	NC_008533	TTGACC	2	12	54578	54589	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516062
26	NC_008533	AAAAAT	2	12	57081	57092	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008533	GTTTCT	2	12	64222	64233	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116517042
28	NC_008533	TTCTAT	2	12	64660	64671	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008533	TTCCTT	2	12	65302	65313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116515951
30	NC_008533	TTGCAG	2	12	69455	69466	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515325
31	NC_008533	TCTTGC	2	12	71034	71045	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116515512
32	NC_008533	GACTTG	2	12	71438	71449	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515512
33	NC_008533	TAAAAT	2	12	72891	72902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008533	ACATCA	2	12	81051	81062	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116515436
35	NC_008533	GCTTGC	2	12	83611	83622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116515436
36	NC_008533	TACAGG	2	12	85836	85847	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116516581
37	NC_008533	AAAAAC	2	12	85937	85948	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116516581
38	NC_008533	TGGTTG	2	12	89579	89590	0 %	50 %	50 %	0 %	116516742
39	NC_008533	TAAAAA	2	12	89905	89916	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008533	TTTTGA	2	12	93118	93129	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116516138
41	NC_008533	AAGCAG	2	12	93646	93657	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116516138
42	NC_008533	AAGGAA	2	12	98508	98519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516685
43	NC_008533	GCTTAT	2	12	104923	104934	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008533	ATTGAG	2	12	109965	109976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515666
45	NC_008533	TTCAAC	2	12	116816	116827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516521
46	NC_008533	TTATCT	2	12	123350	123361	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116515901
47	NC_008533	TAACAA	2	12	125114	125125	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116515445
48	NC_008533	CCAGCT	2	12	129322	129333	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116515876
49	NC_008533	TTTGCT	2	12	136842	136853	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008533	ATAAAA	2	12	137233	137244	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008533	TCAGGG	2	12	138801	138812	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116516175
52	NC_008533	TATCTC	2	12	140224	140235	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008533	ATAAAT	2	12	142131	142142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008533	GAAGCA	2	12	148514	148525	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116515340
55	NC_008533	GTTTTA	2	12	151669	151680	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515826
56	NC_008533	TCAGGT	2	12	161574	161585	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515317
57	NC_008533	TTCGGA	2	12	168334	168345	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516396
58	NC_008533	AACAAG	2	12	171957	171968	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116516104
59	NC_008533	TGCACT	2	12	177468	177479	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516921
60	NC_008533	CAATAT	2	12	178948	178959	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515813
61	NC_008533	ACTTGG	2	12	180536	180547	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116517125
62	NC_008533	ACCACG	2	12	185073	185084	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	116516683
63	NC_008533	TAAAAA	2	12	185496	185507	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008533	GCAGAC	2	12	186083	186094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516494
65	NC_008533	TTTTAC	2	12	187621	187632	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008533	ACAAGA	2	12	193518	193529	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116515859
67	NC_008533	CAGGAA	2	12	193722	193733	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116517222
68	NC_008533	TAAAGG	2	12	196411	196422	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516725
69	NC_008533	GCAATC	2	12	198999	199010	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116517196
70	NC_008533	ACATCA	2	12	199546	199557	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116515402
71	NC_008533	TAAAGG	2	12	203797	203808	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516940
72	NC_008533	AAATTA	2	12	204836	204847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516736
73	NC_008533	ACTTGG	2	12	204903	204914	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516736
74	NC_008533	TTGAAG	2	12	207844	207855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116517117
75	NC_008533	GTAAAG	2	12	208527	208538	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516047
76	NC_008533	AAACTC	2	12	209902	209913	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116516293
77	NC_008533	AGATAA	2	12	214005	214016	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515628
78	NC_008533	CATAAT	2	12	216072	216083	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515816
79	NC_008533	TATCTG	2	12	221451	221462	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516696
80	NC_008533	CGAAAT	2	12	229582	229593	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116517205
81	NC_008533	TCTTAA	2	12	231738	231749	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008533	TGTCAA	2	12	238355	238366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515963
83	NC_008533	GATGGT	2	12	239115	239126	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116516550
84	NC_008533	TGCCTT	2	12	240766	240777	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116516194
85	NC_008533	GCTATG	2	12	240875	240886	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516194
86	NC_008533	GTTGCT	2	12	245205	245216	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116515399
87	NC_008533	GGTTGC	2	12	248519	248530	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008533	GCAAGA	2	12	249051	249062	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116516752
89	NC_008533	ATTCGA	2	12	250449	250460	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516752
90	NC_008533	GTCAGT	2	12	253854	253865	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515846
91	NC_008533	TTTTTA	2	12	263289	263300	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008533	CGATAC	2	12	264235	264246	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116516519
93	NC_008533	TCTTTT	2	12	268008	268019	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008533	TTTTGG	2	12	268530	268541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516653
95	NC_008533	GAATTA	2	12	274353	274364	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116516562
96	NC_008533	AAAAGG	2	12	276480	276491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116517077
97	NC_008533	TAGATA	2	12	281481	281492	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116515742
98	NC_008533	GATAAA	2	12	286830	286841	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515977
99	NC_008533	AAAATG	2	12	290775	290786	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116516452
100	NC_008533	AGAGGA	2	12	293348	293359	50 %	0 %	50 %	0 %	116515558
101	NC_008533	ATGGAG	2	12	293781	293792	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116517086
102	NC_008533	GGACAA	2	12	294648	294659	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116515823
103	NC_008533	CCATAG	2	12	298110	298121	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116516834
104	NC_008533	TTGATT	2	12	298553	298564	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116516834
105	NC_008533	AGGAGT	2	12	300289	300300	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008533	AGCGTG	2	12	301370	301381	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116515442
107	NC_008533	AACTGT	2	12	303914	303925	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116517037
108	NC_008533	GAAAAA	2	12	305982	305993	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008533	CAACCT	2	12	310356	310367	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116516184
110	NC_008533	ACAAGA	2	12	312657	312668	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008533	TCTATC	2	12	313302	313313	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008533	TAGATG	2	12	320358	320369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516251
113	NC_008533	TGTTAT	2	12	321986	321997	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515655
114	NC_008533	TAAATT	2	12	322051	322062	50 %	50 %	0 %	0 %	116515655
115	NC_008533	CAATTT	2	12	322477	322488	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116515655
116	NC_008533	AAAAGG	2	12	322949	322960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116515655
117	NC_008533	AAAAAT	2	12	323107	323118	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515655
118	NC_008533	TAGCAG	2	12	325850	325861	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116516033
119	NC_008533	GCCAAA	2	12	331155	331166	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116515912
120	NC_008533	GCTAAA	2	12	333897	333908	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515982
121	NC_008533	GAAAAA	2	12	335207	335218	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116515461
122	NC_008533	AGCTAT	2	12	337076	337087	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515461
123	NC_008533	AGACAA	2	12	339871	339882	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116515461
124	NC_008533	TGAGCT	2	12	345380	345391	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116517216
125	NC_008533	TTTGAT	2	12	345843	345854	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116516323
126	NC_008533	GCCAAA	2	12	346641	346652	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116516323
127	NC_008533	TCAAGT	2	12	346758	346769	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516323
128	NC_008533	TCAAGT	2	12	346782	346793	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516323
129	NC_008533	TTCACG	2	12	347006	347017	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516323
130	NC_008533	GTGCCA	2	12	348519	348530	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116515453
131	NC_008533	GCAGTT	2	12	349392	349403	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_008533	CATTTA	2	12	351289	351300	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116516899
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134	NC_008533	ATGTCA	2	12	353838	353849	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515768
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139	NC_008533	TGAAAT	2	12	365678	365689	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116516528
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141	NC_008533	ACTTGG	2	12	368036	368047	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516755
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151	NC_008533	TGTTGG	2	12	383694	383705	0 %	50 %	50 %	0 %	116516619
152	NC_008533	TTTTGG	2	12	389832	389843	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516059
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160	NC_008533	TTGAAA	2	12	408055	408066	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116517155
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170	NC_008533	GCTTGC	2	12	440942	440953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_008533	CCGTCA	2	12	445929	445940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116515581
172	NC_008533	GTATCA	2	12	451961	451972	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516927
173	NC_008533	CCTTGA	2	12	453585	453596	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516927
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188	NC_008533	TGCTTT	2	12	487063	487074	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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200	NC_008533	CTTTGC	2	12	520501	520512	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116516990
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214	NC_008533	CTGTAA	2	12	564870	564881	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516994
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216	NC_008533	TAAAGA	2	12	570355	570366	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116516972
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218	NC_008533	AGGAGA	2	12	574654	574665	50 %	0 %	50 %	0 %	116516972
219	NC_008533	ATCTAA	2	12	575218	575229	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116516972
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221	NC_008533	TCAAGT	2	12	577352	577363	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516145
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223	NC_008533	TGCAGA	2	12	578665	578676	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116517184
224	NC_008533	ACTGTT	2	12	583086	583097	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116515472
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226	NC_008533	TATTCG	2	12	584510	584521	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116515472
227	NC_008533	ACTTCT	2	12	586526	586537	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
228	NC_008533	AGATTG	2	12	588649	588660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116517049
229	NC_008533	GAGATG	2	12	588981	588992	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116517049
230	NC_008533	TGAAAA	2	12	589040	589051	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116517049
231	NC_008533	AAGGAA	2	12	598011	598022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116515466
232	NC_008533	GTGCGC	2	12	598913	598924	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116516627
233	NC_008533	AAAGAT	2	12	600649	600660	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515780
234	NC_008533	CTTGAC	2	12	606309	606320	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516803
235	NC_008533	ATGGAA	2	12	606876	606887	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516626
236	NC_008533	CGAGGA	2	12	612464	612475	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116516854
237	NC_008533	GGAAAG	2	12	616017	616028	50 %	0 %	50 %	0 %	116515527
238	NC_008533	GTATCG	2	12	617958	617969	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516567
239	NC_008533	ACTATG	2	12	620047	620058	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516306
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243	NC_008533	AGTATT	2	12	628392	628403	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
244	NC_008533	AGGAGC	2	12	628404	628415	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
245	NC_008533	TCTAAG	2	12	628434	628445	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_008533	CTTTGG	2	12	630680	630691	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116515841
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322	NC_008533	TATAAA	2	12	803388	803399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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346	NC_008533	AAAAAG	2	12	855250	855261	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
347	NC_008533	ACCAAG	2	12	856113	856124	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
348	NC_008533	TGACCA	2	12	859148	859159	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116515500
349	NC_008533	CTTTGG	2	12	859481	859492	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116515500
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451	NC_008533	CTTTAT	2	12	1075356	1075367	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116516678
452	NC_008533	CATGAA	2	12	1076975	1076986	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515590
453	NC_008533	AAGATA	2	12	1077738	1077749	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515590
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457	NC_008533	TACTTC	2	12	1084170	1084181	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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461	NC_008533	TGGATG	2	12	1106152	1106163	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116515602
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463	NC_008533	GGTTTT	2	12	1113447	1113458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516804
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467	NC_008533	ACGATT	2	12	1120747	1120758	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515509
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498	NC_008533	AAGACC	2	12	1214975	1214986	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116516621
499	NC_008533	TGCAAG	2	12	1215413	1215424	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116516650
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