MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae D39 chromosome

Total Repeats: 721

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008533	GAAATG	2	12	142	153	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516053
2	NC_008533	ATTGGA	2	12	4582	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515731
3	NC_008533	TTGCAA	2	12	4871	4882	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516151
4	NC_008533	TGCTTA	2	12	7518	7529	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516151
5	NC_008533	GCTAAC	2	12	7759	7770	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116516151
6	NC_008533	TTGATT	2	12	8693	8704	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515979
7	NC_008533	AGGTTG	2	12	25856	25867	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116516243
8	NC_008533	TTGTTT	2	12	28085	28096	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	116516295
9	NC_008533	AAAATT	2	12	28116	28127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516295
10	NC_008533	CGATTG	2	12	32072	32083	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516654
11	NC_008533	TTCCTT	2	12	35225	35236	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116516491
12	NC_008533	AGGATA	2	12	42209	42220	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516510
13	NC_008533	TCAATC	2	12	43538	43549	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516510
14	NC_008533	TTACTG	2	12	53921	53932	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516890
15	NC_008533	ATATTG	2	12	54339	54350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116516062
16	NC_008533	TTGACC	2	12	54578	54589	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516062
17	NC_008533	GTTTCT	2	12	64222	64233	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116517042
18	NC_008533	TTCCTT	2	12	65302	65313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116515951
19	NC_008533	TTGCAG	2	12	69455	69466	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515325
20	NC_008533	TCTTGC	2	12	71034	71045	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116515512
21	NC_008533	GACTTG	2	12	71438	71449	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515512
22	NC_008533	ACATCA	2	12	81051	81062	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116515436
23	NC_008533	GCTTGC	2	12	83611	83622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116515436
24	NC_008533	TACAGG	2	12	85836	85847	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116516581
25	NC_008533	AAAAAC	2	12	85937	85948	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116516581
26	NC_008533	TGGTTG	2	12	89579	89590	0 %	50 %	50 %	0 %	116516742
27	NC_008533	TTTTGA	2	12	93118	93129	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116516138
28	NC_008533	AAGCAG	2	12	93646	93657	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116516138
29	NC_008533	AAGGAA	2	12	98508	98519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516685
30	NC_008533	ATTGAG	2	12	109965	109976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515666
31	NC_008533	TTCAAC	2	12	116816	116827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516521
32	NC_008533	TTATCT	2	12	123350	123361	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116515901
33	NC_008533	TAACAA	2	12	125114	125125	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116515445
34	NC_008533	CCAGCT	2	12	129322	129333	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116515876
35	NC_008533	TCAGGG	2	12	138801	138812	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116516175
36	NC_008533	GAAGCA	2	12	148514	148525	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116515340
37	NC_008533	GTTTTA	2	12	151669	151680	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515826
38	NC_008533	TCAGGT	2	12	161574	161585	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515317
39	NC_008533	TTCGGA	2	12	168334	168345	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516396
40	NC_008533	AACAAG	2	12	171957	171968	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116516104
41	NC_008533	TGCACT	2	12	177468	177479	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516921
42	NC_008533	CAATAT	2	12	178948	178959	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515813
43	NC_008533	ACTTGG	2	12	180536	180547	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116517125
44	NC_008533	ACCACG	2	12	185073	185084	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	116516683
45	NC_008533	GCAGAC	2	12	186083	186094	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516494
46	NC_008533	ACAAGA	2	12	193518	193529	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116515859
47	NC_008533	CAGGAA	2	12	193722	193733	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116517222
48	NC_008533	TAAAGG	2	12	196411	196422	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516725
49	NC_008533	GCAATC	2	12	198999	199010	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116517196
50	NC_008533	ACATCA	2	12	199546	199557	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116515402
51	NC_008533	TAAAGG	2	12	203797	203808	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516940
52	NC_008533	AAATTA	2	12	204836	204847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516736
53	NC_008533	ACTTGG	2	12	204903	204914	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516736
54	NC_008533	TTGAAG	2	12	207844	207855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116517117
55	NC_008533	GTAAAG	2	12	208527	208538	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516047
56	NC_008533	AAACTC	2	12	209902	209913	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116516293
57	NC_008533	AGATAA	2	12	214005	214016	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515628
58	NC_008533	CATAAT	2	12	216072	216083	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515816
59	NC_008533	TATCTG	2	12	221451	221462	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516696
60	NC_008533	CGAAAT	2	12	229582	229593	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116517205
61	NC_008533	TGTCAA	2	12	238355	238366	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515963
62	NC_008533	GATGGT	2	12	239115	239126	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116516550
63	NC_008533	TGCCTT	2	12	240766	240777	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116516194
64	NC_008533	GCTATG	2	12	240875	240886	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516194
65	NC_008533	GTTGCT	2	12	245205	245216	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116515399
66	NC_008533	GCAAGA	2	12	249051	249062	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116516752
67	NC_008533	ATTCGA	2	12	250449	250460	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516752
68	NC_008533	GTCAGT	2	12	253854	253865	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515846
69	NC_008533	CGATAC	2	12	264235	264246	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116516519
70	NC_008533	TTTTGG	2	12	268530	268541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516653
71	NC_008533	GAATTA	2	12	274353	274364	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116516562
72	NC_008533	AAAAGG	2	12	276480	276491	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116517077
73	NC_008533	TAGATA	2	12	281481	281492	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116515742
74	NC_008533	GATAAA	2	12	286830	286841	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515977
75	NC_008533	AAAATG	2	12	290775	290786	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116516452
76	NC_008533	AGAGGA	2	12	293348	293359	50 %	0 %	50 %	0 %	116515558
77	NC_008533	ATGGAG	2	12	293781	293792	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116517086
78	NC_008533	GGACAA	2	12	294648	294659	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116515823
79	NC_008533	CCATAG	2	12	298110	298121	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116516834
80	NC_008533	TTGATT	2	12	298553	298564	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116516834
81	NC_008533	AGCGTG	2	12	301370	301381	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116515442
82	NC_008533	AACTGT	2	12	303914	303925	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116517037
83	NC_008533	CAACCT	2	12	310356	310367	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116516184
84	NC_008533	TAGATG	2	12	320358	320369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516251
85	NC_008533	TGTTAT	2	12	321986	321997	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515655
86	NC_008533	TAAATT	2	12	322051	322062	50 %	50 %	0 %	0 %	116515655
87	NC_008533	CAATTT	2	12	322477	322488	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116515655
88	NC_008533	AAAAGG	2	12	322949	322960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116515655
89	NC_008533	AAAAAT	2	12	323107	323118	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515655
90	NC_008533	TAGCAG	2	12	325850	325861	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116516033
91	NC_008533	GCCAAA	2	12	331155	331166	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116515912
92	NC_008533	GCTAAA	2	12	333897	333908	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515982
93	NC_008533	GAAAAA	2	12	335207	335218	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116515461
94	NC_008533	AGCTAT	2	12	337076	337087	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515461
95	NC_008533	AGACAA	2	12	339871	339882	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116515461
96	NC_008533	TGAGCT	2	12	345380	345391	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116517216
97	NC_008533	TTTGAT	2	12	345843	345854	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116516323
98	NC_008533	GCCAAA	2	12	346641	346652	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116516323
99	NC_008533	TCAAGT	2	12	346758	346769	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516323
100	NC_008533	TCAAGT	2	12	346782	346793	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516323
101	NC_008533	TTCACG	2	12	347006	347017	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516323
102	NC_008533	GTGCCA	2	12	348519	348530	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116515453
103	NC_008533	CATTTA	2	12	351289	351300	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116516899
104	NC_008533	AAGTAG	2	12	353183	353194	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116517118
105	NC_008533	ATGTCA	2	12	353838	353849	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515768
106	NC_008533	TGTCAT	2	12	356349	356360	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116517140
107	NC_008533	ACTTTT	2	12	362135	362146	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116515741
108	NC_008533	AGTATG	2	12	364169	364180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516824
109	NC_008533	TGCTAA	2	12	364859	364870	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516824
110	NC_008533	TGAAAT	2	12	365678	365689	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116516528
111	NC_008533	CGAACG	2	12	367901	367912	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516755
112	NC_008533	ACTTGG	2	12	368036	368047	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116516755
113	NC_008533	GTCTGT	2	12	368828	368839	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116515818
114	NC_008533	TACCAG	2	12	370096	370107	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116515818
115	NC_008533	GTGTGA	2	12	372881	372892	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116516121
116	NC_008533	AAGTGA	2	12	375667	375678	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116517220
117	NC_008533	GCCAAG	2	12	375737	375748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116517220
118	NC_008533	TGGATG	2	12	376894	376905	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116515323
119	NC_008533	TGCAGC	2	12	377463	377474	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116515323
120	NC_008533	TCTATC	2	12	379303	379314	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116516614
121	NC_008533	GGATGA	2	12	383505	383516	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116516619
122	NC_008533	TGTTGG	2	12	383694	383705	0 %	50 %	50 %	0 %	116516619
123	NC_008533	TTTTGG	2	12	389832	389843	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516059
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142	NC_008533	CCTTGA	2	12	453585	453596	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516927
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215	NC_008533	ATGCAG	2	12	669463	669474	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116516216
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220	NC_008533	GATTGC	2	12	677448	677459	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116515754
221	NC_008533	CATGTT	2	12	679996	680007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116517154
222	NC_008533	TGGTAT	2	12	680143	680154	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116517154
223	NC_008533	GTTGAT	2	12	680372	680383	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116517154
224	NC_008533	AAAAAG	2	12	683295	683306	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116516888
225	NC_008533	GAGCCT	2	12	686409	686420	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116515334
226	NC_008533	AAACCA	2	12	691359	691370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116516136
227	NC_008533	TGGATG	2	12	691849	691860	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116516136
228	NC_008533	CAAAAG	2	12	695172	695183	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116516691
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230	NC_008533	AGGAAG	2	12	702862	702873	50 %	0 %	50 %	0 %	116516885
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341	NC_008533	TCTACA	2	12	958436	958447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116515898
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344	NC_008533	TGTCTT	2	12	964539	964550	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116517219
345	NC_008533	GATACA	2	12	972747	972758	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515597
346	NC_008533	GAAAAT	2	12	983536	983547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116517139
347	NC_008533	TCTGTT	2	12	989925	989936	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116517015
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447	NC_008533	CACATC	2	12	1271563	1271574	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116515390
448	NC_008533	GAATAC	2	12	1272631	1272642	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515609
449	NC_008533	TTTACG	2	12	1273583	1273594	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116517095
450	NC_008533	CTTCAG	2	12	1274258	1274269	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116516222
451	NC_008533	TGATTT	2	12	1274735	1274746	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515685
452	NC_008533	TTGAGG	2	12	1280325	1280336	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116515881
453	NC_008533	GGCATG	2	12	1280618	1280629	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116515881
454	NC_008533	TAATTT	2	12	1282000	1282011	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116517019
455	NC_008533	CACCAG	2	12	1286733	1286744	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	116516724
456	NC_008533	GAGGAA	2	12	1289030	1289041	50 %	0 %	50 %	0 %	116516980
457	NC_008533	GTACTT	2	12	1291449	1291460	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516409
458	NC_008533	AATTGC	2	12	1292453	1292464	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516409
459	NC_008533	AGCATC	2	12	1292507	1292518	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116516409
460	NC_008533	TTTATA	2	12	1293262	1293273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515983
461	NC_008533	TTATGA	2	12	1293891	1293902	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515983
462	NC_008533	TAAAAG	2	12	1294503	1294514	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116517054
463	NC_008533	GCATAA	2	12	1296319	1296330	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116516582
464	NC_008533	TTTAAG	2	12	1296461	1296472	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116516582
465	NC_008533	GTCCTG	2	12	1300493	1300504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116516474
466	NC_008533	AATCAA	2	12	1304794	1304805	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116515759
467	NC_008533	AATCAT	2	12	1310760	1310771	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116516132
468	NC_008533	AAAGGC	2	12	1312144	1312155	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116515947
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471	NC_008533	ATGAAA	2	12	1318516	1318527	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515401
472	NC_008533	TCAAAT	2	12	1320284	1320295	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116517114
473	NC_008533	GACATA	2	12	1323551	1323562	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116516232
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476	NC_008533	TAGAAC	2	12	1327572	1327583	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515788
477	NC_008533	TCAGTA	2	12	1327607	1327618	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515788
478	NC_008533	ATGTTA	2	12	1331234	1331245	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116516831
479	NC_008533	CGATTT	2	12	1334947	1334958	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116515356
480	NC_008533	GTTCTG	2	12	1335070	1335081	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116515356
481	NC_008533	CGCGTT	2	12	1335505	1335516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116515356
482	NC_008533	ATCCTA	2	12	1337735	1337746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516354
483	NC_008533	TGTATT	2	12	1339331	1339342	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515377
484	NC_008533	CTTTAG	2	12	1339554	1339565	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116516722
485	NC_008533	GTGTTG	2	12	1342101	1342112	0 %	50 %	50 %	0 %	116515604
486	NC_008533	AATCAA	2	12	1345179	1345190	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116516529
487	NC_008533	AAGGCA	2	12	1345645	1345656	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116516529
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489	NC_008533	GATATC	2	12	1349637	1349648	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516397
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491	NC_008533	TCAAGT	2	12	1355946	1355957	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516748
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494	NC_008533	GGACCT	2	12	1360170	1360181	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116515658
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